Роль генетических вариантов вируса SARS-CoV-2 в формировании внутригодовых подъёмов заболеваемости COVID-19 на территории Пермского края

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Обоснование. Причины внутригодовых подъёмов заболеваемости COVID-19 остаются недостаточно изученными.

Цель исследования — изучить роль генетических вариантов SARS-CoV-2 в формировании внутригодовых подъёмов заболеваемости COVID-19 на территории Пермского края.

Материалы и методы. Проведена оценка помесячной динамики заболеваемости COVID-19 и летальности населения Пермского края за период с марта 2020 года по 31 декабря 2022 года. Анализ помесячной частоты выделения от больных разных генетических вариантов SARS-CoV-2 осуществляли по результатам исследований 2592 проб материала больных Пермского края, проведенных специализированными лабораториями ряда научно-исследовательских институтов Российской Федерации, за период с марта 2021 года по декабрь 2022 года. Оценку показателя встречаемости IgG-антител к коронавирусу среди населения проводили по данным исследований сыворотки крови 14 006 человек.

Результаты. В течение 2020–2022 годов на территории Пермского края отмечено 4 подъёма заболеваемости COVID-19 на фоне появления новых генетических вариантов возбудителя, основными из которых были Alpha, Delta и Omicron. Подъёмы заболеваемости COVID-19 и смена генетической структуры возбудителя наблюдались несмотря на увеличение среди населения доли лиц с содержанием в сыворотке крови IgG к SARS-CoV-2. На фоне третьего и четвёртого подъёмов заболеваемости, когда ведущее этиологическое значение приобрёл генотип Omicron, летальность инфекции существенно снизилась.

Заключение. Внутригодовые подъёмы заболеваемости COVID-19 в значительной степени связаны с изменениями генетической структуры возбудителя и наблюдаются несмотря на увеличение среди населения количества лиц с наличием в сыворотке крови IgG к SARS-CoV-2.

Об авторах

Виктор Иванович Сергевнин

Пермский государственный медицинский университет имени академика Е.А. Вагнера

Email: viktor-sergevnin@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-2729-2248
SPIN-код: 4705-0671

д-р мед. наук, профессор

Россия, Пермь

Ирина Сергеевна Исаева

Центр гигиены и эпидемиологии в Пермском крае

Email: isaeva27iris@gmail.com
ORCID iD: 0009-0000-2629-6995
Россия, Пермь

Марина Владимировна Рожкова

Пермский краевой центр по борьбе и профилактике со СПИД и инфекционными заболеваниями

Автор, ответственный за переписку.
Email: RozhkovaMary@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-1113-1001
Россия, Пермь

Нина Ивановна Маркович

Пермский центр иммунопрофилактики

Email: barhat120140@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-5596-4611
SPIN-код: 1313-1740

д-р мед. наук

Россия, Пермь

Список литературы

  1. Троценко О.Е., Корита Т.В., Котова В.О., и др. Эпидемиологические и молекулярно-генетические особенности инфекции COVID-19 в пятую волну пандемии в субъектах Дальневосточного федерального округа Российской Федерации // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2022. № 42. С. 54–69.
  2. Lin G., Hamilton А., Gatalo О., et al. Investigating the effects of absolute humidity and movement on COVID-19 seasonality in the United States // Sci Rep. 2022. N 12. P. 16729. doi: 10.1038/s41598-022-19898-8
  3. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Плоскирева А.А., и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение I: проявления эпидемического процесса COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022. Т. 99, № 3. С. 269–286. doi: 10.36233/0372-9311-276
  4. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф., и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022. Т. 99, № 4. С. 381–396. doi: 10.36233/0372-9311-295
  5. Борисова Н.И., Котов И.А., Колесников А.А., и др. Мониторинг распространения вариантов SARSCoV-2 (Coronaviridae: Coronavirinae: Betacoronavirus; Sarbecovirus) на территории Московского региона с помощью таргетного высокопроизводительного секвенирования // Вопросы вирусологии. 2021. Т. 66, № 4. С. 269–278. doi: 10.36233/0507-4088-72
  6. Md Iderus N.H., Lakha Singh S.S., Mohd Ghazali S., et al. Correlation between population density and COVID-19 cases during the third wave in Malaysia: Effect of the Delta variant // Int J Environ Res Public Health. 2022. Vol. 19, N 12. P. 7439. doi: 10.3390/ijerph19127439
  7. Araf Y., Akter F., Tang Y., et al. Omicron variant of SARS-CoV-2: Genomics, transmissibility, and responses to current COVID-19 vaccines // J Med Virol. 2022. Vol. 94, N 5. Р. 1825–1832. doi: 10.1002/jmv.27588
  8. Khan M.S., Kim E., Huang S., Kenniston T.W., Gambotto A. Trivalent SARS-CoV-2 S1 subunit protein vaccination induces broad humoral responses in BALB/c Mice // Vaccines. 2023. Vol. 11, N 2. P. 314. doi: 10.3390/vaccines11020314
  9. Zabidi N.Z., Liew H.L., Farouk I.A., et al. Evolution of SARS-CoV-2 variants: Implications on immune escape, vaccination, therapeutic and diagnostic strategies // Viruses. 2023. Vol. 15, N 4. P. 944. doi: 10.3390/v15040944
  10. Wang Q., Iketani S., Li Z., et al. Alarming antibody evasion properties of rising SARS-CoV-2 BQ and XBB subvariants // Cell. 2023. Vol. 186, N 2. Р. 279–286. doi: 10.1016/j.cell.2022.12.018
  11. Kumar S., Karuppanan K., Subramaniam G. Omicron (BA.1) and sub-variants (BA.1.1, BA.2, and BA.3) of SARS-CoV-2 spike infectivity and pathogenicity: A comparative sequence and structural-based computational assessment // J Med Virol. 2022. Vol. 94, N 10. P. 4780–4791. doi: 10.1002/jmv.27927
  12. Mohandas S., Shete А., Kumar А., et al. Comparative athogenicity of BA.2.12, BA.5.2 and XBB.1 with the Delta variant in Syrian hamsters // Front Microbiol. 2023. N 14. P. 1183763. doi: 10.3389/fmicb.2023.1183763
  13. Suzuki R., Yamasoba D., Kimura I., et al. Attenuated fusogenicity and pathogenicity of SARS-CoV-2 omicron variant // Nature. 2022. N 603. Р. 700–705. doi: 10.1038/s41586-022-04462-1
  14. Yuan S., Ye Z.W., Liang R., et al. Pathogenicity, transmissibility, and fitness of SARS-CoV-2 omicron in Syrian hamsters // Science. 2022. Vol. 377, N 6604. Р. 428–433. doi: 10.1126/science.abn8939

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Помесячная заболеваемость COVID-19 населения Пермского края в период с марта 2020 года по декабрь 2022 года.

Скачать (828KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Заболеваемость COVID-19 в Пермском крае и Российской Федерации.

Скачать (883KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Помесячная генетическая структура штаммов SARS-CoV-2 и заболеваемость COVID-19 в Пермском крае c марта 2021 года по декабрь 2022 года.

Скачать (1MB)
Метаданные
5. Рис. 4. Заболеваемость COVID-19 и частота встречаемости IgG-антител к SARS-CoV-2 у населения Пермского края.

Скачать (1MB)
Метаданные
6. Рис. 5. Заболеваемость и летальность от COVID-19 в Пермском крае.

Скачать (986KB)
Метаданные

© Эко-вектор, 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).