Оценка патогенного потенциала серраций из криогенных местообитаний

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Условно-патогенные бактерии рода Serratia широко распространены в природе, однако данный род также включает в себя виды, связанные со вспышками внутрибольничных инфекций. Серрации обнаруживают в экстремальных местообитаниях, однако патогенный потенциал полиэкстремофильных представителей рода Serratia практически не изучен. Задачей настоящего исследования являлся сравнительный анализ геномов двух штаммов серраций из полярных регионов, сфокусированный на изучении генетических факторов вирулентности и адаптации к криогенным условиям существования. Штамм Serratia liquefaciens 72 выделен в ходе 56-й Российской Антарктической экспедиции из образца гуано колонии пингвинов Адели (Pygoscelis adeliae) на острове Токарева (архипелаг Хасуэлл, Восточная Антарктида). Штамм Serratia fonticola 5l выделен при микробиологическом исследовании материала ископаемого лося (Alces alces), мерзлая туша которого обнаружена на полуострове Буор-Хая вблизи побережья моря Лаптевых (Республика Саха (Якутия), РФ). Проведенное полногеномное секвенирование позволило выявить в геномах изучаемых штаммов структуры, свидетельствующие об их успешной адаптации к низким температурам. Установлено, что в обоих геномах присутствуют гены, кодирующие основные белки-шапероны холодового шока, филогенетически близкие соответствующим генам гипобаротолерантного штамма Serratia liquefaciens ATCC 27592. Кроме того, оба штамма имеют кластеры генов tcfABCD, определяющих способность к адгезии бактериальных клеток к эпителиальным тканям, и генами RTX-токсинов — адгезинов, продукты которых являются важнейшими факторами биопленкообразования у патогенных грамотрицательных бактерий. Экспериментальные исследования подтвердили способность Serratia liquefaciens 72 и Serratia fonticola 5l к активному биопленкообразованию в широком диапазоне температур (от 6° до 37°С). Полученные результаты свидетельствуют о том, что изученные представители рода Serratia, выделенные в Арктике и Антарктике, в целом обладают сходными чертами адаптации к условиям полярного климата, включая способность к продукции фимбрий, активной адгезии и биопленкообразованию при низких температурах. Выявленные генетические факторы адаптации могут также выполнять функции факторов патогенности, что позволяет экстремотолерантным штаммам серраций проявлять черты возбудителей оппортунистических и нозокомиальных инфекций, а также передаваться с охлажденными продуктами питания. Широкое применение пищевых технологий, включающих охлаждение и вакуумирование пищевой продукции, потенциально способно создать новую экологическую нишу, благоприятную для селекции психро- и гипобаротолерантных возбудителей пищевых токсикоинфекций. Полученные результаты позволяют поставить вопрос о необходимости дальнейших исследований по мониторингу генетического разнообразия популяций психрофильных гипобаротолерантных микроорганизмов, обладающих патогенным и эпидемическим потенциалом.

Об авторах

А. Е. Гончаров

Институт экспериментальной медицины; Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова; Санкт-Петербургский государственный университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: phage1@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-5206-6656
https://iemspb.ru/department/microbiology/func-genomics-lab/

Гончаров Артемий Евгеньевич – доктор медицинских наук доцент, заведующий лабораторией функциональной геномики и протеомики микроорганизмов ИЭМ; профессор кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии СЗГМУ им. И.И. Мечникова; доцент кафедры фундаментальных проблем медицины и медицинских технологий СПбГУ.

197376, Санкт-Петербург, ул. Академика Павлова, 12.

Тел.: 8 (812) 234-05-42

SPIN-код 7909-5446

Россия

А. П. Соломенный

Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН

Email: solomen@iegm.ru

Кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории водной микробиологии.

Пермь.

Россия

А. Л. Панин

НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера; ФНЦ Всероссийский научно-исследовательский ветеринарный институт птицеводства

Email: alp.1952@mail.ru

Научный сотрудник лаборатории медицинской бактериологии.

Санкт-Петербург.

Россия

С. Е. Григорьев

Северо-Восточный федеральный университет имени М.К. Аммосова

Email: g_semen@mail.ru

Кандидат биологических наук, заведующий лабораторией «Музей мамонта им. П.А. Лазарева».

Якутск.

Россия

М. Ю. Чепрасов

Северо-Восточный федеральный университет имени М.К. Аммосова

Email: nohsho@mail.ru

Кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории «Музей мамонта им. П.А. Лазарева».

Якутск.

Россия

Я. А. Ахременко

Северо-Восточный федеральный университет имени М.К. Аммосова

Email: yanalex2007@yandex.ru

Кандидат медицинских наук, доцент кафедры гистологии и микробиологии Медицинского института.

Якутск.

Россия

В. В. Колоджиева

Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова

Email: vika-el@yandex.ru

Кандидат медицинских наук, доцент кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии.

Санкт-Петербург.

Россия

Н. Е. Гончаров

Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова; НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: n.goncharov@yahoo.com

Специалист I категории лаборатории медицинской бактериологии НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера; старший лаборант кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии СЗГМУ им. И.И. Мечникова.

Санкт-Петербург.

Россия

Л. А. Краева

НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера; Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова

Email: lykraeva@yandex.ru

Доктор медицинских наук, заведующий лабораторией медицинской бактериологии НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера; профессор кафедры микробиологии ВМЕДА им. С.М. Кирова.

Санкт-Петербург.

