Visualization of data using the R programming language for repeated measurements in three observation groups

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The task of statistical data processing and presentation is not difficult for specialists in the field of statistics, but it can require quite a lot of time and effort from novice specialists. The article presents a database transformation involving transposition of rows and columns followed by data visualization using the R programming language.

About the authors

V. B. Grinevich

S.M. Kirov Military Medical Academy, Ministry of Defense of Russia

Email: gulnara533@gmail.com
SPIN-code: 1178-0242

Professor, MD

Russian Federation, Saint Petersburg

G. F. Bunenkova

S.M. Kirov Military Medical Academy, Ministry of Defense of Russia

Author for correspondence.
Email: gulnara533@gmail.com
SPIN-code: 2653-2256
Russian Federation, Saint Petersburg

D. Yu. Ivkin

Saint Petersburg State Chemical and Pharmaceutical University, Ministry of Health of Russia

Email: gulnara533@gmail.com
SPIN-code: 9981-9772
Russian Federation, Saint Petersburg

R. G. Guseinov

St. Luke Clinical Hospital, Ministry of Health of Russia; Saint Petersburg Medical and Social Institute; Saint Petersburg State University

Email: gulnara533@gmail.com
SPIN-code: 4222-4601
Russian Federation, Saint Petersburg; Saint Petersburg; Saint Petersburg

V. V. Perepelitsa

St. Luke Clinical Hospital, Ministry of Health of Russia; Saint Petersburg Medical and Social Institute

Email: gulnara533@gmail.com
SPIN-code: 7445-1996
Russian Federation, Saint Petersburg; Saint Petersburg

I. A. Zavyalov

Saint Petersburg State University

Email: gulnara533@gmail.com
Russian Federation, Saint Petersburg

S. V. Popov

S.M. Kirov Military Medical Academy, Ministry of Defense of Russia; St. Luke Clinical Hospital, Ministry of Health of Russia; Saint Petersburg Medical and Social Institute

Email: gulnara533@gmail.com
SPIN-code: 3830-9539
Russian Federation, Saint Petersburg; Saint Petersburg; Saint Petersburg

A. A. Karpov

V.A. Almazov National Medical Research Centre, Ministry of Health of Russia; Saint Petersburg Electrotechnical University "LETI"

Email: gulnara533@gmail.com
SPIN-code: 1426-5129
Russian Federation, Saint Petersburg; Saint Petersburg

N. S. Bunenkov

St. Luke Clinical Hospital, Ministry of Health of Russia; V.A. Almazov National Medical Research Centre, Ministry of Health of Russia; I.P. Pavlov First Saint Petersburg State Medical University (Pavlov University), Ministry of Health of Russia

Email: gulnara533@gmail.com
SPIN-code: 3611-1290
Russian Federation, Saint Petersburg; Saint Petersburg; Saint Petersburg

