Определение молекулярных типов и резистентности к макролидам у изолятов Treponema pallidum, выделенных на территории Российской Федерации

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Обоснование. В 2022 г в Российской Федерации значительно выросло количество случаев заболевания сифилисом. Контроль гетерогенности субтипов Treponema pallidum важен для надзора за появлением и распространением антибиотикорезистентных штаммов.

Цель исследования. Определить молекулярные субтипы и устойчивость к макролидам у изолятов T. pallidum, выделенных на территории Российской Федерации в 2022 г.

Методы. Анализировали ДНК, выделенную из 49 образцов клинического материала, полученного в 2022 г. от пациентов лечебно-профилактических учреждений дерматовенерологического профиля с диагнозами «первичный сифилис» и «вторичный сифилис», находящихся в трех федеральных округах Российской Федерации (Центральном, Сибирском и Северо-Кавказском). Выделение ДНК T. pallidum и подтверждение присутствия генетического материала проводили в соответствии с существующими алгоритмами. Для поиска генетических детерминант резистентности к макролидам анализировали фрагмент гена 23S рРНК. Первичную расшифровку нуклеотидных последовательностей проводили в программе Sequencing Analysis 5.3.1. Для выравнивания анализируемых фрагментов целевых генов на референсные сиквенсы T. pallidum использовали программу Mega 11.

Результаты. В 2022 г. на территории представленных федеральных округов Российской Федерации идентифицированы три субтипа T. pallidum — 14d/f, 14d/g, 14d/d с продолжающимся доминированием субтипа 14d/f. В двух федеральных округах определен новый для Российской Федерации устойчивый к макролидам субтип 14d/d.

Заключение. На территории Российской Федерации продолжается расширение популяции T. pallidum, в том числе за счет появления азитромицин-устойчивых штаммов. Полученные данные подтверждают необходимость непрерывного мониторинга циркулирующих штаммов и могут облегчить понимание их географического распространения.

Об авторах

Ольга Анатольевна Образцова

Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии

Автор, ответственный за переписку.
Email: valeeva19@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-5728-2139
SPIN-код: 6355-4699

к.б.н.

Россия, Москва

Ксения Михайловна Лагун

Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии

Email: xobanaa@mail.ru
ORCID iD: 0009-0004-9700-2455
SPIN-код: 4770-8904
Россия, Москва

Георгий Леонидович Катунин

Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии

Email: g.katunin@rambler.ru
ORCID iD: 0000-0003-0599-6305
SPIN-код: 1598-8595

к.м.н.

Россия, Москва

Марина Валентиновна Шпилевая

Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии

Email: aniram1970@list.ru
ORCID iD: 0000-0002-9957-4009
SPIN-код: 6600-3311

к.б.н.

Россия, Москва

Никита Юрьевич Носов

Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии

Email: nnosov@cnikvi.ru
ORCID iD: 0000-0002-3967-8359
SPIN-код: 8806-8539

к.б.н.

