ПОЛИМЕРАЗНАЯ ЦЕПНАЯ РЕАКЦИЯ В ДИАГНОСТИКЕ ОСТРЫХ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ В ДЕТСКОМ ИНФЕКЦИОННОМ СТАЦИОНАРЕ: ВОЗМОЖНОСТИ И ПРОБЛЕМЫ

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Изучена этиологическая структура острых кишечных инфекций у детей, госпитализированных с диареей в детский инфекционный стационар, с целью оценки возможностей совершенствования этиологической расшифровки заболеваний при дополнении традиционных бактериологических методов ПЦР-диагностикой с применением отечественных мульти-прайм ПЦР-реагентов. Использовали 4 набора реагентов, обеспечивающих одновременную индикацию нескольких патогенов в одной пробе: 1) Rotavirus, Norovirus, Astrovirus; 2) Shigella spp./EIEC, Salmonella spp., Campylobacter spp.; 3) Yersinia enterocolitica и Yersinia pseudotuberculosis; 4) Escherichia coli: EIEC (энтероинвазивные), EPEC (энтеропатогенные), ETEC (энтеротоксигенные), EHEC (энтерогеморрагические), EAgEC (энтероаггрегативные). Показано, что этиологическая диагностика вирусных диарей увеличивается на 14%, бактериальных – в 2,5 раза. ПЦР-диагностика выявила у 62% пациентов вирусную природу гастроэнтеритов: Rotavirus (52%), Norovirus (9%), Astrovirus (1%). Количество выявленных ПЦР-маркеров бактериальных возбудителей ОКИ оказалось в 2,5 раза больше, чем по данным бактериологического исследования. Спектр выявляемых бактериальных агентов увеличился за счет E. coli и Y. enterocolitica. ПЦР-диагностика в 2 раза повысила выявляемость Campylobacter spp. и оказалась единственно эффективным методом детекции ДНК E. сoli в пробах испражнений: доминировали EPEC — 66%, EAgEC, ETEC и EHEC составили 31, 9 и 4% соответственно, которые не могли быть идентифицированы при бактериологическом исследовании. ДНК Campylobacter spp. и E. coli в сумме составляли 2/3 находок среди бактериальных возбудителей: Campylobacter spp. (41%), E. coli (24%), Salmonella spp. (19%), Yersinia spp. (11%), Shigella spp./EIEC (5%). Положительные результаты бактериологического посева проб испражнений и серологического исследования крови в РНГА дублировали положительные результаты ПЦР-диагностики. В целом, положительные результаты ПЦР-диагностики бактериальных патогенов установлены у 46,35% обследованных пациентов. У 53,65% пациентов выявлены ПЦР-маркеры ОКИ смешанной этиологии, в основном вирусно-бактериальной, из них в 48,4% случаях выявлены 19 различных вариантов ассоциаций. 12 вариантов бактериальных ассоциаций обнаружены в 5,25%, из них у 11% обнаружены ДНК 2–3 возбудителей бактериальных ОКИ. Проведенное исследование расширило наши представления об этиологии ОКИ у детей в Санкт-Петербурге в 2012–2014 гг.: доминировала ротавирусная инфекция, кампилобактериоз и эшерихиозы. Детекция ПЦР-маркеров нескольких возбудителей, особенно вирусно-бактериальных, превышала 50% всех диагностированных случаев ОКИ.

