Обнаружение РНК нового многокомпонентного вируса у больных Крымской-Конго геморрагической лихорадкой на юге России
- Авторы: Терновой В.А.1, Гладышева А.В.1, Семенцова А.О.1, Зайковская А.В.1, Волынкина А.С.2, Котенев Е.С.2, Агафонов А.П.1, Локтев В.Б.1
-
Учреждения:
- Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора
- Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора
- Выпуск: Том 75, № 2 (2020)
- Страницы: 129-134
- Раздел: АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ ИНФЕКЦИОННЫХ БОЛЕЗНЕЙ
- URL: https://ogarev-online.ru/vramn/article/view/125732
- DOI: https://doi.org/10.15690/vramn1192
- ID: 125732
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Обоснование. Недавно был описан новый многокомпонентный РНК-содержащий вирус, получивший название Jingmen tick virus (JMTV), предположительно относящийся к флавивирусам. Вирус состоит из четырех вирусных частиц и был впервые выделен из клещей в Китае.
Цель исследования ― детекция генетического материала вируса JMTV, секвенирование и анализ фрагментов вирусного генома JMTV у пациентов с Крымской-Конго геморрагической лихорадкой (ККГЛ) на юге европейской части России.
Методы. Панель из 20 сывороток от пациентов с клинически и лабораторно подтвержденным диагнозом ККГЛ, собранных в 2016 г., была исследована на наличие генетического материала вирусов JMTV и ККГЛ. Детекцию проводили методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией с экспериментальными праймерами, последующим секвенированием выделенных фрагментов вирусных геномов и проведением филогенетического анализа.
Результаты. В сыворотках крови 4 пациентов было выявлено одновременное наличие РНК вируса ККГЛ и вируса JMTV. Секвенирование фрагмента S-сегмента позволило установить принадлежность РНК изолятов вируса ККГЛ к генетической линии Европа 1. Нуклеотидные последовательности сегмента 2 (гликопротеин) обнаруженных изолятов JMTV-вируса при проведении филогенетического анализа кластеризовались вместе. Уровень гомологии нуклеотидной последовательности для вновь обнаруженных изолятов JMTV составлял всего около 81−82% при сравнении с ранее известными европейскими вариантами (Косово) этого вируса.
Заключение. Полученные результаты позволяют сделать вывод о том, что в сыворотке крови пациентов с ККГЛ обнаружены РНК вируса ККГЛ и РНК нового многокомпонентного флавивируса JMTV.
Ключевые слова
Полный текст
Открыть статью на сайте журналаОб авторах
Владимир Александрович Терновой
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора
Автор, ответственный за переписку.
Email: tern@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-1275-171X
SPIN-код: 1328-5960
ResearcherId: A-6497-2014
к. биол. н.
Россия, Новосибирская область, р.п. КольцовоАнастасия Витальевна Гладышева
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора
Email: Nastya95.ru@list.ru
ORCID iD: 0000-0002-7396-3954
SPIN-код: 5214-3421
стажер-исследователь
Россия, Новосибирская область, р.п. КольцовоАлександра Олеговна Семенцова
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора
Email: sementsova_ao@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0002-7188-5948
SPIN-код: 3387-9642
младший научный сотрудник
Россия, Новосибирская область, р.п. КольцовоАнна Владимировна Зайковская
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора
Email: zaykovskaya_av@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0002-7188-5948
SPIN-код: 9339-6505
к. биол. н., ст. науч. сотр.
Россия, Новосибирская область, р.п. КольцовоАнна Сергеевна Волынкина
Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора
Email: volyn444@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5554-5882
SPIN-код: 3387-4340
к. биол. н., науч. сотр. лаборатории природно-очаговых инфекций
Россия, 355035, г. Ставрополь, ул. Советская, 13-15Егор Сергеевич Котенев
Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора
Email: egor_kotenev@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-8036-8926
SPIN-код: 1562-9580
к. биол. н.
Россия, 355035, г. Ставрополь, ул. Советская, 13-15Александр Петрович Агафонов
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора
Email: agafonov@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-2577-0434
SPIN-код: 2112-2920
д. биол. н.
