bxd PRE комплекса Bithorax Drosophila melanogaster обладает слабой инсуляторной активностью

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Автономное функционирование регуляторных доменов в комплексе Bithorax (BX-C) Drosophila melanogaster обеспечивается границами (инсуляторами), которые предотвращают взаимодействия между энхансерами и промоторами. Сайленсеры (Polycomb response elements) поддерживают эпигенетическую память в пределах регуляторных доменов и часто расположены рядом с инсуляторами, усиливая их инсуляторную активность. bxd PRE — это хорошо известный сайленсер, который регулирует активность домена bxd/pbx гена Ubx (один из генов BX-C) в первом абдоминальном сегменте. Для исследования инсуляторной активности bxd PRE мы применили стратегию замены границы. В результате было показано, что при интеграции на место границы Fab-7, разделяющей регуляторные домены гена Abd-B в локусе BX-C, bxd PRE обладает слабой инсуляторной активностью.

Об авторах

А. Н. Ибрагимов

Институт биологии гена, Российская академия наук

Email: airat.ibra@gmail.com
Москва, Россия

О. В. Кырчанова

Институт биологии гена, Российская академия наук

Москва, Россия

Ю. Е. Воронцова

Институт биологии гена, Российская академия наук

Москва, Россия

Е. Н. Козлов

Институт биологии гена, Российская академия наук

Москва, Россия

В. O. Дубровская

Институт биологии гена, Российская академия наук

Москва, Россия

П. Г. Георгиев

Институт биологии гена, Российская академия наук

Москва, Россия

Список литературы

  1. Kyrchanova O., Sokolov V., Georgiev P. Mechanisms of Interaction between Enhancers and Promoters in Three Drosophila Model Systems // International journal of molecular sciences. 2023. 24(3).
  2. Batut P.J., Bing X.Y., Sisco Z., et al. Genome organization controls transcriptional dynamics during development // Science (New York, NY). 2022. Vol. 375, N6580. P. 566–70.
  3. Bender W., Akam M., Karch F., Beachy P.A., Peifer M., Spierer P., et al. Molecular Genetics of the Bithorax Complex in Drosophila melanogaster // Science (New York, NY). 1983. Vol. 221, N4605. P. 23–9.
  4. Maeda R.K., Karch F. The open for business model of the bithorax complex in Drosophila // Chromosoma. 2015. Vol. 124, N3. P.293–307.
  5. Kuroda M.I., Kang H., De S., Kassis J.A. Dynamic Competition of Polycomb and Trithorax in Transcriptional Programming // Annual review of biochemistry. 2020. Vol. 89. P. 235–53.
  6. Postika N., Schedl P., Georgiev P., Kyrchanova O. Mapping of functional elements of the Fab-6 boundary involved in the regulation of the Abd-B hox gene in Drosophila melanogaster // Scientific reports. 2021. Vol. 11, N1. P. 4156.
  7. Kyrchanova O., Kurbidaeva A., Sabirov M., Postika N., Wolle D., Aoki T., et al. The bithorax complex iab-7 Polycomb response element has a novel role in the functioning of the Fab-7 chromatin boundary // PLoS genetics. 2018. Vol. 14, N8. e1007442.
  8. Brown J.L., Zhang L., Rocha P.P., Kassis J.A., SunM.A. Polycomb protein binding and looping in the ON transcriptional state // Science advances. 2024. Vol. 10, N17.eadn1837.
  9. Tillib S., Petruk S., Sedkov Y., Kuzin A., Fujioka M., Goto T., et al. Trithorax- and Polycomb-group response elements within an Ultrabithorax transcription maintenance unit consist of closely situated but separable sequences // Molecular and cellular biology. 1999. Vol 19, N7. P.5189–202.
  10. Dellino G.I., Tatout C., Pirrotta V. Extensive conservation of sequences and chromatin structures in the bxd polycomb response element among Drosophilid species // The International journal of developmental biology. 2002. Vol. 46, N1. P. 133–41.
  11. Wolle D., Cleard F., Aoki T., Deshpande G., Schedl P., Karch F. Functional Requirements for Fab-7 Boundary Activity in the Bithorax Complex // Molecular and cellular biology. 2015. Vol. 35, N21. P. 3739–52.
  12. Mihaly J., Hogga I., Gausz J., Gyurkovics H., Karch F. In situ dissection of the Fab-7 region of the bithorax complex into a chromatin domain boundary and a Polycomb-response element // Development (Cambridge, England). 1997. Vol. 124, N9. P. 1809–20.
  13. Kyrchanova O., Sabirov M., Mogila V., Kurbidaeva A., Postika N., Maksimenko O., et al. Complete reconstitution of bypass and blocking functions in a minimal artificial Fab-7 insulator from Drosophila bithorax complex // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2019. Vol. 116, N.27. P. 13462–7.
  14. Mohd-Sarip A., Venturini F., Chalkley G.E., Verrijzer C.P. Pleiohomeotic can link polycomb to DNA and mediate transcriptional repression // Molecular and cellular biology. 2002. Vol. 22, N21. P. 7473–83.
  15. Fritsch C., Brown J.L., Kassis J.A., Müller J. The DNA-binding polycomb group protein pleiohomeotic mediates silencing of a Drosophila homeotic gene // Development (Cambridge, England). 1999. Vol. 126, N17. P. 3905–13.
  16. Majumder P., Roy S., Belozerov V.E., Bosu D., Puppali M., Cai H.N. Diverse transcription influences can be insulated by the Drosophila SF1 chromatin boundary // Nucleic acids research. 2009. Vol. 37, N13. P. 4227–33.
  17. Hagstrom K., Muller M., Schedl P. Fab-7 functions as a chromatin domain boundary to ensure proper segment specification by the Drosophila bithorax complex // Genes & development. 1996. Vo. 10, N24. P. 3202–15.
  18. Ray P., De S., Mitra A., Bezstarosti K., Demmers J.A., Pfeifer K., et al. Combgap contributes to recruitment of Polycomb group proteins in Drosophila // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2016. Vol. 113, N14. P. 3826–31.
  19. Erokhin M., Brown J.L., Lomaev D., Vorobyeva N.E., Zhang L., Fab L.V., et al. Crol contributes to PRE-mediated repression and Polycomb group proteins recruitment in Drosophila // Nucleic acids research. 2023. Vol. 51, N12. P. 6087–100.
  20. Ohtsuki S., Levine M. GAGA mediates the enhancer blocking activity of the eve promoter in the Drosophila embryo // Genes & development. 1998. Vol. 12, N21. P. 3325–30.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».