Comparative analysis of the association of polymorphism rs9939609 of the FTO gene in patients with type 2 diabetes mellitus in the Tatar and Yakut populations

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Background. One of the most important gene polymorphisms that may be responsible for the development of insulin resistance is the rs9939609 of the FTO gene.

Aim. To investigate the association of the rs9939609 polymorphism of the FTO gene in patients with type 2 diabetes (T2D) in the Yakut and Tatar populations.

Materials and methods. The study involved patients with T2D from the population of the Yakut nationality of the Republic of Sakha (Yakutia), Yakutsk (n=132) and the Tatar population – residents of the Republic of Tatarstan (n=134). Molecular genetic analysis was carried out on in the central research laboratory of the Department of molecular genetics (Kazan State Medical University) and in the laboratory of hereditary pathology of the Department of Molecular Genetics (Yakut Science Center of Complex Medical Problems). Statistical data processing was carried out using GraphPad InStat, Microsoft Excel 2007 programs.

Results. The frequency of the AA genotype of the rs9939609 polymorphism of the FTO gene in the group of T2D in the Tatar population differed from the own control sample: 30.1% vs 14.1%; p=0.00000006, as well as from the European control group from the 1000GENOME database: 30.1% vs 19.9%; p=0.0006. The frequency of the risk allele in T2D group in the Yakut population was statistically significantly higher than in the East Asian control group from the 1000GENOME database (27.7% vs 16.9%; p=0.00007), in the own healthy control group no significant differences were found.

Conclusion. The more the Asian component in the genome of the population, the less it is predisposed to obesity and T2D. The rs9939609 polymorphism of the FTO gene is associated with the risk of T2D in the Tatar population; no association in the Yakut population was found.

About the authors

Farida V. Valeeva

Kazan State Medical University

Email: val_farida@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6000-8002

D. Sci. (Med.), Prof.

Russian Federation, Kazan

Nadezhda I. Pavlova

Yakut Science Center of Complex Medical Problems

Email: solnishko_84@inbox.ru
ORCID iD: 0000-0001-7862-1876

Cand. Sci. (Biol.)

Russian Federation, Yakutsk

Alexey A. Bochurov

Yakut Science Center of Complex Medical Problems

Email: binbaher@mail.ru
ORCID iD: 0009-0008-5414-4102

Res. Assist.

Russian Federation, Yakutsk

Alexey V. Krylov

Yakut Science Center of Complex Medical Problems

Email: alexkrulovwork@gmail.com
ORCID iD: 0009-0005-5977-5518

Res. Assist.

Yakutsk

Lyubov A. Sydykova

Ammosov North-Eastern Federal University

Email: sydlub@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-8377-7012

Cand. Sci. (Med.), Assoc. Prof.

Yakutsk

Vladislav A. Alekseev

Yakut Science Center of Complex Medical Problems

Email: vldslvalekseev@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6751-6210

Res. Assist.

Russian Federation, Yakutsk

Kamilya B. Khasanova

Kazan State Medical University

Email: kamilya_khasanova@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-1825-487X

Assistant of Professor

Russian Federation, Kazan

Ildus I. Ahmetov

Kazan State Medical University

Email: genoterra@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-6335-4020

D. Sci. (Med.)

Russian Federation, Kazan

Tatyana А. Kiseleva

Kazan State Medical University

Author for correspondence.
Email: tattiana@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-8959-093X

Cand. Sci. (Med.)

