Случаи летальной лиссавирусной инфекции у людей после контактов с рукокрылыми на Дальнем Востоке России в 2019–2021 гг.

Обложка
  • Авторы: Полещук Е.М.1, Тагакова Д.Н.1,2, Сидоров Г.Н.1,3, Орлова Т.С.4, Гордейко Н.С.5, Кайсаров А.Ж.6
  • Учреждения:
    1. ФБУН «Омский научно-исследовательский институт природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора
    2. ФГБОУ ВО «Омский государственный медицинский университет» Минздрава России
    3. ФГБОУ ВО «Омский государственный педагогический университет» Минпросвещения России
    4. ГАУЗ АО «Благовещенская городская клиническая больница»
    5. ФКУЗ «Приморская противочумная станция» Роспотребнадзора
    6. ФГБУЗ «Медико-санитарная часть № 100» Федерального медико-биологического агентства России
  • Выпуск: Том 68, № 1 (2023)
  • Страницы: 45-58
  • Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
  • URL: https://ogarev-online.ru/0507-4088/article/view/125765
  • DOI: https://doi.org/10.36233/0507-4088-156
  • ID: 125765

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. На территории России были выявлены четыре вида лиссавирусов (род Lyssavirus), представители трёх из них являлись причиной гибели людей.

Цель – охарактеризовать случаи гибели людей после контактов с рукокрылыми на территории Дальнего Востока в 2018–2021 гг. и типировать выделенные патогены.

Материалы и методы. Лиссавирусную инфекцию подтверждали в образцах секционного материала от людей, погибших в Амурской области в 2019 г. и в Приморском крае в 2019 и 2021 гг. Диагностику поводили методом флуоресцирующих антител, Real-time ПЦР, используя диагностикумы отечественного производства. Вирусы выделены в биопробе. Последовательности нуклеопротеина анализировали на уровне 1-го пассажа. Анализ филогенетических отношений и построение дендрограмм выполняли в программе MEGA7.

Результаты. Было установлено, что вирусы, вызвавшие гибель людей в Амурской области и Приморском крае, более чем на 90% идентичны лиссавирусам Иркут (вид Lyssavirus irkut), выявленным на территории России и Китая, и образуют с ними отдельный монофилетический кластер со 100%-й бутстреп-поддержкой.

Заключение. На территории России актуален мониторинг популяций летучих мышей на заражённость лиссавирусами. Секционный материал людей, погибших от энцефаломиелита неустановленной этиологии в пределах 10–15 дней от начала болезни, необходимо исследовать на лиссавирусную инфекцию. Требуется разработка ПЦР-тест-систем, включающих родоспецифичные праймеры. Применение молекулярно-биологических методов является перспективным в плане развития диагностики бешенства для совершенствования эпидемиологического надзора и повышения эффективности системы биологической защиты населения Российской Федерации.

Об авторах

Е. М. Полещук

ФБУН «Омский научно-исследовательский институт природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: e-poleschuk@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-8217-5159

заведующая лабораторией, ведущий научный сотрудник лаборатории экологии и эпидемиологии бешенства, кандидат биологических наук

Россия, 644080, г. Омск

Д. Н. Тагакова

ФБУН «Омский научно-исследовательский институт природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора; ФГБОУ ВО «Омский государственный медицинский университет» Минздрава России

Email: e-poleschuk@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-9890-1031

младший научный сотрудник лаборатории экологии и эпидемиологии бешенства; аспирант кафедры эпидемиологии 

Россия, 644080, г. Омск; 644099, г. Омск

Г. Н. Сидоров

ФБУН «Омский научно-исследовательский институт природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора; ФГБОУ ВО «Омский государственный педагогический университет» Минпросвещения России

Email: e-poleschuk@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-8344-7726

главный научный сотрудник лаборатории экологии и эпидемиологии бешенства; профессор кафедры биологии и биологического образования 

