Analysis of resistance-associated substitutions in hepatitis C virus sequences from Kyrgyzstan

封面

如何引用文章

全文:

详细

Introduction. The countries of Central Asia, including Kyrgyzstan, are characterized by high prevalence and morbidity of HCV infection. Identification of HCV genotype and mutations associated with resistance to direct-acting antiviral (DAA) plays an important role either in conducting molecular epidemiological studies or choosing the treatment tactics.

The aim of the work was to research of the genotype diversity of HCV variants circulating in Kyrgyzstan and the identification among them the mutations associated with the development of resistance to DAA.

Materials and methods. 38 serum samples from HCV-infected residents of Kyrgyzstan were analyzed in this study. The nucleotide sequences of viral gene fragments (NS3, NS5A, NS5B) were determined by Sanger’s sequencing and deposited in the international GenBank database under the numbers ON841497–ON841534 (NS5B), ON841535–ON841566 (NS5A), and ON841567–ON841584 (NS3).

Results. The HCV subtypes 1b (52.6%; 95% CI 37.3–67.5%), 3a (44.8%; 95% CI 30.2–60.2%) and 1a (2.6%; 95% CI 0.5–13.4%) are circulating in Kyrgyzstan. 37% (95% CI 19–59%) of subtype 1b isolates had C316N mutation in the NS5A gene; 46% (95% CI 23–70%) had F37L mutation in the NS5A gene; 45% (95% CI 22–72%) had Y56F mutation in the NS3 gene. Among subtype 3a isolates, resistance-associated mutations in NS5B fragment were not found. 22% (95% CI 9–45%) of subtype 3a sequences had a Y93H mutation in the NS5A gene. A combination of Y56F + Q168 + I170 mutations was identified among all sequences of NS3 gene. DAA resistance mutations were not found in NS3, NS5A, NS5B genes of subtype 1a sequence.

Conclusion. A rather high prevalence of mutations associated with resistance or significant decrease in sensitivity to DAA among HCV sequences from Kyrgyzstan was shown. Updating of data on HCV genetic diversity is necessary for timely planning of measures to combat epidemic.

作者简介

Mikhail Kartashov

State Research Center of Virology and Biotechnology “Vector” of Rospotrebnadzor

编辑信件的主要联系方式.
Email: mikkartash@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7857-6822

PhD (Biology), Senior Researcher, Department of molecular virology

俄罗斯联邦, 630559, Koltsovo, Novosibirsk Region

Kirill Svirin

State Research Center of Virology and Biotechnology “Vector” of Rospotrebnadzor

Email: svirin_ka@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0001-9083-1649

Junior Researcher, Department of molecular virology

俄罗斯联邦, 630559, Koltsovo, Novosibirsk Region

Ajbek Bekbolotov

Republican Center of AIDS of Ministry of Health of Kyrgyzstan

Email: aibek_0001@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-9931-3311

Deputy Director

吉尔吉斯斯坦, Bishkek

Kunduz Momusheva

Republican Center of AIDS of Ministry of Health of Kyrgyzstan

Email: m_kunduza@mail.ru
ORCID iD: 0009-0000-6524-3386

Head of department

吉尔吉斯斯坦, Bishkek

Baarinisa Iskanova

Republican Center of AIDS of Ministry of Health of Kyrgyzstan

Email: baarinisaiskanova@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-2493-1788

Doctor-laborator

吉尔吉斯斯坦, Bishkek

Ajgul' Solpueva

Republican Center of AIDS of Ministry of Health of Kyrgyzstan

Email: solpuevaigul@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-1502-9207

Head of department

吉尔吉斯斯坦, Bishkek

Ulukbek Motorov

Osh Regional Center of AIDS Treatment and Prevention

Email: umotorov@mail.ru
ORCID iD: 0009-0000-4534-338X

Head of department

吉尔吉斯斯坦, Osh

El'mira Narmatova

Osh Regional Center of AIDS Treatment and Prevention

Email: elmira.narmatova@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-9263-0525

PhD (Med.), Assistant Professor, General Head

俄罗斯联邦, Osh

Ekaterina Krivosheina

State Research Center of Virology and Biotechnology “Vector” of Rospotrebnadzor

Email: katr962@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5181-0415

Researcher, Department of molecular virology

俄罗斯联邦, 630559, Koltsovo, Novosibirsk Region

Anastasiya Gladysheva

State Research Center of Virology and Biotechnology “Vector” of Rospotrebnadzor

Email: gladysheva_av@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0002-7396-3954

