Мультифункциональный белок Nef ВИЧ-1 (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Lentivirus: Human immunodeficiency virus-1): особенности циркулирующих в России генетических вариантов вируса

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Белок Nef обеспечивает высокий уровень репликации вируса иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1) за счет синергии своих многочисленных функций, является важным фактором патогенеза ВИЧ-инфекции и рассматривается как мишень для разработки средств терапии. В белке Nef могут возникать мутации лекарственной устойчивости к долутегравиру. Природные аминокислотные замены в белке Nef ассоциированы со степенью прогрессирования ВИЧ-инфекции, развитием нейродегенеративных и сердечно-сосудистых заболеваний у пациентов.

Цель исследования – изучение генетического разнообразия Nef вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России и Московской области.

Материалы и методы. Проанализировано 216 последовательностей Nef, полученных из клинических образцов цельной крови пациентов, и 77 – выгруженных из Международной базы данных Лос-Аламос. Проведено сравнение консенсусных последовательностей Nef суб-субтипа А6, субтипа B, CRF02_AG, CRF63_02A6, CRF133_A6B и референсной последовательности NL4-3. Выполнена оценка генетического разнообразия Nef суб-субтипа А6 (Nef-A6) у пациентов с разными стадиями заболевания. Исследовано наличие мутаций лекарственной устойчивости к долутегравиру в белке Nef у вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России.

Результаты. Определены различия в пространственных структурах консенсусных последовательностей у исследуемых вариантов ВИЧ-1. Показано, что консервативность Nef-A6 в группах пациентов с более поздними стадиями заболевания была достоверно выше. Мутаций лекарственной устойчивости к долутегравиру обнаружено не было.

Заключение. Выявленные различия в последовательностях Nef у вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России, предположительно, могут оказывать влияние на функциональные свойства белка и учитываться при создании средств терапии на основе белка Nef в будущем. Полученные результаты свидетельствуют в пользу отсутствия рисков применения современных протоколов лечения ВИЧ-инфекции в России, связанных с мутациями лекарственной устойчивости к долутегравиру в белке Nef, и намечают возможные направления дальнейших исследований генетического разнообразия Nef.

Об авторах

Анна Игоревна Кузнецова

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: a-myznikova@list.ru
ORCID iD: 0000-0001-5299-3081

канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник, заведующая лабораторией вирусов лейкозов

Россия, 123098, Москва

Анастасия Александровна Антонова

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: anastaseika95@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-9180-9846

канд. биол. наук, научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

Россия, 123098, Москва

Лариса Анатольевна Протасова

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: larisa.protasova.03@mail.ru
ORCID iD: 0009-0001-0430-1578

лаборант-исследователь лаборатории вирусов лейкозов

Россия, 123098, Москва

Анна Владимировна Глякина

Институт математических проблем биологии РАН – филиал ФГБУ «Федеральный исследовательский центр Институт прикладной математики им. М.В. Келдыша Российской академии наук»

Email: quark777a@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-6352-2880

канд. физ.-мат. наук, научный сотрудник

Россия, 142290, Пущино

Кристина Вячеславовна Ким

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: kimsya99@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-4150-2280

младший научных сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

Россия, 123098, Москва

Яна Михайловна Мунчак

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: yana_munchak@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-4792-8928

младший научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

Россия, 123098, Москва

Екатерина Никитична Меженская

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: belokopytova.01@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3110-0843

канд. биол. наук, научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

Россия, 123098, Москва

Елена Александровна Орлова-Морозова

ГБУЗ Московской области «Центр профилактики и борьбы со СПИД»

Email: orlovamorozova@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-2495-6501

канд. мед. наук, заведующая амбулаторно-поликлиническим отделением

Россия, 140053, Котельники

Александр Юрьевич Пронин

ГБУЗ Московской области «Центр профилактики и борьбы со СПИД»

Email: alexanderp909@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-9268-4929

канд. мед. наук, главный врач

Россия, 140053, Котельники

Алексей Геннадьевич Прилипов

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: a_prilipov@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-8755-1419

