НОВЫЙ МЕТОД ОПРЕДЕЛЕНИЯ МУТАЦИИ УСТОЙЧИВОСТИ ВИРУСА ГЕПАТИТА B К АНАЛОГАМ НУКЛЕОЗ(Т)ИДОВ M204I/V У ПАЦИЕНТОВ С ХРОНИЧЕСКИМ ГЕПАТИТОМ B

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Для лечения хронического гепатита В (ХГВ) широко используются аналоги нуклеоз(т)идов (АН), такие как ламивудин (ЛАМ), телбивудин (ТБВ), адефовир (АДФ), энтекавир (ЭНТ). Однако длительное применение этих препаратов часто приводит к развитию лекарственной устойчивости. Наиболее часто встречаются замены метионина на валин в 204 положении обратной транскриптазы (rtM204V), либо метионина на изолейцин (rtM204I). Раннее выявление мутаций устойчивости к АН имеет большое значение для определения стратегии лечения пациентов с ХГВ. В настоящее время существует много высокочувствительных технологий обнаружения мутаций устойчивости, таких как секвенирование нового поколения, метод обратной гибридизации с использованием олигонуклеотидных зондов (LiPA), масс-спектрометрический метод. Однако эти методы требуют дорогостоящего оборудования и реактивов, поэтому их использование в клинических лабораториях пока не получило широкого применения. Целью данной работы было разработать простой и точный метод для определения мутации rtM204I/V, основанный на ПЦР в реальном времени. Разработанный метод показал высокую специфичность и чувствительность (1000 копий/мл), он менее трудоемок, не нуждается в дополнительном оборудовании, более быстрый и экономичный в сравнении с другими методами. Мутации устойчивости ВГВ к АН определяли в 5 группах пациентов с ХГВ. Пациенты первой группы получали монотерапию пегилированным интерфероном (n = 12), второй группы — ламивудином (n = 10), третьей группы — телбивудином (n = 7), четвертой группы — энтекавиром (n = 15). В пятую группу вошли пациенты, не получавшие противовирусную терапию (n = 3). Среди обследованных 47 пациентов с ХГВ распространенность мутаций в YMDD-мотиве полимеразы у пациентов, получавших ламивудин, составила 10%, энтекавир — 20%, телбивудин — 28%. У двух пациентов были выявлены последовательности YIDD/YVDD и у одного — YMDD/ YIDD. ПЦР-метод обнаружения мутаций устойчивости ВГВ rtM204I/V к АН с детекцией в режиме реального времени может быть использован для первичного скрининга пациентов с ХГВ, не отвечающих на лечение АН. Применение данного метода ограничит число образцов для углубленного изучения первичных и компенсаторных мутаций устойчивости к АН методом секвенирования. При сравнении разработанного метода с широко используемым секвенированием по Сенжеру, данный метод более быстрый, экономичный и способен выявлять минорные варианты популяции ВГВ. 

Об авторах

Е. А. Елпаева

197376, Россия, Санкт-Петербург, ул. проф. Попова, 15/17, ФГБУ НИИ гриппа МЗ РФ.

Автор, ответственный за переписку.
Email: fake@neicon.ru

научный сотрудник лаборатории молекулярной вирусологии и генной инженерии ФГБУ НИИ гриппа МЗ РФ, Санкт-Петербург, Россия;

Россия

А. Б. Комиссаров

197376, Россия, Санкт-Петербург, ул. проф. Попова, 15/17, ФГБУ НИИ гриппа МЗ РФ.

Email: fake@neicon.ru

старший научный сотрудник лаборатории молекулярной вирусологии и генной инженерии ФГБУ НИИ гриппа МЗ РФ, Санкт-Петербург, Россия; 

Россия

М. М. Писарева

197376, Россия, Санкт-Петербург, ул. проф. Попова, 15/17, ФГБУ НИИ гриппа МЗ РФ.

Email: fake@neicon.ru

к.б.н., ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной вирусологии и генной инженерии ФГБУ НИИ гриппа МЗ РФ, Санкт-Петербург, Россия;

Россия

М. П. Грудинин

197376, Россия, Санкт-Петербург, ул. проф. Попова, 15/17, ФГБУ НИИ гриппа МЗ РФ.

Email: fake@neicon.ru

к.б.н., зав. лабораторией молекулярной вирусологии и генной инженерии, зам. директора по науке и развитию ФГБУ НИИ гриппа МЗ РФ, Санкт-Петербург, Россия; 

Россия

О. И. Киселев

197376, Россия, Санкт-Петербург, ул. проф. Попова, 15/17, ФГБУ НИИ гриппа МЗ РФ.