Russian Federation, Kazan

References

  1. Дедов И.И., Шестакова М.В., Викулова О.К., и др. Эпидемиологические характеристики сахарного диабета в Российской Федерации: клинико-статистический анализ по данным регистра сахарного диабета на 01.01.2021. Сахарный диабет. 2021;24(3):204-21 [Dedov II, Shestakova MV, Vikulova OK, et al. Epidemiological characteristics of diabetes mellitus in the Russian Federation: clinical and statistical analysis according to the federal diabetes register data of 01.01.2021. Diabetes Mellitus. 2021;24(3):204-21 (in Russian)]. doi: 10.14341/DM12759
  2. Дедов И.И., Шестакова М.В., Викулова О.К., и др. Сахарный диабет в Российской Федерации: распространенность, заболеваемость, смертность, параметры углеводного обмена и структура сахароснижающей терапии по данным Федерального регистра сахарного диабета, статус 2017 г. Сахарный диабет. 2018;21(3):144-59 [Dedov II, Shestakova MV, Vikulova OK, et al. Diabetes mellitus in Russian Federation: prevalence, morbidity, mortality, parameters of glycaemic control and structure of hypoglycaemic therapy according to the Federal Diabetes Register, status 2017. Diabetes Mellitus. 2018;21(3):144-59 (in Russian)]. doi: 10.14341/DM9686
  3. Ingelsson E, McCarthy MI. Human Genetics of Obesity and Type 2 Diabetes Mellitus: Past, Present, and Future. Circ Genom Precis Med. 2018;11(6):e002090. doi: 10.1161/CIRCGEN.118.002090
  4. Park KS. The Search for Genetic Risk Factors of Type 2 Diabetes Mellitus. Diabetes Metab J. 2011;35(1):12-22. doi: 10.4093/dmj.2011.35.1.12
  5. Krentz NAJ, Gloyn AL. Insights into pancreatic islet cell dysfunction from type 2 diabetes mellitus genetics. Nat Rev Endocrinol. 2020;16(4):202-12. doi: 10.1038/s41574-020-0325-0
  6. Ruchat SM, Weisnagel SJ, Vohl MC, et al. Evidence for interaction between PPARG Pro12Ala and PPARGC1A Gly482Ser polymorphisms in determining type 2 diabetes intermediate phenotypes in overweight subjects. Exp Clin Endocrinol Diabetes. 2009;117(9):455-9. doi: 10.1055/s-0029-1216352
  7. Stratigopoulos G, Padilla SL, LeDuc CA, et al. Regulation of FTO/Ftm gene expression in mice and humans. Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol. 2008;294(4):R1185-6. doi: 10.1152/ajpregu.00839.2007
  8. Кучер А.Н. Ген FTO и болезни: значимость генетического полиморфизма, эпигенетических модификаций и средовых факторов. Генетика. 2020;56:1025-43 [Kucher A. The FTO Gene and Diseases: The Role of Genetic Polymorphism, Epigenetic Modifications, and Environmental Factors. Russian Journal of Genetics. 2020;56:1025-43 (in Russian)]. doi: 10.1134/S1022795420090136
  9. Wåhlén K, Sjölin E, Hoffstedt J, et al. The common rs9939609 gene variant of the fat mass- and obesity-associated gene FTO is related to fat cell lipolysis. J Lipid Res. 2008;49(3):607-11. doi: 10.1194/jlr.M700448-JLR200
  10. Kurtanov KhA, Sydykova LA, Ivanova ON, et al. The study of the FTO gene in Yakut population suffering from type 2 diabetes mellitus. Wulfenia Journal. 2018;25(4):113-22.
  11. Ensembl genome browser. Available at :http://feb2023.archive.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?db=core;r=16:53786115-53787115;v=rs9939609;vdb=variation;vf=730602335. Accessed: 19.03.2024.
  12. Бондарева Э.А., Махалин А.В., Попова Е.В., и др. Предрасположенность к ожирению среди различных этнических групп на территории России и Монголии, обусловленная полиморфизмом гена FTO. Вестник Московского университета. Серия XXIII Антропология. 2018;4:43-8 [Bondareva EA, Makhalin AV, Popova EV, et al. Obesity predisposition associated with FTO gene polymorphism among different ethnic groups of Russia and Mongolia. Moscow University Anthropology Bulletin. 2018;4:43-8 (in Russian)].
  13. Karasawa S, Daimon M, Sasaki S, et al. Association of the common fat mass and obesity associated (FTO) gene polymorphism with obesity in a Japanese population. Endocrine Journal. 2010;57(4):293-301. doi: 10.1507/endocrj.k09e-305
  14. Peng S, Zhu Y, Xu F, et al. FTO gene polymorphisms and obesity risk: a meta-analysis. BMC Med. 2011;9:71. doi: 10.1186/1741-7015-9-71
  15. Abbas S, Raza ST, Ahmed F, et al. Association of genetic polymorphism of PPARγ-2, ACE, MTHFR, FABP-2 and FTO genes in risk prediction of type 2 diabetes mellitus. J Biomed Sci. 2013;20(1):80. doi: 10.1186/1423-0127-20-80
