Молекулярно-генетический мониторинг и технологии цифровой трансформации в современной эпидемиологии

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Пандемия новой коронавирусной инфекции явилась серьезным вызовом для системы здравоохранения всех стран. Так, по состоянию на май 2023 г. в мире зарегистрировано 766 млн подтвержденных случаев заболевания и более 6,9 млн случаев смерти. В Российской Федерации зарегистрировано более 22 млн случаев заболевания и 398 тыс. летальных случаев от новой коронавирусной инфекции. Быстро меняющаяся эпидемиологическая ситуация обусловила потребность в систематизации материала для проведения аналитической работы. Стала очевидной необходимость создания специальных инструментов для агрегации массива разнородной информации. Высокая скорость накопления мутаций в геноме возбудителя сделала необходимым изучение циркулирующих геновариантов как с позиции ускользания их от постморбидного и поствакцинального иммунитета, так и с точки зрения особенностей эпидемического процесса, вызванного отдельными вариантами вируса, и их значимости для практического здравоохранения и организации противоэпидемических мероприятий. Значительная разнородность субъектов Российской Федерации по плотности населения, географическим и экономическим условиям обусловила необходимость организации работы по осуществлению постоянного молекулярно-генетического мониторинга изменчивости возбудителя COVID-19. Активное развитие вычислительных технологий и задачи, возникшие перед системой эпидемиологического надзора в период пандемии COVID-19, сформировали предпосылки к стремительному развитию процесса цифровой трансформации в эпидемиологии. На базе ЦНИИЭ были созданы три платформы — российская система агрегации данных VGARus, SOLAR и аналитическая платформа для анализа эпидемиологической обстановки по новой коронавирусной инфекции на базе программы Superset, которые явились основными инструментами эпидемиологического мониторинга новой коронавирусной инфекции.

Об авторах

Василий Геннадьевич Акимкин

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: vgakimkin@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-4228-9044
SPIN-код: 4038-7455

доктор медицинских наук, профессор, академик РАН

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Камиль Фаридович Хафизов

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: khafizov@cmd.su
ORCID iD: 0000-0001-5524-0296
SPIN-код: 9082-5749

кандидат биологических наук

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Дмитрий Васильевич Дубоделов

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: dubodelov@cmd.su
ORCID iD: 0000-0003-3093-5731
SPIN-код: 4860-7909

кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Евгений Михайлович Воронин

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: emvoronin@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-5925-7757
SPIN-код: 8153-8179
Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Анна Сергеевна Черкашина

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: cherkashina@pcr.ms
ORCID iD: 0000-0001-7970-7495
SPIN-код: 7854-7358

кандидат химических наук

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Светлана Викторовна Углева

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Автор, ответственный за переписку.
Email: uglevas@bk.ru
ORCID iD: 0000-0002-1322-0155
SPIN-код: 8840-5814

доктор медицинских наук, профессор

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Денис Валерьевич Стратулат

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: stratylat@cmd.su
ORCID iD: 0000-0003-0988-4466
Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Александр Андреевич Самсонов

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: samsonov@cmd.su
ORCID iD: 0009-0007-8036-1883
Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Список литературы

