Исследование видовой структуры риновирусов и коронавирусов, циркулировавших в Московском регионе в период с 2007 по 2012 г.

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Риновирусы (РВ) и коронавирусы (КВ) являются основными возбудителями острых заболеваний верхних отделов дыхательных путей. Вместе с тем они могут вызывать и более тяжелые заболевания респираторного тракта, а их виды различаться по патогенности. В данной работе изучали видопринадлежность РВ и КВ в 92 клинических образцах, положительных на эти вирусы, которые были собраны на территории Московского региона в период с 2007 по 2012 г. С помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) с детекцией в режиме реального времени (ПЦР-РВ) установлена циркуляция всех видов РВ (РВ-А, РВ-В и РВ-С) и КВ (КВ-NL 63, КВ-229Е, КВ-ОС43 и КВ-HKU1). Выборочное секвенирование и филогенетический анализ фрагмента 5'-нетранслируемого района (5'-НТР) 8 изолятов риновирусов выявили 4 случая РВ-С, 3 - РВ-А и 1 - РВ-В.

Об авторах

С. А. Лободанов

ФГБУ «НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова»; ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: lobodanov84@gmail.com

Лободанов Сергей Александрович, канд. биол. наук

105064, г. Москва

111123, г. Москва

Россия

И. С. Киселев

ФГБУ «НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова»

Email: fake@neicon.ru
105064, г. Москва Россия

Ю. И. Аммур

ФГБУ «НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова»

Email: fake@neicon.ru
105064, г. Москва Россия

А. Е. Горбаленя

Отдел медицинской микробиологии, Медицинский центр Лейденского университета; Факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М. В. Ломоносова

Email: fake@neicon.ru

г. Лейден, 2314EB

119991, г. Москва

Нидерланды

E. C.J. Claas

Отдел медицинской микробиологии, Медицинский центр Лейденского университета

Email: fake@neicon.ru
г. Лейден, 2314EB Нидерланды

В. В. Зверев

ФГБУ «НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова»

Email: fake@neicon.ru
105064, г. Москва Россия

Е. Б. Файзулоев

ФГБУ «НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова»

Email: fake@neicon.ru
105064, г. Москва Россия

Список литературы

  1. Turner R.B. The common cold. In: Mandell G., Bennett J., Dolin R., eds. Principles and Practice of Infectious Diseases: Volume 1. 7th ed. Philadelphia: Churchill Livingstone; 2010: 809–14.
  2. Available at: http://www.niaid.nih.gov/topics/commonCold/Pages/cause.aspx.
  3. García-García M.L., Calvo C., Pozo F., Villadangos P.A., PérezBreña P., Casas I. Spectrum of respiratory viruses in children with community-acquired pneumonia. Pediatr. Infect. Dis J. 2012; 31(8): 808–13.
  4. Fielding B.C. Human coronavirus NL63: a clinically important virus? Future Microbiol. 2011; 6(2): 153–9.
  5. Lee W.M., Lemanske R.F.Jr., Evans M.D., Vang F., Pappas T., Gangnon R. et al. Human rhinovirus species and season of infection determine illness severity. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2012; 186(9): 886–91.
  6. Gaunt E.R., Hardie A., Claas E.C., Simmonds P., Templeton K.E. Epidemiology and clinical presentations of the four human coronaviruses 229E, HKU1, NL63 and OC43 detected over 3 years using a novel multiplex real-time PCR. J. Clin. Microbiol. 2010; 48(8): 2940–7.
  7. Available at: http://www.ictvonline.org/virusTaxonomy.asp.
  8. de Groot R.J., Baker S.C., Baric R.S., Brown C.S., Drosten C., Enjuanes L. et al. Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV): announcement of the Coronavirus Study Group. J. Virol. 2013; 87(14): 7790–2.
  9. Eckerle I., Müller M.A., Kallies S., Gotthardt D.N., Drosten C. Invitro renal epithelial cell infection reveals a viral kidney tropism as a potential mechanism for acute renal failure during Middle East Respiratory Syndrome (MERS) Coronavirus infection. Virol. J. 2013; 10: 359.
  10. World Health Organization. Global alert and response. Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) – update. 27 December 2013. Available at: www.who.int/csr/don/2013_12_27/en/index.html (accessed 9 January 2014).
  11. Лободанов С.А. Эффективность этиологической диагностики ОРВИ методом ПЦР с детекцией в режиме реального времени: Дисс. ... канд. биол. наук. М.; 2013.
  12. Файзулоев Е.Б., Лободанов С.А., Никонова А.А., Каира А.Н., Полухина Г.М., Трушакова С.В. и др. Дифференциальная диагностика ОРВИ методом мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2012; 1: 12–8.
  13. Boom R., Sol C.J., Salimans M.M., Jansen C.L., Wertheim van Dillen P.M., van der Noordaa J. Rapid and simple method for purification of nucleic acids. J. Clin. Microbiol. 1990; 28(3): 495–503.
  14. Lee W.M., Kiesner C, Pappas T, Lee I, Grindle K, Jartti T. et al. A diverse group of previously unrecognized human rhinoviruses are common causes of respiratory illnesses in infants. PLoS One. 2007; 2(10): e966.
  15. Kiang D., Kalra I., Yagi S., Louie J.K., Boushey H., Boothby J. et al. Assay for 5’-noncoding region analysis of all human rhinovirus prototype strains. J. Clin. Microbiol. 2008; 46(11): 3736–45.
  16. Savolainen C., Blomqvist S., Mulders M.N., Hovi T. Genetic clustering of all 102 human rhinovirus prototype strains: serotype 87 is close to human enterovirus 70. J. Gen. Virol. 2002; 83(Pt 2): 333–40.
  17. Linder J.E., Kraft D.C., Mohamed Y., Lu Z., Heil L., Tollefson S. et al. Human rhinovirus C: Age, season, and lower respiratory illness over the past 3 decades. J. Allergy Clin. Immunol. 2013; 131(1): 69–77.
  18. Bizzintino J., Lee W.M., Laing I.A., Vang F., Pappas T., Zhang G. et al. Association between human rhinovirus C and severity of acute asthma in children. Eur. Respir. J. 2011; 37(5): 1037–42.
  19. Abdul-Rasool S., Fielding B.C. Understanding human coronavirus HCoV-NL63. Open Virol. J. 2010; 4: 76–84.
  20. Jevšnik M, Uršič T, Zigon N, Lusa L, Krivec U, Petrovec M. Coronavirus infections in hospitalized pediatric patients with acute respiratory tract disease. BMC Infect. Dis. 2012; 12: 365.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Лободанов С.А., Киселев И.С., Аммур Ю.И., Горбаленя А.Е., Claas E.C., Зверев В.В., Файзулоев Е.Б., 2015

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».