Необычные ВА222-подобные штаммы Rotavirus A (Sedoreoviridae: Rotavirus: Rotavirus A): молекулярно-генетический анализ на основе всех сегментов генома

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Ротавирусная инфекция является основной причиной тяжелых дегидратирующих диарей, требующих госпитализации, у детей младшего возраста во всем мире. Благодаря сегментированному геному ротавирусы способны к реассортации генов, что делает возможным появление и распространение генетически новых штаммов.

Цель исследования ‒ поиск необычных ротавирусов, циркулировавших в Нижнем Новгороде в 2021‒2023 гг., и их молекулярно-генетическая характеристика на основе всех сегментов генома.

Материалы и методы. Ротавирус-положительные образцы стула детей исследовали методами ПЦР-генотипирования и электрофореза в полиакриламидном геле. Для отобранных штаммов были секвенированы фрагменты комплементарной ДНК каждого из 11 генов (VP1‒VP4, VP6, VP7, NSP1‒NSP5) длиной от 570 до 850 пар нуклеотидов. Филогенетический анализ проводили в программе MEGA X.

Результаты. В исследуемый период 2021‒2023 гг. было идентифицировано 11 G[P]-комбинаций с преобладанием G3P[8] (59,5%). Выявлено 6 нетипичных штаммов ротавируса А (РВА): 2 штамма генотипа G2P[4] (G2-P[4]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T3-E2-H3, G2-P[4]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T3-E3-H2) и 4 штамма G3P[9] (все штаммы имели генотип G3-P[9]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T3-E3-H3). Филогенетический анализ на основе всех генов показал эволюционное родство между ротавирусами, подобными ротавирусам кошек и собак (ВА222-подобными), и необычными штаммами генотипа G2P[4], для которых смешанная комбинация генотипов была выявлена и охарактеризована впервые.

Заключение. Полученные результаты расширяют представления о разнообразии реассортантных РВА, а также дополняют данные о генотиповой структуре популяции ротавирусов на территории Нижнего Новгорода. Результаты исследования в совокупности с полученными ранее данными расширяют представление о генетическом разнообразии ротавирусов и роли реассортантов в его поддержании, что важно для создания новых ротавирусных вакцин и понимания эволюционных процессов в популяции РВА.

Об авторах

Елена Игоревна Великжанина

ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Автор, ответственный за переписку.
Email: www.e_velikzhanina@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-4069-1427

младший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций

Россия, 603950, г. Нижний Новгород

Татьяна Александровна Сашина

ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: tatyana.sashina@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-3203-7863

канд. биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций

Россия, 603950, г. Нижний Новгород

Ольга Владимировна Морозова

ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: Olga.morozova.bsc@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-8058-8187

канд. биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций

Россия, 603950, г. Нижний Новгород

Александр Юрьевич Кашников

ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: a.kashn@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-1033-7347

научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций

Россия, 603950, г. Нижний Новгород

Наталия Владимировна Епифанова

ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: epifanovanv@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-7679-8029

канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций

Россия, 603950, г. Нижний Новгород

Надежда Алексеевна Новикова

ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: novikova_na@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3710-6648

д-р биол. наук, профессор, ведущий научный сотрудник, заведующая лабораторией молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций

