Дезорганизация рибосом и другие эффекты искусственной РНКазы DL 4 12 в клетках Salmonella enterica

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Синтезирован катионный амфифил DL412, обладающий рибонуклеазной активностью (D — DABCO (1,4-диазабицикло[2.2.2]октан); L4 — тетраметиленовый линкер; 12 — додецильный остаток) и выраженными антибактериальными свойствами. Суспензию клетокSalmonella entericaATCC 14028 инкубировали в 5 мкМ растворе DL412 в течение 15 и 30 мин или 5 мкМ растворе ципрофлоксацина (препарат сравнения), интактные клетки служили контролем. Образцы фиксировали 4%-ным формальдегидом и 1%-ным OsO4или по методуРайтера-Келленбергера 1%-ным OsO4с постфиксацией 0.5%-ным ацетатом уранила, после чего обезвоживали и заключали в смесь эпоксидных смол. Полученные ультратонкие срезы изучали в электронном микроскопе Jem 1400. После 15 мин инкубации с соединением DL412 в клеткахS. entericaисчезли видимые рибосомы по всей площади цитоплазмы. В периплазматическом пространстве появилось гомогенное вещество средней электронной плотности, способное проникать в цитоплазму, в которой появлялись полиморфные включения. Выраженные изменения ультраструктуры наблюдались в нуклеоидах бактерии: они округлялись, нити ДНК “слипались” в пучки. При этом структура внешней мембраны не изменялась. Выявленные изменения структурыS. entericaне различались при разных способах фиксации и были обусловлены сочетанием рибонуклеазной активности и амфифильных свойств DL412. Такие изменения не описаны в научной литературе. В работе впервые визуализированы эффекты воздействия рибонуклеазы и амфифильного компонента DL412.

Об авторах

А. Е. Григорьева

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: lenryab@yandex.ru
Новосибирск, 630090 Россия

А. В. Тупицына

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: lenryab@yandex.ru
Новосибирск, 630090 Россия

Е. С. Рябова

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: lenryab@yandex.ru
Новосибирск, 630090 Россия

А. В. Бардашева

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: lenryab@yandex.ru
Новосибирск, 630090 Россия

Д. А. Задворных

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: lenryab@yandex.ru
Новосибирск, 630090 Россия

Л. С. Королева

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: lenryab@yandex.ru
Новосибирск, 630090 Россия

В. Н. Сильников

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: lenryab@yandex.ru
Новосибирск, 630090 Россия

Е. И. Рябчикова

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: lenryab@yandex.ru
Новосибирск, 630090 Россия

