Генотипический анализ клубеньковых бактерий, нодулирующих сою в почвах Украины

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Проведён анализ последовательностей гена 16S рРНК и межгенного региона 16S-23S рРНК (ITS) клубеньковых бактерий сои, отличающихся скоростью роста и выделенных из почв Украины с различной интенсивностью выращивания данной культуры. В результате показана близость штаммов с интенсивным ростом к ризобиям сои группы USDA 123. Исследуемые штаммы, как и другие представители этой группы, обладают повышенной сапрофитной компетентностью. Рестрикционный анализ последовательностей межгенного региона ITS ризобий сои позволил разделить их на два ITS-типа: первый ITS-тип - штаммы с интенсивным ростом и второй ITS-тип - медленнорастущие штаммы. Такое разделение штаммов соответствует распределению их на физиологические группы.

Об авторах

Дмитрий Валериевич Крутило

Институт сельскохозяйственной микробиологии и агропромышленного производства НААН

Email: krutilod@mail.ru
к. б. н., старший научный сотрудник лаборатории растительно-микробных взаимодействий

Василий Сергеевич Зотов

Институт биохимии им. А. Н. Баха РАН

Email: adni83@yandex.ru
младший научный сотрудник лаборатории биохимии азотфиксации и метаболизма азота

Список литературы

  1. Бабич А. О. (1993) Сучасне виробництво і використання сої. К.: Урожай. 432 с.
  2. Зотов В. С., Пунина Н. В., Хапчаева С. А. и др. (2012) Новый таксономический маркер клубеньковых бактерий рода Rhizobium и его эволюция. Экологическая генетика. Т. 10(2): С. 50-63.
  3. Коростик Е. В., Пинаев А. Г., Ахтемова Г. А., Андронов Е. Е. (2006) Универсальные 16S rRNA праймеры для описания генетического разнообразия сообщества почвенных прокаріот. Экологическая генетика. Т. 4(4): С. 32-37.
  4. Крутило Д. В., Волкова І. В. (2012) Серологічне різноманіття бульбочкових бактерій сої у ґрунтах України. Агроекологічний журнал. № 4: C. 66-71.
  5. Крутило Д. В., Надкернична О. В., Ковалевська Т. М., Патика В. П. (2008) Біологічна різноманітність бульбочкових бактерій сої в ґрунтах України. Мікробіол. журн. Т. 70(6): С. 27-34.
  6. Патика В. П., Крутило Д. В., Надкернична О. В. та ін. (2010) Фенотипні та генотипні ознаки бульбочкових бактерій сої, поширених у ґрунтах України. Доповіді НАН України. № 8: С. 167-172.
  7. Патика В. П., Коць С. Я., Волкогон В. В. та ін. (2003) Біологічний азот / за ред. В. П. Патики. К.: Світ. 424 с.
  8. Толкачев Н. З. (1990) Модифицированный метод определения количества клубеньковых бактерий сои в почве. Тр. ВНИИСХМ. Т. 60; С. 37-43.
  9. Толкачев Н. З. (1997) Потенциальные возможности симбиотической азотфиксации при выращивании сои на юге Украины. Мікробіол. журн. Т. 59(4): С. 34-41.
  10. Altschul S. F., Gish W., Miller W. et al. (1990) Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. V. 2150: P. 403-410.
  11. Appunu C., N’Zoue A., Laguerre G. (2008) Genetic diversity of native Bradyrhizobia isolated from soybeans (Glycin max L.) in different agricultural-ecological-climatic regions of India. Appl. Environ. Microbiol. V. 74: P. 5991-5996.
  12. Beringer J. E. (1974) R1 transfer in Rhizobium leguminosamm. J. Gen. Microbiol. V. 84: P. 188-198.
  13. Chen W., Wang E., Wang S. et al. (1995) Characteristics of Rhizobium tianshanense sp. nov., a moderately and slowly growing root nodule bacterium isolated from an arid saline environment in Xinjiang, people’s republic of China. Int. J. Syst. Bacteriol. V. 45(1): Р. 153-159.
  14. Chen W. X., Yan G. H., Li J. L. (1988) Numerical taxonomic study of fast-growing soybean rhizobia and a proposal that Rhizobium fredii be assigned to Sinorhizobium gen. nov. Int. J. Syst. Bacteriol. V. 38(4): Р. 392-397.
