Обнаружение РНК нового многокомпонентного вируса у больных Крымской-Конго геморрагической лихорадкой на юге России


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Обоснование. Недавно был описан новый многокомпонентный РНК-содержащий вирус, получивший название Jingmen tick virus (JMTV), предположительно относящийся к флавивирусам. Вирус состоит из четырех вирусных частиц и был впервые выделен из клещей в Китае.

Цель исследования ― детекция генетического материала вируса JMTV, секвенирование и анализ фрагментов вирусного генома JMTV у пациентов с Крымской-Конго геморрагической лихорадкой (ККГЛ) на юге европейской части России.

Методы. Панель из 20 сывороток от пациентов с клинически и лабораторно подтвержденным диагнозом ККГЛ, собранных в 2016 г., была исследована на наличие генетического материала вирусов JMTV и ККГЛ. Детекцию проводили методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией с экспериментальными праймерами, последующим секвенированием выделенных фрагментов вирусных геномов и проведением филогенетического анализа.

Результаты. В сыворотках крови 4 пациентов было выявлено одновременное наличие РНК вируса ККГЛ и вируса JMTV. Секвенирование фрагмента S-сегмента позволило установить принадлежность РНК изолятов вируса ККГЛ к генетической линии Европа 1. Нуклеотидные последовательности сегмента 2 (гликопротеин) обнаруженных изолятов JMTV-вируса при проведении филогенетического анализа кластеризовались вместе. Уровень гомологии нуклеотидной последовательности для вновь обнаруженных изолятов JMTV составлял всего около 81−82% при сравнении с ранее известными европейскими вариантами (Косово) этого вируса.

Заключение. Полученные результаты позволяют сделать вывод о том, что в сыворотке крови пациентов с ККГЛ обнаружены РНК вируса ККГЛ и РНК нового многокомпонентного флавивируса JMTV.

Об авторах

Владимир Александрович Терновой

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: tern@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-1275-171X
SPIN-код: 1328-5960
ResearcherId: A-6497-2014

к. биол. н.

Россия, Новосибирская область, р.п. Кольцово

Анастасия Витальевна Гладышева

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: Nastya95.ru@list.ru
ORCID iD: 0000-0002-7396-3954
SPIN-код: 5214-3421

стажер-исследователь

Россия, Новосибирская область, р.п. Кольцово

Александра Олеговна Семенцова

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: sementsova_ao@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0002-7188-5948
SPIN-код: 3387-9642

младший научный сотрудник

Россия, Новосибирская область, р.п. Кольцово

Анна Владимировна Зайковская

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: zaykovskaya_av@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0002-7188-5948
SPIN-код: 9339-6505

к. биол. н., ст. науч. сотр.

Россия, Новосибирская область, р.п. Кольцово

Анна Сергеевна Волынкина

Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора

Email: volyn444@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5554-5882
SPIN-код: 3387-4340

к. биол. н., науч. сотр. лаборатории природно-очаговых инфекций

Россия, 355035, г. Ставрополь, ул. Советская, 13-15

Егор Сергеевич Котенев

Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора

Email: egor_kotenev@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-8036-8926
SPIN-код: 1562-9580

к. биол. н.

Россия, 355035, г. Ставрополь, ул. Советская, 13-15

Александр Петрович Агафонов

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: agafonov@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-2577-0434
SPIN-код: 2112-2920

д. биол. н.

Россия, Новосибирская область, р.п. Кольцово

Валерий Борисович Локтев

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: valeryloktev@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-0229-321X
SPIN-код: 3496-8857

