Quantitative determination of Epstein–Barr virus DNA in biological materials and EBV-related lung damage in HIV-infected patients

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

Objective. Evaluation of the frequency of detection of Epstein–Barr virus (EBV) DNA and its quantitative assessment in biological material samples using real-time PCR; description of the clinical and radiological picture of pulmonary pathology with high concentrations of EBV DNA in respiratory substrates and establishment of the relationship between the concentration of EBV DNA in biological materials and EBV-related lung damage in HIV-infected patients.

Materials and methods. The article presents the results of clinical follow-up and analysis of case histories of 5485 hospitalized HIV-infected patients, 1954 of whom had lung damage. Samples of whole blood (510), sputum (35), bronchoalveolar lavage fluid (BALF) (1026), pleural fluid (PF) (38), bronchial biopsy (BB) (133), lymph nodes (LN) (57) were examined by the RT-PCR method with the determination of EBV DNA, M. tuberculosis, Pn. jirovecii, Candida fungi, cytomegalovirus (CMV), human herpes virus 6a/b in qualitative and quantitative formats. The search for associations between the number of EBV DNA copies in biomaterials and EBV-related organ damage (in particular, lungs) was performed using ROC analysis.

Results. The frequency of EBV DNA detection in biomaterials exceeded 55%, the sensitivity was 84.6–100% with a specificity of 5.3–35.4%. Diagnostically significant concentrations of EBV DNA in blood leukocytes, EBV DNA concentrations in BALF, BB, PZ, LN samples with 95% and 99% probability confirming the EBV nature of pulmonary pathology, as well as low quantitative values of EBV DNA in biosamples with 95–99% probability excluding the EBV etiology of lung damage in patients with HIV infection were determined. EBV-related organ damage was detected in 379 patients. Clinical manifestations and radiographic data of 172 patients with EBV-related pulmonary pathology are described.

Conclusion. Quantitative determination of EBV DNA in biomaterials is of crucial importance for confirming the EBV nature of lung damage. Along with the «classical» pathogens of secondary diseases in HIV-infected patients, EBV can be the cause of severe organ pathology.

About the authors

Vasily I. Shakhgildyan

Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being

Author for correspondence.
Email: vishakh@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-8686-0487

MD, Senior Researcher, Department of Epidemiology and Prevention of AIDS

Russian Federation, Moscow

Marina S. Yadrikhinskaya

Moscow City Center for AIDS Prevention and Control

Email: rusalo4ka_88@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-9649-8522

Resident Physician

Russian Federation, Moscow

Elvira A. Domonova

Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being

Email: elvira.domonova@pcr.ms
ORCID iD: 0000-0001-8262-3938

PhD, Head, Opportunistic and Papillomavirus Infections Research Group

Russian Federation, Moscow

Aleksey A. Orlovsky

Lomonosov Moscow State University

Email: leha-orl@yandex.by
ORCID iD: 0000-0002-0794-4683

Laboratory Researcher, Cardiovascular Disease Mortality Reduction Laboratory, National Medical Research Center of Cardiology, Ministry of Health of Russia

Russian Federation, Moscow

Veronika G. Kanestri

Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being

Email: kanestri@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-2234-7094

MD, Senior Researcher, Department of Epidemiology and Prevention of AIDS

Russian Federation, Moscow

Elena B. Yarovaya

Lomonosov Moscow State University

Email: yarovaya@mech.math.msu.su
ORCID iD: 0000-0002-6615-4315

Ph.D. Phys.-Math., professor, Probability Theory Department, Faculty of Mechanics and Mathematics