д-р биол. наук, ведущий научный сотрудник, заведующий лабораторией молекулярной генетики

Россия, 123098, Москва

Оксана Валериановна Галзитская

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России; ФБУН «Институт теоретической и экспериментальной биофизики» Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: ogalzit@vega.protres.ru
ORCID iD: 0000-0002-3962-1520

д-р физ.-мат. наук, заведующая лабораторией биоинформатики, главный научный сотрудник

Россия, 123098, Москва; 142290, Пущино

Список литературы

  1. Pereira E.A., da Silva L.L. HIV-1 Nef: taking control of protein trafficking. Traffic. 2016;17(9): 976–96. https://doi.org/10.1111/tra.12412
  2. Raymond A.D., Campbell-Sims T.C., Khan M., Lang M., Huang M.B., Bond V.C., et al. HIV Type 1 Nef is released from infected cells in CD45(+) microvesicles and is present in the plasma of HIV-infected individuals. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2011; 27(2): 167–78. https://doi.org/10.1089/aid.2009.0170
  3. Udenwobele D.I., Su R.C., Good S.V., Ball T.B., Varma Shrivastav S., Shrivastav A. Myristoylation: an important protein modification in the immune response. Front. Immunol. 2017; 8: 751. https://doi.org/10.3389/fimmu.2017.00751
  4. Foster J.L., Denial S.J., Temple B.R., Garcia J.V. Mechanisms of HIV-1 Nef function and intracellular signaling. J. Neuroimmune Pharmacol. 2011; 6(2): 230–46. https://doi.org/10.1007/s11481-011-9262-y
  5. Arold S., Franken P., Strub M.P., Hoh F., Benichou S., Benarous R., et al. The crystal structure of HIV-1 Nef protein bound to the Fyn kinase SH3 domain suggests a role for this complex in altered T cell receptor signaling. Structure. 1997; 5(10): 1361–72. https://doi.org/10.1016/s0969-2126(97)00286-4
  6. Lee C.H., Saksela K., Mirza U.A., Chait B.T., Kuriyan J. Crystal structure of the conserved core of HIV-1 Nef complexed with a Src family SH3 domain. Cell. 1996; 85(6): 931–42. https://doi.org/10.1016/s0092-8674(00)81276-3
  7. Grzesiek S., Bax A., Hu J.S., Kaufman J., Palmer I., Stahl S.J., et al. Refined solution structure and backbone dynamics of HIV-1 Nef. Protein Sci. 1997; 6(6): 1248–63. https://doi.org/10.1002/pro.5560060613
  8. Grzesiek S., Stahl S.J., Wingfield P.T., Bax A. The CD4 determinant for downregulation by HIV-1 Nef directly binds to Nef. Mapping of the Nef binding surface by NMR. Biochemistry. 1996; 35(32): 10256–61. https://doi.org/10.1021/bi9611164
  9. Geyer M., Munte C.E., Schorr J., Kellner R., Kalbitzer H.R. Structure of the anchor-domain of myristoylated and non-myristoylated HIV-1 Nef protein. J. Mol. Biol. 1999; 289(1): 123–38. https://doi.org/10.1006/jmbi.1999.2740
  10. Kirchhoff F., Schindler M., Bailer N., Renkema G.H., Saksela K., Knoop V., et al. Nef proteins from simian immunodeficiency virus-infected chimpanzees interact with p21-activated kinase 2 and modulate cell surface expression of various human receptors. J. Virol. 2004; 78(13): 6864–74. https://doi.org/10.1128/JVI.78.13.6864-6874.2004
  11. Corró G., Rocco C.A., De Candia C., Catano G., Turk G., Mangano A., et al. Genetic and functional analysis of HIV type 1 Nef gene derived from long-term nonprogressor children: association of attenuated variants with slow progression to pediatric AIDS. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2012; 28(12): 1617–26. https://doi.org/10.1089/AID.2012.0020