Email: fake@neicon.ru

академик РАН, д.б.н., профессор, директор ФГБУ НИИ гриппа МЗ РФ, Санкт-Петербург, Россия

Россия

Список литературы

  1. Елпаева Е.А., Порецкова Е.А., Ковеленов А.Ю., Аликян И.С., Гальбрайх Р.Б., Грудинин М.П., Эсауленко Е.В. Генотипическая характеристика вируса гепатита В у хронически инфицированных больных // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2009. № 15. С. 56–59. [Elpaeva E.A., Poretskova E.A., Kovelenov A.Yu., Alikyan J.S., Galbraikh R.B., Grudinin M.P., Esaulenko E.V. Genotypic characterization of the hepatitis B virus in chronically infected patients. Dal’nevostochnyi zhurnal infektsionnoi patologii = Far Eastern Journal of Infection Pathology, 2009, no. 15, pp. 56–59. (In Russ.)]
  2. Елпаева Е.А., Писарева М.М., Никитина О.Е., Кижло С.Н., Грудинин М.П., Дуданова О.П. Роль мутантных форм вируса гепатита B в прогрессирующем течении хронического гепатита В // Ученые записки Петрозаводского государственного университета. Естественные и технические науки. 2014. Т. 143, № 6. С. 41–46. [Elpaeva E.A., Pisareva M.M., Nikitina O.E., Kizhlo S.N., Grudinin M.P., Dudanova O.P. The role of the mutant forms of hepatitis B virus in the progressive course of chronic hepatitis B. Uchenye zapiski Petrozavodskogo gosudarstvennogo universiteta. Estestvennye i tekhnicheskie nauki = Scientific Notes of Petrozavodsk State University. Natural and Engineering Sciences, 2014, vol. 143, no. 6, pp. 41–46. (In Russ.)]
  3. Dandri M., Locarnini S. New insight in the pathobiology of hepatitis B virus infection. Gut, 2012, vol. 61, no. 1, pp. 6–17. doi: 10.1136/gutjnl-2012-302056
  4. Feng Z.L., Yu X.Y., Lu Z.M., Geng D.Y., Zhang L., Chen S.J. Rapid detection of the hepatitis B virus YMDD mutant using AllGlo™ probes. Clin. Chim. Acta., 2011, vol. 412, iss. 11–12, pp. 1018–1021. doi: 10.1016/j.cca.2011.02.012
  5. Gao S. Clinical relevance of hepatitis B virus variants. World J. Hepatol., 2015, vol. 7, no. 8, pp. 1086–1096. doi: 10.4254/wjh.v7.i8.1086
  6. Hua W., Zhang G., Guo S., Li W., Sun L., Xiang G. Microarray-based genotyping and detection of drug-resistant HBV mutations from 620 Chinese patients with chronic HBV infection Brazilian. J. Infect. Dis., 2015, vol. 19, no. 3, pp. 291–295. doi: 10.1016/j.bjid.2015.03.012
  7. Ko S.-Y., Oh H.-B., Park C.-W., Lee H.C., Lee J.-E. Analysis of hepatitis B virus drug-resistant mutant haplotypes by ultra-deep pyrosequencing. Clin. Microbiol. Infect., 2012, vol. 18, no. 10, pp. 404–411. doi: 10.1111/j.1469-0691.2012.03951.x
  8. Lin C.-L., Kao J.-H. Hepatitis B virus genotypes and variants. Cold Spring Harb. Perspect. Med., 2015, vol. 5, no. 5, pp. a021436–a021436. doi: 10.1101/cshperspect.a021436
  9. Locarnini S., Yuen L. Molecular genesis of drug-resistant and vaccine-escape HBV mutants. Antivir. Ther., 2010, vol. 15, no. 3, pp. 451–461. doi: 10.3851/IMP1499
  10. Locarnini S., Zoulim F. Molecular genetics of HBV infection. Antivir. Ther., 2010, vol. 15, no. 3, pp. 3–14. doi: 10.3851/IMP1619
  11. Niesters H.G.M., Zoulim F., Pichoud C., Buti M., Shapiro F., D’Heuvaert N., Celis L., Doutreloigne J., Sablon E. Validation of the INNO-LiPA HBV DR assay (version 2) in monitoring hepatitis B virus-infected patients receiving nucleoside analog treatment. Antimicrob. Agents Chemother., 2010, vol. 54, no. 3, pp. 1283–1289. doi: 10.1128/AAC.00970-09
  12. Rybicka M., Stalke P., Dreczewski M., Smiatacz T., Bielawski K.P. High-throughput matrix-assisted laser desorption ionizationtime of flight mass spectrometry as an alternative approach to monitoring drug resistance of hepatitis B virus. J. Clin. Microbiol, 2014, vol. 52, no. 1, pp. 9–14. doi: 10.1128/JCM.01891-13
  13. Shi M., Yang Z.J., Wang R.S., Zhang H., Zhu Y.F., Xu Y.P., Lin Q.Y., Jin L.J. Rapid quantitation of lamivudine-resistant mutants in lamivudine treated and untreated patients with chronic hepatitis B virus infection. Clin. Chim. Acta., 2006, vol. 373, iss. 1–2, pp. 172–175. doi: 10.1016/j.cca.2006.05.023
  14. Stuyver L.J., Locarnini S.A., Lok A., Richman D.D., Carman W.F., Dienstag J.L., Schinazi R.F. Nomenclature for antiviralresistant human hepatitis B virus mutations in the polymerase region. Hepatology, 2001, vol. 33, no. 3, pp. 751–757. doi: 10.1053/jhep.2001.22166
  15. Wang R.S., Zhang H., Zhu Y.F., Han B., Yang Z.J. Detection of YMDD mutants using universal template real-time PCR. World J. Gastroenterol., 2006, vol. 12, no. 8, pp. 1308–1311. doi: 10.3748/wjg.v12.i8.1308

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Елпаева Е.А., Комиссаров А.Б., Писарева М.М., Грудинин М.П., Киселев О.И., 2015

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».