Россия, 603950, г. Нижний Новгород

Список литературы

  1. GBD 2016 Diarrheal Disease Collaborators. Estimates of the global, regional, and national morbidity, mortality, and etiologies of diarrhea in 195 countries: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2016. Lancet Infect. Dis. 2018; 18(11): 1211–28. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(18)30362-1
  2. Troeger С., Khalil I.A., Rao P.C., Cao S., Blacker B.F., Ahmed T., et al. Rotavirus vaccination and the global burden of rotavirus diarrhea among children younger than 5 years. JAMA Pediatr. 2018; 172(10): 958–65. https://doi.org/10.1001/jamapediatrics.2018.1960
  3. Sindhu K.N., Babji S., Ganesan S. Impact of rotavirus vaccines in low and middle-income countries. Curr. Opin. Infect. Dis. 2017; 30(5): 473–81. https://doi.org/10.1097/QCO.0000000000000397
  4. Государственный доклад «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2022 году». М.; 2023.
  5. Государственный доклад «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2023 году». М.; 2024.
  6. Rixon F., Taylor P., Desselberger U. Rotavirus RVA segments sized by electron microscopy. J. Gen. Virol. 1984; 56(1): 233–9. https://doi.org/10.1099/0022-1317-65-1-233
  7. Estes M.K., Kapikian A.Z. Rotaviruses. In: Fields B.N., Knipe D.M., Howley P.M., eds. Fields Virology. Philadelphia: Wolters Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins; 2007: 1917–73.
  8. Estes M.K., Greenberg H.B. Rotaviruses. In: Knipe D.M., Howley P.M. eds. Fields Virology. Philadelphia: Wolters Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins; 2013: 1347–1401.
  9. Matthijnssens J., Ciarlet M., Rahman M., Attoui H., Banyai K., Estes M.K., et al. Recommendations for the classification of group A rotaviruses using all 11 genomic RNA segments. Arch. Virol. 2008; 153(8): 1621–9. https://doi.org/10.1007/s00705-008-0155-1
  10. RCWG. Rotavirus classification working group; 2024. Available at: https://rega.kuleuven.be/cev/viralmetagenomics/virus-classification/rcwg
  11. Matthijnssens J., Heylen E., Zeller M., Rahman M., Lemey P., Van Ranst M. Phylodynamic analyses of rotavirus genotypes G9 and G12 underscore their potential for swift global spread. Mol. Biol. Evol. 2010; 27(10): 2431–6. https://doi.org/10.1093/molbev/msq137
  12. Maes P., Matthijnssens J., Rahman M., Van Ranst M. Rota C: a web-based tool for the complete genome classification of group A rotaviruses. BMC Microbiol. 2009; 9: 238. https://doi.org/10.1186/1471-2180-9-238
  13. Sashina T.A., Morozova O.V., Epifanova N.V., Novikova N.A. Predominance of new G9P[8] rotaviruses closely related to Turkish strains in Nizhny Novgorod (Russia). Arch. Virol. 2017; 162(8): 2387–92. https://doi.org/10.1007/s00705-017-3364-7
  14. Kiseleva V., Faizuloev E., Meskina E., Marova A., Oksanich A., Samartseva T., et al. Molecular-genetic characterization of human rotavirus A strains circulating in Moscow, Russia (2009–2014). Virol. Sin. 2018; 33(4): 304–13. https://doi.org/10.1007/s12250-018-0043-0
  15. Doro R., Laszlo B., Martella V., Leshem E., Gentsch J., Parashar U., et al. Review of global rotavirus strain prevalence data from six years post vaccine licensure surveillance: is there evidence of strain selection from vaccine pressure? Infect. Genet. Evol. 2014; 28: 446–61. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2014.08.017
  16. Santos N., Hoshino Y. Global distribution of rotavirus serotypes/genotypes and its implication for the development and implementation of an effective rotavirus vaccine. Rev. Med. Virol. 2005; 15(1): 29–56. https://doi.org/10.1002/rmv.448
  17. Matthijnssens J., Ciarlet M., Heiman E., Arijs I., Delbeke T., Mcdonald S.M., et al. Full genome-based classification of rotaviruses reveals a common origin between human Wa-like and porcine rotavirus strains and human DS-1-like and bovine rotavirus strains. J. Virol. 2008; 82(7): 3204–19. https://doi.org/10.1128/JVI.02257-07