Россия, 644080, г. Омск; 644099, г. Омск

Т. С. Орлова

ГАУЗ АО «Благовещенская городская клиническая больница»

Email: e-poleschuk@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-3074-0168

заместитель главного врача по медицинской части, пульмонолог, врач высшей категории

Россия, 675000, г. Благовещенск

Н. С. Гордейко

ФКУЗ «Приморская противочумная станция» Роспотребнадзора

Email: e-poleschuk@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-2209-2762

директор, кандидат биологических наук

Россия, 692512, г. Уссурийск

А. Ж. Кайсаров

ФГБУЗ «Медико-санитарная часть № 100» Федерального медико-биологического агентства России

Email: e-poleschuk@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-8411-3971

врач-эпидемиолог

Россия, 692880, г. Фокино

Список литературы

  1. Грибенча С.В., Львов Д.К. Бешенство. В кн.: Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. М.: МИА; 2013: 811–6.
  2. Ботвинкин А.Д. Бешенство. В кн.: Брико Н.И., Онищенко Г.Г., Покровский В.И., ред. Руководство по эпидемиологии инфекционных болезней. Том 2. М.: МИА; 2019: 199–223.
  3. Virus Taxonomy. The ICTV Report on Virus Classification and Taxon Nomenclature. Subfamily: Alpharhabdovirinae. Genus: Lyssavirus. Available at: https://talk.ictvonline.org/ictv-reports/ictv_online_report/negative-sense-rna-viruses/w/rhabdoviridae/795/genus-lyssavirus
  4. Nokireki T., Tammiranta N., Kokkonen U.M., Kantala T., Gadd T. Tentative novel lyssavirus in a bat in Finland. Transbound. Emerg. Dis. 2018; 65(3): 593–6. https://doi.org/10.1111/tbed.12833596
  5. Marston D.A., Horton D.L., Ngeleja C., Hampson K., McElhinney L.M., Banyard A.C., et al. Ikoma lyssavirus, highly divergent novel lyssavirus in an African civet. Emerg. Infect. Dis. 2012; 18(4): 664–7. https://doi.org/10.3201/eid1804.111553
  6. Coertse J., Markotter W., le Roux K., Stewart D., Sabeta C.T., Nel L.H. New isolations of the rabies-related Mokola virus from South Africa. BMC Vet. Res. 2017; 13(1): 37. https://doi.org/10.1186/s12917-017-0948-0
  7. WHO expert consultation on rabies: third report. Geneva; 2018. Available at: https://apps.who.int/iris/handle/10665/272364
  8. Banyard A.C., Hayman D., Johnson N., McElhinney L., Fooks A.R. Bats and lyssaviruses. Adv. Virus. Res. 2011; 79: 239–89. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-387040-7.00012-3
  9. Banyard A.C., Evans J.S., Luo T.R., Fooks A.R. Lyssaviruses and bats: emergence and zoonotic threat. Viruses. 2014; 6(8): 2974–90. https://doi.org/10.3390/v6082974
  10. Rupprecht C., Kuzmin I., Meslin F. Lyssaviruses and rabies: current conundrums, concerns, contradictions and controversies. F1000Res. 2017; 6: 184. https://doi.org/10.12688/f1000research.10416.1
  11. Markotter W., Coertse J. Bat lyssaviruses. Rev. Sci. Tech. 2018; 37(2): 385–400. https://doi.org/10.20506/rst.37.2.2809
  12. Shipley R., Wright E., Selden D., Wu G., Aegerter J., Fooks A.R., et al. Bats and viruses: emergence of novel lyssaviruses and association of bats with viral zoonoses in the EU. Trop. Med. Infect. Dis. 2019; 4(1): 31. https://doi.org/10.3390/tropicalmed4010031
  13. Regnault B., Evrard B., Plu I., Dacheux L., Troadec E., Cozette P., et al. First Case of Lethal Encephalitis in Western Europe Due to European Bat Lyssavirus Type 1. Clin. Infect. Dis. 2022; 74(3): 461–6. https://doi.org/10.1093/cid/ciab443
  14. Fooks A.R., Cliquet F., Finke S., Freuling C., Hemachudha T., Mani R.S., et al. Rabies. Nat. Rev. Dis. Primers. 2017; 3: 17091. https://doi.org/10.1038/nrdp.2017.91
