Молекулярно-биологические закономерности сохранения циркуляции вируса SARS-CoV-2 в человеческой популяции

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Вирус SARS-CoV-2, являющийся возбудителем COVID-19, циркулирует в человеческой популяции 4 года. При этом уже к концу 2-го года не осталось иммунологически наивных лиц в результате активной иммунизации населения вакцинами и естественного контакта с вирусом. Понимание закономерностей, способствующих сохранению вируса в человеческой популяции, позволит лучше прогнозировать эпидемический потенциал COVID-19 и своевременно адаптировать средства противодействия продолжающейся пандемии.

Целью данной работы являлось описание выявленных молекулярно-биологических закономерностей, способствующих сохранению вируса в человеческой популяции.

Материалы и методы. В течение более 3 лет с начала пандемии COVID-19 проводили молекулярно-генетический мониторинг SARS-CoV-2, включавший в себя сбор назофарингеальных мазков от инфицированных, оценку вирусной нагрузки и последующее полногеномное секвенирование.

Результаты. Был установлен профиль доминирующих генетических линий на фоне роста заболеваемости и его изменение на протяжении всего периода мониторинга. Дополнительно изучен состав аминокислотных замен в различных белках SARS-CoV-2 и уровень вирусной нагрузки в составе мазков у последовательно сменявшихся вариантов возбудителя COVID-19. Предложена модель сохранения вируса в человеческой популяции, в рамках которой вирус способен: 1) к периодической смене серотипа (падение вируснейтрализующей активности сывороток более чем в 10 раз); 2) к накоплению дополнительных точечных аминокислотных замен в составе RBD в пределах серотипа для частичного ухода от нейтрализующих антител (снижение вируснейтрализующей активности в 2‒3 раза) и повышения сродства к рецептору; 3) к постепенному увеличению количества выделяемого вируса на слизистых оболочках в пределах одного серотипа.

Заключение. Предложенная модель в существенной степени объясняет динамику заболеваемости COVID-19 в Москве. Для более полной характеристики наблюдаемой динамики необходимо получение популяционных данных о динамике напряженности иммунитета и нейтрализующей способности антител в отношении актуального состава генетических линий.

Об авторах

Дарья Дмитриевна Кустова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России; ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова»

Email: kustovadaria@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-8382-275X

младший научный сотрудник лаборатории механизмов популяционной изменчивости патогенных микроорганизмов; аспирант кафедры вирусологии Биологического факультета

Россия, 123098, г. Москва; 119991, г. Москва

Андрей Андреевич Почтовый

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России; ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова»; ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова» Минздрава России (Сеченовский Университет)

Автор, ответственный за переписку.
Email: a.pochtovyy@gamaleya.org
ORCID iD: 0000-0003-1107-9351

канд. биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории механизмов популяционной изменчивости патогенных микроорганизмов

Россия, 123098, г. Москва; 119991, г. Москва; 119435, г. Москва

Ольга Геннадьевна Шпакова

Департамент здравоохранения Москвы

Email: shpakovaog@dcli.ru

заведующая лабораторией МНПЦЛИ

Россия, 127006, г. Москва

Ирина Александровна Штинова

Департамент здравоохранения Москвы

Email: shtinovaia@dcli.ru

заведующая лабораторным центром МНПЦЛИ

Россия, 127006, г. Москва

Надежда Анатольевна Кузнецова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: nadyakuznetsova0@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7399-7628

канд. биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории механизмов популяционной изменчивости патогенных микроорганизмов

Россия, 123098, г. Москва

Денис Александрович Клейменов

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: mne10000let@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-9422-7238

канд. мед. наук, заведующий лабораторией трансляционной биомедицины

Россия, 123098, г. Москва

Андрей Григорьевич Комаров

Департамент здравоохранения Москвы

Email: komarovag@zdrav.mos.ru
ORCID iD: 0009-0000-8597-7125

канд. мед. наук, директор МНПЦЛИ

Россия, 127006, г. Москва

Владимир Алексеевич Гущин

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России; ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова»; ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова» Минздрава России (Сеченовский Университет)

Email: wowaniada@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-9397-3762

д-р биол. наук, заведующий лабораторией механизмов популяционной изменчивости патогенных микроорганизмов и референс-центра по коронавирусной инфекции; старший научный сотрудник кафедры вирусологии Биологического факультета