  16. Frayling TM, Timpson NJ, Weedon MN, et al. A common variant in the FTO gene is associated with body mass index and predisposes to childhood and adult obesity. Science (New York, N.Y.). 2007;316(5826):889-94. doi: 10.1126/science.1141634
  17. Батурин А.К., Сорокина Е.Ю., Погожева А.В., и др. Изучение полиморфизма rs9939609 гена FTO у населения Свердловской области. Вопросы питания. 2012;81(5):28-32 [Baturin AK, Anohina O, Sorokina E, et al. The FTO rs9939609 polymorphism study in the Sverdlovsk area, Russia. Problems of Nutrition. 2012;81(5):28-32 (in Russian)].
  18. Бояринова М.А., Ротарь О.П., Костарева А.А., и др. Ассоциация rs9939609 полиморфизма гена FTO с метаболическим здоровьем у пациентов с ожирением в популяции жителей Санкт-Петербурга. Доктор.Ру. 2018;8(152):20-4 [Boyarinova MA, Rotar’ OP, Kostareva AA, et al. Association of rs9939609 FTO gene polymorphism. With metabolic health in ibese patients in St. Petersburg population. Doctor.Ru. 2018;8(152):20-4 (in Russian)]. doi: 10.31550/1727-2378-2018-152-8-20-24
  19. Авзалетдинова Д.Ш., Моругова Т.В., Шарипова Л.Ф., Кочетова О.В. Ассоциация полиморфных локусов предрасположенности к сахарному диабету 2 типа в различных этнических группах Российской Федерации. Сахарный диабет. 2021;24(3):262-72 [Avzaletdinova DS, Morugova TV, Sharipova LF, Kochetova OV. Association of polymorphic loci of susceptibility to diabetes mellitus type 2 in various ethnic groups of the Russian Federation. Diabetes Mellitus. 2021;24(3):262-72 (in Russian)]. doi: 10.14341/DM12531
  20. Павлова Н.И., Куртанов К.А., Соловьева Н.А., и др. Ассоциация полиморфизма rs9939609 гена FTO с развитием ожирения в якутской популяции. Современные проблемы науки и образования. 2018;5:34-43 [Pavlova NI, Kurtanov KA, Soloveva NA, et al. Association of polymorphism rs9939609 FTO gene with development of obesity in the Yakut population. Modern Problems of Science and Education. 2018;5:34-43 (in Russian)]. doi: 10.17513/spno.28020
  21. Насибулина Э.С., Шагимарданова Р.Р., Борисова А.В., Ахметов И.И. Ассоциация полиморфизма гена FTO с избыточной массой тела в российской популяции. Казанский медицинский журнал. 2012;93(5):823-6 [Nasibulina ES, Shagimardanova RR, Borisova AV, Ahmetov II. The association of the FTO gene polymorphism with overweight in Russian population. Kazan Medical Journal. 2012;93(5):823-6 (in Russian)]. doi: 10.17816/KMJ1720
  22. Шакирова А.Т., Егорова Э.С., Лутфуллин И.Я., и др. Ассоциация полиморфизма rs9939609 T/A гена FTO с избыточной массой тела в детской популяции Республики Татарстан. Вопросы детской диетологии. 2017;15(1):5-8 [Shakirova AT, Egorova ES, Lutfullin IYa, et al Association of polymorphism rs9939609 T/A of the FTO gene with overweight in the pediatric population of the Republic of Tatarstan. Pediatric Nutrition. 2017;15(1):5-8 (in Russian)]. doi: 10.20953/1727-5784-2017-1-5-8
  23. Валеева Ф.В., Хасанова К.Б., Созинова Е.А., и др. Анализ ассоциации полиморфизмов генов FTO, PPARG и PPARGC1A с нарушениями углеводного обмена. Казанский медицинский журнал. 2022;103(4):592-601 [Valeeva FV, Khasanova KB, Sozinova EA, et al. Analysis of the association of FTO, PPARG and PPARGC1A gene polymorphisms with carbohydrate metabolism disorders. Kazan Medical Journal. 2022;103(4):592-601 (in Russian)]. doi: 10.17816/KMJ2022-592
  24. Батурин А.К., Сорокина Е.Ю., Погожева А.В., и др. Изучение ассоциации полиморфизмов rs993609 гена FTO и rs659366 гена UCP2 с ожирением у населения Арктической зоны Российской Федерации. Вопросы питания. 2017;86(3):32-9 [Baturin AK, Sorokina EYu, Pogozheva AV, et al. The association of rs993609 FTO gene and rs659366 UCP2 gene polymorphisms with obesity among arctic Russian population. Problems of Nutrition. 2017;86(3):32-9 (in Russian)].
  25. Lemas DJ, Klimentidis YC, Wiener HH, et al. Obesity polymorphisms identified in genome-wide association studies interact with n-3 polyunsaturated fatty acid intake and modify the genetic association with adiposity phenotypes in Yup’ik people. Genes & Nutrition. 2013;8(5):495–505. doi: 10.1007/s12263-013-0340-z
  26. Батурин А.К., Сорокина Е.Ю., Погожева А.В., и др. Региональные особенности полиморфизма генов, ассоциированных с ожирением (rs9939609 гена FTO и Trp64Arg гена ADRB3) у населения России. Вопросы питания. 2014;83(2):35-41 [Baturin AK, Sorokina EYu, Pogozheva AV, et al. Regional features of obesity-associated gene polymorphism (rs9939609 FTO gene and gene Trp64Arg ADRB3) in Russian population. Problems of Nutrition. 2014;83(2):35-41 (in Russian)].