  15. Kuzmin I.V., Botvinkin A.D., McElhinney L.M., Smith S.S., Orciari L.A., Hughes G.J., et al. Molecular epidemiology of terrestrial rabies in the former Soviet Union. J. Wildlife Dis. 2004; 40(4): 617–31. https://doi.org/10.7589/0090-3558-40.4.617
  16. Deviatkin A.A., Lukashev A.N., Poleshchuk E.M., Dedkov V.G., Tkachev S.E., Sidorov G.N., et al. The phylodynamics of the rabies virus in the Russian Federation. PLoS One. 2017; 12(2): e0171855. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0171855
  17. Сидоров Г.Н. Аспекты исторического развития природных очагов бешенства в Европе и Северной Азии. Ветеринарная патология. 2002; (1): 21–5.
  18. Сидоров Г.Н., Сидорова Д.Г., Полещук Е.М. Бешенство диких млекопитающих на территории России в конце 20 – начале 21 веков. Зоологический журнал. 2010; 89(1): 26–36.
  19. Полещук Е.М., Сидоров Г.Н., Грибенча С.В. Итоги изучения антигенного и генетического разнообразия вируса бешенства в популяциях наземных млекопитающих России. Вопросы вирусологии. 2013; 58(3): 9–16.
  20. Полещук Е.М., Сидоров Г.Н., Нашатырева Д.Н., Градобоева Е.А, Пакскина Н.Д., Попова И.В. Бешенство в Российской Федерации: Информационно-аналитический бюллетень. Омск; 2019.
  21. Полещук Е.М., Сидоров Г.Н. Анализ особенностей эпизоотолого-эпидемической ситуации и риск заражения бешенством в Российской Федерации в начале XXI века. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; (4): 16–25. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-4-16-25
  22. Полещук Е.М., Кузьмин И.В., Газарян С.В., Ботвинкин А.Д. Западно-кавказский лиссавирус рукокрылых: отсутствие вакцинной защиты. Plecotus et al. 2003; (6): 67–71.
  23. Botvinkin A.D., Poleschuk E.M., Kuzmin I.V., Borisova T.I., Gazaryan S.V., Yager P., et al. Novel lyssaviruses isolated from bats in Russia. Emerg. Infect. Dis. 2003; 9(12): 1623–5. https://doi.org/10.3201/eid0912.030374
  24. Сидоров Г.Н., Полещук Е.М., Сидорова Д.Г. Изменение роли млекопитающих в заражении людей бешенством в России за исторически обозримый период в 16–21 веках. Зоологический журнал. 2019; 98(4): 437–52. https://doi.org/10.1134/S0044513419040159
  25. Botvinkin A.D., Kuzmin I.V., McElhinney L.M., Johnson N., Fooks A.R. The diversity of rabies virus in Russia demonstrated by anti-nucleocapsid monoclonal antibody application and limited gene sequencing. Dev. Biol. (Basel). 2006; 125: 79–90.
  26. Градобоева Е.А., Полещук Е.М., Сидоров Г.Н., Штрек С.В. К вопросу применения молекулярно-генетических методов в диагностике и эпидемиологическом расследовании случаев бешенства у людей. Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2019; (37): 37–8.
  27. Selimov M.A., Tatarov A.G., Botvinkin A.D., Klueva E.V., Kulikova L.G., Khismatullina N.A. Rabies-related Yuli virus; identification with a panel of monoclonal antibodies. Acta Virol. 1989; 33(6): 542–6.
  28. Leonova G.N., Somova L.M., Belikov S.I., Kondratov I.G., Plekhova N.G., Krylova N.V., et al. The fatal case of lyssavirus encephalitis in the Russian Far East. In: Tkachev S.E., ed. Encephalitis. Croatia: In Tech; 2012: 231–50. https://doi.org/10.5772/52869
  29. Щербак Ю.Н. Вирусологические исследования по проблеме бешенства в Украинской ССР. В кн.: Вирусы и вирусные заболевания. Киев: Здоровье; 1984: 11–6.
  30. Botvinkin A.D., Selnikova O.P., Antonova L.A., Moiseeva A.B., Nesterenko E.Yu. Human rabies case caused from a bat bite in Ukraine. Rabies Bulletin Europe. 2005; 29(3): 5–7.
  31. Coertse J., Grobler C.S., Sabeta C.T., Seamark E., Kearney T., Paweska J.T., et al. Lyssaviruses in insectivorous bats, South Africa, 2003–2018. Emerg. Infect. Dis. 2020; 26(12): 3056–60. https://doi.org/10.3201/eid2612.203592
