Том 17, № 4 (2019)

Генетические основы эволюции экосистем

Организация эндоплазматического ретикулума в клетках эффективных и неэффективных клубеньков гороха (Pisum sativum L.)

Цыганова А.В., Цыганов В.Е.

Аннотация

Эндоплазматический ретикулум (ЭПР) является самой большой, окруженной мембраной органеллой, которая выполняет важную роль в функционировании растительной клетки и участвует в ее дифференцировке. С помощью методов просвечивающей электронной микроскопии были исследованы морфологические особенности и динамика структурных изменений ЭПР в симбиотических клубеньках гороха (Pisum sativum L.) дикого типа и мутантов, блокированных на различных стадиях развития клубенька. ЭПР развивался от сети отдельных канальцев в меристематических клетках, к развитой сети цистерн вокруг ядра и плазмалеммы и сети гранулярных и гладких канальцев, сопровождающих инфекционные структуры в колонизированных и инфицированных клетках и симбиосомы в инфицированных клетках. Была выявлена корреляция между уровнем развития сети ЭПР и степенью дифференцировки бактероидов.

Экологическая генетика. 2019;17(4):5-14
pages 5-14 views

Оценка генетической структуры популяций кустарниковой улитки (Fruticicola fruticum) на основе локусов неспецифических эстераз

Снегин Э.А., Снегина Е.А., Артемчук О.Ю.

Аннотация

С использованием локусов неспецифических эстераз была исследована популяционная структура наземного моллюска Fruticicola (Bradybaena) fruticum Мüll. в условиях Среднерусской возвышенности и других ландшафтов Восточной Европы. Из 28 исследованных популяций в 11 (39,3 %) наблюдался достоверный дефицит гетерозигот. Уровень ожидаемой гетерозиготности колебался в диапазоне He = 0,116–0,454. Используя непараметрическую статистику (метод Chao1-bc и метод «складного ножа») были выявлены популяции, обладающие потенциально высоким и низким разнообразием мультилокусных генотипов. Показатели генетической разобщенности популяций составили в среднем Φst = 0,276, Fst = 0,292, при отсутствии достоверной связи географического и генетического расстояний между популяциями (Rм = –0,007). Эффективная численность, рассчитанная с помощью формулы Слаткина, оказалась сопоставимой с фоновыми, адвентивными и реликтовыми видами наземных моллюсков (Ne = 2,2–7,6), обитающими в районе исследования. Выдвигается предположение о зависимости частот аллелей эстераз в популяциях кустарниковой улитки от биохимических особенностей кормовых объектов.

Экологическая генетика. 2019;17(4):15-26
pages 15-26 views

Гибридизационные процессы в рамках рода Sparganium L. Подрода Xanthosparganium holmb. По данным секвенирования следующего поколения (next generation sequencing — NGS)

Беляков Е.А., Мачс Э.М., Михайлова Ю.В., Родионов А.В.

Аннотация

В работе изложены результаты сравнительного исследования внутригеномного полиморфизма транскрибируемого спейсера ITS1 гена 35S рРНК у представителей подрода Xanthosparganium рода Sparganium, полученные методом локус-специфичного секвенирования следующего поколения на платформе Illumina MiSeq. Показано, что вариации риботипов изученных образцов, в целом, соответствуют делению рода на три секции — Erecta (подрод Sparganium), Natantia и Minima (подрод Xanthosparganium). Высокий уровень внутригеномного полимофизма выявлен у S. hyperboreum, риботипы которого были распределены по нескольким группам. В геноме этого вида присутствуют риботипы, характерные для других видов подрода Xanthosparganium. У двух изученных образцов S. glomeratum нами не обнаружено риботипов, сходных с таковыми у других видов секции Natantia. S. glomeratum имеет одинаковые риботипы с S. hyperboreum из секции Minima. Такая особенность может являться признаком древней межсекционной гибридизации этих двух видов. Особенности рДНК S. glomeratum говорят в пользу того, что вид может быть отнесен к секции Minima. Высказано мнение, что видообразовательные процессы в рамках рода могли происходить не только на основе гибридизации, но и аллопатрическим путем. Первое подтверждается наличием близких и одинаковых риботипов у S. emersum, S. × longifolium, S. gramineum и S. hyperboreum; второе, как ранее указывалось другими исследователями, кроется в близкой связи североамериканских и евроазиатских таксонов.

Экологическая генетика. 2019;17(4):27-35
pages 27-35 views

Экологическая генетика жуков рода Adalia: изменчивость и симбиотические бактерии в европейских популяциях десятиточечной божьей коровки Adalia decempunctata

Шайкевич Е.В., Захаров И.А., Хонек А.

