В январе 1999 г. Ученый совет Военно-медицинской академии имени С.М. Кирова принял решение об организации в Академии научно-практического издания в виде журнала. Организацию подготовки учредительных документов, регистрацию журнала, его подготовку к выпуску Ученый совет поручил начальнику НИЛ иммунологии профессору В.Н. Цыгану, назначенному ответственным секретарем журнала. Фактически речь шла о возобновлении издания журнала «Известия Военно-медицинской академии», выпуск которого был прекращен сразу после октябрьской революции 1917 г. После длительных дискуссий журнал получил название «Вестник Российской Военно-медицинской академии» и стал главным научным изданием Академии. Период становления журнала был недолгим и завершился к сентябрю 1999 г. выпуском его первого номера