Россия

Список литературы

  1. Григорьев С.Е., Чепрасов М.Ю., Савинов Г.Н., Тихонов А.Н., Новгородов Г.П., Федоров С.Е., Боескоров Г.Г., Протопопов А.В., Плотников В.В., Боголюбский И.Н., Протодьяконов К.Е., ван дер Плихт Й. Палеонтологические и археозоологические исследования в бассейне р. Яна // Вестник Северо-Восточного федерального университета им. М.К. Аммосова. 2017. Т. 1, № 57. С. 20-35.
  2. Панин А.Л., Сбойчаков В.Б., Белов А.Б., Краева Л.А., Власов Д.Ю., Гончаров А.Е. Природно-техногенная очаговость инфекционных болезней на территории антарктических поселений // Успехи современной биологии. 2016. Т. 136, № 1. С. 53-67. doi: 10.1134/S2079086416040034
  3. Azriel S., Goren A., Shomer I., Aviv G., Rahav G., Gal-Mor O. The Typhi colonization factor (Tcf) is encoded by multiple non-typhoidal Salmonella serovars but exhibits a varying expression profile and interchanging contribution to intestinal colonization. Virulence, 2017, vol. 8, no. 8, pp. 1791-1807. doi: 10.1080/21505594.2017.1380766
  4. Bateman S.L., Stapleton A.E., Stamm W.E., Hooton T.M., Seed P.C. The type 1 pili regulator gene fimX and pathogenicity island PAI-X as molecular markers of uropathogenic Escherichia coli. Microbiology, 2013, vol. 159, рр. 1606-1617. doi: 10.1099/mic.0.066472-0
  5. Bhutani N., Muraleedharan C., Talreja D., Rana S.W., Walia S., Kumar A., Walia S.K. Occurrence of multidrug resistant extended spectrum beta-lactamase-producing bacteria on iceberg lettuce retailed for human consumption. Biomed. Res. Int., 2015, vol. 515: 547547. doi: 10.1155/2015/547547
  6. Bravo V., Puhar A., Sansonetti P., Parsot C., Toro C.S. Distinct mutations led to inactivation of type 1 fimbriae expression in Shigella spp. PLoS One, 2015, vol. 10, no. 3: e0121785. doi: 10.1371/journal.pone.0121785
  7. Casolari C., Pecorari M., Della Casa E., Cattani S., Venturelli C., Fabio G., Tagliazucchi S., Serpini G.F., Migaldi M., Marchegiano P., Rumpianesi F., Ferrari F. Serratia marcescens in a neonatal intensive care unit: two long-term multiclone outbreaks in a 10-year observational study. New Microbiol., 2013, vol. 36, no. 4, pp. 373-383.
  8. Dufrene Y.F., Persat A. Mechanomicrobiology: how bacteria sense and respond to forces. Nat. Rev. Microbiol., 2020, vol. 18, pp. 227-240. doi: 10.1038/s41579-019-0314-2
  9. Filippidou S., Junier T., Wunderlin T., Kooli W.M., Palmieri I., Al-Dourobi A., Molina V., Lienhard R., Spangenberg J.E., Johnson Sh.L., Chain P.G., Dorador C., Junier P. Adaptive strategies in a poly-extreme environment: differentiation of vegetative cells in Serratia ureilytica and resistance to extreme conditions. Front. Microbiol., vol. 10: 102. doi: 10.3389/fmicb.2019.00102
  10. Guo S., Stevens C.A., Vance T.D.R., Olijve L.L.C., Graham L.A., Campbell R.L., Yazdi S.R., Escobedo C., Bar-Dolev M., Yashunsky V., Braslavsky I., Langelaan D.N., Smith S.P., Allingham J.S., Voets I.K., Davies P.L. Structure of a 1.5-MDa adhesin that binds its Antarctic bacterium to diatoms and ice. Sci. Adv., 2017, vol. 3: e1701440. doi: 10.1126/sciadv.1701440
  11. Nicholson W.L., Leonard M.T., Fajardo-Cavazos P., Panayotova N., Farmerie W.G., Triplett E.W., Schuerger A.C. Complete genome sequence of Serratia liquefaciens strain ATCC 27592. Genome Announc., 2013, vol. 1, no. 4: e00548-13. doi: 10.1128/genomeA. 00548-13
  12. Saralov A.I. Adaptivity of archaeal and bacterial extremophiles. Microbiology, 2019, vol. 88, pp. 379-401. doi: 10.1134/S0026261719040106
  13. Satchell K.J. Structure and function of MARTX toxins and other large repetitive RTX proteins. Ann. Rev. Microbiol., 2011, vol. 65, pp. 71—90. doi: 10.1146/annurev-micro-090110-102943
  14. Su L.H., Ou J.T., Leu H.S., Chiang P.-Ch., Chiu Yu.-Pi, Chia J.-H., Kuo A.-J., Chiu Ch.-H., Chu Ch., Wu T.-L., Sun Ch.-F., Riley T.V., Chang B.J.; The Infection Control Group. Extended epidemic of nosocomial urinary tract infections caused by Serratia marcescens. J. Clin. Microbiol., 2003, vol. 41, no. 10, pp. 4726—4732. doi: 10.1128/jcm.41.10.4726-4732.2003

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Гончаров А.Е., Соломенный А.П., Панин А.Л., Григорьев С.Е., Чепрасов М.Ю., Ахременко Я.А., Колоджиева В.В., Гончаров Н.Е., Краева Л.А., 2021

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».