  32. Grobler C.S., Coertse J., Markotter W. Complete genome sequence of Matlo bat lyssavirus. Microbiol. Resour. Announc. 2021; 10(20): e0024121. https://doi.org/10.1128/MRA.00241-21
  33. Dean D.J., Abelseth M.K., Atanasiu P. The fluorescent antibody test. In: Meslin F.X., Kaplan M.M., Koprowski H., eds. Laboratory Techniques in Rabies. Geneva: WHO; 1996: 88–93.
  34. Koprowski H. The mouse inoculation test. Laboratory techniques in rabies. In: Meslin F.X., Kaplan M.M., Koprowski H., eds. Laboratory Techniques in Rabies. Geneva: WHO; 1996: 80–6.
  35. Meslin F.X., Kaplan M.M., Koprowski H., eds. Laboratory Techniques in Rabies. Geneva: WHO; 1996. Available at: https://apps.who.int/iris/handle/10665/38286
  36. Tordo N., Sacramento D., Bourhy H. The polymerase chain reaction (PCR) technique for diagnosis, typing and epidemiological studies of rabies. In: Meslin F.X., Kaplan M.M., Koprowski H., eds. Laboratory Techniques in Rabies. Geneva: WHO; 1996: 157–74.
  37. Heaton P.R., Johnstone P., McElhinney L.M., Cowley R., O’Sullivan E., Whitby J.E. Heminested PCR assay for detection of six genotypes of rabies and rabies-related viruses. J. Clin. Microbiol. 1997; 35(11): 2762–6. https://doi.org/10.1128/jcm.35.11.2762-2766.1997
  38. Liu Y., Zhang S., Zhao J., Zhang F., Hu R. Isolation of Irkut virus from a Murina leucogaster bat in China. PLoS Negl. Trop. Dis. 2013; 7(3): e2097. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0002097
  39. Kumar S., Stecher G., Tamura K. MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 2016; 33(7): 1870–4. https://doi.org/10.1093/molbev/msw054
  40. Ботвинкин А.Д., Сидоров Г.Н. Природные очаги бешенства в РСФСР и на сопредельных территориях. В кн.: Материалы 5 объединенного съезда гигиенистов, эпидемиологов, микробиологов, паразитологов и инфекционистов Казахстана. Алма-Ата; 1991: 95–8.
  41. Chen T., Miao F.M., Liu Y., Zhang S.F., Zhang F., Li N., et al. Possible transmission of Irkut virus from dogs to humans. Biomed. Environ. Sci. 2018; 31(2): 146–8. https://doi.org/10.3967/bes2018.017
  42. Kuzmin I.V., Hughes G.J., Botvinkin A.D., Orciari L.A., Rupprecht C.E. Phylogenetic relationships of Irkut and West Caucasian bat viruses within the Lyssavirus genus and suggested quantitative criteria based on the N gene sequence for lyssavirus genotype definition. Virus Res. 2005; 111(1): 28–43. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2005.03.008
  43. Smith P.C., Lawhaswasdi K., Vick W.E., Stanton J.S. Isolation of rabies virus from fruit bats in Thailand. Nature. 1967; 216(5113): 384. https://doi.org/10.1038/216384a0
  44. Pal S.R., Arora B., Chhuttani P.N., Broor S., Choudhury S., Joshi R.M., et al. Rabies virus infection of a flying fox bat, Pteropus poliocephalus in Chandigarh, Northern India. Trop. Geogr. Med. 1980; 32(3): 2657.
  45. Hanlon C.A., Kuzmin I.V., Blanton J.D., Weldon W.C., Manangan J.S., Rupprecht C.E. Efficacy of rabies biologics against new lyssaviruses from Eurasia. Virus Res. 2005; 111(1): 44–54. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2005.03.009
  46. Liu Y., Li N., Zhang S., Zhang F., Lian H., Wang Y., et al. Analysis of the complete genome of the first Irkut virus isolate from China: comparison across the Lyssavirus genus. Mol. Phylogenet. Evol. 2013; 69(3): 687–93. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2013.07.008
  47. Liu Y., Chen Q., Zhang F., Zhang S., Li N., Lian H., et al. Evaluation of rabies biologics against Irkut virus isolated in China. J. Clin. Microbiol. 2013; 51(11): 3499–504. https://doi.org/10.1128/JCM.01565-13

