Complete mitochondrial genome of Clupeonella abrau (Maliatsky, 1930) (Clupeiformes), an endemic species of freshwater fish from lake Abrau (Russia)

Мұқаба

Дәйексөз келтіру

Толық мәтін

Ашық рұқсат Ашық рұқсат
Рұқсат жабық Рұқсат берілді
Рұқсат жабық Тек жазылушылар үшін

Аннотация

The Abrau sprat (Tyulka or Sardelka) Clupeonella abrau (Maliatsky, 1930) is an endemic fish of Lake Abrau (Krasnodar Territory). The full mitogenome of C. abrau (16650 bp in length, with a conservative gene arrangement for Clupeidae) demonstrates 98.8% similarity with the mitogenome of a related species, the Black Sea-Caspian tulka (C. cultriventris) from the Black Sea. The sequence of the COX1 gene was also studied in a museum specimen collected in Lake Abrau in 1938. Variability in modern Abrau sprat COX1 locus in about 0.15%, the difference between C. abrau and C. cultriventris is 1.2%, and the difference between the Museum and modern samples of tulka from Lake Abrau is 0.92%. It has been confirmed that the Abrau sprat is present in the fish community and capable of reproducing in the lake. Various alternative scenarios for the settlement of Lake Abrau have been proposed.

Толық мәтін

Рұқсат жабық

Авторлар туралы

D. Karabanov

Papanin Institute for Biology of Inland Waters of Russian Academy of Sciences

Хат алмасуға жауапты Автор.
Email: dk@ibiw.ru
Ресей, Borok

D. Pereboev

A.N. Severtsov Institute of Ecology and Evolution of Russian Academy of Sciences

Email: dk@ibiw.ru
Ресей, Moscow

B. Efeykin

A.N. Severtsov Institute of Ecology and Evolution of Russian Academy of Sciences

Email: dk@ibiw.ru
Ресей, Moscow

Y. Kodukhova

Papanin Institute for Biology of Inland Waters of Russian Academy of Sciences

Email: dk@ibiw.ru
Ресей, Borok

A. Kotov

A.N. Severtsov Institute of Ecology and Evolution of Russian Academy of Sciences

Email: dk@ibiw.ru

Corresponding Member of the RAS

Ресей, Moscow

Әдебиет тізімі

  1. Динникъ К.Я. Общiй очеркъ фауны Кавказа. Ставрополь: Типографiя Губернскаго Правленiя, 1910. 15 с.
  2. Красная книга Российской Федерации. Животные. 2-ое издание. Москва: ФГБУ «ВНИИ Экология», 2021. 1128 с.
  3. Freyhof J., Kottelat M. Abrau Sprat Clupeonella abrau / The IUCN Red List of Threatened Species. IUCN UK Office, Cambridge: International Union for Conservation of Nature and Natural Resources, 2023. https://dx.doi.org/10.2305/iucn.uk.2008.rlts.t4985A11106744.en
  4. Лужняк В.А. Ихтиофауна рек и лиманов Черноморского побережья России. // Вопросы ихтиологии. 2003. Т. 43. № 4. C. 457–463.
  5. Rheindt F.E., Bouchard P., Pyle R.L., et al. Tightening the requirements for species diagnoses would help integrate DNA-based descriptions in taxonomic practice // PLoS Biology. 2023. V. 21. № 8. P. e3002251.
  6. Hogg C.J., Ottewell K., Latch P., et al. Threatened species initiative: empowering conservation action using genomic resources // The Proceedings of the National Academy of Sciences. 2022. V. 119. № 4. P. e2115643118.
  7. Малятский С. Новый, реликтовый вид сардельки из озера Абрау // Труды Азово-Черноморской научной рыбохозяйственной станции. 1930. Вып. 6. С. 65–74.
  8. Световидов А.Н. Сельдевые (Clupeidae). Фауна СССР. Рыбы. Том 2. Выпуск 1. Москва, Ленинград: Издательство АН СССР, 1952. 333 с.
  9. Karabanov D.P., Bekker E.I., Pavlov D.D., et al. New sets of primers for DNA identification of non-indigenous fish species in the Volga-Kama basin (European Russia) // Water. 2022. V. 14. P. e437.
  10. Pereboev D.D., Karabanov D.P., Efeykin B.D., Kotov A.A. Annotated mitogenome of Podonevadne trigona (Sars, 1897) (Cladocera: Onychopoda: Podonidae) sheds light on the age of podonid differentiation // Arthropoda Selecta. 2024. V. 33. № 1. P. 14–94.
  11. Dierckxsens N., Mardulyn P., Smits G. NOVOPlasty: de novo assembly of organelle genomes from whole genome data // Nucleic Acids Research. 2017. V. 45. № 4. P. e18.
  12. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. 2012. V. 28. № 8. P. 1166–1167.
  13. Lavoue S., Miya M., Saitoh K., et al. Phylogenetic relationships among anchovies, sardines, herrings and their relatives (Clupeiformes), inferred from whole mitogenome sequences // Molecular Phylogenetics and Evolution. 2007. V. 43. № 3. P. 1096–1105.
  14. Satoh T.P., Miya M., Mabuchi K., Nishida M. Structure and variation of the mitochondrial genome of fishes // BMC Genomics. 2016. V. 17. P. e719.
  15. Hebert P.D.N., Stoeckle M.Y., Zemlak T.S., Francis C.M. Identification of birds through DNA barcodes // PLoS Biology. 2004. V. 2. № 10. P. e312.
  16. Canales-Aguirre C.B., Ritchie P.A., Hernandez S., et al. Phylogenetic relationships, origin and historical biogeography of the genus Sprattus (Clupeiformes: Clupeidae) // PeerJ. 2021. V. 9. P. e11737.
  17. Островский А.Б. Происхождение озера Абрау и других бессточных котловин на Черноморском побережье Кавказа // Известия АН СССР. Серия географическая. 1970. № 1. С. 89–98.
  18. Karabanov D.P., Kodukhova Y.V., Pashkov A.N., et al. “Journey to the West”: Three phylogenetic lineages contributed to the invasion of Stone Moroko, Pseudorasbora parva (Actinopterygii: Cyprinidae) // Russian Journal of Biological Invasions. 2021. V. 12. № 1. P. 67–78.
  19. Карабанов Д.П. Генетические адаптации черноморско-каспийской тюльки Clupeonella cultriventris (Nordmann, 1840) (Actinopterygii: Clupeidae). Воронеж: Издательство “Научная книга”, 2013. 179 с.
  20. Mina M.V. Problems of protection of fish faunas in the USSR // Netherlands Journal of Zoology. 1991. V. 42. № 2-3. P. 200–213.

Қосымша файлдар

Қосымша файлдар
Әрекет
1. JATS XML
Жүктеу
2. Fig. 1. Circular map of the mitochondrial genome of Clupeonella abrau (Lake Abrau). The outer circle indicates the location and distribution of genes in the mitogenome. The genes encoded by the H(+) chain and the L(–) chain are displayed in the outer and inner rings, respectively. Symbols: 1 – protein-coding genes; 2 – transport RNA; 3 – ribosomal RNA; 4 – control region; 5 – the content of G and C nucleotides in the DNA molecule (GC-content), the middle line corresponds to 0.5; 6 – uneven distribution of G+C nucleotides in the DNA molecule (GC-skew), the middle line corresponds to the value 0.

Жүктеу (398KB)
Метадеректер
3. Fig. 2. The relative use of synonymous codes (RSCU) in the protein-coding genes of C. abrau (first columns) and C. cultriventris (second columns).

Жүктеу (326KB)
Метадеректер

© Russian Academy of Sciences, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».