Russian Federation, Moscow

References

  1. Кравченко А.В., Ладная Н.Н., Покровский В.В., Козырина Н.В., Юрин О.Г., Соколова Е.В. и др. Причины летальных исходов у лиц, инфицированных вирусом иммунодефицита человека. Эпидемиол. и инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2023; 13(3): 56–63. doi: 10.18565/epidem.2023.13.3.56-63 / Kravchenko A.V., Ladnaia N.N., Pokrovsky V.V., Kozyrina N.V., Yurin O.G., Sokolova E.V. et al. [Causes of death in people infected with the human immunodeficiency virus]. Epidemiology and infectious diseases. Current items 2023; 13(3): 56–63. (In Russ.). doi: 10.18565/epidem.2023.13.3.56-63
  2. Шахгильдян В.И., Ядрихинская М.С., Орловский А.А., Шипулина О.Ю., Домонова Э.А., Тишкевич О.А. и др. Концентрация ДНК ЦМВ в биологических материалах – ключ к диагностике цитомегаловирусной пневмонии у больных ВИЧ-инфекцией. Журнал инфектологии 2019; 11(3): 109–17. doi: 10.22625/2072-6732-2019-11-3-109-117 / Shakhgildyan V.I., Yandrinskaya M.S., Orlovsky А.А., Shipulina О.Y., Domonova E.A., Tishkevich О.А. et al. [Quantity of CMV DNA in biological samples – a key to CMV pneumonia in HIV patients diagnosis]. Journal of Infectology 2019; 11(3): 109–17. (In Russ.). doi: 10.22625/2072-6732-2019-11-3-109-117
  3. Вознесенский С.Л., Самотолкина Е.С., Ермак Т.Н., Кожевникова Г.М., Климкова П.В., Корнева И.А. Опыт работы отделения интенсивной терапии для больных ВИЧ-инфекцией. Эпидемиол. и инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2020; 10(3): 131–6. doi: 10.18565/epidem.2020.10.3.131-6 / Voznesensky S.L., Samotolkina E.S., Ermak T.N., Kozhevnikova G.M., Klimkova P.V., Korneva I.A. [Experience in the intensive care unit for patients with HIV-infection]. Epidemiology and infectious diseases. Current items 2020; 10(3): 131–6. (In Russ.). doi: 10.18565/epidem.2020.10.3.131-6
  4. Покровский В.В., ред. Лекции по ВИЧ-инфекции. 3-е изд., перераб. и доп. М: ГЭОТАР-Медиа, 2024. 720 с. doi: 10.33029/9704-8268-1-LBI-2024-1-720 / Pokrovsky V.V., ed., [Lectures on HIV infection]. 3rd ed., revised and add. Moscow: GEOTAR-Media, 2024. 720 p. (In Russ.). doi: 10.33029/9704-8268-1-LBI-2024-1-720
  5. Руженцова Т.А., Гарбузов А.А., Каниболоцкий А.А., Борисова О.Ю., Воропаева Е.А., Шушакова Е.К. и др. Герпесвирусные инфекции в формировании острой и хронической патологии: обоснование необходимости своевременной терапии. Инфекционные болезни 2023; 21(4): 64–70. doi: 10.20953/1729-9225-2023-4-64-70 / Ruzhentsova T.A., Garbuzov A.A., Kanibolotskiy A.A., Borisova O.Yu., Voropaeva E.A., Shushakova E.K. et al. [Herpesvirus infection in the formation of acute and chronic pathology: rationale for timely therapy]. Infectious Diseases 2023; 21(4): 64–70. (In Russ). doi: 10.20953/1729-9225-2023-4-64-70
  6. Ющук Н.Д., Венгеров Ю.Я., ред. Лекции по инфекционным болезням: руководство для врачей. В 2 т. 5-е изд., перераб. и доп. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2022. Т.2. 544 с. / Yushchuk N.D., Vengerov Yu.Ya., eds.. [Lectures on infectious diseases: a guide for doctors]. In 2 volumes. 5th ed., reprint. and add. Moscow: GEOTAR-Media, 2022. Vol.2. 544 p. (In Russ.).
  7. Hoffmann Ch., Rockstroh J.K. (eds,). [HIV 2015/2016]. Hamburg: Medizin Fokus Velag, 2015. 756 p.
  8. Шахгильдян В.И., Ядрихинская М.С, Орловский А.А., Яровая Е.Б. Клиническая, вирусологическая, иммунологическая характеристика госпитализированных больных ВИЧ-инфекцией. Тер. арх. 2018; 90(11): 18–23. doi: 10.26442/terarkh2018901118-23 / Shakhgildyan V.I., Yadrikhinskaya M.S., Orlovsky A.A., Yarovaya E.B. [Clinical, virological, immunological characteristics of hospitalized patients with HIV infection]. Therapeutic Archive 2018; 90(11): 18–23. (In Russ.). doi: 10.26442/terarkh2018901118-23
  9. Бартлетт Дж., Галлант Дж., Фам П. Клинические аспекты ВИЧ-инфекции. 2009–2010. М.: Р. Валент, 2010. 496 с. / Bartlett J., Gallant J., Pham P. [Clinical aspects of HIV infection. 2009–2010. Moscow: R. Valent, 2010. 496 p. (In Russ.).
  10. Ющук Н.Д., ред. Вирусные болезни: учебное пособие. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2016. 640 с. / Yushchuk N.D., ed. [Viral diseases: a ducational grant]. Moscow: GEOTAR-Media, 2016. 640 p. (In Russ.).

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».