  12. Chen Y.L., Trono D., Camaur D. The proteolytic cleavage of human immunodeficiency virus type 1 Nef does not correlate with its ability to stimulate virion infectivity. J. Virol. 1998; 72(4): 3178–84. https://doi.org/10.1128/JVI.72.4.3178-3184.1998
  13. Toyoda M., Ogata Y., Mahiti M., Maeda Y., Kuang X.T., Miura T., et al. Differential ability of primary HIV-1 Nef isolates to downregulate HIV-1 entry receptors. J. Virol. 2015; 89(18): 9639–52. https://doi.org/10.1128/JVI.01548-15
  14. Saksela K., Cheng G., Baltimore D. Proline-rich (PxxP) motifs in HIV-1 Nef bind to SH3 domains of a subset of Src kinases and are required for the enhanced growth of Nef+ viruses but not for down-regulation of CD4. EMBO J. 1995; 14(3): 484–91. https://doi.org/10.1002/j.1460-2075.1995.tb07024.x
  15. Malet I., Subra F., Charpentier C., Collin G., Descamps D., Calvez V., et al. Mutations located outside the integrase gene can confer resistance to HIV-1 integrase strand transfer inhibitors. mBio. 2017; 8(5): e00922-17. https://doi.org/10.1128/mBio.00922-17
  16. Poe J.A., Smithgall T.E. HIV-1 Nef dimerization is required for Nef-mediated receptor downregulation and viral replication. J. Mol. Biol. 2009; 394(2): 329–42. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2009.09.047
  17. Liu L.X., Heveker N., Fackler O.T., Arold S., Le Gall S., Janvier K., et al. Mutation of a conserved residue (D123) required for oligomerization of human immunodeficiency virus type 1 Nef protein abolishes interaction with human thioesterase and results in impairment of Nef biological functions. J. Virol. 2000; 74(11): 5310–9. https://doi.org/10.1128/jvi.74.11.5310-5319.2000
  18. Stolp B., Fackler O.T. How HIV takes advantage of the cytoskeleton in entry and replication. Viruses. 2011; 3(4): 293–311. https://doi.org/10.3390/v3040293
  19. Schindler M., Rajan D., Specht A., Ritter C., Pulkkinen K., Saksela K., et al. Association of Nef with p21-activated kinase 2 is dispensable for efficient human immunodeficiency virus type 1 replication and cytopathicity in ex vivo-infected human lymphoid tissue. J. Virol. 2007; 81(23): 13005–14. https://doi.org/10.1128/JVI.01436-07
  20. Lama J., Ware C.F. Human immunodeficiency virus type 1 Nef mediates sustained membrane expression of tumor necrosis factor and the related cytokine LIGHT on activated T cells. J. Virol. 2000; 74(20): 9396–402. https://doi.org/10.1128/jvi.74.20.9396-9402.2000
  21. Smith D.M., Richman D.D., Little S.J. HIV superinfection. J. Infect. Dis. 2005; 192(3): 438–44. https://doi.org/10.1086/431682
  22. Michel N., Allespach I., Venzke S., Fackler O.T., Keppler O.T. The Nef protein of human immunodeficiency virus establishes superinfection immunity by a dual strategy to downregulate cell-surface CCR5 and CD4. Curr. Biol. 2005; 15(8): 714–23. https://doi.org/10.1016/j.cub.2005.02.058
  23. Schwartz O., Maréchal V., Le Gall S., Lemonnier F., Heard J.M. Endocytosis of major histocompatibility complex class I molecules is induced by the HIV-1 Nef protein. Nat. Med. 1996; 2(3): 338–42. https://doi.org/10.1038/nm0396-338
  24. Stumptner-Cuvelette P., Morchoisne S., Dugast M., Le Gall S., Raposo G., Schwartz O., et al. HIV-1 Nef impairs MHC class II antigen presentation and surface expression. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001; 98(21): 12144–9. https://doi.org/10.1073/pnas.221256498