PhD (Biology), Senior Researcher, Department of molecular virology

俄罗斯联邦, 630559, Koltsovo, Novosibirsk Region

Elena Chub

State Research Center of Virology and Biotechnology “Vector” of Rospotrebnadzor

Email: chub_ev@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-1521-897X

PhD (Biology), Head of department

俄罗斯联邦, 630559, Koltsovo, Novosibirsk Region

Natal'ya Gashnikova

State Research Center of Virology and Biotechnology “Vector” of Rospotrebnadzor

Email: ngash@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0002-0891-0880

PhD (Biology), Head of department

俄罗斯联邦, 630559, Koltsovo, Novosibirsk Region

参考

  1. Baimakhanov Z. Liver transplantation in Kazakhstan: current status and outcomes. In: The 2017 Joint Conference of the ILTS, ELITA, & LICAGE. Prague; 2017. https://doi.org/10.26226/morressier.58eb975ed462b80290b4f9c5
  2. Rosenkranz M., Kerimi N., Takenova M., Impinen A., Mamyrov M., Degkwitz P., et al. Assessment of health services for people who use drugs in Central Asia: Findings of a quantitative survey in Kazakhstan and Kyrgyzstan. Harm Reduct. J. 2016; 13: 3. https://doi.org/10.1186/s12954-016-0093-2
  3. Dietz J., Susser S., Vermehren J., Peiffer K.H., Grammatikos G., Berger A., et al. Patterns of resistance-associated substitutions in patients with chronic HCV infection following treatment with direct-acting antivirals. Gastroenterology. 2018; 154(4): 976–88.e4. https://doi.org/10.1053/j.gastro.2017.11.007
  4. Wang G.P., Terrault N., Reeves J.D., Liu L., Li E., Zhao L., et al. Prevalence and impact of baseline resistance-associated substitutions on the efficacy of ledipasvir/sofosbuvir or simeprevir/sofosbuvir against GT1 HCV infection. Sci. Rep. 2018; 8(1): 3199. https://doi.org/10.1038/s41598-018-21303-2
  5. Kartashov M.Yu., Svirin K.A., Krivosheina E., Chub E.V., Ternovoy V.A., Kochneva G.V. Prevalence and molecular genetic characteristics of parenteral hepatitis B, C and D viruses in HIV positive persons in the Novosibirsk region. Voprosy virusologii. 2022; 67(5): 423–38. https://doi.org/10.36233/0507-4088-133 https://elibrary.ru/wldbqc (in Russian)
  6. Palladino C., Ezeonwumelu I.J., Marcelino R., Briz V., Moranguinho I., Serejo F., et al. Epidemic history of hepatitis C virus genotypes and subtypes in Portugal. Sci. Rep. 2018; 8(1): 12266. https://doi.org/10.1038/s41598-018-30528-0
  7. Marascio N., Costantino A., Taffon S., Lo Presti A., Equestre M., Bruni R., et al. Phylogenetic and molecular analyses of more prevalent HCV1b subtype in the Calabria Region, Southern Italy. J. Clin. Med. 2021; 10(8): 1655. https://doi.org/10.3390/jcm10081655
  8. Chen H., Liu J., Kang Q., Luo H., Tan N., Pan J., et al. Resistant-associated substitutions do not affect HCV RNA and HCV core antigen clearance during direct-acting antiviral agent treatment in a real-world setting. Infect. Drug Resist. 2022; 15: 3373–80. https://doi.org/10.2147/idr.s352873
  9. Mawatari S., Oda K., Tabu K., Ijuin S., Kumagai K., Inada Y., et al. New resistance – associated substitutions and failure of dual oral therapy with daclatasvir and asunaprevir. J. Gastroenterol. 2017; 52(7): 855–67. https://doi.org/10.1007/s00535-016-1303-0
  10. Komatsu T.E., Boyed S., Sherwat A., Tracy L., Naeger L.K., O’Rear J.J., et al. Regulatory analysis of effects of hepatitis C virus NS5A polymorphisms on efficacy of elbasvir and grazoprevir. Gastroenterology. 2017; 152(3): 586–97. https://doi.org/10.1053/j.gastro.2016.10.017
  11. Wang C., Valera L., Jia L., Kirk M.J., Gao M., Fridell R.A. In vitro activity of daclatasvir on hepatitis C virus genotype 3 NS5A. Antimicrob. Agents Chemother. 2013; 57(1): 611–3. https://doi.org/10.1128/aac.01874-12
  12. Ng T.I., Krishnan P., Pilot-Matias T., Kati W., Schnell G., Beyer J., et al. In vitro antiviral activity and resistance profile of the next-generation hepatitis C virus NS5A inhibitor pibrentasvir. Antimicrob. Agents Chemother. 2017; 61(5): e02558-16. https://doi.org/10.1128/aac.02558-16
  13. Gane E.J., Shiffman M.L., Etzkorn K., Morelli G., Stedman C.A.M., Davis M.N., et al. Sofosbuvir-velpatasvir with ribavirin for 24 weeks in hepatitis C virus patients previously treated with a direct-acting antiviral regimen. Hepatology. 2017; 66(4): 1083–9. https://doi.org/10.1002/hep.29256
  14. Gottwein J.M., Pham L.V., Mikkelsen L.S., Ghanem L., Ramirez S., Scheel T.K.H., et al. Efficacy of NS5A inhibitors against hepatitis C virus genotypes 1–7 and escape variants. Gastroenterology. 2018; 154(5): 1435–48. https://doi.org/10.1053/j.gastro.2017.12.015
  15. Krishnan P., Beyer J., Mistry N., Koev G., Reisch T., DeGoey D., et al. In vitro and in vivo antiviral activity and resistance profile of ombitasvir, an inhibitor of hepatitis C virus NS5A. Antimicrob. Agents Chemother. 2015; 59(2): 979–87. https://doi.org/10.1128/aac.04226-14
  16. Hernandez D., Zhou N., Ueland J., Monikowski A., McPhee F. Natural prevalence of NS5A polymorphisms in subjects infected with hepatitis C virus genotype 3 and their effects on the antiviral activity of NS5A inhibitors. J. Clin. Virol. 2013; 57(1): 13–8. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2012.12.020

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © Kartashov M.Y., Svirin K.A., Bekbolotov A.A., Momusheva K.T., Iskanova B.M., Solpueva A.S., Motorov U.T., Narmatova E.B., Krivosheina E.I., Gladysheva A.V., Chub E.V., Gashnikova N.M., 2023

Creative Commons License
此作品已接受知识共享署名 4.0国际许可协议的许可

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».