Россия, Москва

Список литературы

  1. Единая межведомственная информационно-статистическая система (ЕМИСС). [Edinaya mezhvedomstvennaya informacionno-statisticheskaya sistema (EMISS). (In Russ.)] URL: https://fedstat.ru/indicator/41709 (accessed: 20.09.2023).
  2. Pillay A, Liu H, Chen CY, Holloway B, Sturm AW, Steiner B, et al. Molecular subtyping of Treponema pallidum subspecies pallidum. Sex Transm Dis. 1998;25(8):408–414. doi: 10.1097/00007435-199809000-00004
  3. Marra CM, Sahi SK, Tantalo LC, Godornes C, Reid T, Behets F, et al. Enhanced molecular typing of Treponema pallidum: geographical distribution of strain types and association with neurosyphilis. J Infect Dis. 2010;202(9):1380–1388. doi: 10.1086/656533
  4. Образцова О.А., Алейникова К.А., Обухов А.П., Кубанов А.А., Дерябин Д.Г. Генетические детерминанты резистентности к антимикробным препаратам и их распространенность у различных молекулярных субтипов Treponema pallidum subsp. pallidum. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2018;20(3):217–221. [Obraztsova OA, Aleynikova KA, Obukhov AP, Kubanov AA, Deryabin DG. Genetic antimicrobial resistance determinants and their prevalence in molecular subtypes of Treponema pallidum subsp. pallidum. Clinical microbiology and antimicrobial chemotherapy. 2018;20(3):217–221. (In Russ.)] doi: 10.36488/cmac.2018.3.216-221
  5. Stamm LV. Global challenge of antibiotic-resistant Treponema pallidum. Antimicrob Agents Chemother. 2010;54(2):583–589. doi: 10.1128/AAC.01095-09
  6. Matejková P, Strouhal M, Smajs D, Norris SJ, Palzkill T, Petrosino JF, et al. Complete genome sequence of Treponema pallidum ssp. pallidum strain SS14 determined with oligonucleotide arrays. BMC Microbiol. 2008;8:76. doi: 10.1186/1471-2180-8-76
  7. Образцова О.А., Шпилевая М.В., Катунин Г.Л., Обухов А.П., Шагабиева Ю.З., Соломка В.С. Распространeнность мутации A2058G в гене 23S рРНК, определяющей устойчивость к макролидным антибиотикам в российской популяции Treponema pallidum. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2022;24(4):369–374. [Obraztsova OA, Shpilevaya MV, Katunin GL, Obukhov AP, Shagabieva YuZ, Solomka VS. Prevalence of the A2058G mutation in 23S rRNA gene, which determines Treponema pallidum macrolide resistance in Russian population. Clinical microbiology and antimicrobial chemotherapy. 2022;24(4):369–374. (In Russ.)] doi: 10.36488/cmac.2022.4.369-374
  8. Сифилис: Клинические рекомендации РФ. М.; 2020. [Sifilis: Klinicheskie rekomendacii RF. Moscow; 2020. (In Russ.)]
  9. Macy E, Poon K-YT. Self-reported antibiotic allergy incidence and prevalence: age and sex effects. Am J Med. 2009;122(8):778.e1–778.e7. doi: 10.1016/j.amjmed.2009.01.034
  10. Albin S, Agarwal S. Prevalence and characteristics of reported penicillin allergy in an urban outpatient adult population. Allergy Asthma Proc. 2014;35(6):489–494. doi: 10.2500/aap.2014.35.3791
  11. Arando M, Fernandez-Naval C, Mota-Foix M, Alvarez A, Armegol P, Barberá MJ, et al. The Jarisch-Herxheimer reaction in syphilis: could molecular typing help to understand it better? J Eur Acad Dermatol Venereol. 2018;32(10):1791–1795. doi: 10.1111/jdv.15078
  12. Riedner G, Rusizoka M, Todd J, Maboko L, Hoelscher M, Mmbando D, et al. Single-dose azithromycin versus penicillin G benzathine for the treatment of early syphilis. N Engl J Med. 2005;353(12):1236–1244. doi: 10.1056/NEJMoa044284
  13. Лечение и профилактика сифилиса: Методические рекомендации. М.: Минздрав России; 1993. 31 с. [Lechenie i profilaktika sifilisa: Metodicheskie rekomendacii. Moscow: Minzdrav Rossii; 1993. 31 s. (In Russ.)]
  14. Лечение и профилактика сифилиса: Методические указания № 98/273. М.: Минздрав России; 1999. 20 с. [Lechenie i profilaktika sifilisa: Metodicheskie ukazaniya No. 98/273. Moscow: Minzdrav Rossii; 1999. 20 s. (In Russ.)]
  15. Приказ Минздрава России от 25.07.2003 № 327 «Об утверждении протокола ведения больных «Сифилис». [Prikaz Minzdrava Rossii ot 25.07.2003 No. 327 “Ob utverzhdenii protokola vedeniya bol’nyh “Sifilis”. (In Russ.)] URL: https://base.garant.ru/4179725/
  16. Centers for Disease Control and Prevention. Brief report: azithromycin treatment failures in syphilis infections — San Francisco, California, 2002–2003. MMWR Morb Wkly Rep. 2004;53(9):97–198.