  25. Stove V., Van de Walle I., Naessens E., Coene E., Stove C., Plum J., et al. Human immunodeficiency virus Nef induces rapid internalization of the T-cell coreceptor CD8alphabeta. J. Virol. 2005; 79(17): 11422–33. https://doi.org/10.1128/JVI.79.17.11422-11433.2005
  26. Cole D.K., Laugel B., Clement M., Price D.A., Wooldridge L., Sewell A.K. The molecular determinants of CD8 co-receptor function. Immunology. 2012; 137(2): 139–48. https://doi.org/10.1111/j.1365-2567.2012.03625.x
  27. Swigut T., Shohdy N., Skowronski J. Mechanism for down-regulation of CD28 by Nef. EMBO J. 2001; 20(7): 1593–604. https://doi.org/10.1093/emboj/20.7.1593
  28. Usami Y., Wu Y., Göttlinger H.G. SERINC3 and SERINC5 restrict HIV-1 infectivity and are counteracted by Nef. Nature. 2015; 526(7572): 218–23. https://doi.org/10.1038/nature15400
  29. Rosa A., Chande A., Ziglio S., De Sanctis V., Bertorelli R., Goh S.L., et al. HIV-1 Nef promotes infection by excluding SERINC5 from virion incorporation. Nature. 2015; 526(7572): 212–7. https://doi.org/10.1038/nature15399
  30. Попова Н.В., Деев И.Е., Петренко А.Г. Клатрин-зависимый эндоцитоз и белки-адаптеры. Acta Naturae. 2013; 5(3): 66–76. https://elibrary.ru/rwaslv
  31. Chou I.J., Hou J.Y., Fan W.L., Tsai M.H., Lin K.L. Long-term outcome of neonatal seizure with PACS2 mutation: case series and literature review. Children (Basel). 2023; 10(4): 621. https://doi.org/10.3390/children10040621
  32. Roskoski R. Jr. Src protein-tyrosine kinase structure, mechanism, and small molecule inhibitors. Pharmacol Res. 2015; 94: 9–25. https://doi.org/10.1016/j.phrs.2015.01.003
  33. Francis C.R., Bell M.L., Skripnichuk M.M., Kushner E.J. Arf6 is required for endocytosis and filamentous actin assembly during angiogenesis in vitro. Microcirculation. 2023; 30(8): e12831. https://doi.org/10.1111/micc.12831
  34. Wan L., Molloy S.S., Thomas L., Liu G., Xiang Y., Rybak S.L., et al. PACS-1 defines a novel gene family of cytosolic sorting proteins required for trans-Golgi network localization. Cell. 1998; 94(2): 205–16. https://doi.org/10.1016/s0092-8674(00)81420-8
  35. Usmani S.M., Murooka T.T., Deruaz M., Koh W.H., Sharaf R.R., Di Pilato M., et al. HIV-1 balances the fitness costs and benefits of disrupting the host cell actin cytoskeleton early after mucosal transmission. Cell Host Microbe. 2019; 25(1): 73–86.e5. https://doi.org/10.1016/j.chom.2018.12.008
  36. Ostrowska Z., Moraczewska J. Cofilin – a protein controlling dynamics of actin filaments. Postepy Hig. Med. Dosw. (Online). 2017; 71(0): 339–51. https://doi.org/10.5604/01.3001.0010.3818
  37. Aqil M., Naqvi A.R., Bano A.S., Jameel S. The HIV-1 Nef protein binds argonaute-2 and functions as a viral suppressor of RNA interference. PLoS One. 2013; 8(9): e74472. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0074472
  38. Qiao X., He B., Chiu A., Knowles D.M., Chadburn A., Cerutti A. Human immunodeficiency virus 1 Nef suppresses CD40-dependent immunoglobulin class switching in bystander B cells. Nat. Immunol. 2006; 7(3): 302–10. https://doi.org/10.1038/ni1302
  39. Olivetta E., Arenaccio C., Manfredi F., Anticoli S., Federico M. The contribution of extracellular Nef to HIV-induced pathogenesis. Curr. Drug Targets. 2016; 17(1): 46–53. https://doi.org/10.2174/1389450116666151001110126