  18. Heiman E.M., Mcdonald S.M., Barro M., Taraporewala Z.F., Bar-Magen T. Ndpatton J.T. Group A human rotavirus genomics: evidence that gene constellations are influenced by viral protein interactions. J. Virol. 2008; 82(22): 11106–16. https://doi.org/10.1128/JVI.01402-08
  19. Uprety T., Wang D., Li F. Recent advances in rotavirus reverse genetics and its utilization in basic research and vaccine development. Arch. Virol. 2021; 166(9): 2369–86. https://doi.org/10.1007/s00705-021-05142-7
  20. Nakagomi O., Ohshima A., Aboudy Y., Shif I., Mochizuki M., Nakagomi T., et al. Molecular identification by RNA-RNA hybridization of a human rotavirus that is closely related to rotaviruses of feline and canine origin. J. Clin. Microbiol. 1990; 28(6): 1198–203. https://doi.org/10.1128/jcm.28.6.1198-1203.1990
  21. Matthijnssens J., Van Ranst M. Genotype constellation and evolution of group A rotaviruses infecting humans. Curr. Opin. Virol. 2012; 2(4): 426–33. https://doi.org/10.1016/j.coviro.2012.04.007
  22. Nakagomi T., Nakagomi O. RNA-RNA hybridization identifies a human rotavirus that is genetically related to feline rotavirus. J. Virol. 1989; 63(3): 1431–4. https://doi.org/10.1128/JVI.63.3.1431-1434.1989
  23. Tsugawa T., Rainwater-Lovett K., Tsutsumi H. Human G3P[9] rotavirus strains possessing an identical genotype constellation to AU-1 isolated at high prevalence in Brazil, 1997–1999. J. Gen. Virol. 2015; 96(Pt. 3): 590–600. https://doi.org/10.1099/vir.0.071373-0
  24. Cook N., Bridger J., Kendall K., Gomara M.I., El-Attar L., Gray J. The zoonotic potential of rotavirus. J. Infect. 2004; 48(4): 289–302. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2004.01.018
  25. Jain S., Vashistt J., Changotra H. Rotaviruses: is their surveillance needed? Vaccine. 2014; 32(27): 3367–78. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2014.04.037
  26. Novikova N.A., Sashina T.A., Epifanova N.V., Kashnikov A.U., Morozova O.V. Long-term monitoring of G1P[8] rotaviruses circulating without vaccine pressure in Nizhny Novgorod, Russia, 1984–2019. Arch. Virol. 2020; 165(4): 865–75. https://doi.org/10.1007/s00705-020-04553-2
  27. Gouvea V., Glass R.I., Woods P., Taniguchi K., Clark H.F., Forrester B., et al. Polymerase chain reaction amplification and typing of rotavirus nucleic acid from stool specimens. J. Clin. Microbiol. 1990; 28(2): 276–82. https://doi.org/10.1128/jcm.28.2.276-282.1990
  28. Gentsch J.R., Glass R.I., Woods P., Gouvea V., Gorziglia M., Flores J., et al. Identification of group A rotavirus gene 4 types by polymerase chain reaction. J. Clin. Microbiol. 1992; 30(6): 1365–73. https://doi.org/10.1128/jcm.30.6.1365-1373.1992
  29. Maunula L., von Bonsdorff C.H. Short sequences define genetic lineages: phylogenetic analysis of group A rotaviruses based on partial sequences of genome segments 4 and 9. J. Gen. Virol. 1998; 79(Pt. 2): 321–32. https://doi.org/10.1099/0022-1317-79-2-321
  30. Iturriza-Gómara M., Isherwood B., Desselberger U., Gray J. Reassortment in vivo: driving force for diversity of human rotavirus strains isolated in the United Kingdom between 1995 and 1999. J. Virol. 2001; 75(8): 3696–705. https://doi.org/10.1128/JVI.75.8.3696-3705.2001
  31. Iturriza-Gómara M., Kang G., Gray J. Rotavirus genotyping: keeping up with an evolving population of human rotaviruses. J. Clin. Virol. 2004; 31(4): 259–65. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2004.04.009
  32. Sashina T.A., Morozova O.V., Epifanova N.V., Novikova N.A. Genotype constellations of the rotavirus A strains circulating in Nizhny Novgorod, Russia, 2017-2018. Infect. Genet. Evol. 2020; 85: 104578. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104578
