Генотипирование риккетсий, циркулирующих на территориях Республики Алтай и Хабаровского края

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель — верификация возбудителя сибирского клещевого тифа (СКТ) при микст-инфицированности иксодовых клещей на территории Республики Алтай и Хабаровского края с применением комплексного молекулярно-биологического подхода. Материалы и методы. Материалом для исследования служили 304 имаго иксодовых клещей шести видов. Сбор клещей проводился на территории Республики Алтай и Хабаровского края в 2014–2022 гг. ДНК риккетсий идентифицировали методом двухраундовой ПЦР с использованием родо- и видоспецифических праймеров генов gltA и ompA с последующим секвенированием и с помощью ПЦР с использованием наборов реагентов «РеалБест ДНК R. sibirica/R. heilongjiangensis» (ЗАО «Вектор-Бест», Новосибирск). Результаты. Частота выявления ДНК риккетсий в иксодовых клещах в Республике Алтай составила 82,6% (ДИ: 69,1–96,1), в Хабаровском крае — 53,1% (ДИ: 44,9–61,3). Видовой состав риккетсий в различных видах иксодовых клещей на этих территориях, эндемичных по сибирскому клещевому тифу, характеризуется наличием микст-инфицированности. ДНК Rickettsia sibirica и R. raoultii удалось обнаружить в клещах Dermacentor nuttalli, Haemaphysalis concinna, D. silvarum. В клещах Ixodes persulcatus, I. pavlovskyi и в гибридах I. pavlovskyi/persulcatus выявлена ДНК только Candidatus R. tarasevichiae. ДНК R. heilongjiangensis обнаружена в клещах H. concinna в Хабаровском крае. В клещах D. nuttalli и H. concinna из Республики Алтай выявлена только ДНК Candidatus R. tarasevichiae. ДНК «классического» патогенного вида — R. sibirica выявлена в клещах D. nuttalli и H. concinna в Республике Алтай, клещах D. silvarum, H. concinna и H. japonica douglasi — в Хабаровском крае. Кроме того, в Хабаровском крае в клещах H. concinna обнаружена ДНК — R. heilongjiangensis, в клещах H. japonica douglasi выявлен фрагмент ДНК, общий для R. sibirica subsp. mongolitimonae и R. conorii, что требует дальнейшего изучения. ДНК Candidatus R. tarasevichiae детектирована в клещах рода Ixodes (I. persulcatus, I. pavlovskyi и их гибридах), в Республике Алтай — в клещах D. nuttalli и H. concinna. ДНК R. raoultii выявлена в клещах рода Dermacentor — D. nuttalli — в Республике Алтай и D. silvarum в Хабаровском крае. Выводы. При молекулярно-биологическом мониторинге риккетсий на эндемичных территориях выявление R. raoultii «маскирует» присутствие этиологического агента СКТ — R. sibirica. Этот феномен позволяет объяснить высокий уровень заболеваемости СКТ на изучаемых территориях при редкой выявляемости ДНК R. sibirica при молекулярно-биологическом скрининге в иксодовых клещах.

Об авторах

Сергей Владимирович Штрек

ФБУН Омский НИИ природно-очаговых инфекций Роспотребнадзора; ФГБОУ ВО Омский государственный медицинский университет Минздрава России

Автор, ответственный за переписку.
Email: studi1990@mail.ru

к.м.н., старший научный сотрудник, зав. лабораторией зоонозных инфекций отдела природно-очаговых бактериальных зоонозов; доцент кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии

Россия, г. Омск; г. Омск

Николай Викторович Рудаков

ФБУН Омский НИИ природно-очаговых инфекций Роспотребнадзора; ФГБОУ ВО Омский государственный медицинский университет Минздрава России

Email: studi1990@mail.ru

д.м.н. профессор, директор; зав. кафедрой микробиологии, вирусологии и иммунологии

Россия, г. Омск; г. Омск

Станислав Николаевич Шпынов

ФБУН Омский НИИ природно-очаговых инфекций Роспотребнадзора; ФГБОУ ВО Омский государственный медицинский университет Минздрава России

Email: studi1990@mail.ru

д.м.н., главный научный сотрудник лаборатории зоонозных инфекций отдела природно-очаговых бактериальных зоонозов (ПОБЗ); профессор кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии

Россия, г. Омск; г. Омск

Алексей Владимирович Санников

ФБУН Омский НИИ природно-очаговых инфекций Роспотребнадзора

Email: studi1990@mail.ru

младший научный сотрудник лаборатории зоонозных инфекций отдела ПОБЗ

Россия, г. Омск

И. Е. Самойленко

ФБУН Омский НИИ природно-очаговых инфекций Роспотребнадзора

Email: studi1990@mail.ru

к.м.н., ведущий научный сотрудник лаборатории зоонозных инфекций отдела ПОБЗ

Россия, г. Омск

Лилия Джигангеровна Щучинова

Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Республике Алтай

Email: studi1990@mail.ru

д.м.н., начальник отдела

Россия, г. Горно-Алтайск

Ольга Евгеньевна Троценко

Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора

Email: studi1990@mail.ru

д.м.н., директор

Россия, г. Хабаровск

Анна Геннадьевна Драгомерецкая

Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора

Email: studi1990@mail.ru

к.м.н., начальник отдела природно-очаговых инфекций

Россия, г. Хабаровск

Елена Валерьевна Матущенко

ФБУН Омский НИИ природно-очаговых инфекций Роспотребнадзора; ФГБОУ ВО Омский государственный медицинский университет Минздрава России

Email: studi1990@mail.ru

к.м.н., доцент кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии

Россия, г. Омск; г. Омск

Список литературы

  1. Бондаренко Е.И., Мокрецова Е.В., Здановская Н.И., Высочина Н.П., Пуховская Н.М., Тимофеев Д.И., Иванов М.К. Выявление возбудителей клещевого риккетсиоза в клещах и крови пациентов на Дальнем Востоке с помощью ПЦР-анализа в режиме реального времени. Поликлиника. 2014. № 4–1. С. 44–48. [Bondarenko E.I., Mokrecova E.V., Zdanovskaya N.I., Vysochina N.P., Puhovskaya N.M., Timofeev D.I., Ivanov M.K. Detection of tick-borne rickettsiosis pathogens in ticks and blood of patients in the Far East using real-time PCR analysis. Poliklinika = Polyclinic, 2014, no. 4–1, pp. 44–48. (In Russ.)]
  2. Григорьева Я.Е., Карань Л.С., Мокрецова Е.В., Щучинова Л.Д., Федорова М.В., Журенкова О.Б., Шипулин Г.А., Малеев В.В. Сравнительный анализ ПЦР- и ИФА-методов в лабораторной диагностике риккетсиозов группы КПЛ на примере трехлетних исследований в Республике Алтай и Хабаровском крае // Молекулярная диагностика. 2017. Т. 2. С. 192–194. [Grigor’eva Ya.E., Karan’ L.S., Mokrecova E.V., Shchuchinova L.D., Fedorova M.V., Zhurenkova O.B., Shipulin G.A., Maleev V.V. Comparative analysis of PCR and ELISA methods in laboratory diagnostics of rickettsioses of the KPL group on the example of three-year studies in the Altai Republic and Khabarovsk Krai. Molekulyarnaya diagnostika = Molecular Diagnostics, 2017, vol. 2, pp. 192–194. (In Russ.)]
  3. Иголкина Я.П., Бондаренко Е.И., Рар В.А., Епихина Т.И., Панов В.В., Высочина Н.П., Пуховская Н.М., Малькова М.Г., Василенко А.Г., Якименко В.В., Танцев А.К., Иванов М.К., Тикунова Н.В. Молекулярно-генетический анализ риккетсий, переносимых клещами Ixodes persulcatus schulze на территории юга Западной Сибири и Дальнего Востока // Национальные приоритеты России. 2014. № 3 (13). С. 100–103. [Igolkina Y.P., Bondarenko E.I., Rar V.A., Epikhina T.I., Panov V.V., Vysochina N.P., Pukhovskaya N.M., Malkova M.G., Vasilenko A.G., Yakimenko V.V., Tantsev A.K., Ivanov M.K., Tikunova N.V. Molecular genetic analysis of Rickettsia spp. Transmitted by Ixodes persulcatus ticks in the south-Western Siberia and the Far East. Nacional’nye prioritety Rossii = Russia’s National Priorities, 2014, no. 3 (13), pp. 100–103. (In Russ.)]