Об авторах

Е. Д. Соколова

Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия

Автор, ответственный за переписку.
Email: ed_sokolova@mail.ru
д.б.н., старший научный сотрудник, врач-вирусолог Клинико-диагностической лаборатории Детской городской клинической больницы № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия Россия

А. М. Галтаева

Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия

Email: fake@neicon.ru
врач-бактериолог Клинико-диагностической лаборатории Детской городской клинической больницы № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия Россия

О. Ю. Замурий

Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия

Email: fake@neicon.ru
врач-бактериолог Клинико-диагностической лаборатории Детской городской клинической больницы № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия Россия

О. В. Дидиченко

Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия

Email: fake@neicon.ru
врач-бактериолог Клинико-диагностической лаборатории Детской городской клинической больницы № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия Россия

Ю. В. Соколова

Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия

Email: fake@neicon.ru
врач клинической лабораторной диагностики, Клинико-диагностической лаборатории Детской городской клинической больницы № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия Россия

В. А. Муратова

Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия

Email: fake@neicon.ru
врач-бактериолог Клинико-диагностической лаборатории Детской городской клинической больницы № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия Россия

О. Ю. Лигорова

Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия

Email: fake@neicon.ru
врач-бактериолог Клинико-диагностической лаборатории Детской городской клинической больницы № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия Россия

И. Н. Журавлева

Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия

Email: fake@neicon.ru
врач-бактериолог Клинико-диагностической лаборатории Детской городской клинической больницы № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия Россия

М. А. Макарова

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия

Email: fake@neicon.ru
к.м.н., старший научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия Россия

Л. А. Кафтырева

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия

Email: fake@neicon.ru
д.м.н., профессор, зав. лабораторией кишечных инфекций ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия Россия