  33. Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J. Mol. Evol. 1980; 16(2): 111–20. https://doi.org/10.1007/BF01731581
  34. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms. Mol. Biol. Evol. 2018; 35(6): 1547–9. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
  35. Rahman M., Matthijnssens J., Yang X., Delbeke T., Arijs I., Taniguchi K., et al. Evolutionary history and global spread of the emerging g12 human rotaviruses. J. Virol. 2007; 81(5): 2382–90. https://doi.org/10.1128/JVI.01622-06
  36. Mukherjee A., Dutta D., Ghosh S., Bagchi P., Chattopadhyay S., Nagashima S., et al. Full genomic analysis of a human group A rotavirus G9P[6] strain from Eastern India provides evidence for porcine-to-human interspecies transmission. Arch. Virol. 2009; 154(5): 733–46. https://doi.org/10.1007/s00705-009-0363-3
  37. Ndze V.N., Esona M.D., Achidi E.A., Gonsu K.H., Doro R., Marton S., et al. Full genome characterization of human Rotavirus A strains isolated in Cameroon, 2010-2011: diverse combinations of the G and P genes and lack of reassortment of the backbone genes. Infect. Genet. Evol. 2014; 28: 537–60. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2014.10.009
  38. Wang Y.H., Pang B.B., Ghosh S., Zhou X., Shintani T., Urushibara N., et al. Molecular epidemiology and genetic evolution of the whole genome of G3P[8] human rotavirus in Wuhan, China, from 2000 through 2013. PLoS One. 2014; 9(3): e88850. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0088850
  39. Agbemabiese C.A., Nakagomi T., Doan Y.H., Nakagomi O. Whole genomic constellation of the first human G8 rotavirus strain detected in Japan. Infect. Genet. Evol. 2015; 35: 184–93. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2015.07.033
  40. Sashina T.A., Velikzhanina E.I., Morozova O.V., Epifanova N.V., Novikova N.A. Detection and full-genotype characterization of rare and reassortant Rotavirus A strains in Nizhny Novgorod, European part of Russia. Arch. Virol. 2023; 168(8): 215. https://doi.org/10.1007/s00705-023-05838-y
  41. Morozova O.V., Sashina T.A., Epifanova N.V., Velikzhanina E.I., Novikova N.A. Phylodynamic characteristics of reassortant DS-1-like G3P[8]-strains of rotavirus type A isolated in Nizhny Novgorod (Russia). Braz. J. Microbiol. 2023; 54(4): 2867–77. https://doi.org/10.1007/s42770-023-01155-3
  42. Новикова Н.А., Сашина Т.А., Солнцев Л.А., Епифанова Н.В., Кашников А.Ю., Погодина Л.В. и др. Проявления эпидемического процесса ротавирусной инфекции в Нижнем Новгороде в предвакцинальный период. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2017; 94(5): 46–52. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2017-5-46-52 https://elibrary.ru/ysqaeq
  43. Морозова О.В., Сашина Т.А., Новикова Н.А. Обнаружение и молекулярная характеристика реассортантных DS-1-подобных G1P[8] штаммов ротавируса группы А. Вопросы вирусологии. 2017; 62(2): 91–6. https://doi.org/10.18821/0507-4088-2017-62-2-91-96 https://elibrary.ru/yjkhhh
  44. Сашина Т.А., Морозова О.В., Епифанова Н.В., Кашников А.Ю., Леонов А.В., Новикова Н.А. Молекулярный мониторинг ротавирусов (Reoviridae: Sedoreovirinae: Rotavirus: Rotavirus A), циркулирующих в Нижнем Новгороде (2012–2020 гг.): обнаружение штаммов с новыми генетическими характеристиками. Вопросы вирусологии. 2021; 66(2): 140–51. https://doi.org/10.36233/0507-4088-46 https://elibrary.ru/azvpec
  45. Martella V., Ciarlet M., Camarda A., Pratelli A., Tempesta M., Greco G. et al. Molecular characterization of the VP4, VP6, VP7, and NSP4 genes of lapine rotaviruses identified in Italy: emergence of a novel VP4 genotype. Virology. 2003; 314(1): 358–70. https://doi.org/10.1016/s0042-6822(03)00418-5