Россия, 123098, г. Москва; 119991, г. Москва; 119435, г. Москва

Список литературы

  1. COVID-19 epidemiological update – 12 April 2024. Available at: https://who.int/publications/m/item/covid-19-epidemiological-update-edition-166
  2. CDC: SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-classifications.html
  3. Polack F.P., Thomas S.J., Kitchin N., Absalon J., Gurtman A., Lockhart S., et al. Safety and efficacy of the BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccine. N. Engl. J. Med. 2020; 383(27): 2603–15. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2034577
  4. Baden L.R., El Sahly H.M., Essink B., Kotloff K., Frey S., Novak R., et al. Efficacy and safety of the mRNA-1273 SARS-CoV-2 vaccine. N. Engl. J. Med. 2021; 384(5): 403–16. https://doi.org/10.1056/nejmoa2035389
  5. Logunov D.Y., Dolzhikova I.V., Shcheblyakov D.V., Tukhvatulin A.I., Zubkova O.V., Dzharullaeva A.S., et al. Safety and efficacy of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous prime-boost COVID-19 vaccine: an interim analysis of a randomised controlled phase 3 trial in Russia. Lancet. 2021; 397(10275): 671–81. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)00234-8
  6. Voysey M., Clemens S.A.C., Madhi S.A., Weckx L.Y., Folegatti P.M., Aley P.K., et al. Safety and efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 vaccine (AZD1222) against SARS-CoV-2: an interim analysis of four randomised controlled trials in Brazil, South Africa, and the UK. Lancet. 2021; 397(10269): 99–111. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)32661-1
  7. Lau J.J., Cheng S.M.S., Leung K., Lee C.K., Hachim A., Tsang L.C.H., et al. Real-world COVID-19 vaccine effectiveness against the Omicron BA.2 variant in a SARS-CoV-2 infection-naive population. Nat. Med. 2023; 29(2): 348–57. https://doi.org/10.1038/s41591-023-02219-5
  8. Kurhade C., Zou J., Xia H., Liu M., Chang H.C., Ren P., et al. Low neutralization of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75.2, BQ.1.1 and XBB.1 by parental mRNA vaccine or a BA.5 bivalent booster. Nat. Med. 2023; 29(2): 344–7. https://doi.org/10.1038/s41591-022-02162-x
  9. Miteva D., Kitanova M., Batselova H., Lazova S., Chervenkov L., Peshevska-Sekulovska M., et al. The end or a new era of development of SARS-CoV-2 virus: genetic variants responsible for severe COVID-19 and clinical efficacy of the most commonly used vaccines in clinical practice. Vaccines (Basel). 2023; 11(7): 1181. https://doi.org/10.3390/vaccines11071181
  10. Munro A.P.S., Janani L., Cornelius V., Aley P.K., Babbage G., Baxter D., et al. Safety and immunogenicity of seven COVID-19 vaccines as a third dose (booster) following two doses of ChAdOx1 nCov-19 or BNT162b2 in the UK (COV-BOOST): a blinded, multicentre, randomised, controlled, phase 2 trial. Lancet. 2021; 398(10318): 2258–76. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02717-3
  11. Chenchula S., Karunakaran P., Sharma S., Chavan M. Current evidence on efficacy of COVID-19 booster dose vaccination against the Omicron variant: A systematic review. J. Med. Virol. 2022; 94(7): 2969–76. https://doi.org/10.1002/jmv.27697
  12. Chalkias S., Harper C., Vrbicky K., Walsh S.R., Essink B., Brosz A., et al. A bivalent Omicron-containing booster vaccine against COVID-19. N. Engl. J. Med. 2022; 387(14): 1279–91. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2208343
  13. Scheaffer S.M., Lee D., Whitener B., Ying B., Wu K., Liang C.Y., et al. Bivalent SARS-CoV-2 mRNA vaccines increase breadth of neutralization and protect against the BA.5 Omicron variant in mice. Nat. Med. 2023; 29(1): 247–57. https://doi.org/10.1038/s41591-022-02092-8
  14. Winokur P., Gayed J., Fitz-Patrick D., Thomas S.J., Diya O., Lockhart S., et al. Bivalent Omicron BA.1-adapted BNT162b2 booster in adults older than 55 years. N. Engl. J. Med. 2023; 388(3): 214–27. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2213082
