Phylogenetic analysis and distribution of far eastern tick-borne encephalitis virus subtype (Flaviridae, Flavirus, TBEV-FE) from Asia

封面

如何引用文章

全文:

详细

To date, a lot of data on molecular genetic characteristics of different tick-borne encephalitis virus strains has appeared. Only on the basis of the E protein genome, sequences of about 1,500 TBEV strains were registered in GenBank.

The purpose of the work – revision and comparative analysis of data on complete genomes sequences of the Far Eastern subtype of TBE virus strains distributed in the Asian part of Eurasian continent.

Material and methods. The data on the complete genomes of 84 strains of TBEV isolated in Asia were used; phylogenetic analysis was performed.

Results and discussion: it was shown that variants of the TBEV of the Far Eastern subtype are circulating here and form three separate clusters (Sofjin, Senzhang- и Shkotovo-like strains). Sofjin strain (Sofjin-1953, Sofjin-Chumakov, Sofjin-KSY) was considered to be the reference for Far Eastern TBE virus subtype strains and a cluster of Sofjin-like strains. Sofjin-like strains were not found in China and Japan, but widely distributed throughout the area of Primorsky and Khabarovsk krai. The group of Senzhang-like strains was distributed in China, Eastern Siberia, Khabarovsk krai and northern Primorsky krai, but was not found in Japan (Hokkaido). According to molecular genetic characteristics the youngest and more genetically homogeneous group was the Shkotovo-like strains, isolated in the southern part of Primorsky krai, however not found on Hokkaido Island (Japan).

Conclusion: revision of the complete genome characteristics of TBEV strains revealed the features of micro-evolutionary process of viral populations in the Asian part of Eurasia, show the individual affection of strains to certain territories, as well as detect random finds of such strains in the territories of other natural foci.

作者简介

G. Leonova

Somov Institute of Epidemiology and Microbiology

编辑信件的主要联系方式.
Email: galinaleon41@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6387-1127
Galina N. Leonova, MD, Professor, Principal Researcher of the Laboratory of Flavivirus Infections, Vladivostok, 690087, Russia 俄罗斯联邦

S. Belikov

Limnological Institute, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-7206-8299
Irkutsk, 664033, Russia 俄罗斯联邦

参考

  1. Leonova G.N., Kozhemyako V.B., Borisevich V.G., Takashima I., Marinin D.V. Molecular-genetic basis of hetergeneity of the Far East population of tick-borne encephalitis virus. In: Proceeding of the 3rd International Conference «Ticks and tick-borne Pathogens: Into the 21st Century». Bratislava, Slovakia; 2000.
  2. Злобин В.И., Мамаев Л.В., Джиоев Ю.П., Козлова И.В. Генетические типы вируса клещевого энцефалита. Журнал инфекционной патологии. 1996; 3(4): 13-7.
  3. Belikov S.I., Kondratov I.G., Potapova U.V., Leonova G.N. The relationship between the structure of the tick-borne encephalitis virus strains and their pathogenic properties. PLoS One. 2014; 9(4): e94946. Doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0094946
  4. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) Release, EC 48, Budapest, Hungary, August 2016. Available at: https://talk.ictvonline.org/taxonomy/
  5. Pletnev A.G., Yamshchikov V.F., Blinov V.M. Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the Polyprotein of tick-borne encephalitis virus. Virology. 1990; 174(1): 250-63. Doi: https://doi.org/10.1016/0042-6822(90)90073-z
  6. King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J. Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses. In: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego: Elsevier; 2012: 1003-20.
  7. Ecker M., Allison S.L., Meixnar T., Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis virus from Europe and Asia. J. Gen. Virol. 1999; 80(Pt. 1): 179-85. Doi: https://doi.org/10.1099/0022-1317-80-1-179
  8. Leonova G.N., Belikov S.I., Kondratov I.G. Characteristics of far eastern strains of tick-borne encephalitis virus. Arch. Virol. 2017; 162(8): 2211-8. Doi: https://doi.org/10.1007/s00705-017-3309-1
  9. Зильбер Л.А. Весенний (весенне-летний) эпидемический клещевой энцефалит. Архив биологических наук. 1939; 56(2): 9-37.
  10. Zhang Y., Si B.Y., Liu B.H., Chang G.H., Yang Y.H., Huo Q.B., et al. Complete genomic characterization of two tick-borne encephalitis viruses isolated from China. Virus Res. 2012; 167(2): 310-3. Doi: https://doi.org/10.1016/j.virusres.2012.05.015
  11. Takashima I., Morita K., Chiba M., Hayasaka D., Sato T., Takezawa C., et al. A case of tick-borne encephalitis in Japan and isolation of the virus. J. Clin. Microbiol. 1997; 35(8): 1943-7.
  12. Kuraku S., Zmasek C.M., Nishimura O., Katoh K. aLeaves facilitates on-demand exploration of metazoan gene family trees on MAFFT sequence alignment server with enhanced interactivity. Nucleic Acids Res. 2013; 41(W1): W22-8. Doi: https://doi.org/10.1093/nar/gkt389
  13. Robinson O., Dylus D., Dessimoz C. Phylo.io: interactive viewing and comparison of large phylogenetic trees on the web. Mol. Biol. Evol. 2016; 33(8): 2163-6. Doi: https://doi.org/10.1093/molbev/msw080
  14. Краминская Н., Живоляпина Р.Р., Мейерова Р.А., Перевозчиков В.А. Своеобразный штамм вируса клещевого энцефалита, выделенный от больного с прогредиентным течением заболевания. В кн.: Материалы конференции «Актуальные проблемы вирусных инфекций». М.; 1965: 190-1.
  15. Kulakova N.V., Andaev E.I., Belikov S.I. Tick-borne encephalitis virus in Eastern Siberia: complete genome characteristics. Arch. Virol. 2012; 157(11): 2253-5. Doi: https://doi.org/10.1007/s00705-012-1412-x
  16. Вотяков В.И., Протас И.И., Жданов В.М. Западный клещевой энцефалит. Минск; 1978.
  17. Вотяков В.И., Злобин В.И., Мишаева Н.П. Клещевые энцефалиты Евразии. Новосибирск: Наука; 2002.
  18. Леонова Г.Н. О нозологической однородности и эволюции клещевого энцефалита. Тихоокеанский медицинский журнал. 2010; (3): 19-22.
  19. Коренберг Э.И. Биохорологическая структура вида. М.: Наука; 1979.
  20. Коренберг Э.И, Лебедева Н.Н. Районирование ареала таежного клеща Ixodes persulcatus. Зоологический журнал. 1976; 55(10): 1468.
  21. Vorovitch M.F., Kozlovskaya L.I., Romanova L.Yu., Chernokhaeva L.L., Ishmukhametov A.A., Karganova G.G. Genetic description of a tick-borne encephalitis virus strain Sofjin with the longest history as a vaccine strain. SpringerPlus. 2015; 4: 761. Doi: https://doi.org/10.1186/s40064-015-1561-y
  22. Leonova G.N., Belikov S.I., Kondratov I.G., Takashima I. Comprehensive assessment of the genetics and virulence of TBEV strains isolated from patients with inapparent and clinical forms of the infection in the Russian Far East. Virology. 2013; 443(1): 89-98. Doi: https://doi.org/10.1016/j.virol.2013.04.029
  23. Леонова Г.Н. Клещевой энцефалит в Приморском крае. Владивосток: Дальнаука; 1997.

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © Problems of Virology, 2019

Creative Commons License
此作品已接受知识共享署名 4.0国际许可协议的许可

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».