  46. Grant L., Esona M., Gentsch J., Watt J., Reid R., Weatherholtz R., et al. Detection of G3P[3] and G3P[9] rotavirus strains in American Indian children with evidence of gene reassortment between human and animal rotaviruses. J. Med. Virol. 2011; 83(7): 1288–99. https://doi.org/10.1002/jmv.22076
  47. Nakagomi O., Kaga E. Distinctness of NSP1 gene of human rotavirus AU-1 from NSP1 gene of other human genogroups. Res. Virol. 1995; 146(6): 423–8. https://doi.org/10.1016/0923-2516(96)80902-2
  48. Theamboonlers A., Veravigrom M., Yambangyang O., Trairatvorakul P., Chongsrisawat V., Poovorawan Y. The incidence of rotavirus a isolates of G genotype in Thailand in 2002–2004. Acta Virol. 2005; 49(2): 111–5.
  49. Martella V.A., Potgieter C., Lorusso E., De Grazia S., Giammanco G.M., Matthijnssens J., et al. A feline rotavirus G3P[9] carries traces of multiple reassortment events and resembles rare human G3P[9] rotaviruses. J. Gen. Virol. 2011; 92(Pt. 5): 1214–21. https://doi.org/10.1099/vir.0.027425-0
  50. Matthijnssens J., Ciarlet M., Mcdonald S.M., Attoui H., Banyai K., Brister J.R. et al. Uniformity of rotavirus strain nomenclature proposed by the rotavirus classification working group (RCWG). Arch. Virol. 2011; 156(8): 1397–413. https://doi.org/10.1007/s00705-011-1006-z
  51. Theamboonlers A., Maiklang O., Thongmee T., Chieochansin T., Vuthitanachot V., Poovorawan Y. Complete genome analysis of a rare human G3P[9] rotavirus posing as an AU-1 like strain. Springerplus. 2013; 2: 569. https://doi.org/10.1186/2193-1801-2-569
  52. Wang Y.H., Pang B.B., Zhou X., Ghosh S., Tang W.F. Peng J.S., et al. Complex evolutionary patterns of two rare human G3P[9] rotavirus strains possessing a feline/canine-like H6 genotype on an AU-1-like genotype constellation. Infect. Genet. Evol. 2013; 16: 103–12. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2013.01.016
  53. Sanchez-Fauquier A., Montero V., Moreno S., Sole M., Colomina J., Iturriza-Gomara M., et al. Human rotavirus G9 and G3 as major cause of diarrhea in hospitalized children, Spain. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12(10): 1536–41. https://doi.org/10.3201/eid1210.060384
  54. Khamrin P., Maneekarn N., Peerakome S., Tonusin S., Phan T.G., Okitsu S., et al. Molecular characterization of rare G3P[9] rotavirus strains isolated from children hospitalized with acute gastroenteritis. J. Med. Virol. 2007; 79(6): 843–51. https://doi.org/10.1002/jmv.20840
  55. Inoue Y., Kitahori Y. Rare group a rotavirus G3P[9] isolated in Nara Prefecture, Japan. Jpn J. Infect. Dis. 2006; 59(2): 139–40.
  56. Iizuka M., Chiba M., Masamune O., Kaga E., Nakagomi T., Nakagomi O. A highly conserved genomic RNA constellation of Japanese isolates of human rotaviruses carrying G serotype 3 and P serotype 9. Res. Virol. 1994; 145(1): 21–4. https://doi.org/10.1016/s0923-2516(07)80003-3
  57. Griffin D.D., Nakagomi T., Hoshino Y., Nakagomi O., Kirkwood C.D., Parashar U.D., et al. Characterization of nontypeable rotavirus strains from the United States: identification of a new rotavirus reassortant (P2A[6], G12) and rare P3[9] strains related to bovine rotaviruses. Virology. 2002; 294(2): 256–69. https://doi.org/10.1006/viro.2001.1333
  58. Gollop R., Nakagomi O., Silberstein I., Shulman L.M., Greenberg H.B., Mendelson E., et al. Three forms of AU-1 like human rotaviruses differentiated by their overall genomic constellation and by the sequence of their VP8*. Arch. Virol. 1998; 143(2): 263–77. https://doi.org/10.1007/s007050050285
  59. Kaga E., Iizuka M., Nakagomi T., Nakagomi O. The distribution of G (VP7) and P (VP4) serotypes among human rotaviruses recovered from Japanese children with diarrhea. Microbiol. Immunol. 1994; 38(4): 317–20. https://doi.org/10.1111/j.1348-0421.1994.tb01784.x
  60. Сашина Т.А., Морозова О.В., Новикова Н.А. G/[P]-типы ротавируса А в г. Нижнем Новгороде: 2012-2014 гг. Инфекция и иммунитет. 2014; 4(1): 91. https://elibrary.ru/vzqyan
