Determination of molecular types and resistance to macrolides in Treponema pallidum isolates isolated in the Russian Federation

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Background. The number of syphilis cases in the Russian Federation increased significantly in 2022. Control of heterogeneity of Treponema pallidum subtypes is important to monitor the emergence and spread of antibiotic-resistant strains

Aims. To determine molecular subtypes and resistance to macrolides in T. pallidum isolates isolated in the Russian Federation in 2022.

Methods. We analyzed DNA isolated from 49 samples of clinical material obtained from patients from dermatovenerological treatment and prevention facilities in three federal districts (CFD, SFD, SCFD) of the Russian Federation in 2022 with diagnoses of primary syphilis and secondary syphilis. T. pallidum DNA isolation and confirmation of the presence of genetic material were performed according to the existing algorithms. To search for genetic determinants of resistance to macrolides, a fragment of the 23S rRNA gene was analyzed. Primary decoding of nucleotide sequences was performed in Sequencing Analysis 5.3.1. Mega 11 program was used to align the analyzed fragments of target genes to T. pallidum reference sequences.

Results. In 2022, three subtypes of T. pallidum were identified in the territory of the represented federal districts of the Russian Federation: 14d/f, 14d/g, 14d/d with continued dominance of subtype 14d/f. The macrolide-resistant subtype 14d/d was identified in two federal districts, which is new for the Russian Federation.

Conclusions. The population of T. pallidum continues to expand in the Russian Federation, including the emergence of azithromycin-resistant strains. The data obtained confirm the need for continuous monitoring of circulating strains and may facilitate understanding of their geographic distribution.

About the authors

Olga A. Obraztsova

State Research Center of Dermatovenereology and Cosmetology

Author for correspondence.
Email: valeeva19@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-5728-2139
SPIN-code: 6355-4699

Cand. Sci. (Biol.)

Russian Federation, Moscow

Kseniya M. Lagun

State Research Center of Dermatovenereology and Cosmetology

Email: xobanaa@mail.ru
ORCID iD: 0009-0004-9700-2455
SPIN-code: 4770-8904
Russian Federation, Moscow

Georgii L. Katunin

State Research Center of Dermatovenereology and Cosmetology

Email: g.katunin@rambler.ru
ORCID iD: 0000-0003-0599-6305
SPIN-code: 1598-8595

MD, Cand. Sci. (Med.)

Russian Federation, Moscow

Marina V. Shpilevaya

State Research Center of Dermatovenereology and Cosmetology

Email: aniram1970@list.ru
ORCID iD: 0000-0002-9957-4009
SPIN-code: 6600-3311

Cand. Sci. (Biol.)

Russian Federation, Moscow

Nikita Y. Nosov

State Research Center of Dermatovenereology and Cosmetology

Email: nnosov@cnikvi.ru
ORCID iD: 0000-0002-3967-8359
SPIN-code: 8806-8539

Cand. Sci. (Biol.)

