ОСОБЕННОСТИ ГЕНЕТИЧЕСКОГО КОНТРОЛЯ БИОПЛЕНКООБРАЗОВАНИЯ У БАКТЕРИЙ РОДА ACINETOBACTER

Обложка
  • Авторы: Соломенный А.П.1, Зубарева Н.А.2, Гончаров А.Е.3
  • Учреждения:
    1. Институт экологии и генетики микроорганизмов Уральского отделения РАН
    2. Пермский государственный медицинский университет им. академика Е.А. Вагнер
    3. Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова, Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербургский государственный университет
  • Выпуск: Том 33, № 4 (2016)
  • Страницы: 65-72
  • Раздел: Статьи
  • URL: https://ogarev-online.ru/PMJ/article/view/5691
  • DOI: https://doi.org/10.17816/pmj33465-72
  • ID: 5691

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Выявление степени полиморфизма оперона pgaABCD , критически значимого в процессе образования биопленок у бактерий рода Acinetobacter , для оценки возможного горизонтального генетического переноса от других патогенов. Материалы и методы. Оперон pgaABCD изучен молекулярно-генетическими методами у клинических и природных Acinetobacter spp ., отнесенных к разным видам, в том числе устойчивые к карбапенемам A. baumannii - патогены списка ESCAPE. Выбор штаммов был обусловлен экспериментально доказанной у них способностью образовывать биопленки. Для сравнения использован штамм Escherichia coli O157:H7 Sakai, представитель патогенетической подгруппы EHEC. Результаты. Показатель содержания G+C нуклеотидов в последовательности оперона исследуемых штаммов достоверно отвечает характеристическому видовому критерию. Выявлен полиморфизм аминокислотных (транслированных) последовательностей в виде замен несходных аминокислот (кислотных на нейтральные неполярные, нейтральных на основные и кислотные, различных по показателю гидрофобности). При сопоставлении клинических изолятов A. baumannii 60perm и сверхпродуцента биопленки MAR002 показаны замены аминокислот, включая несходные, в последовательности pgaAB . Картирование всего оперона A. baumannii 60perm (Россия) и MAR002 (Испания) показало идентичный порядок его расположения на хромосоме. Выводы. Порядок и расположение генов, показатель содержания нуклеотидов G+C, мол.%, наличие несходных аминокислотных замен не поддерживают предположение о горизонтальном переносе оперона pgaABCD извне рода Acinetobacter . Полиморфизм аминокислотных последовательностей в опероне синтеза поли -бета-(1-6)-N-ацетилглюкозамина (PNAG) отличает группу A. baumannii/ A.nosocomialis. Полученный в работе материал может быть полезен при построении компьютерных ( in silico ) моделей наиболее активных биопленкообразующих структур.

Об авторах

Александр Петрович Соломенный

Институт экологии и генетики микроорганизмов Уральского отделения РАН

Email: solomen@iegm.ru
кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории водной микробиологии

Надежда Анатольевна Зубарева

Пермский государственный медицинский университет им. академика Е.А. Вагнер

доктор медицинских наук, профессор кафедры общей хирургии № 1

Артемий Евгеньевич Гончаров

Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова, Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербургский государственный университет

кандидат медицинских наук, доцент кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии, заведующий лабораторией функциональной геномики и протеомики микроорганизмов, ассистент кафедры фундаментальных проблем медицины и медицинских технологий

Список литературы

  1. Стратегия развития медицинской науки в РФ до 2025 года. Распоряжение Правительства РФ от 28 декабря 2012 г. № 2580-р; available at: http://www.garant.ru/ products/ipo/prime/doc/70192396/.
  2. Горовиц Э.С., Гордина Е.М., Поспелова С.В., Алиева Л.О., Щукина В.П. Влияние ципрофлоксацина на 24-часовые биопленки Staphylococcus aureus. Проблемы мед. микологии 2016; 2: 57.
  3. Руководство по инфекционному контролю в стационаре / под ред. Р. Венцеля, Т. Бревера, Ж-П. Бутцлера. Смоленск: МАКМАХ 2003; 272.
  4. Хасанов Ф.К. Идентификация новых генов дрожжей S. pombe и их роль в рекомбинационной репарации ДНК: автореф. дис. … д-ра биол. наук. М. 2011; 50.
  5. Чеботарь И.В., Лазарева А.В., Масалов Я.К., Михайлович В.М., Маянский Н.А. Acinetobacter: микробиологические, патогенетические и резистентные свойства. Вестник РАМН 2014; 9-10: 39-50.
  6. Álvarez-Fraga L., López M., Merino M., Rumbo-Feal S., Tomás M., Bou G., Poza M. Draft genome sequence of the biofilm-hyperproducing Acinetobacter baumannii clinical strain MAR002. Genome Announc 2015; 3(4): e00824-15.
  7. Beloin C., Roux A., Ghigo J.M. Escherichia coli biofilms. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2008; 322: 249-89.
  8. Ji Youn Lim, Hyun Joon La, Haiqing Sheng, Forney L.J., Hovde C.J. Influence of plasmid pO157 on Escherichia coli O157:H7 Sakai biofilm formation. Appl. Environ. Microbiol. 2010; 76: 963-966.
  9. Longo F., Vuotto C., Donelli G. Biofilm formation in Acinetobacter baumannii. New Microbiol. 2014; 37: 119-127.
  10. Michino H., Araki K., Minami S., Takaya S., Sakai N., Miyazaki M., Ono A., Yanagawa H. Massive outbreak of Escherichia coli O157:H7 infection in schoolchildren in Sakai City, Japan, associated with consumption of white radish sprouts. Am. J. Epidemiol. 1999; 150: 787-796.
  11. Solomennyi A., Goncharov A., Zueva L. Extensively drug-resistant Acinetobacter baumannii belonging to the International clonal lineage I in a Russian burn intensive care unit. Int J. Antimicrob. Agents 2015; Vol. 5: 525-528.
  12. Tiwary B.K., Kumar A., Pathak R.K., Pandey N, Yadav K.K., Chakraborty R. The locus PgaABCD of Acinetobacter junii putatively responsible for poly-β-(1,6)-N-acetylglucosamine biosynthesis might be related to biofilm formation: a computational analysis. Adv. Microbiol. 2016; 6: 222-232.
  13. Yuhua Zhan, Yongliang Yan, Wei Zhang, Ming Chen, Wei Lu, Shuzhen Ping, Min Lin Comparative analysis of the complete genome of an Acinetobacter calcoaceticus strain adapted to a phenol-polluted environment. Res. Microbiol. 2012; 163: 36-43.
  14. Zarrilli R. Acinetobacter baumannii virulence determinants involved in biofilm growth and adherence to host epithelial cells. Virulence 2016; 7: 367-368.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Соломенный А.П., Зубарева Н.А., Гончаров А.Е., 2016

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».