  61. Новикова Н.А., Пономарева Н.В., Новиков Д.В., Прилипов А.Г., Епифанова Н.В., Голицына Л.Н. Анализ нуклеотидных последовательностей гена NSP4 ротавирусов группы А, изолированных в Нижнем Новгороде. Вопросы вирусологии. 2008; 53(6): 35–9. https://elibrary.ru/kaxfub
  62. Nakagomi O., Nakagomi T., Oyamada H., Suto T. Relative frequency of human rotavirus subgroups 1 and 2 in Japanese children with acute gastroenteritis. J. Med. Virol. 1985; 17(1): 29–34. https://doi.org/10.1002/jmv.1890170105
  63. Nakagomi O., Nakagomi T. Molecular evidence for naturally occurring single VP7 gene substitution reassortant between human rotaviruses belonging to two different genogroups. Arch. Virol. 1991; 119(1-2): 67–81. https://doi.org/10.1007/BF01314324
  64. Nakagomi O., Nakagomi T. Molecular epidemiology of human rotaviruses: genogrouping by RNA–RNA hybridization. Arch. Virol. 1996; 12: 93–8. https://doi.org/10.1007/978-3-7091-6553-9_11
  65. De Grazia S., Giammanco G.M., Potgieter C.A., Matthijnssens J., Banyai K., Platia M.A., et al. Unusual assortment of segments in 2 rare human rotavirus genomes. Emerg. Infect. Dis. 2010; 16(5): 859–62. https://doi.org/10.3201/eid1605.091826
  66. Banyai K., Laszlo B., Duque J., Steele A.D., Nelson E. Anthony S., et al. Systematic review of regional and temporal trends in global rotavirus strain diversity in the pre rotavirus vaccine era: insights for understanding the impact of rotavirus vaccination programs. Vaccine. 2012; 30(1): 122–30. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2011.09.111
  67. Tsugawa T., Hoshino Y. Whole genome sequence and phylogenetic analyses reveal human rotavirus G3P[3] strains Ro1845 and HCR3A are examples of direct virion transmission of canine/feline rotaviruses to humans. Virology. 2008; 380(2): 344–53. https://doi.org/10.1016/j.virol.2008.07.041
  68. Cao M., Yuan F., Zhang W., Wang X., Ma J., Ma X., et al. Genomic analysis of two rare human G3P[9] rotavirus strains in Ningxia, China. Infect. Genet. Evol. 2023; 116: 105518. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2023.105518
  69. Mijatovic-Rustempasic S., Roy S., Sturgeon M., Rungsrisuriyachai K., Esona M.D., Degroat D., et al. Full-genome sequence of a rare human G3P[9] rotavirus strain. Genome Announc. 2014; 2(2): e00143–14. https://doi.org/10.1128/genomeA.00143-14
  70. Jeong S., Lim I., Kim W. Whole-genome analysis of a rare human Korean G3P[9] rotavirus strain suggests a complex evolutionary origin potentially in evolving reassortment events between feline and bovine rotaviruses. PLoS One. 2014; 9(5): e97127. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0097127

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Распределение штаммов РВА основных G[P]-генотипов в Нижнем Новгороде в сезон 2021‒2023 гг. (в %).

Скачать (273KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Профили миграции сегментов днРНК типичных представителей DS-1-/Wa-подобных ротавирусов и исследуемых штаммов генотипов G2P[4] и G3P[9] в ПААГ. * − необычное положение сегмента относительно типичных представителей DS- и Wa-подобных геногрупп.

Скачать (764KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Филогенетические деревья, построенные на основе нуклеотидных последовательностей структурных генов (VP1–VP4, VP6, VP7) штаммов ротавируса А. ■ − штаммы, полученные в данной работе; □ − нижегородские штаммы, взятые из GenBank.

Скачать (1MB)
Метаданные
5. Рис. 4. Филогенетические деревья, построенные на основе нуклеотидных последовательностей неструктурных генов (NSP1–NSP5/6) штаммов ротавируса А. ■ − штаммы, полученные в данной работе; □ − нижегородские штаммы, взятые из GenBank.

Скачать (1MB)
Метаданные

© Великжанина Е.И., Сашина Т.А., Морозова О.В., Кашников А.Ю., Епифанова Н.В., Новикова Н.А., 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».