References

  1. Есипова О.Ю., Богданов В.К., Есипов А.С. и др. Разработка нового малообъемного оксигенатора и создание гидродинамического стенда для ex vivo перфузии легких на мелких животных. Вестник трансплантологии и искусственных органов. 2023; 25 (3): 106–12 [Esipova O.Y., Bogdanov V.K., Esipov A.S. et al. Development of a new low-volume oxygenator and creation of a hydrodynamic test bench for ex vivo lung perfusion in small animals. Russian Journal of Transplantology and Artificial Organs. 2023; 25 (3): 106–12 (in Russ.)]. doi: 10.15825/1995-1191-2022-2-94-101
  2. Готье С.В., Цирульникова О.М., Пашков И.В. и др. Нормотермическая ex vivo перфузия изолированных легких в эксперименте с использованием отечественного перфузионного аппаратного комплекса. Вестник трансплантологии и искусственных органов. 2022; 24 (2): 94–101 [Gautier S.V., Tsirulnikova O.M., Pashkov I.V. et al. Normothermic ex vivo perfusion of isolated lungs in an experiment using a russian-made perfusion system. Russian Journal of Transplantology and Artificial Organs. 2022; 24 (2): 94–101 (in Russ.)]. doi: 10.15825/1995-1191-2022-2-94-101
  3. Готье С.В., Пашков И.В., Богданов В.К. и др. Ex vivo перфузия донорских легких с использованием разработанного раствора с последующей ортотопичеcкой левосторонней трансплантацией легкого (экспериментальное исследование). Вестник трансплантологии и искусственных органов. 2023; 25 (2): 158–66 [Gautier S.V., Pashkov I.V., Bogdanov V.K. et al. Normothermic ex vivo lung perfusion using a developed solution followed by orthotopic left lung transplantation (experimental study). Russian Journal of Transplantology and Artificial Organs. 2023; 25 (2): 158–66 (in Russ.)]. doi: 10.15825/1995-1191-2023-2-158-166
  4. Комок В.В., Буненков Н.С., Белый С.А. и др. Оценка эффективности комбинированного лечения ишемической болезни сердца – аортокоронарное шунтирование, трансплантация аутологичных мононуклеаров костного мозга: Результаты рандомизированного, слепого, плацебо контролируемого исследования. Вестник трансплантологии и искусственных органов. 2019; 21 (4): 54–66 [Komok V.V., Bunenkov N.S., Beliy S.A. et al. Evaluation of the effectiveness of combined treatment of coronary heart disease – coronary artery bypass grafting, transplantation of autologous bone marrow mononuclear cells: a randomized, double-blind, placebo-controlled study. Russian Journal of Transplantology and Artificial Organs. 2019; 21 (4): 54–66 (in Russ.)]. doi: 10.15825/1995-1191-2019-4-54-66
  5. Комок В.В., Буненков Н.С., Белый С.А. и др. Оценка безопасности трансплантации аутологичных мононуклеаров костного мозга в комбинированном лечении ишемической болезни сердца результаты рандомизированного, слепого, плацебо контролируемого исследования (TAMIS). Вестник трансплантологии и искусственных органов. 2019; 21 (2): 112–20 [Komok V.V., Bunenkov N.S., Beliy S.A. et al. Assessment of safety of additional transplantation of autologous bone marrow mononuclear cells in the combined treatment of coronary heart disease. Results from a randomized, blind, placebo-controlled trial (TAMIS). Russian Journal of Transplantology and Artificial Organs. 2019; 21 (2): 112–20 (in Russ.)]. doi: 10.15825/1995-1191-2019-2-112-120
  6. Готье С.В., Цирульникова О.М., Пашков И.В. и др. Оценка эффективности разработанного перфузионного раствора для нормотермической ex vivo перфузии легких по сравнению со Steen Solution™ (экспериментальное исследование). Вестник трансплантологии и искусственных органов. 2021; 23 (3): 82–9 [Gautier S.V., Tsirulnikova O.M., Pashkov I.V. et al. Evaluation of the efficacy of a novel perfusion solution for normothermic ex vivo lung perfusion compared with Steen solution™ (animal experimental study). Russian Journal of Transplantology and Artificial Organs. 2021; 23 (3): 82–9 (in Russ.)]. doi: 10.15825/1995-1191-2021-3-82-89
  7. Буненков Н.С., Буненкова Г.Ф., Комок В.В. и др. SAS Enterprise Guide 6.1 для врачей: сравнение групп. Медицинский академический журнал. 2019; 19 (4): 33–40 [Bunenkov N.S., Bunenkova G.F., Komok V.V. et al. SAS Enterprise Guide 6.1 for physicians: multiple comparisons. Medical academic journal. 2019; 19 (4): 33–40 (in Russ.)]. doi: 10.17816/MAJ17736
  8. Буненков Н.С., Буненкова Г.Ф., Комок В.В. и др. SAS Enterprise Guide 6.1 для врачей: корреляционный анализ. Медицинский академический журнал. 2020; 20 (1): 51–6 [Bunenkov N.S., Bunenkova G.F., Komok V.V. et al. SAS Enterprise Guide 6.1 for physicians: correlation analysis. Medical academic journal. 2020; 20 (1): 51–6 (in Russ.)]. doi: 10.17816/MAJ17737