  1. Weekly epidemiological update on COVID-19 — 18 May 2023. Ed. 143. Availanle online: https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---18-may-2023. Accessed on August 30, 2023.
  2. Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Углева С.В. и др. COVID-19 в России: эпидемиология и молекулярно-генетический мониторинг // Вестник РАМН. — 2022. — Т. 77. — № 4. — С. 254–260. — doi: https://doi.org/10.15690/vramn2121 [Akimkin VG, Semenenko TA, Ugleva SV, et al. COVID-19 in Russia: epidemiology and molecular genetic monitoring. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences. 2022;77(4):254–260. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.15690/vramn2121
  3. Ступак В.С., Зубко А.В., Маношкина Е.М. и др. Здравоохранение России в период пандемии COVID-19: вызовы, системные проблемы и решение первоочередных задач // Профилактическая медицина. — 2022. — Т. 25. — № 11. — С. 21–27. — doi: https://doi.org/10.17116/profmed20222511121 [Stupak VS, Zubko AV, Manoshkina EM, et al. Healthcare in Russia during the COVID-19 pandemic: challenges, systemic issues, and addressing priorities. Profilakticheskaya Meditsina. 2022;25(11):21–27. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.17116/profmed20222511121
  4. Hill V, Ruis C, Bajaj S, et al. Progress and challenges in virus genomic epidemiology. Trends Parasitol. 2021;37(12):1038–1049. doi: 10.1016/j.pt.2021.08.007
  5. Attwood SW, Hill SC, Aanensen DM, et al. Phylogenetic and phylodynamic approaches to understanding and combating the early SARS-CoV-2 pandemic. Nat Rev Genet. 2022;23(9):547–562. doi: https://doi.org/10.1038/s41576-022-00483-8
  6. Khare S, Gurry C, Freitas L, et al. GISAID’s Role in Pandemic Response. China CDC Weekly. 2021;3(49):1049–1051. doi: https://doi.org/10.46234/ccdcw2021.255
  7. Catlin T, Lorenz JT, Sternfels B, Willmott P. A Roadmap for a Digital Transformation. In: McKinsey & Company. March 2017. Available online: https://www.mskinsey.com/industies/financial-services/our-insights/aroadmap-for-a-digital-transformation. Accessed on August 30, 2023.
  8. Digital, Technology, and Data. In: Boston Consulting Group. 2023. Available online: https://www.bcg.com/en-us/digital-bcg/overview.aspx. Accessed on August 30, 2023.
  9. Laney D. 3D Data Management: Controlling Data Volume, Velocity and Variety. META Group. February 6, 2001. 4 p. Available online: https://studylib.net/doc/8647594/3d-data-management--controlling-data-volume--velocity--an... Accessed on August 30, 2023.
  10. ГОСТ Р ИСО/МЭК 20546-2021. Национальный стандарт Российской Федерации. Информационные технологии. Большие данные. Обзор и словарь. [All-Union State Standard Р ИСО/МЭК 20546-2021. National standard of the Russian Federation. Information technology. Big data. Overview and vocabulary. (In Russ).]
  11. ГОСТ 33707-2016 (ISO/IEC 2382:2015). Межгосударственный стандарт. Информационные технологии. Словарь. [All-Union State Standard 33707-2016 (ISO/IEC 2382:2015). Interstate standard. Information technologies. Vocabulary. (In Russ).]
  12. ГОСТ ISO/IEC 17788-2016. Межгосударственный стандарт. Информационные технологии. Облачные вычисления. Общие положения и терминология. [All-Union State Standard ISO/IEC 17788-2016. Interstate standard. Information technology. Cloud computing. Overview and vocabulary. (In Russ).]
  13. ГОСТ Р 59895-2021. Национальный стандарт Российской Федерации. Технологии искусственного интеллекта в образовании. Общие положения и терминология. [All-Union State Standard Р 59895-2021. National standard of the Russian Federation. Artificial intelligence technologies in education. General provisions and terminology. (In Russ).]
  14. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Плоскирева А.А. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение I: проявления эпидемического процесса COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. — 2022. — Т. 99. — № 3. — С. 269–286. doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-276 [Akimkin VG, Popova AYu, Ploskireva AA, et al. COVID-19: the evolution of the pandemic in Russia. Report I: manifestations of the COVID-19 epidemic process. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology = Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2022;99(3):269-286. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-276
  15. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. — 2022. — Т. 99. — № 4. — С. 381–396. — doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295 [Akimkin VG, Popova AYu, Khafizov KF, et al. COVID-19: evolution of the pandemic in Russia. Report II: dynamics of the circulation of SARS-CoV-2 genetic variants. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology = Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2022;99(4):381–396. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295
  16. Meyerowitz EA, Richterman A, Gandhi RT, Sax PE. Transmission of SARS-CoV-2: A Review of Viral, Host, and Environmental Factors. Ann Intern Med. 2021;174(1):69–79. doi: https://doi.org/10.7326/M20-5008
  17. O’Toole Á, Pybus OG, Abram ME, et al. Pango lineage designation and assignment using SARS-CoV-2 spike gene nucleotide sequences. BMC Genomics. 2022;23(1):121. doi: https://doi.org/10.1186/s12864-022-08358-2
  18. Хорошун Д.К., Момыналиев К.Т., Воронин Е.М., Акимкин В.Г. Анализ поисковых запросов в «Яндекс», связанных с COVID-19 в Российской Федерации // Медицинский алфавит. — 2022. — № 18. — С. 14–22. doi: https://doi.org/10.33667/2078-5631-2022-18-14-22 [Khoroshun DK, Momynaliev KТ, Voronin EM, Akimkin VG. Analysis of Yandex search queries related to COVID-19 in Russian Federation. Medical alphabet. 2022;(18):14–22. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.33667/2078-5631-2022-18-14-22
  19. Акимкин В.Г., Тутельян А.В., Шулакова Н.И., Воронин Е.М. Пандемия COVID-19: новый виток нарастания антибиотикорезистентности // Инфекционные болезни. — 2021. — Т. 19. — № 3. — С. 133–138. — doi: https://doi.org/10.20953/1729-9225-2021-3-133-138 [Akimkin VG, Tutelyan AV, Shulakova NI, Voronin EM. Пандемия COVID-19 pandemic: a new round of antibiotic resistance. Infectious diseases. 2021;19(3):133–138. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.20953/1729-9225-2021-3-133-138

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Издательство "Педиатръ", 2023

Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).