  40. Sami Saribas A., Cicalese S., Ahooyi T.M., Khalili K., Amini S., Sariyer I.K. HIV-1 Nef is released in extracellular vesicles derived from astrocytes: evidence for Nef-mediated neurotoxicity. Cell Death Dis. 2017; 8(1): e2542. https://doi.org/10.1038/cddis.2016.467
  41. Yarandi S.S., Duggan M.R., Sariyer I.K. Emerging role of Nef in the development of HIV associated neurological disorders. J. Neuroimmune Pharmacol. 2021; 16(2): 238–50. https://doi.org/10.1007/s11481-020-09964-1
  42. Cruz N.V., Amorim R., Oliveira F.E., Speranza F.A., Costa L.J. Mutations in the Nef and Vif genes associated with progression to AIDS in elite controller and slow-progressor patients. J. Med. Virol. 2013; 85(4): 563–74. https://doi.org/10.1002/jmv.23512
  43. Kirchhoff F., Easterbrook P.J., Douglas N., Troop M., Greenough T.C., Weber J., et al. Sequence variations in human immunodeficiency virus type 1 Nef are associated with different stages of disease. J. Virol. 1999; 73(7): 5497–508. https://doi.org/10.1128/JVI.73.7.5497-5508.1999
  44. Lamers S.L., Poon A.F., McGrath M.S. HIV-1 Nef protein structures associated with brain infection and dementia pathogenesis. PLoS One. 2011; 6(2): e16659. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016659
  45. Almodovar S., Knight R., Allshouse A.A., Roemer S., Lozupone C., McDonald D., et al. Human Immunodeficiency Virus Nef signature sequences are associated with pulmonary hypertension. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2012; 28(6): 607–18. https://doi.org/10.1089/AID.2011.0021
  46. Emert-Sedlak L.A., Loughran H.M., Shi H., Kulp J.L. 3rd, Shu S.T., Zhao J., et al. Synthesis and evaluation of orally active small molecule HIV-1 Nef antagonists. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2016; 26(5): 1480–4. https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2016.01.043
  47. Hunegnaw R., Vassylyeva M., Dubrovsky L., Pushkarsky T., Sviridov D., Anashkina A.A., et al. Interaction between HIV-1 Nef and Calnexin: from modeling to small molecule inhibitors reversing HIV-induced lipid accumulation. Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 2016; 36(9): 1758–71. https://doi.org/10.1161/ATVBAHA.116.307997
  48. Milani A., Baesi K., Agi E., Marouf G., Ahmadi M., Bolhassani A. HIV-1 accessory proteins: which one is potentially effective in diagnosis and vaccine development? Protein Pept. Lett. 2021; 28(6): 687–98. https://doi.org/10.2174/0929866528999201231213610
  49. Kardani K., Hashemi A., Bolhassani A. Comparison of HIV-1 Vif and Vpu accessory proteins for delivery of polyepitope constructs harboring Nef, Gp160 and P24 using various cell penetrating peptides. PLoS One. 2019; 14(10): e0223844. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0223844
  50. Lebedev A., Kireev D., Kirichenko A., Mezhenskaya E., Antonova A., Bobkov V., et al. The molecular epidemiology of HIV-1 in Russia, 1987–2023: subtypes, transmission networks and phylogenetic story. Pathogens. 2025; 14(8): 738. https://doi.org/10.3390/pathogens14080738
  51. Halikov M.R., Ekushov V.E., Totmenin A.V., Gashnikova N.M., Antonets M.E., Tregubchak T.V., et al. Identification of a novel HIV-1 circulating recombinant form CRF157_A6C in Primorsky Territory, Russia. J. Infect. 2024; 88(2): 180–2. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2023.11.005