  9. Буненков Н.С., Буненкова Г.Ф., Белый С.А. и др. SAS Enterprise Guide 6.1 для врачей: начало работы. Медицинский академический журнал. 2019; 19 (3): 27–36 [Bunenkov N.S., Bunenkova G.F., Beliy S.A. et al. SAS Enterprise Guide 6.1 for physicians: getting started. Medical academic journal. 2019; 19 (3): 27–36 (in Russ.)]. doi: 10.17816/MAJ19327-36
  10. Буненков Н.С., Буненкова Г.Ф., Комок В.В. и др. SAS Enterprise guide 6.1: cравнение независимых групп по качественным признакам. Медицинский академический журнал. 2020; 20 (1): 89–98 [Bunenkov N.S., Bunenkova G.F., Komok V.V. et al. Sas enterprise guide 6.1: independent groups comparison for nominal data. Medical academic journal. 2020; 20 (3): 89–98 (in Russ.)]. doi: 10.17816/MAJ34127
  11. Буненков Н.С., Буненкова Г.Ф., Комок В.В. и др. Оценка прогностического значения биомаркера и определение его верхней границы нормы. Медицинский академический журнал. 2020; 20 (2): 79–86 [Bunenkov N.S., Bunenkova G.F., Komok V.V. et al. Evaluating of prognostic value of biomarker and upper reference limit calculating. Medical academic journal. 2020; 20 (2): 79–86 (in Russ.)]. doi: 10.17816/MAJ26271
  12. Егошин В.Л., Иванов С.В., Саввина Н.В. и др. Визуализация исследовательских данных с использованием программной среды R. Экология человека. 2018; 25 (8): 52–64 [Egoshin V.L., Ivanov S.V., Savvina N.V. et al. Visualization of biomedical data using R. Human Ecology. 2018; 25 (8); 52–64 (in Russ.)]. doi: 10.33396/1728-0869-2018-8-52-64
  13. Гржибовский А.М., Иванов С.В., Горбатова М.А. Однофакторный линейный регрессионный анализ с использованием программного обеспечения STATISTICA и SPSS. Наука и Здравоохранение. 2017; 2: 5–33 [Grjibovski A.M., Ivanov S.V., Gorbatova M.A. Univariate regression analysis using Statistica and SPSS software. Science and Healthcare. 2017; 2: 5–33 (in Russ.)].
  14. Егошин В.Л., Саввина Н.В., Гржибовский А.М. Порядковая регрессия в программной среде R - краткие рекомендации для магистрантов и докторантов по специальности «Медицина» и «Общественное здравоохранение». West Kazakhstan medical journal. 2019; 3 (61): 145–53 [Egoshin V.L., Savvina N.V., Grzybowski A.M. Ordinal regression in the R software environment - brief recommendations for undergraduates and doctoral students in the specialty "Medicine" and "Public Health". West Kazakhstan medical journal. 2019; 3 (61): 145–53 (in Russ.)].
  15. Кригер Е.А., Драчев С.Н., Митькин Н.А. и др. Расчет необходимого объема выборки с использованием программы G*POWER. Морская медицина. 2023; 8 (2): 111–25 [Krieger E.A., Drachev S.N., Mitkin N.A. et al. Sample size calculation using G*POWER software. Marine Medicine. 2023; 8 (2): 111–25 (in Russ.)]. doi: 10.22328/2413-5747-2023-9-2-111-125
  16. Гржибовский А.М., Горбатова М.А., Наркевич А.Н. и др. Необходимый объем выборки для сравнения долей в двух независимых группах. Морская медицина. 2020; 6 (3): 76–83 [Grjibovski A.M., Gorbatova M.A., Narkevich A. N. et al. Required sample size for comparing proportions in two independent samples. Marine Medicine. 2020; 6 (3): 76–83 (in Russ.)]. doi: 10.22328/2413-5747-2020-6-3-76-83
  17. Егошин В.Л., Саввина Н.В., Гржибовский А.М. Квантильная регрессия в программной среде R: краткие рекомендации для докторантов по специальности «Медицина» и «Общественное здоровье». West Kazakhstan medical journal. 2019; 4 (61): 194–202 [Egoshin V.L., Savvina N.V., Grzybowski A.M. Quantile regression in the r software environment: brief recommendations for doctoral students in the specialty "Medicine" and "Public Health". West Kazakhstan medical journal. 2019; 4 (61): 194–202 (in Russ.)].
  18. Егошин В.Л., Саввина Н.В., Гржибовский А.М. Множественная логистическая регрессия для бинарной переменной отклика в программной среде R-краткие специальности «Медицина» и «Общественное здравоохранение». West Kazakhstan medical journal. 2019; 2 (61): 83–90 [Egoshin V.L., Savvina N.V., Grzybowski A.M. Multiple logistic regression for a binary response variable in the R software environment-short specialties "Medicine" and "Public Health". West Kazakhstan medical journal. 2019; 2 (61): 83–90 (in Russ.)].
  19. Егошин В.Л., Саввина Н.В., Гржибовский А.М. Анализ главных компонент и факторный анализ в программной среде R. West Kazakhstan medical journal. 2020; 1 (62): 6–14 [Egoshin V.L., Savvina N.V., Grzybowski A.M. Analysis of the main components and factor analysis in the software environment R. West Kazakhstan medical journal. 2020; 1 (62): 6–14 (in Russ.)].