  27. Xue A, Wu Y, Zhu Z, et al. Genome-wide association analyses identify 143 risk variants and putative regulatory mechanisms for type 2 diabetes. Nat Commun. 2018;9(1):2941. doi: 10.1038/s41467-018-04951-w
  28. Балановская Е.В., Агджоян А.Т., Жабагин М.К., и др. Татары Евразии: своеобразие генофондов крымских, поволжских и сибирских татар. Вестник Московского университета. Серия XXIII Антропология. 2016;2:75-85 [Balanovska EV, Agdzhoyan AT, Zhabagin MK, et al. The Tatars of Eurasia: peculiarity of Crimean, Volga and Siberian tatar gene pools. Moscow University Anthropology Bulletin. 2016;2:75-85 (in Russian)].
  29. Харьков В.Н., Степанов В.А., Медведева О.А., и др. Происхождение якутов: анализ гаплотипов Y-хромосомы. Молекулярная биология. 2008;42(2):226-37 [Kharkov VN, Stepanov VA, Medvedeva OF, et al. The origin of Yakuts: analysis of the y-chromosome haplotypes. Molecular Biology. 2008;42(2):226-37 (in Russian)].
  30. Зуев Ю.А. Ранние тюрки: очерки истории и идеологии. Алматы: ДайкПресс, 2002; c. 338 [Zuev IuA. Ranniie tiurki: ocherki istorii i ideologii. Almaty Daik-Press, 2002; p. 338 (in Russian)].
  31. Ушницкий В.В. Теория татарского происхождения якутов. Золотоордынское обозрение. 2014;1(3):43-63 [Ushnitskii VV. Teoriia tatarskogo proiskhozhdeniia iakutov. Zolotoordinskoe obozrenie. 2014;1(3):43-63(in Russian)].
  32. Батурин А.К., Сорокина Е.Ю., Кешабянц Э.Э., и др. Оценка риска дефицита витамина D у жителей Российской Арктики в зависимости от полиморфизма rs9939609 гена FTO. Профилактическая медицина. 2019;22(2):57-61 [Baturin AK, Sorokina EYu, Keshabyants EE, et al. Risk assessment for vitamin D deficiency in the inhabitants of the Russian Arctic according to FTO rs9939609 polymorphism. Profilakticheskaya meditsina. 2019;22(2):57-61 (in Russian)]. doi: 10.17116/profmed20192202157
  33. Конюхова Е.В., Нгуен Ф.Н., Алимова Ф.К., Кравцова О.А. Разнообразие митохондриального генофонда в популяции поволжских татар Республики Татарстан. Ученые записки Казанского университета. Серия Естественные науки. 2010;152(2):128-36 [Koniukhova EV, Nguen FN, Alimova FK, Kravtsova OA. Raznoobraziie mitokhondrial'nogo genofonda v populiatsii povolzhskikh tatar Respubliki Tatarstan. Uchenyie zapiski Kazanskogo universiteta. Seriia Estestvennyie nauki. 2010;152(2):128-36 (in Russian)].
  34. Богданова О.Г., Тармаева И.Ю., Сорокина Е.Ю., и др. Оценка риска избыточной массы тела у детей в зависимости от полиморфизма rs9939609 генa FTO. Анализ риска здоровью. 2023;1:55-62 [Bogdanova OG, Tarmaeva IYu, Sorokina EYu, et al. Assessment of health risks caused by overweight in children depending on the FTO gene rs9939609 polymorphism. Health Risk Analysis. 2023;1:55-62 (in Russian)]. doi: 10.21668/health.risk/2023.1.06
  35. Doaei S, Mosavi Jarrahi SA, Sanjari Moghadam A, et al. The effect of rs9930506 FTO gene polymorphism on obesity risk: a meta-analysis. Biomol Concepts. 2019;10(1):237-42. doi: 10.1515/bmc-2019-0025
  36. Поляков Л.М., Розуменко А.А., Осипова Л.П., и др. Липидный спектр сыворотки крови у представителей коренного и пришлого населения Ямало-Ненецкого автономного округа. Сибирский научный медицинский журнал. 2015;35(6):66-9 [Polyakov LM, Rozumenko AA, Osipova LP, et al. Serum lipid spectrum of indigenous and alien population of Yamalo-Nenets Autonomous Okrug. The Siberian Scientific Medical Journal. 2015;35(6):66-9 (in Russian)].
  37. Воробьева Н.А., Белова Н.И., Воробьева А.И. Особенности фенотипического и генотипического липидного статуса коренного этноса Арктики в условиях островного проживания. Атеротромбоз. 2020;(2):44-55 [Vorobyeva NA, Belova NI, Vorobyeva AI. Features of the phenotypic and genotypic lipid status of the indigenous ethnic group of the Arctic in the conditions of island living. Atherothrombosis. 2020;(2):44-55 (in Russian)]. doi: 10.21518/2307-1109-2020-2-44-55

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Fig. 1. Frequency of occurrence of the T allele of the rs9939609 polymorphism of the FTO gene in different populations.

Download (68KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2024 Consilium Medicum

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».