  52. Антонова А.А., Кузнецова А.И., Ожмегова Е.Н., Лебедев А.В., Казеннова Е.В., Ким К.В. и др. Генетическое разнообразие ВИЧ-1 на современном этапе эпидемии в Российской Федерации: увеличение распространенности рекомбинантных форм. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2023; 15(3): 61–72. https://doi.org/10.22328/2077-9828-2023-15-3-61-72 https://elibrary.ru/tpwttn
  53. Maksimenko L.V., Sivay M.V., Totmenin A.V., Shvalov A.N., Skudarnov S.E., Ostapova T.S., et al. Novel HIV-1 A6/B recombinant forms (CRF133_A6B and URF_A6/B) circulating in Krasnoyarsk region, Russia. J. Infect. 2022; 85(6): 702–69. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2022.10.001
  54. Громов К.Б., Киреев Д.Е., Мурзакова А.В., Лопатухин А.Э., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р. Анализ полиморфизма белка Nef вариантов ВИЧ-1 (Human immunodeficiency virus-1, Lentivirus, Orthoretrovirinae, Ret roviridae), циркулирующих в странах бывшего СССР. Вопросы вирусологии. 2019; 64(6): 281–90. https://doi.org/10.36233/0507-4088-2019-64-6-281-290 https://elibrary.ru/ukpfsl
  55. Антонова А.А., Лебедев А.В., Ожмегова Е.Н., Шлыкова А.В., Лаповок И.А., Кузнецова А.И. Вариабельность неструктурных белков у вариантов ВИЧ-1 суб-субтипа А6 (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Lentivirus: Human immunodeficiency virus-1, sub-subtype A6), циркулирующих в разных регионах Российской Федерации. Вопросы вирусологии. 2024; 69(5): 470–80. https://doi.org/10.36233/0507-4088-262 https://elibrary.ru/wbbkuq
  56. Рыжов К.А., Носик М.Н., Кравченко А.В. Изменчивость регуляторных генов ВИЧ-1, выявляемых с помощью полимеразной цепной реакции. Вопросы вирусологии. 2015; 60(3): 41–4. https://elibrary.ru/tsztej
  57. ВИЧ-инфекция у взрослых. Клинические рекомендации; 2024. Available at: https://cr.minzdrav.gov.ru/preview-cr/79_2?ysclid=m7vwu0c9ot784280780
  58. Антонова А.А., Протасова Л.А., Ким К.В., Мунчак Я.М., Меженская Е.Н., Орлова-Морозова Е.А. и др. Генетическое разнообразие белка Vif у вариантов вируса иммунодефицита человека 1 типа (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Lentivirus: Human immunodeficiency virus-1), циркулировавших в Московской области в 2019–2020 гг. Вопросы вирусологии. 2025; 70(2): 117–32. https://doi.org/10.36233/0507-4088-281 https://elibrary.ru/qoqqce
  59. Larsson A. AliView: a fast and lightweight alignment viewer and editor for large datasets. Bioinformatics. 2014; 30(22): 3276–8. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu531
  60. Lobanov M.Y., Sokolovskiy I.V., Galzitskaya O.V. IsUnstruct: prediction of the residue status to be ordered or disordered in the protein chain by a method based on the Ising model. J. Biomol. Struct. Dyn. 2013; 31(10): 1034–43. https://doi.org/10.1080/07391102.2012.718529
  61. Lobanov M.Y., Pereyaslavets L.B., Likhachev I.V., Matkarimov B.T., Galzitskaya O.V. Is there an advantageous arrangement of aromatic residues in proteins? Statistical analysis of aromatic interactions in globular proteins. Comput. Struct. Biotechnol. J. 2021; 19: 5960–8. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.10.036
  62. Березов Т.Т., Коровкин Б.Ф. Биологическая химия. М.: Медицина; 1998. https://elibrary.ru/zrnxkv

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Кузнецова А.И., Антонова А.А., Протасова Л.А., Глякина А.В., Ким К.В., Мунчак Я.М., Меженская Е.Н., Орлова-Морозова Е.А., Пронин А.Ю., Прилипов А.Г., Галзитская О.В., 2025

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).