  15. Godoy L. P., Vasconcelos A. T. R., Chueire L. M. O. et al. (2008) Genomic panorama of Bradyrhizobium japonicum CPAC 15, a commercial inoculant strain largely established in Brazilian soils and belonging to the same serogroup as USDA 123. Soil Biology and Biochemistry. V. 40(11): P. 2743-2753.
  16. Hall T. A. (1999) BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl. Acids. Symp. Ser. V. 41: P. 95-98.
  17. Ham G. E., Frederick L. R., Anderson I. C. (1971) Serogroups of Rhizobium japonicum in soybean nodules sampled in Iowa. Agronomy Journal. V. 63(1): Р. 69-72.
  18. Jaiswal S. K., Anand A., Dhar B., Vaishampayan A. (2012) Genotypic characterization of phage-typed indigenous soybean Bradyrhizobia and their host range symbiotic effectiveness. Microbiol. Ecol. V. 63 (1): P. 116-126.
  19. Jordan D. C. (1982) Transfer of Rhizobium japonicum Buchanan 1980 to Bradyrhizobium gen. nov., a genus of slow-growing, root nodule bacteria from leguminous plants. Int. J. Syst. Bacteriol. V. 32: P. 136-139.
  20. Keyser H. H., Cregan P. B. (1987) Nodulation and Competition for nodulation of selected soybean genotypes among Bradyrhizobium japonicum serogroup 123 isolates. Appl Environ. Microbiol. V. 53(11): P. 2631-2635.
  21. Kumar S., Tamura K., Nei M. (2004) MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment. Briefings in Bioinformatics. V. 5: P. 150-163.
  22. Laguerre G. (1992) Plasmid profiles and restriction fragment length polymorphism of Rhizobium leguminosarum bv. viceae in field populations. FEMS Microbiol. Ecol. V. 10: P. 17-26.
  23. Madrzak C. J., Golinska B., Kroliczak J., et al. (1995) Diversity among Field Populations of Bradyrhizobium japonicum in Poland. Appl. Environ. Microbiol. Vol. 61(4): P. 1194-1200.
  24. Nei M., Kumar S. (2000) Molecular evolution and phylogenetics. New York: Oxford University Press. 336 p.
  25. Normand P., Ponsonnet C., Nesme X., et al. (1996) ITS analysis of prokaryotes. Molec. Microbial Ecology Manual. V. 5(3.4): P. 1-12.
  26. Ponsonnet C., Nesme X. (1994) Identification of Agrobacterium strains by PCR-RFLP analysis of pTi and chromosomal regions. Arch. Microbiol. V. 161: P. 300-309.
  27. Rhizobiaceae. Молекулярная биология бактерий, взаимодействующих с растениями / под ред. Спайнка Г., Кондороши А., Хукаса П. Пер. с англ. С-Пб.: Бионт. 2002. 558 с.
  28. Saeki Y., Murata T., Yamakawa T., Akao S. (2007) Differentiation of soybean-nodulating Bradyrhizobium USDA strains using restriction fragment length polymorphism analysis of 23S-5S rRNA genes. Soil Science and Plant Nutrition. V. 53: P. 562-567.
  29. Thompson J. D., Higgins D. G., Gibson T. J. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice. Nuc. Ac. Res. V. 22: P. 4673-4680.
  30. Van Berkum P., Fuhrmann J. J. (2000) Evolutionary relationships among the soybean Bradyrhizobia reconstructed from 16S rRNA gene and internally transcribed spacer region sequence divergence. Int. J. Syst. EV. Microbiol. V. 50: P. 2165-2172.
  31. Weisburg W. G., Barns S. M., Pelletier D. A., Lane D. J. (1991) 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study. J. Bacteriol. V. 173: P. 697-703.
  32. Willems А. (2006) The taxonomy of rhizobia: an overview. Plant and Soil. V. 287: P. 3-14.
  33. Xu L. M., Ge C., Cui Z. et al. (1995) Bradyrhizobium liaoningense sp. nov., isolated from the root nodules of soybeans. Int. J. Syst. Bacteriol. V. 45: P. 706-711.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Крутило Д.В., Зотов В.С., 2013

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».