Russian Federation, Moscow

References

  1. Единая межведомственная информационно-статистическая система (ЕМИСС). [Edinaya mezhvedomstvennaya informacionno-statisticheskaya sistema (EMISS). (In Russ.)] URL: https://fedstat.ru/indicator/41709 (accessed: 20.09.2023).
  2. Pillay A, Liu H, Chen CY, Holloway B, Sturm AW, Steiner B, et al. Molecular subtyping of Treponema pallidum subspecies pallidum. Sex Transm Dis. 1998;25(8):408–414. doi: 10.1097/00007435-199809000-00004
  3. Marra CM, Sahi SK, Tantalo LC, Godornes C, Reid T, Behets F, et al. Enhanced molecular typing of Treponema pallidum: geographical distribution of strain types and association with neurosyphilis. J Infect Dis. 2010;202(9):1380–1388. doi: 10.1086/656533
  4. Образцова О.А., Алейникова К.А., Обухов А.П., Кубанов А.А., Дерябин Д.Г. Генетические детерминанты резистентности к антимикробным препаратам и их распространенность у различных молекулярных субтипов Treponema pallidum subsp. pallidum. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2018;20(3):217–221. [Obraztsova OA, Aleynikova KA, Obukhov AP, Kubanov AA, Deryabin DG. Genetic antimicrobial resistance determinants and their prevalence in molecular subtypes of Treponema pallidum subsp. pallidum. Clinical microbiology and antimicrobial chemotherapy. 2018;20(3):217–221. (In Russ.)] doi: 10.36488/cmac.2018.3.216-221
  5. Stamm LV. Global challenge of antibiotic-resistant Treponema pallidum. Antimicrob Agents Chemother. 2010;54(2):583–589. doi: 10.1128/AAC.01095-09
  6. Matejková P, Strouhal M, Smajs D, Norris SJ, Palzkill T, Petrosino JF, et al. Complete genome sequence of Treponema pallidum ssp. pallidum strain SS14 determined with oligonucleotide arrays. BMC Microbiol. 2008;8:76. doi: 10.1186/1471-2180-8-76
  7. Образцова О.А., Шпилевая М.В., Катунин Г.Л., Обухов А.П., Шагабиева Ю.З., Соломка В.С. Распространeнность мутации A2058G в гене 23S рРНК, определяющей устойчивость к макролидным антибиотикам в российской популяции Treponema pallidum. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2022;24(4):369–374. [Obraztsova OA, Shpilevaya MV, Katunin GL, Obukhov AP, Shagabieva YuZ, Solomka VS. Prevalence of the A2058G mutation in 23S rRNA gene, which determines Treponema pallidum macrolide resistance in Russian population. Clinical microbiology and antimicrobial chemotherapy. 2022;24(4):369–374. (In Russ.)] doi: 10.36488/cmac.2022.4.369-374
  8. Сифилис: Клинические рекомендации РФ. М.; 2020. [Sifilis: Klinicheskie rekomendacii RF. Moscow; 2020. (In Russ.)]
  9. Macy E, Poon K-YT. Self-reported antibiotic allergy incidence and prevalence: age and sex effects. Am J Med. 2009;122(8):778.e1–778.e7. doi: 10.1016/j.amjmed.2009.01.034
  10. Albin S, Agarwal S. Prevalence and characteristics of reported penicillin allergy in an urban outpatient adult population. Allergy Asthma Proc. 2014;35(6):489–494. doi: 10.2500/aap.2014.35.3791
  11. Arando M, Fernandez-Naval C, Mota-Foix M, Alvarez A, Armegol P, Barberá MJ, et al. The Jarisch-Herxheimer reaction in syphilis: could molecular typing help to understand it better? J Eur Acad Dermatol Venereol. 2018;32(10):1791–1795. doi: 10.1111/jdv.15078
  12. Riedner G, Rusizoka M, Todd J, Maboko L, Hoelscher M, Mmbando D, et al. Single-dose azithromycin versus penicillin G benzathine for the treatment of early syphilis. N Engl J Med. 2005;353(12):1236–1244. doi: 10.1056/NEJMoa044284
  13. Лечение и профилактика сифилиса: Методические рекомендации. М.: Минздрав России; 1993. 31 с. [Lechenie i profilaktika sifilisa: Metodicheskie rekomendacii. Moscow: Minzdrav Rossii; 1993. 31 s. (In Russ.)]
  14. Лечение и профилактика сифилиса: Методические указания № 98/273. М.: Минздрав России; 1999. 20 с. [Lechenie i profilaktika sifilisa: Metodicheskie ukazaniya No. 98/273. Moscow: Minzdrav Rossii; 1999. 20 s. (In Russ.)]
  15. Приказ Минздрава России от 25.07.2003 № 327 «Об утверждении протокола ведения больных «Сифилис». [Prikaz Minzdrava Rossii ot 25.07.2003 No. 327 “Ob utverzhdenii protokola vedeniya bol’nyh “Sifilis”. (In Russ.)] URL: https://base.garant.ru/4179725/
  16. Centers for Disease Control and Prevention. Brief report: azithromycin treatment failures in syphilis infections — San Francisco, California, 2002–2003. MMWR Morb Wkly Rep. 2004;53(9):97–198.