Список литературы

  1. Бабик Р.Л., Сагалова О.И. Оптимизация диагностики вирусных и бактериальных кишечных инфекций у детей и взрослых // Инфекционные болезни. 2015. Т. 13, № 2. С. 46–54. [Babik R.K., Sagalova O.I. Optimization of diagnostics of viral and bacterial enteric infections in children and adolescents. Infektsionnye bolezni = Infectious Diseases, 2015, vol. 13, no. 2, pp. 46–54 (In Russ.)]
  2. Горелов А.В., Бондарева А.В., Подколзин А.Т. Клинико-эпидемиологическая характеристика энтероаггрегативного эшерихиоза у детей // Инфекционные болезни. 2013. Т. 11, № 3. С. 22–26. [Gorelov A.V., Bondareva A.V., Podkolzin A.T. Clinical and epidemiology feathes of enteroaggregative escherichia infection in children. Infektsionnye bolezni = Infectious Diseases, 2013, vol. 11, no. 3, pp. 22–26 (In Russ.)]
  3. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2014 году: Государственный доклад Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2015. 206 c. [On the state sanitary and epidemiological welfare of the population in the Russian Federation in 2014: State report]. 2015. 206 p.]. URL: http://rospotrebnadzor.ru/upload/iblock/22c/gd_2014_seb_dlya-sayta.pdf (дата обращения: 14.06.2016).
  4. Сведения об инфекционных и паразитарных заболеваниях (форма 1) за январь-декабрь 2012, 2013, 2014 гг. [Information about infectious and parasitic diseases (Form 1) for January-December 2012, 2013, 2014.]. URL: http://rospotrebnadzor.ru/activities/statistical-materials/?type=special (дата обращения: 14.06.2016).
  5. Antikainen J., Kantele A., Pakkanen S.H., Laaveri T., Riutta J., Vaara M., Kirveskari J. A quantitative polymerase chain reaction assay for rapid detection of 9 pathogens directly from stools of travelers with diarrhea. Clin. Gastroenterol. Hepatol., 2013, vol. 11, iss. 10, pp. 1300–1307. doi: 10.1016/j.cgh.2013.03.037
  6. Barletta F., Ochoa T.J., Mercado E., Ruiz J., Ecker L., Lopez G., Mispireta M., Gil A.I., Lanata C.F., Cleary T.G. Quantitative real-time polymerase chain reaction for enteropathogenic Escherichia coli: a tool for investigation of asymptomatic versus symptomatic infections. Clin. Infect. Dis., 2011, vol. 53, no. 12, pp. 1223–1229. doi: 10.1093/cid/cir730
  7. Becker S.L., Chatiqre J.K., Gohou J.P., Coulibaly J.T., Leuppi R., Polman K., Chappuis F., Mertens P., Herrman M., N’Goran E.K., Utzinqer J., Von Muller L. Combained stool-based multiplex PCR and microscopy for enhanced pathogen detection in patients with persistent diarrhea and asymptomatic controls from Cote d’Ivoire. Clin. Microbiol. Infect., 2015, vol. 21, no. 6: 591. doi: 10.1016/j.cmi.2015.02.016
  8. David E.B., Guimaraes S., De Oliveira A.P., Goulart de Oliveira-Sequeria T.C., Noqueira Bittencourt G., Moraes Nardi A.R., Martins Pibolla P.E., Bueno-Franco R.M., Branco N., Tosini F., Bella A., Pozio E., Caccio S.M. Molecular characterization of intestinal protozoa in two poor communities in the State of Sao Paulo, Brasil. Parasit. Vectors, 2015, vol. 8: 103. doi: 10.1186/s13071-015-0714-8
  9. Goldfarb D.M., Dixon B., Moldovan I., Barrowman N., Mattison K., Zentner C., Baikie M., Bidowid S., Chan F., Slinqer R. Nanolitre real-time PCR detection of bacterial, parasitic, and viral agents from patients with diarrhea in Nunavut, Canada. Int. J. Circumpolar Health, 2013, vol. 72: 19903. doi: 10.3402/ijch.v72i0.19903
  10. Laaveri T., Pakkanen S.H., Antikainen J., RiuttaJ., Mero S., Kirveskari J., Antele A. High number of diarrhoeal co-infections in travelers to Benin, West Africa. BMC Infect. Dis., 2014, vol. 14: 81. doi: 10.1186/1471-2334-14-81
  11. Maas L., Dorigo-Zetsma J.W., De Groot C.J., Bouter S., Plotz F.B., Van Ewijk B.E. Detection of intestinal protozoa in paediatric patients with gastrointestinal symptoms by multiplex real-time PCR. Clin. Microbiol. Infect., 2014, vol. 20, no. 6, pp. 545–550. doi: 10.1111/1469-0691.12386
  12. McAuliffe G.N., Anderson T.P., Stevens M., Adams J., Coleman R., Vahagamasera P., Young S., Henderson T., Hoffmann M., Jennings L.C., Murdoch D.R. Systematic application of multiplex PCR enhances the detection of bacteria, parasites and viruses in stool samples. J. Infect., 2013, vol. 67, no. 2, pp. 122–129. doi: 10.1016/j.jinf.2013.04.009
  13. Pankhurst L., Macfarlane-Smith L., Buchanan J., Anson L., Davies K., O’Connor L., Ashwin H., Pike G., Dingle K.E., Peto T.E., Wordsworth S., Walker A.S., Wilcox M.H., Crook D.W. Can rapid integrated polymerase chain reaction-based diagnostics for gastrointestinal pathogens improve routine hospital infection control practice? A diagnostic study. Health Technol. Assess, 2014, vol. 18, no. 53, pp. 1–167. doi: 10.3310/hta18530
  14. Perry M.D., Corden S.A., Howe R.A. Evaluation of the Luminex xTAG Gastrointestinal Pathogen Panel and the Savyon Diagnostics Gastrointestinal Infection Panel for the detection of enteric pathogens in clinical samples. J. Med. Microbiol., 2014, vol. 63, pt. 11, pp. 1419–1426. doi: 10.1099/jmm.0.074773-0
  15. Tennat S.M., Grant T.H., Robins-Browne R.M. Pathogenicity of Yersinia enterocolitica biotype 1A. FEMS Immunol. Med. Microbiol., 2003, vol. 38, no. 2, pp. 127–137.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Соколова Е.Д., Галтаева А.М., Замурий О.Ю., Дидиченко О.В., Соколова Ю.В., Муратова В.А., Лигорова О.Ю., Журавлева И.Н., Макарова М.А., Кафтырева Л.А., 2016

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».