  15. Kirsebom F.C.M., Andrews N., Stowe J., Ramsay M., Lopez Bernal J. Duration of protection of ancestral-strain monovalent vaccines and effectiveness of bivalent BA.1 boosters against COVID-19 hospitalisation in England: a test-negative case-control study. Lancet Infect. Dis. 2023; 23(11): 1235–43. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(23)00365-1
  16. Iketani S., Mohri H., Culbertson B., Hong S.J., Duan Y., Luck M.I., et al. Multiple pathways for SARS-CoV-2 resistance to nirmatrelvir. Nature. 2023; 613(7944): 558–64. https://doi.org/10.1038/s41586-022-05514-2
  17. Stevens L.J., Pruijssers A.J., Lee H.W., Gordon C.J., Tchesnokov E.P., Gribble J., et al. Mutations in the SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase confer resistance to remdesivir by distinct mechanisms. Sci. Transl. Med. 2022; 14(656): eabo0718. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.abo0718
  18. Imai M., Ito M., Kiso M., Yamayoshi S., Uraki R., Fukushi S., et al. Efficacy of Antiviral Agents against Omicron Subvariants BQ.1.1 and XBB. N. Engl. J. Med. 2023; 388(1): 89–91. https://doi.org/10.1056/NEJMc2214302
  19. Cao Y., Wang J., Jian F., Xiao T., Song W., Yisimayi A., et al. Omicron escapes the majority of existing SARS-CoV-2 neutralizing antibodies. Nature. 2022; 602(7898): 657–63. https://doi.org/10.1038/s41586-021-04385-3
  20. Wang Q., Guo Y., Iketani S., Nair M.S., Li Z., Mohri H., et al. Antibody evasion by SARS-CoV-2 Omicron subvariants BA.2.12.1, BA.4 and BA.5. Nature. 2022; 608(7923): 603–8. https://doi.org/10.1038/s41586-022-05053-w
  21. Pochtovyi A.A., Kustova D.D., Siniavin A.E., Dolzhikova I.V., Shidlovskaya E.V., Shpakova O.G., et al. In vitro efficacy of antivirals and monoclonal antibodies against SARS-CoV-2 Omicron lineages XBB.1.9.1, XBB.1.9.3, XBB.1.5, XBB.1.16, XBB.2.4, BQ.1.1.45, CH.1.1, and CL.1. Vaccines (Basel). 2023; 11(10): 1533. https://doi.org/10.3390/vaccines11101533
  22. Puhach O., Meyer B., Eckerle I. SARS-CoV-2 viral load and shedding kinetics. Nat. Rev. Microbiol. 2023; 21(3): 147–61. https://doi.org/10.1038/s41579-022-00822-w
  23. Gushchin V.A., Pochtovyi A.A., Kustova D.D., Ogarkova D.A., Tarnovetskii I.Y., Belyaeva E.D., et al. Dynamics of SARS-CoV-2 major genetic lineages in moscow in the context of vaccine prophylaxis. Int. J. Mol. Sci. 2022; 23(23): 14670. https://doi.org/10.3390/ijms232314670
  24. Wickham H., François R., Henry L., Müller K., Vaughan D. dplyr: A Grammar of Data Manipulation. Available at: https://dplyr.tidyverse.org/reference/dplyr-package.html
  25. Wickham H. ggplot2. New York, NY: Springer; 2009. https://doi.org/10.1007/978-0-387-98141-3
  26. Patil I. Visualizations with statistical details: The “ggstatsplot” approach. J. Open. Source. Softw. 2021; 6(61): 3167. https://doi.org/10.21105/joss.03167
  27. Korber B., Fischer W.M., Gnanakaran S., Yoon H., Theiler J., Abfalterer W., et al. Tracking changes in SARS-CoV-2 spike: evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus. Cell. 2020; 182(4): 812–27.e19. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
  28. Markov P.V., Ghafari M., Beer M., Lythgoe K., Simmonds P., Stilianakis N.I., et al. The evolution of SARS-CoV-2. Nat. Rev. Microbiol. 2023; 21(6): 361–79. https://doi.org/10.1038/s41579-023-00878-2
  29. Klink G.V., Safina K.R., Nabieva E., Shvyrev N., Garushyants S., Alekseeva E., et al. The rise and spread of the SARS-CoV-2 AY.122 lineage in Russia. Virus Evol. 2022; 8(1): veac017. https://doi.org/10.1093/ve/veac017
  30. Teyssou E., Delagrèverie H., Visseaux B., Lambert-Niclot S., Brichler S., Ferre V., et al. The Delta SARS-CoV-2 variant has a higher viral load than the Beta and the historical variants in nasopharyngeal samples from newly diagnosed COVID-19 patients. J. Infect. 2021; 83(4): e1–3. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2021.08.027
