Филогенетический анализ и распространение вируса клещевого энцефалита дальневосточного субтипа (Flaviridae, Flavirus, TBEV-FE) на территории Азии

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

К настоящему времени появилось много данных по особенностям молекулярно-генетической характеристики разных штаммов вируса клещевого энцефалита (ВКЭ). Только на основе генома белка Е в GenBank зарегистрированы последовательности около 1500 штаммов ВКЭ.

Цель работы – ревизия и сравнительный анализ данных о полных геномах штаммов ВКЭ дальневосточного субтипа, распространённых на азиатской территории континента.

Материал и методы. Использованы данные о полных геномах 84 штаммов ВКЭ, изолированных на территории Азии, проведён филогенетический анализ.

Результаты и обсуждение. Показано, что здесь циркулируют варианты ВКЭ дальневосточного субтипа, которые подразделяются на три кластера (Sofjin-, Senzhang- и Shkotovo-подобных штаммов). Штамм Sofjin (Sofjin-1953, Sofjin-Chumakov, Sofjin-KSY) является эталонным для ВКЭ дальневосточного субтипа, а также для кластера Sofjin-подобных штаммов. Sofjin-подобные штаммы не встречаются в Китае и Японии, но широко распространены на территории Приморского и Хабаровского краёв. Группа Senzhang-подобных штаммов распространена в Китае, Восточной Сибири, в Хабаровском крае и на севере Приморского края, однако не встречается на о. Хоккайдо (Япония). Самой молодой, генетически более однородной группой по молекулярно-генетической характеристике оказались Shkotovo-подобные штаммы, выделенные на юге Приморского края и на о. Хоккайдо.

Заключение. Ревизия полногеномной характеристики штаммов ВКЭ дальневосточного субтипа позволила выявить особенности микроэволюции вируса в Азиатском регионе и показать индивидуальную привязанность штаммов к определённым территориям, а также обнаружить случайные находки таких штаммов на территориях других природных очагов.

Об авторах

Г. Н. Леонова

ФГБНУ НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова

Автор, ответственный за переписку.
Email: galinaleon41@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6387-1127
Леонова Галина Николаевна, д-р мед. наук, профессор, главный научный сотрудник лаборатории флавивирусных инфекций, 690087, г. Владивосток, Россия Россия

С. И. Беликов

ФГБНУ Лимнологический институт СО РАН

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-7206-8299
664033, г. Иркутск, Россия Россия