  4. Рудаков Н.В. К 75-летию открытия Rickettsia sibirica – возбудителя клещевого сыпного тифа: история изучения и современные представления // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2014. № 1. С. 4–5. [Rudakov N.V. 75th anniversary of the Rickettsia sibirica discovery: history of study and modern ideasi. Epidemiologiya i vaktsinoprofilaktika = Epidemiology and Vaccine Prevention, 2014, no. 1, pp. 4–5. (In Russ.)]
  5. Рудаков Н.В. Риккетсии и риккетсиозы: руководство для врачей. Омск: ИЦ «Омский научный вестник», 2016. 424 с. [Rudakov N.V. Rickettsia and rickettsioses: a guidebook for doctors. Omsk: Omsk Science Bulletin, 2016. 424 p. (In Russ.)]
  6. Рудаков Н.В., Оберт А.С. Клещевой риккетсиоз. Омск: Изд-во Омской государственной медицинской академии, 2001. 120 с. [Rudakov N.V., Obert A.S. Tick-borne rickettsiosis. Omsk: Omsk State Medical Academy Publishing, 2001. 120 p. (In Russ.)]
  7. Рудаков Н.В., Рудакова С.А. Клещевые трансмиссивные инфекции Сибири. Практическое руководство. Омск: ООО ИЦ «Омский научный вестник», 2019. 146 с. [Rudakov N.V., Rudakova S.A. Tick-borne vector-borne infections of Siberia. Practical guide. Omsk: LLC Omskiy nauchnyy vestnik Publishing Center, 2019. 146 p. (In Russ.)]
  8. Рудаков Н.В., Самойленко И.Е., Решетникова Т.А. Проблемы лабораторной диагностики риккетсиозов группы клещевой пятнистой лихорадки в России // Клиническая лабораторная диагностика. 2015. № 1. С. 50–52. [Rudakov N.V., Samoilenko I.E, Reshetnikova T.A. The problems of laboratory diagnostic of rickett siosis of group spott ed tick-bite fever in Russia. Clinicheskay laboratornay diagnostika = Russian Clinical Laboratory Diagnostics, 2015, no. 1, pp. 50–52. (In Russ.)]
  9. Рудаков Н.В., Шпынов С.Н., Транквилевский Д.В., Пакскина Н.Д., Савельев Д.А., Самойленко И.Е., Решетникова Т.А., Кумпан Л.В., Пеньевская Н.А. Особенности эпидемической ситуации по сибирскому клещевому тифу и другим клещевым риккетсиозам в Российской Федерации, прогноз на 2019 г. // Проблемы особо опасных инфекций. 2019. № 1. С. 89–97. [Rudakov N.V., Shpynov S.N., Trankvilevsky D.V., Pakskina N.D., Savel’ev D.A., Samoylenko I.E., Reshetnikova T.A., Kumpan L.V., Pen’evskaya N.A. Features of the epidemiological situation on siberian tick typhus and other tick-borne ricketsioses in the Russian Federation, prognosis for. Problemy osobo opasnyh infekcij = Problems of Particularly Dangerous Infections, 2019, no. 1, pp. 89–97. (In Russ.)] doi: 10.21055/0370-1069-2019-1-89-97
  10. Филиппова Н.А. Таксономическая внутривидовая дифференциация у иксодовых клещей (Acari: Ixodidae) с позиций морфологической концепции вида // Паразитология. 2007. Т. 41, № 6. С. 409–427. [Filippova N.A. Intraspecific taxonomic differentiation in ticks (Acari: Ixodidae) in the view of the morphological conception of species. Parazitologiya = Parasitology, 2007, vol. 41, no. 6, pp. 409–427. (In Russ.)]
  11. Шпынов С.Н., Рудаков Н.В. Иммуноферментная тест-система для выявления риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки // Лабораторное дело. 1991. № 11. С. 67–69. [Shpynov S.N., Rudakov N.V., Enzyme immunoassay system for detecting rickettsias of the tick-spot fever group. Laboratornoe delo = Laboratornoe Delo, 1991, no. 11, pp. 67–69. (In Russ.)]
