ENHANCED INVESTIGATION OF ETIOLOGY OF DISEASES DURING THE SHIGELLOSIS OUTBREAK WITH FATAL OUTCOMES AMONG CHILDREN


如何引用文章

全文:

详细

The outbreak of shigellosis caused by Shigella. flexneri 2a which affected a total of 42 persons was revealed by epidemiological analysis and microbiological testing in a nursing home for disabled children with a severe pathology of the nervous system. At the same time, four fatal cases among children were registered. The main purpose of our study was to perform an enhanced investigation to find potentially novel etiological agent among affected persons especially in cases with fatal outcome. We applied a broad range of commercial kits based on the nucleic acid amplification techniques as well as bacteriological methods for etiological diagnosis. Additionally, several S. flexneri 2a isolates and revealed bacterial pathogens were subjected to pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and Whole Genome Sequencing (WGS) for expanded genetic characterization as well as demonstration of their clonality and the presents/absence of unusual pathogenic determinants. Genetic relationship between viral pathogens was characterized by Sanger sequencing of phylogenetically informative regions. Epidemiological data and lab testing allowed considering the generalized herpes simplex virus type 1 infection (HSV-1) to be a possible cause of fatal cases.

作者简介

N. Parkina

Central Research Institute for Epidemiology

Email: parkina@cmd.su
мл. науч. сотр. ЛМДиЭ КИ ОМДиЭ ФБУН «Центральный НИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

E. Sakalkina

Central Research Institute for Epidemiology

Email: evzayceva@cmd.su
мл. науч. сотр. ЛМДиЭ КИ ОМДиЭ ФБУН «Центральный НИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

A. Guseva

Central Research Institute for Epidemiology

Email: anna302bis@mail.ru
мл. науч. сотр. ЛМДиЭ КИ ОМДиЭ ФБУН «Центральный НИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

K. Kuleshov

Central Research Institute for Epidemiology

Email: konstantinkul@gmail.com
канд. мед. наук, науч. сотр., ФБУН «Центральный НИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

T. Olneva

Central Research Institute for Epidemiology

Email: epid-oki@pcr.ru
мл. науч. сотр., ФБУН «Центральный НИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

I. Goptar

Central Research Institute for Epidemiology

Email: IrinaGoptar@cmd.su
науч. сотр., ФБУН «Центральный НИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

E. Domonova

Central Research Institute for Epidemiology

Email: elvira.domonova@pcr.ms
ст. науч. сотр., ФБУН «Центральный НИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

S. Matosova

Central Research Institute for Epidemiology

Email: svetlana.matosova@cmd.su
мл. науч. сотр., ФБУН «Центральный НИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

O. Silveystrova

Central Research Institute for Epidemiology

Email: olga.silveystrova@pcr.ms
мл. науч. сотр., ФБУН «Центральный НИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

N. Khromova

Central Research Institute for Epidemiology

Email: hromova@cmd.su
врач КДЛ ФБУН «Центральный НИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

Alexander Podkolzin

Central Research Institute for Epidemiology

Email: apodkolzin@mail.ru
Doctor of Medical Sciences, Head laboratory of Enteric Diseases Molecular Diagnostics and Epidemiology «Federal Budget Institute of Science Central Research Institute for Epidemiology», 111123, Novogireyevskaya St. 3A, Moscow, Russia 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

G. Shipulin

Central Research Institute for Epidemiology

Email: shipgerman@gmail.com
канд. мед. наук, руководитель ОМДиЭ ФБУН «Центральный НИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора 3A, Novogireyevskaya str., Moscow, 111123, Russia

参考

  1. Connor T.R., Barker C.R., Baker K.S., Weill F.-X., Talukder K.A., Smith A.M. et al. Species-wide whole genome sequencing reveals historical global spread and recent local persistence in Shigella flexneri. Elife. 2015; 4:e07335.
  2. Kuleshov K.V., Kostikova A., Pisarenko S.V., Kovalev D.A., Tikhonov S.N., Savelievа I.V. et al. Comparative genomic analysis of two isolates of Vibrio cholerae O1 Ogawa El Tor isolated during outbreak in Mariupol in 2011. Infection, Genetics and Evolution. 2016; 44: 471-8.
  3. Rekabdar E., Tunbäck P., Liljeqvist J.-Å., Bergström T. Variability of the glycoprotein G gene in clinical isolates of herpes simplex virus type 1. Clinical and diagnostic laboratory immunology. 1999; 6(6): 826-31.
  4. Lamba K., Nelson J.A., Kimura A.C., Poe A., Collins J., Kao A.S. et al. Shiga Toxin 1-Producing Shigella sonnei Infections, California, United States, 2014-2015. Emerging infectious diseases. 2016; 22(4): 679.
  5. Gray M.D., Lacher D.W., Leonard S.R., Abbott J., Zhao S., Lampel K.A. et al. Prevalence of Shiga toxin-producing Shigella species isolated from French travellers returning from the Caribbean: an emerging pathogen with international implications. Clinical Microbiology and Infection. 2015; 21(8): 765. e9-. e14.
  6. Gray M.D., Lampel K.A., Strockbine N.A., Fernandez R.E., Melton-Celsa A.R., Maurelli A.T. Clinical isolates of Shiga toxin 1a-producing Shigella flexneri with an epidemiological link to recent travel to Hispañiola. Emerging infectious diseases. 2014; 20(10): 1669.
  7. Engelmann I., Gottlieb J., Meier A., Sohr D., Ruhparwar A., Henke-Gendo C. et al. Clinical relevance of and risk factors for HSV-related tracheobronchitis or pneumonia: results of an outbreak investigation. Critical Care. 2007; 11(6): R119.
  8. Скачкова Т.С., Сильвейстрова О.Ю., Ракчеева О.В., Шипулина О.Ю., Кисляков А.Н., Арчкова Х.М., Семина Ю.И. Применение полимеразной цепной реакции в режиме реального времени для выявления возбудителей инфекций в аутопсийном материале. Клиническая лабораторная диагностика. 2015; (9): 79-80.
  9. Anderson B. Managing herpes gladiatorum outbreaks in competitive wrestling: the 2007 Minnesota experience. Current sports medicine reports. 2008; 7(6): 323-7.

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © Eco-vector, 2017


 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».