  31. von Wintersdorff C.J.H., Dingemans J., van Alphen L.B., Wolffs P.F.G., van der Veer B.M.J.W., Hoebe C.J.P.A., et al. Infections with the SARS-CoV-2 Delta variant exhibit fourfold increased viral loads in the upper airways compared to Alpha or non-variants of concern. Sci. Rep. 2022; 12(1): 13922. https://doi.org/10.1038/s41598-022-18279-5
  32. Guo H., Jiang J., Shen S., Ge X., Fan Q., Zhou B., et al. Additional mutations based on Omicron BA.2.75 mediate its further evasion from broadly neutralizing antibodies. IScience. 2023; 26(4): 106283. https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.106283
  33. Motozono C., Toyoda M., Zahradnik J., Saito A., Nasser H., Tan T.S., et al. SARS-CoV-2 spike L452R variant evades cellular immunity and increases infectivity. Cell Host Microbe. 2021; 29(7): 1124–36.e11. https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.06.006
  34. Singh P., Sharma K., Singh P., Bhargava A., Negi S.S., Sharma P., et al. Genomic characterization unravelling the causative role of SARS-CoV-2 Delta variant of lineage B.1.617.2 in 2nd wave of COVID-19 pandemic in Chhattisgarh, India. Microb. Pathog. 2022; 164: 105404. https://doi.org/10.1016/j.micpath.2022.105404
  35. Sarkar P., Banerjee S., Saha S.A., Mitra P., Sarkar S. Genome surveillance of SARS-CoV-2 variants and their role in pathogenesis focusing on second wave of COVID-19 in India. Sci. Rep. 2023; 13(1): 4692. https://doi.org/10.1038/s41598-023-30815-5
  36. Lin X., Sha Z., Trimpert J., Kunec D., Jiang C., Xiong Y., et al. The NSP4 T492I mutation increases SARS-CoV-2 infectivity by altering non-structural protein cleavage. Cell Host Microbe. 2023; 31(7): 1170–84. https://doi.org/10.1016/j.chom.2023.06.002
  37. Kim S.M., Kim E.H., Anthony M., Casel B., Kim Y.I., Sun R., et al. SARS-CoV-2 variants show temperature-dependent enhanced polymerase activity in the upper respiratory tract and high transmissibility. bioRxiv. 2022. Preprint. https://doi.org/10.1101/2022.09.27.509689.
  38. Campbell F., Archer B., Laurenson-Schafer H., Jinnai Y., Konings F., Batra N., et al. Increased transmissibility and global spread of SARS-CoV-2 variants of concern as at June 2021. Euro Surveill. 2021; 26(24): 2100509. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509
  39. Earnest R., Uddin R., Matluk N., Renzette N., Turbett S.E., Siddle K.J., et al. Comparative transmissibility of SARS-CoV-2 variants Delta and Alpha in New England, USA. Cell Rep. Med. 2022; 3(4): 100583. https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2022.100583
  40. Fan Y., Li X., Zhang L., Wan S., Zhang L., Zhou F. SARS-CoV-2 Omicron variant: recent progress and future perspectives. Signal Transduct. Target. Ther. 2022; 7(1): 141. https://doi.org/10.1038/s41392-022-00997-x
  41. Sukhikh G.T., Priputnevich T.V., Ogarkova D.A., Pochtovyi A.A., Kustova D.D., Zlobin V.I., et al. Sputnik light and Sputnik V vaccination is effective at protecting medical personnel from COVID-19 during the period of Delta variant dominance. Vaccines (Basel). 2022; 10(11): 1804. https://doi.org/10.3390/vaccines10111804
  42. Planas D., Veyer D., Baidaliuk A., Staropoli I., Guivel-Benhassine F., Rajah M.M., et al. Reduced sensitivity of SARS-CoV-2 variant Delta to antibody neutralization. Nature. 2021; 596(7871): 276–80. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03777-9
  43. Simon-Loriere E., Schwartz O. Towards SARS-CoV-2 serotypes? Nat. Rev. Microbiol. 2022; 20(4): 187–8. https://doi.org/10.1038/s41579-022-00708-x
  44. Wu H., Xing N., Meng K., Fu B., Xue W., Dong P., et al. Nucleocapsid mutations R203K/G204R increase the infectivity, fitness, and virulence of SARS-CoV-2. Cell Host Microbe. 2021; 29(12): 1788–801. https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.11.005
  45. Bills C.J., Xia H., Chen J.Y.C., Yeung J., Kalveram B.K., Walker D., et al. Mutations in SARS-CoV-2 variant nsp6 enhance type-I interferon antagonism. Emerg. Microbes Infect. 2023; 12(1): 2209208. https://doi.org/10.1080/22221751.2023.2209208