д. биол. н., профессор

Россия, Новосибирская область, р.п. Кольцово

Список литературы

  1. Qin X-C, Shi M, Tian J-H, Lin X-D, et al. A tick-borne segmented RNA virus contains genome segments derived from unsegmented viral ancestors. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(18):6744–6749. doi: 10.1073/pnas.1324194111.
  2. Maruyama SR, Castro-Jorge LA, Ribeiro JM, et al. Characterisation of divergent flavivirus NS3 and NS5 protein sequences detected in Rhipicephalus microplus ticks from Brazil. Mem Inst Oswaldo Cruz. 2014;109(1):38–50. doi: 10.1590/0074-0276130166.
  3. Villa EC, Maruyama SR, de Miranda-Santos IKF, et al. Complete coding genome sequence for Mogiana tick virus, a Jingmenvirus isolated from ticks in Brazil. Genome Announc. 2017;5(18):e00232-17. doi: 10.1128/genomeA.00232-17.
  4. Ladner JT, Wiley MR, Beitzel B, et al. A multicomponent animal virus isolated from mosquitoes. Cell Host Microbe. 2016;20(3):357–367. doi: 10.1016/j.chom.2016.07.011.
  5. Emmerich P, Jakupi X, von Possel R, et al. Viral metagenomics, genetic and evolutionary characteristics of Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus in humans, Kosovo. Infect Genet Evol. 2018;65:6–11. doi: 10.1016/j.meegid.2018.07.010.
  6. Meng F, Ding M, Tan Z, et al. Virome analysis of tick-borne viruses in Heilongjiang Province, China. Ticks Tick Borne Dis. 2019;10(2):412−420. doi: 10.1016/j.ttbdis.2018.12.002.
  7. Na Jia, Hong-Bo Liu, Xue-Bing Ni, et al. Emergence of human infection with Jingmen tick virus in China: A retrospective study. EBio Medicine. 2019;43:317−324. doi: 10.1016/j.ebiom.2019.04.004.
  8. Wang ZD, Wang B, Wei F, et al. New segmented virus associated with human febrile illness in China. N Engl J Med. 2019;380(22):2116−2125. doi: 10.1056/NEJMoa1805068.
  9. Whitehouse CA. Crimean-Congo hemorrhagic fever. Antiviral Res. 2014;64(3):145–160. doi: 10.1016/j.antiviral.2004.08.001.
  10. Fajs L, Jakupi X, Ahmeti S, et al. Molecular epidemiology of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in Kosovo. PLoS Negl Trop Dis. 2014;8(1):e2647.
  11. Fajs L, Humolli I, Saksida A, et al. Prevalence of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in healthy population, livestock and ticks in Kosovo. PLoS One. 2014;9(11):e110982. doi: 10.1371/journal.pone.0110982.
  12. Sherifi K, Cadar D, Muji S, et al. Crimean-Congo hemorrhagic fever virus clades V and VI (Europe 1 and 2) in ticks in Kosovo, 2012. PLoS Negl Trop Dis. 2014;8(10):e3168. eCollection. doi: 10.1371/journal.pntd.0003168.
  13. Вакалова Е.В., Волынкина А.С., Котенев Е.С., и др. Детекция и генетическая характеристика РНК-изолятов вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки, выделенных из клещей Hyalomma marginatum в Астраханской области (2016 г.) // Эпидемиология и инфекционные болезни. — 2017. — Т.22. — №5. — С. 248−253. [Vakalova EV, Volynkina AS, Korenev ES, et al. Detecrion and genetic characteristics of RNA isolates of Crimean-Congo haemorrhagic fever virus from the hyalomma marginatum ticks collected in the Astrakhan region (2016). Epidemiology and infectious diseases. 2017;22(5):248−253. (In Russ).] doi: 10.1882/1560-9529-2017-22-5-248-253.
  14. Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol. 2016;33(7):1870−1874. doi: 10.1093/molbev/msw054.
  15. Morovvati A, Ghalyanchi-Langeroudi A, Soleimani M, et al. Emergence of a new genotype of crimean-congo hemorrhagic fever virus in Iran. Iranian J Virol. 2012;6(3):24−29.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Филогенетический анализ вируса ККГЛ на основе S-сегмента (1450 пар нуклеотидов). Анализ проведен методом Neighbor-joining с использованием двухпараметрической модели Кимуры. Значимость построенного дерева была оценена с помощью бутстреп-анализа с 1000 повторами.

Скачать (374KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Филогенетическое дерево группы JMTV, построенное на основе известных нуклеотидных последовательностей. Анализ проведен методом Neighbor-joining с использованием двухпараметрической модели Кимуры. Приведены оригинальные названия штаммов, депонированных в GenBank. Последовательность вируса Alongshan (MH158416) использовалась как внешняя группа. Значимость построенного дерева была оценена с помощью бутстреп-анализа с 1000 повторами.

Скачать (146KB)
Метаданные

© Издательство "Педиатръ", 2020

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».