  20. Егошин В.Л., Саввина Н.В., Гржибовский А.М. Анализ пропорциональных рисков в программной среде R: практические рекомендации для докторантов по специальности «Медицина» и «Общественное здоровье». West Kazakhstan medical journal. 2020; 2 (62): 95–103 [Egoshin V.L., Savvina N.V., Grzybowski A.M. Analysis of proportional risks in the R software environment: practical recommendations for doctoral students in the specialty "Medicine" and "Public Health". West Kazakhstan medical journal. 2020; 2 (62): 95–103 (in Russ.)].
  21. Егошин В.Л., Иванов С.В., Саввина Н.В. и др. Корреляционный и простой линейный регрессионный анализ с использованием программной среды R. Экология человека. 2018; 25 (12): 55–64 [Egoshin V.L., Ivanov S.V., Savvina N.V. et al. Correlation and simple regression analysis using R. Human Ecology. 2018; 25 (12): 55–64 (in Russ.)]. doi: 10.33396/1728-0869-2018-12-55-64
  22. Егошин В.Л., Иванов С.В., Саввина Н.В. и др. Основы работы в программной среде R при анализе исследовательских данных. Экология человека. 2018; 25 (7): 55–64 [Egoshin V.L., Ivanov S.V., Savvina N.V. et al. Basic principles of biomedical data analysis in R. Human Ecology. 2018; 25 (7): 55–64 (in Russ.)]. doi: 10.33396/1728-0869-2018-7-55-64
  23. Егошин В.Л., Иванов С.В., Саввина Н.В. и др. Расчет показателей описательной статистики с использованием программной среды R. Экология человека. 2018; 25 (9): 55–64 [Egoshin V.L., Ivanov S.V., Savvina N.V. et al. Descriptive statistics using R. Human Ecology. 2018; 25 (9): 55–64 (in Russ.)]. doi: 10.33396/1728-0869-2018-9-55-64
  24. Егошин В.Л., Иванов С.В., Саввина Н.В. и др. Анализ непрерывных данных с использованием программной среды R. Экология человека. 2018; 25 (11): 51–64 [Egoshin V.L., Ivanov S.V., Savvina N.V. et al. Analysis of continuous data using R. Human Ecology. 2018; 25 (11): 51–64 (in Russ.)]. doi: 10.33396/1728-0869-2018-11-51-64
  25. Гржибовский А.М. Анализ номинальных данных (независимые наблюдения). Экология человека. 2008; 6 (10): 58–68 [Grjibovski A.M. Nominal data analysis (independent observations). Human Ecology. 2008; 6 (10): 58–68 (in Russ.)].
  26. Гржибовский А.М. Типы данных, проверка распределения и описательная статистика. Экология человека. 2008; 1: 52–8 [Grjibovski A. M. Data types, control of distribution and descriptive statistics. Human Ecology. 2008; 1: 58–68 (in Russ.)].
  27. Унгуряну Т.Н., Гржибовский А.М. Краткие рекомендации по описанию, статистическому анализу и представлению данных в научных публикациях. Экология человека. 2011; 5: 55–60 [Unguryanu T.N., Grjibovski A.M. Brief recommendations on description, analysis and presentation of data in scientific papers. Human Ecology. 2011; 5: 55–60 (in Russ.)].
  28. Гржибовский А.М., Гвоздецкий А.Н. Интерпретация величины р и альтернативы ее использованию в биомедицинских исследованиях. Экология человека. 2022; 29 (3): 209–18 [Grjibovski A.M., Gvozdeckii A.N. Interpretation of and alternatives to p-values in biomedical sciences. Human Ecology. 2022; 29 (3): 67–76 (in Russ.)]. doi: 10.17816/humeco97249
  29. Наркевич А.Н., Виноградов К.А., Гржибовский А.М. Множественные сравнения в биомедицинских исследованиях: проблема и способы решения. Экология человека. 2020; 27 (10): 55–64 [Narkevich A.N., Vinogradov K.A., Grjibovski A.M. Multiple comparisons in biomedical research: the problem and its solutions. Human Ecology. 2020; 27 (10): 55–64 (in Russ.)]. doi: 10.33396/1728-0869-2020-10-55-64
  30. Гржибовский А.М., Горбатова М.А., Наркевич А.Н., и др. Объем выборки для корреляционного анализа. Морская медицина. 2020; 6 (3): 101–6 [Grjibovski A.M., Gorbatova M.A., Narkevich A.N. et al. Required sample size for correlation analysis. Marine Medicine. 2020; 6 (1): 101–6 (in Russ.)]. doi: 10.22328/2413-5747-2020-6-1-101-106
  31. Егошин В.Л., Саввина Н.В., Гржибовский А.М. Множественная линейная регрессия в программной среде R-краткие рекомендации для магистрантов и докторантов по специальности «Медицина» и «Общественное здравоохранение». West Kazakhstan medical journal. 2019; 1 (61): 4–15 [Egoshin V.L., Savvina N.V., Grzybowski A.M. Multiple linear regression in the R software environment-brief recommendations for undergraduates and doctoral students in the specialty "Medicine" and "Public Health". West Kazakhstan medical journal. 2019; 1 (61): 4–15 (in Russ.)].

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Fig. 1. Scheme of table conversion from «wide» form to «long» form

Download (199KB)
Indexing metadata
3. Fig. 2. Changes in the mean values of blood oxygenation with displaying the standard deviation

Download (77KB)
Indexing metadata
4. Fig. 3. Changes in the mean values of blood oxygenation without displaying the standard deviation

Download (71KB)
Indexing metadata

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».