Аннотация

Цель. Задачей настоящей работы было изучить изменчивость ДНК десятиточечных божьих коровок Adalia decempunctata L. (Coleoptera: Coccinellidae) из девяти городов Европы и филогенетические связи их симбиотических бактерий.

Методы. Исследовали полиморфизм гена COI митохондриальной ДНК и зараженность Wolbachia, Spiroplasma и Rickettsia методом ПЦР и секвенированием.

Результаты. Восемь гаплотипов гена COI мтДНК, семь из которых до этого не были известны, обнаружены у 92 особей A. decempunctata из девяти мест сбора в Европейской части ареала, а именно: из Праги, Рима, Флоренции, Гамбурга, Парижа, Стокгольма, Москвы, Феодосии и Ялты. A. decempunctata менее изменчивы по мтДНК по сравнению с двуточечной A. bipunctata. Симбиотические бактерии Wolbachia и Spiroplasma в изученных A. decempunctata не выявлены. Зараженность Rickettsia обнаружена у A. decempunctata в Стокгольме и Феодосии. Проведено сравнение симбионтов A. decempunctata, A. bipunctata и семиточечной Coccinella sp. ДНК бактерии Rickettsia из A. decempunctata из Феодосии и Стокгольма по гену gltA различаются на 0,5 % и один из вариантов идентичен симбионту A. bipunctata и Coccinella sp.

Выводы. Три гаплотипа мтДНК присутствуют в генофонде A. decempunctata, собранных в географически далеких местах обитания. Количество нуклеотидных замен между Rickettsia из A. decempunctata и A. bipunctata позволяет предполагать единое происхождение симбионта у божьих коровок рода Adalia, полученные результаты не исключают последующих горизонтальных переносов Rickettsia между особями обоих видов.

Экологическая генетика. 2019;17(4):37-45
pages 37-45 views

Анализ генов полиаминоксидаз у метилотрофных дрожжей Komagataella phaffii

Иванова А.В., Сидорин А.В., Самбук Е.В., Румянцев А.М.

Аннотация

Полиамины присутствуют во всех живых клетках и регулируют широкий спектр биологических процессов. У дрожжей Saccharomyces cerevisiae полиаминоксидаза Fms1p превращает спермин в спермидин и 3-аминопропаналь, что необходимо для синтеза пантотеновой кислоты и гипузинирования. В данной работе показано, что ортологи гена FMS1 дрожжей S. cerevisiae присутствуют у всех основных представителей подотдела Saccharomycotina, однако их копийность различна. У дрожжей Komagataella рhaffii (Pichia pastoris) идентифицированы два гена полиаминоксидаз (KpFMS1 и KpFMS2) и изучена регуляция активности их промоторов.

Экологическая генетика. 2019;17(4):47-55
pages 47-55 views

Генетическая токсикология

Микроядра в лимфоцитах крови действующих и бывших угольных шахтеров: оценка влияния антракосиликоза

Дружинин В.Г., Апалько С.В., Баранова Е.Д., Волобаев В.П., Дробчик Т.Ю., Ларионов А.В., Хиль Е.Г., Часовских Е.В.

Аннотация

Изучали микроядра (МЯ) и другие цитогенетические повреждения в лимфоцитах крови, культивируемых с блоком цитокинеза в трех сопоставимых по возрасту группах мужчин: 74 угольных шахтеров, страдающих антракосиликозом (АС), 41 здорового шахтера, 70 контрольных доноров. Выявили достоверное увеличение частоты МЯ с одновременным снижением пролиферативной активности в выборках здоровых и больных шахтеров по сравнению с контролем. Уровень МЯ в лимфоцитах больных АС значимо превышал соответствующий показатель в выборке здоровых шахтеров (1,22 ± 0,05 % против 1,03 ± 0,07 %; p < 0,01). Возраст обследуемых и статус курения не имели значимого влияния на частоты цитогенетических показателей. Таким образом, наличие АС у шахтеров вносит дополнительный вклад в формирование МЯ в лимфоцитах. Этот вклад, вероятно, обусловлен окислительным стрессом, сопровождающим воспалительные процессы при легочном фиброзе. Результаты исследования указывают также на отсутствие различий в частоте МЯ при сравнении подгрупп действующих и бывших шахтеров. Это означает, что генотоксические эффекты в лимфоцитах шахтеров способны сохраняться длительное время после прекращения экспозиции неблагоприятными факторами угледобывающего производства.

Экологическая генетика. 2019;17(4):57-64
pages 57-64 views

Экологическая генетика человека

Генетическая предрасположенность к ювенильному идиопатическому артриту в белорусской популяции: анализ межгенных взаимодействий

Яцкив А.А., Савина Н.В., Никитченко Н.В., Кужир Т.Д., Чичко А.М., Сукало А.В., Гончарова Р.И.

