Опыт применения графического пользовательского интерфейса в среде R для анализа клинических и экспериментальных данных

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Разработка программного продукта для анализа медицинских данных и представления показателей здравоохранения. Методы. Разработана программа R_MED - интерфейс для решения некоторых типовых задач анализа экспериментальных, клинико-лабораторных и эпидемиологических данных с использованием возможностей системы R. Результаты. Функционально программа состоит из следующих блоков: «Загрузка данных», «Настройка», «Базовый расчёт», «Data Mining», «Представление показателей здравоохранения». Упрощение интерфейса достигается также включением в программу только тех методов анализа данных, которые наиболее часто необходимы при анализе медицинских данных. Так, в «Базовый расчёт» включены следующие процедуры статистического анализа: описательные статистики для количественных переменных, таблицы частот, гистограммы и бокс-графики, корреляционная матрица эллипсов (Пирсон), количественные корреляции Пирсона, порядковые корреляции Спирмена, корреляционная матрица эллипсов (Спирмен), диаграммы рассеяния на плоскости, определение различий в двух независимых групповых выборках с применением критериев Стьюдента и Манна-Уитни, дисперсионный анализ ANOVA. В «Настройке» пользователь может выбрать для анализа набор переменных и наблюдений, изменить набор свойств любой переменной, добавить, удалить, переименовать переменную, а также опционально настроить режим загрузки данных, базового расчёта и вывода. В программе предусмотрена возможность визуализации данных с помощью блока «Представление показателей здравоохранения» в разрезе «территория», «год», «показатель». Территориальные разрезы могут дифференцироваться по трём уровням: муниципальный, субъектовый, окружной (федеральный округ). Для построения карт в системе R_MED хранятся векторные данные по всем трём территориальным уровням, включая федеральные округи Российской Федерации. ВЫВОД. Первоначально разработанная для решения исследовательских задач по прогнозированию риска развития патологии программа R_MED при соответствующей настройке также может быть использована в других клинико-диагностических и эпидемиологических исследованиях с целью мониторирования социально значимых заболеваний и деятельности служб здравоохранения, а также при подготовке годовых статистических отчётов, вплоть до уровня региона.

Об авторах

Татьяна Ивановна Долгих

Омская государственная медицинская академия

Дмитрий Александрович Сербаев

Омская государственная медицинская академия

Герман Викторович Чекмарев

Омская государственная медицинская академия

Email: german_1984@inbox.ru

Татьяна Владимировна Кадцына

Омская государственная медицинская академия

Список литературы

  1. Bowman E., Crawford G., Alexander G. et al. Rpanel: simple interactive controls for R functions using the tcltk package // J. Statistical Software. - 2007. - Vol. 17,N 9. - P. 1-18.
  2. Carstensen M., Plummer E., Laara E. et al. Epi: a package for statistical analysis in epidemiology. R package version 1.1.34. - http://CRAN.R-project.org/package=Epi (дата обращения: 04.12.2012).
  3. Chongsuvivatwong V. Epicalc: epidemiological calculator. R package version 2.14.1.6. - http://CRAN.Rproject. org/package=epicalc (дата обращения: 04.12.2012).
  4. Fox J. The R commander: a basic statistics graphical user interface to R // J. Statistical Software. - 2005. - Vol. 14,N 9. - P. 1-42.
  5. Hyndman R.J., Razbash S. Drew Schmidt forecasting functions for time series and linear models. R package version 3.20. - http://CRAN.R-project.org/ package=forecast (дата обращения: 04.12.2012).
  6. Ihaka R., Murrell P., Hornik K. et al. Color space manipulation. R package version 1.1-1. - http://CRAN.Rproject. org/package=colorspace (дата обращения: 04.12.2012).
  7. Liaw W.M. Classification and regression by random forest // R News. - 2002. - Vol. 2,N 3. - P. 18-22.
  8. Maechler M., Rousseeuw P., Struyf A. et al. Cluster analysis basics and extensions. R package version 1.14.3. - http://cran.r-project.org/web/packages/cluster/cluster.pdf (дата обращения: 04.12.2012).
  9. R Core Team. R: a language and environment for statistical computing. R foundation for statistical computing. - Vienna, Austria. - http://www.R-project.org/ (дата обращения: 04.12.2012).
  10. Richard A., Becker R., Wilks A.R. et al. Draw geographical maps. R package version 2.2-5. - http://CRAN.R-project.org/ package=maps (дата обращения: 04.12.2012).
  11. Ripley B. Classification and regression trees. R package version 1.0-29. - http://cran.r-project.org/web/ packages/tree/tree.pdf (дата обращения: 04.12.2012), http://CRAN.R-project.org/package=maptree (дата обращения: 04.12.2012).
  12. Roger S.B., Edzer P.J., Virgilio G.-R. Applied spatial data analysis with R. - Springer, NY, 2008. - 376 p.
  13. Venables W.N., Ripley B.D. Modern applied statistics with S. Fourth Edition. - Springer, New York, 2002. - 495 p.
  14. Verzani J.G. Widgets API for building toolkitindependent, interactive GUIs. Based on the iwidgets code of Simon Urbanek, suggestions by Simon Urbanek, Philippe Grosjean and Michael Lawrence gWidgets. R package version 0.0-52. - http://CRAN.R-project.org/ package=gWidgets (дата обращения: 06.03.2013).

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© 2013 Долгих Т.И., Сербаев Д.А., Чекмарев Г.В., Кадцына Т.В.

Creative Commons License

Эта статья доступна по лицензии
Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.



Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».