  12. Щучинова Л.Д., Злобин В.И., Ечешева А.В., Бондаренко Е.И. Современные эпидемиологические черты сибирского клещевого тифа в Республике Алтай // Современные проблемы науки и образования. 2017. № 6. [Schuchinova L.D., Zlobin V.I., Echesheva A.V., Bondarenko E.I. Modern epidemiological featuresof the siberian tick typhus in the Altai Republic. Sovremennye problemy nauki i obrazovaniya = Modern Problems of Science and Education, 2017, no. 6. (In Russ.)] URL: https://science-education.ru/ru/article/view?id=27089 (19.02.2023)
  13. Granitov V., Shpynov S., Beshlebova O., Arsenjeva I., Dedkov V., Safonova M., Stukolova O., Pantjukhina A., Tarasevich I. New evidence on tick-borne rickettsioses in the Altai region of Russia using primary lesions, serum and blood clots of molecular and serological study. Microbes Infect., 2015, vol. 17, no. 11–12, pp. 862–865. doi: 10.1016/j.micinf.2015.08.011
  14. Igolkina Y., Krasnova E., Rar V., Savelieva M., Epikhina T., Tikunov A., Khokhlova N., Provorova V., Tikunova N. Detection of causative agents of tick-borne rickettsioses in Western Siberia, Russia: identification of Rickettsia raoultii and Rickettsia sibirica DNA in clinical samples. Clin. Microbiol. Infect., 2018, vol. 24, no. 2, pp. 199.e9–199.e12. doi: 10.1016/j.cmi.2017.06.003
  15. Igolkina Y., Rar V., Yakimenko V., Malkova M., Tancev A., Tikunov A., Epikhina T., Tikunova N. Genetic variability of Rickettsia spp. in Ixodes persulcatus/Ixodes trianguliceps sympatric areas from Western Siberia, Russia: Identification of a new Candidatus Rickettsia species. Infection, Genetics and Evolution, 2015, no. 34, pp. 88–93. doi: 10.1016/j.meegid.2015.07.015
  16. Mediannikov O., Sidelnikov Y., Ivanov L., Fournier P.E., Tarasevich I., Raoult D. Far eastern tick-borne rickettsiosis: identification of two new cases and tick vector. Ann. NY Acad. Sci., 2006, vol. 1078, pp. 80–88. doi: 10.1196/annals.1374.010
  17. Mediannikov O., Sidelnikov Y., Ivanov L., Mokretsova E., Fournier P.-E., Tarasevich I., Raoult D. Acute tick-borne rickettsiosis caused by Rickettsia heilongjiangensis in Russian Far East. Emerg. Infect. Dis., 2004, vol. 10, no. 5, pp. 810–817. doi: 10.3201/eid1005.030437
  18. Shpynov S., Fournier P.E., Rudakov N., Tankibaev M., Tarasevich I., Raoult D. Detection of a rickettsia closely related to Rickettsia aeschlimannii, “Rickettsia heilongjiangensis”, Rickettsia sp. strain RpA4, and Ehrlichia muris in ticks collected in Russia and Kazakhstan. J. Clin. Microbiol., 2004, vol. 42, no. 5, pp. 2221–2223. doi: 10.1128/JCM.42.5.2221-2223.2004
  19. Shpynov S., Fournier P.E., Rudakov N., Tarasevich I., Raoult D. Detection of members of the genera Rickettsia, Anaplasma, and Ehrlichia in ticks collected in the Asiatic part of Russia. Ann. NY Acad. Sci., 2006, vol. 1078, pp. 378–383. doi: 10.1196/annals.1374.075
  20. Shpynov S., Parola P., Rudakov N., Samoilenko I., Tankibaev M., Tarasevich I., Raoult D. Detection and identification of spotted fever group rickettsiae in Dermacentor ticks from Russia and central Kazakhstan. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis., 2001, vol. 20, no. 12, pp. 903–905. doi: 10.1007/s10096-001-0638-4

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Штрек С.В., Рудаков Н.В., Шпынов С.Н., Санников А.В., Самойленко И.Е., Щучинова Л.Д., Троценко О.Е., Драгомерецкая А.Г., Матущенко Е.В., 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».