Список литературы

  1. Thomas J.R.,Hergenrother P.J. // Chem. Rev. 2008. V. 108. № 4. P. 1171–1224. https://doi.org/10.1021/cr0681546
  2. Zhang L.,He J.,Bai L.,Ruan S.,Yang T.,Luo Y. // Med. Res. Rev. 2021. V. 41. № 4. P. 1855–1889. https://doi.org/10.1002/med.21780
  3. Yarinich L.A.,Burakova E.A.,Zakharov B.A.,Boldyreva E.V.,Babkina I.N.,Tikunova N.V.,Silnikov V.N. // Eur. J. Med. Chem. 2015. V. 95. № 563–573. https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2015.03.033
  4. Fedorova A.A., Azzami K., Ryabchikova E.I., Spitsyna Y.E., Silnikov V.N., Ritter W., et al. // Antiviral Res. 2011. V. 91. № 3. P. 267–277. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2011.06.011
  5. Burakova E.A.,Saranina I.V.,Tikunova N.V.,Nazarkina Z.K.,Laktionov P.P.,Karpinskaya L.A. et al. // Bioorg. Med. Chem. 2016. V. 24. № 22. P. 6012–6020. https://doi.org/10.1016/j.bmc.2016.09.064
  6. Grigor’eva A.E.,Bardasheva A.V.,Ryabova E.S.,Tupitsyna A.V.,Zadvornykh D.A.,Koroleva L.S. et al. // Microorganisms. 2023. V. 11. № 9. P. 2192. https://doi.org/10.3390/microorganisms11092192
  7. Bonvin E.,Personne H.,Paschoud T.,Reusser J.,Gan B.H.,Luscher A. et al. // ACS Infect. Dis. 2023. V. 9. № 12. P. 2593–2606. https://doi.org/10.1021/acsinfecdis.3c00421
  8. Cardoso M.H.,Meneguetti B.T.,Costa B.O.,Buccini D.F.,Oshiro K.G.N.,Preza S.L.E. et al.// Int. J. Mol. Sci. 2019. V. 20. № 19. P. 4877. https://doi.org/10.3390/ijms20194877
  9. Majalekar P.P.,Shirote P.J. // Curr. Drug Targets. 2020. V. 21. № 13. P. 1354–1370. https://doi.org/10.2174/1389450121666200621193355
  10. Zadvornykh D.,Zhang Z.,Liu C.,Serpokrylovа I.,Bardashevа A.,Tikunova N.,Silnikov V.,Koroleva L. // Int. J. of Health Sci. 2022. V. 6. № S7. P. 3009–3023. https://doi.org/10.53730/ijhs.v6nS7.12110
  11. Wang Z.,Liu X.,Da T.,Mao R.,Hao Y.,Yang N. et al. // Commun. Biol. 2020. V. 3. № 1. P. 41. https://doi.org/10.1038/s42003-020-0761-3
  12. Kuzminov A. // J. Bacteriol. 2024. V. 206. № 3. P. e0021123. https://doi.org/10.1128/jb.00211-23
  13. Grigor’eva A.,Bardasheva A.,Tupitsyna A.,Amirkhanov N.,Tikunova N.,Pyshnyi D.,Ryabchikova E. // Microorganisms. 2020. V. 8. № 12. P. 1991. https://doi.org/10.3390/microorganisms8121991
  14. Sharma P.,Vaiwala R.,Gopinath A.K.,Chockalingam R.,Ayappa K.G. // Langmuir. 2024. V. 40. № 15. P. 7791–7811. https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.3c03474
  15. Maher C.,Hassan K.A. // mBio. 2023. V. 14. № 6. P. e0120523. https://doi.org/10.1128/mbio.01205-23
  16. Lin J.,Zhou D.,Steitz T.A.,Polikanov Y.S.,Gagnon M.G. // Annu. Rev. Biochem. 2018. V. 87. № 451–478. https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-062917- 011942
  17. Brielle R.,Pinel-Marie M.L.,Chat S.,Gillet R.,Felden B. // Methods. 2017. V. 117. P. 59–66. https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2016.10.003
  18. Cougot N.,Molza A.E.,Delesques J.,Giudice E.,Cavalier A.,Rolland J.P., et al. // J. Mol. Biol. 2014. V. 426. № 2. P. 377–388. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2013.09.035
  19. Herrero Del Valle A.,Innis C.A. // FEMS Microbiol. Rev. 2020. V. 44. № 6. P. 793–803. https://doi.org/10.1093/femsre/fuaa032
  20. Razi A.,Britton R.A.,Ortega J. // Nucleic Acids Res. 2017. V. 45. № 3. P. 1027–1040. https://doi.org/10.1093/nar/gkw1231
  21. Ohniwa R.L.,Morikawa K.,Takeshita S.L.,Kim J.,Ohta T.,Wada C.,Takeyasu K. // Genes Cells. 2007. V. 12. № 10. P. 1141–1152. https://doi.org/10.1111/j.1365-2443.2007.01125.x
  22. Ishihama A. // EcoSal Plus. 2009. V. 3. № 2. https://doi.org/10.1128/ecosalplus.2.6
  23. Dillon S.C.,Dorman C.J. // Nat. Rev. Microbiol. 2010. V. 8. № 3. P. 185–195. https://doi.org/10.1038/nrmicro2261
  24. Birnie A.,Dekker C. // ACS Nano. 2021. V. 15. № 1. P. 111–124. https://doi.org/10.1021/acsnano.0c07397
  25. Bakshi S.,Choi H.,Weisshaar J.C. // Front. Microbiol. 2015. V. 6. № 636. https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00636
  26. Zimmerman S.B. // J. Struct. Biol. 2006. V. 153. № 2. P. 160–175. https://doi.org/10.1016/j.jsb.2005.10.011
  27. Khan S.R.,Kuzminov A. // PLoS One. 2017. V. 12. № 12. P. e0190177. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190177
  28. Horne J.E.,Brockwell D.J.,Radford S.E. // J. Biol. Chem. 2020. V. 295. № 30. P. 10340–10367. https://doi.org/10.1074/jbc.REV120.011473
  29. Vergalli J.,Bodrenko I.V.,Masi M.,Moynie L.,Acosta-Gutierrez S. et al. // Nat. Rev. Microbiol. 2020. V. 18. № 3. P. 164–176. https://doi.org/10.1038/s41579-019-0294-2
  30. Manrique P.D.,Lopez C.A.,Gnanakaran S.,Rybenkov V.V.,Zgurskaya H.I. // Ann. N. Y. Acad. Sci. 2023. V. 1519. № 1. P. 46–62. https://doi.org/10.1111/nyas.14921

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».