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Результаты диагностики образов от людей, погибших после укусов рукокрылыми, и материала от диких хищников в ПЦР Real-time с набором реагентов для выявления РНК вируса бешенства от ООО «Синтол» по каналам детекции специфики: Yellow: а – человек, Амурская область, 2019 г.; б – человек, Приморский край, 2019 г.; в – человек, Приморский край, 2021 г. и Orange: г – хищные млекопитающие, Амурская область, 2019 г. Кривые на иллюстрациях а, б, в, г соответствуют положительным реакциям для образцов биоматериала. К+ – положительный контроль реакции. По оси Х указана нормальная флюоресценция. По оси Y указано количество циклов.

Скачать (251KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Специфическая иммунофлуоресценция антигена лиссавирусов бешенства в отпечатках головного мозга, полученная методом флуоресцирующих антител с использованием поликлонального Ig (ФГБУ «ВНИИЗЖ»). Отпечатки сделаны с первичного материала (головной мозг): а – человек, Амурская область, 2019 г.; б – человек, Приморский край, 2019 г.; в – человек, Приморский край, 2021 г.; г – здоровые белые мыши. Микроскоп Olympus CX41, окуляр ×10, объектив ×100, система документирования DP 72, масляная иммерсия.

Скачать (552KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Филогенетическая дендрограмма, полученная методом Neighbor-Joining для 51-го изолята лиссавирусов известных видов на основании выравнивания последовательностей гена нуклеопротеина (N, 1258 н.о.). В узлах указана доля дублирующих деревьев (бутстреп-поддержка, %), в которых ассоциированные таксоны сгруппированы вместе, в бутстреп-тесте (1000 повторов). Значения показателей бутстреп-поддержки отражают устойчивость топологии дендрограммы и достоверны при значениях > 70%. Анализ выполнен в MEGA7.

Скачать (526KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Случаи выявления лиссавируса Иркут (IRKV) в хронологическом порядке: 2002 – Россия, Иркутск, большой трубконос; 2007 – Россия, Приморский край, Яковлевский район, с. Озёрное, человек; 2012 – Китай, провинция Гирин, большой трубконос; 2017 – Китай, округ Фусинь, домашняя собака; 2019 – Россия, Благовещенск, Амурская область, человек; 2019 – Россия, Приморский край, ГО ЗАТО Фокино, человек; 2021 – Россия, Приморский край, Чугуевский район, с. Заветное, человек.

Скачать (369KB)
Метаданные

© Полещук Е.М., Тагакова Д.Н., Сидоров Г.Н., Орлова Т.С., Гордейко Н.С., Кайсаров А.Ж., 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».