Аннотация

Определены частоты распространения аллельных вариантов и их комбинаций в полиморфных локусах генов RUNX3, RUNX1, STAT4, TRAF1/C5, MIF, CTLA4, PTPN2 у 118 пациентов с ювенильным идиопатическим артритом (ЮИА). Выявлен неравнозначный вклад отдельных полиморфных вариантов в предрасположенность к различным подтипам ЮИА: с системным артритом ассоциированы минорный аллель A (p = 0,0057) и гомозиготы AA (p = 0,042) в локусе RUNX3 (rs11249215); в группе серонегативного полиартрита чаще встречается минорный аллель Т (p = 0,03) в локусе STAT4 (rs7574865); у детей с олигоартритом выше частота гомозигот по минорному аллелю G (p = 0,026) в локусе PTPN2 (rs2542151). Обнаружено 12 парных комбинаций генотипов, влияющих на вероятность развития ЮИА в общей выборке, при этом сочетания разных генотипов в пределах одной и той же пары локусов могут иметь противоположные эффекты. Несмотря на то что группа детей с ЮИА в целом и после стратификации по полу не отличалась от контрольных групп по результатам анализа отдельных локусов, изучение межгенных взаимодействий с помощью многофакторного сокращения размерности выявило сочетание генотипов по пяти локусам — CC (rs5742909) / AG (rs231775) / AG (rs3761847) / СТ (rs9979383) / TT (rs2542151), оцениваемое как рисковое (p = 0,0099). Полученные результаты подтверждают целесообразность учета комбинаций генотипов при оценке рисковой значимости однонуклеотидных замен.

Экологическая генетика. 2019;17(4):65-76
pages 65-76 views

Полигенная природа ревматоидного артрита

Кужир Т.Д.

Аннотация

В обзоре обобщены современные достижения в изучении генетических основ ревматоидного артрита. Обсуждается влияние на предрасположенность к заболеванию аллельных вариантов генов, участвующих в различных клеточных процессах, включая опосредованную цитокинами сигнальную трансдукцию, воспалительный и иммунный ответ на экзогенные стимулы. Основная роль главного комплекса гистосовместимости (MHC, Major Histocompatibility Complex) и общего эпитопа (SE, Shared Epitope), а также эффекты не относящихся к этому комплексу (non-HLA) генов проанализированы в зависимости от этнической принадлежности и серологического статуса пациентов. Систематизированы результаты полногеномных ассоциативных исследований (GWAS, Genome Wide Association Studies) для выявления генов-кандидатов, тесно связанных с риском развития заболевания, а также затронуты некоторые аспекты эпигенетики ревматоидного артрита. Представленные в обзоре данные указывают на полигенный характер предрасположенности к данному многофакторному заболеванию. Эта проблема рассмотрена с учетом новейших результатов картирования и оценки вклада локусов количественных признаков (eQTLs, expression Quantitative Trait Loci), модулирующих уровень экспрессии одного или более генов. Изложена новая «омнигенная» концепция наследуемости комплексных признаков/болезней.

Экологическая генетика. 2019;17(4):77-90
pages 77-90 views

Эпигенетический механизм влияния микробиоты кишечника на развитие постстрессорного нейровоспаления

Шалагинова И.Г., Мацкова Л.В., Гуницева Н.М., Ваколюк И.А.

Аннотация

С уязвимостью к стрессу ассоциирован ряд аллелей полиморфных генов, а также дисфункции гипоталамо-гипофизарно-надпочечниковой оси, нейромедиаторные нарушения и проявления иммунной дисрегуляции. Есть убедительные доказательства наличия признаков нейровоспаления при постстрессорных состояниях человека и животных. Причины и механизмы таких нейроиммунных дисфункций не выяснены. В статье рассматривается возможность участия микробиоты кишечника в инициации и поддержании постстрессорного воспаления через эпигенетические механизмы.

Экологическая генетика. 2019;17(4):91-102
pages 91-102 views

Проблемы генетического образования

О «Стрессе», … или о двух ошибках Ганса Селье, завоевавших мир

Даев Е.В.

Аннотация

Неоправданно широкое понимание термина «стресс», которое использовал в своих научно-популярных работах как сам Селье, так и его последователи, снижает его научную ценность. На основе краткого анализа примеров неоднозначности содержания термина предлагается вернуть ему исследовательскую значимость. Для этого в научных работах следует более строго и однозначно использовать понятие «стресс» и не допускать его «популистски широкого» понимания. В рамках ранних определений термина Гансом Селье предлагается более детальное структурирование по уровням организации живых объектов, включая генетический.

Экологическая генетика. 2019;17(4):103-111
pages 103-111 views


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».