Гетерогенность изолятов нетифоидных сальмонелл из различных источников выделения в Российской Федерации в 2010–2019 гг

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель – на основании исследований изолятов нетифоидных Salmonella enterica subsp. enterica, изолированных из клинического материала и различных объектов окружающей среды в РФ в период 2011–2019 гг., провести оценку гетерогенности популяции Salmonella enterica subsp. enterica

Материал и методы. Было проведено субвидовое типирование 3076 изолятов нетифоидных Salmonella enterica subsp. enterica, выделенных из образцов фекалий пострадавших при спорадических и групповых случаях сальмонеллеза (n = 2518), пищевых продуктов и образцов воды (n = 558), с применением серотипирования по схеме Кауфмана–Уайта и анализа набора продуктов рестрикции тотальной ДНК в пульсирующем электрическом поле – пульс-электрофореза (PFGE – Pulsed Field Gel Electrophoresis) с использованием эндонуклеаз рестрикции XbaI и BlnI по стандартизированному протоколу PulseNet International Network.

Результаты. Изученный комплекс изолятов дифференцировался на 73 серотипа и 601 PFGE-тип. Сравнительный анализ сальмонелл, изолированных из различных источников выделения, позволил идентифицировать субтипы, имевшие достоверные различия в их распространенности у человека и потенциальных факторах передачи. Значительная доля образцов мяса кур, индейки и свинины содержала субтипы сальмонелл, не характерные для клинического материала. Были выявлены региональные различия в гетерогенности популяции сальмонелл.

Заключение. Выявленные различия в представленности субтипов Salmonella enterica subsp. enterica среди изолятов, выделенных от человека и потенциальных факторов передачи, свидетельствуют о значительной вариабельности вирулентных свойств данных возбудителей и необходимости дифференцированной оценки их эпидемиологического потенциала.

Об авторах

Софья Шаевна Рожнова

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: salm@pcr.ru
ORCID iD: 0000-0002-3009-8593
SPIN-код: 8888-2294

д.б.н.

Россия, Москва

Константин Валерьевич Кулешов

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Автор, ответственный за переписку.
Email: konstantinkul@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-5238-7900
SPIN-код: 7404-4080

к.б.н.

Россия, Москва

Анастасия Сергеевна Павлова

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: epid-oki@pcr.ru
ORCID iD: 0000-0003-4619-9337
SPIN-код: 7102-1513

MD

Россия, Москва

Анна Николаевна Гусева

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: epid-oki@pcr.ru
ORCID iD: 0000-0001-7028-0253
SPIN-код: 3419-6926

MD

Россия, Москва

Татьяна Александровна Кожахметова

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: epid-oki@pcr.ru
ORCID iD: 0000-0002-4821-7992
SPIN-код: 4942-3575

MD

Россия, Москва

Надежда Константиновна Акулова

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: epid-oki@pcr.ru
ORCID iD: 0000-0003-0208-7165

MD

Россия, Москва

Александр Тихонович Подколзин

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: epid-oki@pcr.ru
ORCID iD: 0000-0002-0044-3341
SPIN-код: 8937-5504

MD, PhD

Россия, Москва

Список литературы

  1. Davis KM, Isberg RR. Defining heterogeneity within bacterial populations via single cell approaches. Bioessays. 2016;38(8):782-90. doi: 10.1002/bies.201500121.
  2. Магданова Л.А., Голясная Н.В. Гетерогенность как адаптивное свойство бактериальной популяции. Микробиология. 2013;82(1):3-13. doi: 10.7868/S0026365613010072.
  3. Abee T, Koomen J, Metselaar KI, et al. Impact of pathogen population heterogeneity and stress-resistant variants on food safety. Annu Rev Food Sci Technol. 2016;7:439-56. doi: 10.1146/annurev-food-041715-033128.
  4. Tsai CN, Coombes BK. The role of the host in driving phenotypic heterogeneity in salmonella. Trends Microbiol. 2019;27(6):508-23. doi: 10.1016/j.tim.2019.01.004.
  5. The European Union summary report on trends and sources of zoonoses, zoonotic agents and food-borne outbreaks in 2017 European Food Safety Authority and European Centre for Disease Prevention and Control (EFSA and ECDC). EFSA J. 2018; 16(12):e05500. doi: 10.2903/j.efsa.2018.5500.
  6. Commission Regulation (EU) No 1086/2011 of 27 October 2011 amending Annex II to Regulation (EC) No 2160/2003 of the European Parliament and of the Council and Annex I to Commission Regulation (EC) No 2073/2005 as regards salmonella in fresh poultry meat. Official Journal of the European Union. 2011; 281: 7–11.
  7. Gerner-Smidt P, Hise K, Kincaid J, et al. PulseNet USA: a five-year update. Foodborne Pathog Dis. 2006;3(1):9-19. doi: 10.1089/fpd.2006.3.9.
  8. Standard operating procedure for PulseNet PFGE of Escherichia coli O157:H7, Escherichia coli non-O157 (STEC), Salmonella serotypes, Shigella sonnei and Shigella flexneri. Available at: https://www.cdc.gov/pulsenet/pdf/ecoli-shigella-salmonella-pfge-protocol-508c.pdf (accessed 24 March 2020).
  9. Peters TM. Pulsed-field gel electrophoresis for molecular epidemiology of food pathogens. Methods Mol Biol. 2009;551:59-70. doi: 10.1007/978-1-60327-999-4_6.
  10. TECHNICAL REPORT ECDC. Roadmap for integration of molecular and genomic typing into European-level surveillance and epidemic preparedness. Version 2.1, 2016−2019. Available at: https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/ecdc-roadmap-integration-molecular-typing-and-genomic-typing-european-level (accessed 24 March 2020).

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Доля трех ведущих серотипов Salmonella enterica subsp. enterica, среди изолятов, выделенных от человека (2011–2019 гг., ежегодное количество исследованных изолятов от 244 до 405, данные по серотипам Typhimurium и Infantis представлены по вспомогательной оси).

Скачать (250KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Sankey-диаграмма распределения двадцати ведущих по распространенности у людей сероваров сальмонелл по различным источникам изоляции (Российская Федерация, 2010–2019 гг.).

Скачать (554KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Минимальное остовное дерево PFGE-генотипов с использованием эндонуклеаз рестрикции XbaI и BlnI для S. еnteritidis (n = 2270) (а), S. typhimurium (n = 170) (б), S. infantis (n = 482) (в) в различных источниках изоляции.

Скачать (435KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Доля PFGE-типов (а) и относимых к ним изолятов сальмонелл (б), общих для факторов передачи и клинического материала (черные блоки) и уникальных, не выявлявшихся у человека (серые блоки).

Скачать (234KB)
Метаданные

© ООО "Эко-вектор", 2020


 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».