Россия, Новосибирская область, р.п. КольцовоВалерий Борисович Локтев
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора
Email: valeryloktev@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-0229-321X
SPIN-код: 3496-8857
д. биол. н., профессор
Россия, Новосибирская область, р.п. КольцовоСписок литературы
- Qin X-C, Shi M, Tian J-H, Lin X-D, et al. A tick-borne segmented RNA virus contains genome segments derived from unsegmented viral ancestors. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(18):6744–6749. doi: 10.1073/pnas.1324194111.
- Maruyama SR, Castro-Jorge LA, Ribeiro JM, et al. Characterisation of divergent flavivirus NS3 and NS5 protein sequences detected in Rhipicephalus microplus ticks from Brazil. Mem Inst Oswaldo Cruz. 2014;109(1):38–50. doi: 10.1590/0074-0276130166.
- Villa EC, Maruyama SR, de Miranda-Santos IKF, et al. Complete coding genome sequence for Mogiana tick virus, a Jingmenvirus isolated from ticks in Brazil. Genome Announc. 2017;5(18):e00232-17. doi: 10.1128/genomeA.00232-17.
- Ladner JT, Wiley MR, Beitzel B, et al. A multicomponent animal virus isolated from mosquitoes. Cell Host Microbe. 2016;20(3):357–367. doi: 10.1016/j.chom.2016.07.011.
- Emmerich P, Jakupi X, von Possel R, et al. Viral metagenomics, genetic and evolutionary characteristics of Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus in humans, Kosovo. Infect Genet Evol. 2018;65:6–11. doi: 10.1016/j.meegid.2018.07.010.
- Meng F, Ding M, Tan Z, et al. Virome analysis of tick-borne viruses in Heilongjiang Province, China. Ticks Tick Borne Dis. 2019;10(2):412−420. doi: 10.1016/j.ttbdis.2018.12.002.
- Na Jia, Hong-Bo Liu, Xue-Bing Ni, et al. Emergence of human infection with Jingmen tick virus in China: A retrospective study. EBio Medicine. 2019;43:317−324. doi: 10.1016/j.ebiom.2019.04.004.
- Wang ZD, Wang B, Wei F, et al. New segmented virus associated with human febrile illness in China. N Engl J Med. 2019;380(22):2116−2125. doi: 10.1056/NEJMoa1805068.
- Whitehouse CA. Crimean-Congo hemorrhagic fever. Antiviral Res. 2014;64(3):145–160. doi: 10.1016/j.antiviral.2004.08.001.
- Fajs L, Jakupi X, Ahmeti S, et al. Molecular epidemiology of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in Kosovo. PLoS Negl Trop Dis. 2014;8(1):e2647.
- Fajs L, Humolli I, Saksida A, et al. Prevalence of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in healthy population, livestock and ticks in Kosovo. PLoS One. 2014;9(11):e110982. doi: 10.1371/journal.pone.0110982.
- Sherifi K, Cadar D, Muji S, et al. Crimean-Congo hemorrhagic fever virus clades V and VI (Europe 1 and 2) in ticks in Kosovo, 2012. PLoS Negl Trop Dis. 2014;8(10):e3168. eCollection. doi: 10.1371/journal.pntd.0003168.
- Вакалова Е.В., Волынкина А.С., Котенев Е.С., и др. Детекция и генетическая характеристика РНК-изолятов вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки, выделенных из клещей Hyalomma marginatum в Астраханской области (2016 г.) // Эпидемиология и инфекционные болезни. — 2017. — Т.22. — №5. — С. 248−253. [Vakalova EV, Volynkina AS, Korenev ES, et al. Detecrion and genetic characteristics of RNA isolates of Crimean-Congo haemorrhagic fever virus from the hyalomma marginatum ticks collected in the Astrakhan region (2016). Epidemiology and infectious diseases. 2017;22(5):248−253. (In Russ).] doi: 10.1882/1560-9529-2017-22-5-248-253.
- Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol. 2016;33(7):1870−1874. doi: 10.1093/molbev/msw054.
- Morovvati A, Ghalyanchi-Langeroudi A, Soleimani M, et al. Emergence of a new genotype of crimean-congo hemorrhagic fever virus in Iran. Iranian J Virol. 2012;6(3):24−29.
Дополнительные файлы