  17. Mitchell SJ, Engelman J, Kent CK, Lukehart S, Godornes C, Klausner JD. Azithromycin resistant syphilis infection: San Francisco, California, 2000–2004. Clin Infect Dis. 2006;42(3):337–345. doi: 10.1086/498899
  18. Sexually Transmitted Infections Treatment Guidelines, CDC. MMWR Recomm Rep. 2021;70(4):1–187. doi: 10.15585/mmwr.rr7004a1
  19. Lukehart SA, Godornes C, Molini BJ, Sonnett P, Hopkins S, Mulcahy F, et al. Macrolide resistance in Treponema pallidum in the United States and Ireland. New Engl J Med. 2004;351(2):154–158. doi: 10.1056/NEJMoa040216
  20. Molini BJ, Tantalo LC, Sahi SK, Rodriguez VI, Brandt SL, Fernandez MC, et al. Macrolide Resistance in Treponema pallidum Correlates With 23S rDNA Mutations in Recently Isolated Clinical Strains. Sex Transm Dis. 2016;43(9):579–583. doi: 10.1097/olq.0000000000000486
  21. Пушков А.А., Савостьянова К.В., Никитин А.Г. Краткие рекомендации по подготовке рукописей, содержащих информацию о результатах молекулярно-генетических исследований. Вопросы современной педиатрии. 2018;17(5):364–366. [Pushkov AA, Savostyanov KV, Nikitin AG. Brief Guidelines on Preparation of Manuscripts Containing Information on the Results of Molecular Genetic Research. Current Pediatrics. 2018;17(5):364–366. (In Russ.)] doi: 10.15690/vsp.v17i5.1951
  22. Khairullin R, Vorobyev D, Obukhov A, Kuular U-H, Kubanova A, Kubanov A, et al. Syphilis epidemiology in 1994–2013, molecular epidemiological strain typing and determination of macrolide resistance in Treponema pallidum in 2013–2014 in Tuva Republic, Russia. APMIS. 2016;124(7):595–602. doi: 10.1111/apm.12541
  23. Приказ Минздрава России от 26.03.2001 № 87 «О совершенствовании серологической диагностики сифилиса». Приложение № 1 «Постановка отборочных и диагностических тестов на сифилис». [Prikaz Minzdrava Rossii ot 26.03.2001 No. 87 “O sovershenstvovanii serologicheskoj diagnostiki sifilisa”. Prilozhenie No. 1 “Postanovka otborochnyh i diagnosticheskih testov na sifilis”. (In Russ.)] URL: https://docs.cntd.ru/document/901788110
  24. Liu H, Rodes B, Chen CY, Steiner B. New tests for syphilis: rational design of a PCR method for detection of Treponema pallidum in clinical specimens using unique regions of the DNA polymerase I gene. J Clin Microbiol. 2001;39(5):1941–1946. doi: 10.1128/JCM.39.5.1941-1946.2001
  25. Кубанов А.А., Воробьев Д.В., Обухов А.П., Образцова О.А., Дерябин Д.Г. Молекулярная эпидемиология Treponema pallidum в приграничном регионе Российской Федерации (Республика Тыва). Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2017;35(1):26–30. [Kubanov AA, Vorob’ev DV, Obukhov AP, Obraztsova OA, Deryabin DG. Molecular epidemiology of Treponema pallidum in border region of Russian Federation (Tuva Republic). Мolecular Genetics, Microbiology and Virology. 2017;35(1):26–30. (In Russ.)] doi: 10.18821/0208-0613-2017-35-1-26-30
  26. Vaulet LG, Grillova L, Mikalova L, Casco R, Fermepin MR, Pando MA, et al. Molecular typing of Treponema pallidum isolates from Buenos Aires, Argentina: Frequent Nichols-like isolates and low levels of macrolide resistance. PLoS One. 2017;12(2):e0172905. doi: 10.1371/journal.pone.0172905
  27. Grange PA, Allix-Beguec C, Chanal J, Benhaddou N, Gerhardt P, Morini J-P, et al. Molecular Subtyping of Treponema pallidum in Paris, France. Sex Transm Dis. 2013;40(8):641–644. doi: 10.1097/OLQ.0000000000000006
  28. Read P, Tagg KA, Jeoffreys N, Guy RJ, Gilbert GL, Donovan B. Treponema pallidum Strain Types and Association with Macrolide Resistance in Sydney, Australia: New TP0548 Gene Types Identified. J Clin Microbiol. 2016;54(8):2172–2174. doi: 10.1128/JCM.00959-16
  29. Sato NS, Morais FR, Polisel JO, Belda W, Fagundes LJ. Molecular typing and detection of macrolide resistence in treponema pallidum dna from patients with primary syphilis in São Paulo, Brazil. Sex Transm Infect. 2017;93(Suppl2):A1–A272. doi: 10.1136/sextrans-2017-053264.151

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Варианты нуклеотидных последовательностей в гене tp0548 T. pallidum

Скачать (145KB)
Метаданные
3. Рис. 1. Варианты нуклеотидных последовательностей в гене tp0548 T. pallidum

Скачать (104KB)
Метаданные

© Образцова О.А., Лагун К.М., Катунин Г.Л., Шпилевая М.В., Носов Н.Ю., 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».