  17. Mitchell SJ, Engelman J, Kent CK, Lukehart S, Godornes C, Klausner JD. Azithromycin resistant syphilis infection: San Francisco, California, 2000–2004. Clin Infect Dis. 2006;42(3):337–345. doi: 10.1086/498899
  18. Sexually Transmitted Infections Treatment Guidelines, CDC. MMWR Recomm Rep. 2021;70(4):1–187. doi: 10.15585/mmwr.rr7004a1
  19. Lukehart SA, Godornes C, Molini BJ, Sonnett P, Hopkins S, Mulcahy F, et al. Macrolide resistance in Treponema pallidum in the United States and Ireland. New Engl J Med. 2004;351(2):154–158. doi: 10.1056/NEJMoa040216
  20. Molini BJ, Tantalo LC, Sahi SK, Rodriguez VI, Brandt SL, Fernandez MC, et al. Macrolide Resistance in Treponema pallidum Correlates With 23S rDNA Mutations in Recently Isolated Clinical Strains. Sex Transm Dis. 2016;43(9):579–583. doi: 10.1097/olq.0000000000000486
  21. Пушков А.А., Савостьянова К.В., Никитин А.Г. Краткие рекомендации по подготовке рукописей, содержащих информацию о результатах молекулярно-генетических исследований. Вопросы современной педиатрии. 2018;17(5):364–366. [Pushkov AA, Savostyanov KV, Nikitin AG. Brief Guidelines on Preparation of Manuscripts Containing Information on the Results of Molecular Genetic Research. Current Pediatrics. 2018;17(5):364–366. (In Russ.)] doi: 10.15690/vsp.v17i5.1951
  22. Khairullin R, Vorobyev D, Obukhov A, Kuular U-H, Kubanova A, Kubanov A, et al. Syphilis epidemiology in 1994–2013, molecular epidemiological strain typing and determination of macrolide resistance in Treponema pallidum in 2013–2014 in Tuva Republic, Russia. APMIS. 2016;124(7):595–602. doi: 10.1111/apm.12541
  23. Приказ Минздрава России от 26.03.2001 № 87 «О совершенствовании серологической диагностики сифилиса». Приложение № 1 «Постановка отборочных и диагностических тестов на сифилис». [Prikaz Minzdrava Rossii ot 26.03.2001 No. 87 “O sovershenstvovanii serologicheskoj diagnostiki sifilisa”. Prilozhenie No. 1 “Postanovka otborochnyh i diagnosticheskih testov na sifilis”. (In Russ.)] URL: https://docs.cntd.ru/document/901788110
  24. Liu H, Rodes B, Chen CY, Steiner B. New tests for syphilis: rational design of a PCR method for detection of Treponema pallidum in clinical specimens using unique regions of the DNA polymerase I gene. J Clin Microbiol. 2001;39(5):1941–1946. doi: 10.1128/JCM.39.5.1941-1946.2001
  25. Кубанов А.А., Воробьев Д.В., Обухов А.П., Образцова О.А., Дерябин Д.Г. Молекулярная эпидемиология Treponema pallidum в приграничном регионе Российской Федерации (Республика Тыва). Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2017;35(1):26–30. [Kubanov AA, Vorob’ev DV, Obukhov AP, Obraztsova OA, Deryabin DG. Molecular epidemiology of Treponema pallidum in border region of Russian Federation (Tuva Republic). Мolecular Genetics, Microbiology and Virology. 2017;35(1):26–30. (In Russ.)] doi: 10.18821/0208-0613-2017-35-1-26-30
  26. Vaulet LG, Grillova L, Mikalova L, Casco R, Fermepin MR, Pando MA, et al. Molecular typing of Treponema pallidum isolates from Buenos Aires, Argentina: Frequent Nichols-like isolates and low levels of macrolide resistance. PLoS One. 2017;12(2):e0172905. doi: 10.1371/journal.pone.0172905
  27. Grange PA, Allix-Beguec C, Chanal J, Benhaddou N, Gerhardt P, Morini J-P, et al. Molecular Subtyping of Treponema pallidum in Paris, France. Sex Transm Dis. 2013;40(8):641–644. doi: 10.1097/OLQ.0000000000000006
  28. Read P, Tagg KA, Jeoffreys N, Guy RJ, Gilbert GL, Donovan B. Treponema pallidum Strain Types and Association with Macrolide Resistance in Sydney, Australia: New TP0548 Gene Types Identified. J Clin Microbiol. 2016;54(8):2172–2174. doi: 10.1128/JCM.00959-16
  29. Sato NS, Morais FR, Polisel JO, Belda W, Fagundes LJ. Molecular typing and detection of macrolide resistence in treponema pallidum dna from patients with primary syphilis in São Paulo, Brazil. Sex Transm Infect. 2017;93(Suppl2):A1–A272. doi: 10.1136/sextrans-2017-053264.151

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2024 Obraztsova O.A., Lagun K.M., Katunin G.L., Shpilevaya M.V., Nosov N.Y.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».