Список литературы

  1. Leonova G.N., Kozhemyako V.B., Borisevich V.G., Takashima I., Marinin D.V. Molecular-genetic basis of hetergeneity of the Far East population of tick-borne encephalitis virus. In: Proceeding of the 3rd International Conference «Ticks and tick-borne Pathogens: Into the 21st Century». Bratislava, Slovakia; 2000.
  2. Злобин В.И., Мамаев Л.В., Джиоев Ю.П., Козлова И.В. Генетические типы вируса клещевого энцефалита. Журнал инфекционной патологии. 1996; 3(4): 13-7.
  3. Belikov S.I., Kondratov I.G., Potapova U.V., Leonova G.N. The relationship between the structure of the tick-borne encephalitis virus strains and their pathogenic properties. PLoS One. 2014; 9(4): e94946. Doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0094946
  4. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) Release, EC 48, Budapest, Hungary, August 2016. Available at: https://talk.ictvonline.org/taxonomy/
  5. Pletnev A.G., Yamshchikov V.F., Blinov V.M. Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the Polyprotein of tick-borne encephalitis virus. Virology. 1990; 174(1): 250-63. Doi: https://doi.org/10.1016/0042-6822(90)90073-z
  6. King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J. Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses. In: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego: Elsevier; 2012: 1003-20.
  7. Ecker M., Allison S.L., Meixnar T., Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis virus from Europe and Asia. J. Gen. Virol. 1999; 80(Pt. 1): 179-85. Doi: https://doi.org/10.1099/0022-1317-80-1-179
  8. Leonova G.N., Belikov S.I., Kondratov I.G. Characteristics of far eastern strains of tick-borne encephalitis virus. Arch. Virol. 2017; 162(8): 2211-8. Doi: https://doi.org/10.1007/s00705-017-3309-1
  9. Зильбер Л.А. Весенний (весенне-летний) эпидемический клещевой энцефалит. Архив биологических наук. 1939; 56(2): 9-37.
  10. Zhang Y., Si B.Y., Liu B.H., Chang G.H., Yang Y.H., Huo Q.B., et al. Complete genomic characterization of two tick-borne encephalitis viruses isolated from China. Virus Res. 2012; 167(2): 310-3. Doi: https://doi.org/10.1016/j.virusres.2012.05.015
  11. Takashima I., Morita K., Chiba M., Hayasaka D., Sato T., Takezawa C., et al. A case of tick-borne encephalitis in Japan and isolation of the virus. J. Clin. Microbiol. 1997; 35(8): 1943-7.
  12. Kuraku S., Zmasek C.M., Nishimura O., Katoh K. aLeaves facilitates on-demand exploration of metazoan gene family trees on MAFFT sequence alignment server with enhanced interactivity. Nucleic Acids Res. 2013; 41(W1): W22-8. Doi: https://doi.org/10.1093/nar/gkt389
  13. Robinson O., Dylus D., Dessimoz C. Phylo.io: interactive viewing and comparison of large phylogenetic trees on the web. Mol. Biol. Evol. 2016; 33(8): 2163-6. Doi: https://doi.org/10.1093/molbev/msw080
  14. Краминская Н., Живоляпина Р.Р., Мейерова Р.А., Перевозчиков В.А. Своеобразный штамм вируса клещевого энцефалита, выделенный от больного с прогредиентным течением заболевания. В кн.: Материалы конференции «Актуальные проблемы вирусных инфекций». М.; 1965: 190-1.
  15. Kulakova N.V., Andaev E.I., Belikov S.I. Tick-borne encephalitis virus in Eastern Siberia: complete genome characteristics. Arch. Virol. 2012; 157(11): 2253-5. Doi: https://doi.org/10.1007/s00705-012-1412-x
  16. Вотяков В.И., Протас И.И., Жданов В.М. Западный клещевой энцефалит. Минск; 1978.
  17. Вотяков В.И., Злобин В.И., Мишаева Н.П. Клещевые энцефалиты Евразии. Новосибирск: Наука; 2002.
  18. Леонова Г.Н. О нозологической однородности и эволюции клещевого энцефалита. Тихоокеанский медицинский журнал. 2010; (3): 19-22.
  19. Коренберг Э.И. Биохорологическая структура вида. М.: Наука; 1979.
  20. Коренберг Э.И, Лебедева Н.Н. Районирование ареала таежного клеща Ixodes persulcatus. Зоологический журнал. 1976; 55(10): 1468.
  21. Vorovitch M.F., Kozlovskaya L.I., Romanova L.Yu., Chernokhaeva L.L., Ishmukhametov A.A., Karganova G.G. Genetic description of a tick-borne encephalitis virus strain Sofjin with the longest history as a vaccine strain. SpringerPlus. 2015; 4: 761. Doi: https://doi.org/10.1186/s40064-015-1561-y
  22. Leonova G.N., Belikov S.I., Kondratov I.G., Takashima I. Comprehensive assessment of the genetics and virulence of TBEV strains isolated from patients with inapparent and clinical forms of the infection in the Russian Far East. Virology. 2013; 443(1): 89-98. Doi: https://doi.org/10.1016/j.virol.2013.04.029
  23. Леонова Г.Н. Клещевой энцефалит в Приморском крае. Владивосток: Дальнаука; 1997.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Леонова Г.Н., Беликов С.И., 2019

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».