  46. Liu Y., Liu J., Plante K.S., Plante J.A., Xie X., Zhang X., et al. The N501Y spike substitution enhances SARS-CoV-2 infection and transmission. Nature. 2022; 602(7896): 294–99. https://doi.org/10.1038/s41586-021-04245-0
  47. Escalera A., Gonzalez-Reiche A.S., Aslam S., Mena I., Laporte M., Pearl R.L., et al. Mutations in SARS-CoV-2 variants of concern link to increased spike cleavage and virus transmission. Cell Host Microbe. 2022; 30(3): 373–87.e7. https://doi.org/10.1016/j.chom.2022.01.006
  48. Starr T.N., Greaney A.J., Hannon W.W., Loes A.N., Hauser K., Dillen J.R., et al. Shifting mutational constraints in the SARS-CoV-2 receptor-binding domain during viral evolution. Science. 2022; 377(6604): 420–4. https://doi.org/10.1126/science.abo7896
  49. Hirotsu Y., Maejima M., Shibusawa M., Natori Y., Nagakubo Y., Hosaka K., et al. SARS-CoV-2 Omicron sublineage BA.2 replaces BA.1.1: Genomic surveillance in Japan from September 2021 to March 2022. J. Infect. 2022; 85(2): 174–211. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2022.04.040
  50. Mastrorosa I., Cozzi-Lepri A., Colavita F., Lalle E., Mazzotta V., Cimaglia C., et al. SARS-CoV-2 nasopharyngeal viral load in individuals infected with BA.2, compared to Alpha, Gamma, Delta and BA.1 variants: A single-center comparative analysis. J. Clin. Virol. 2022; 157: 105299. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2022.105299
  51. Tozer K., Sjaarda C.P., Moslinger E., Wong H., Mubareka S., Maguire F., et al. Comparison of SARS-CoV-2 viral loads in the nasal mucosa of patients infected with BA.1, BA.2, or BA.5 Omicron lineages. Open Forum Infect. Dis. 2022; 9(12): ofac564. https://doi.org/10.1093/ofid/ofac564
  52. Takatsuki Y., Takahashi Y., Nakajima J., Iwasaki Y., Nagano K., Tani-Sassa C., et al. Viral load of SARS-CoV-2 Omicron BA.5 is lower than that of BA.2 despite the higher infectivity of BA.5. Immun. Inflamm. Dis. 2023; 11(2): e783. https://doi.org/10.1002/iid3.783
  53. Cao Y., Yisimayi A., Jian F., Song W., Xiao T., Wang L., et al. BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 escape antibodies elicited by Omicron infection. Nature. 2022; 608(7923): 593–602. https://doi.org/10.1038/s41586-022-04980-y
  54. Tuekprakhon A., Nutalai R., Dijokaite-Guraliuc A., Zhou D., Ginn H.M., Selvaraj M., et al. Antibody escape of SARS-CoV-2 Omicron BA.4 and BA.5 from vaccine and BA.1 serum. Cell. 2022; 185(14): 2422–33. https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.06.005
  55. Rashid F., Xie Z., Suleman M., Shah A., Khan S., Luo S. Roles and functions of SARS-CoV-2 proteins in host immune evasion. Front. Immunol. 2022; 13: 940756. https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.940756
  56. Github. BA.5.1.29 sublineage with S:K150E, S:460K, Orf8:F41C. Available at: https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1187
  57. Khare S., Gurry C., Freitas L., Schultz M.B., Bach G., Diallo A., et al. GISAID’s role in pandemic response. China CDC Wkly. 2021; 3(49): 1049–51. https://doi.org/10.46234/ccdcw2021.255
  58. Haslwanter D., Dieterle M.E., Wec A.Z., O’Brien C.M., Sakharkar M., Florez C., et al. A combination of receptor-binding domain and N-terminal domain neutralizing antibodies limits the generation of SARS-CoV-2 spike neutralization-escape mutants. mBio. 2021; 12(5): e0247321. https://doi.org/10.1128/mBio.02473-21
  59. Kee J., Thudium S., Renner D.M., Glastad K., Palozola K., Zhang Z., et al. SARS-CoV-2 disrupts host epigenetic regulation via histone mimicry. Nature. 2022; 610(7931): 381–8. https://doi.org/10.1038/s41586-022-05282-z
  60. Hossain A., Akter S., Rashid A.A., Khair S., Alam A.S.M.R.U. Unique mutations in SARS-CoV-2 Omicron subvariants’ non-spike proteins: Potential impacts on viral pathogenesis and host immune evasion. Microb. Pathog. 2022; 170: 105699. https://doi.org/10.1016/j.micpath.2022.105699
  61. Github. BJ.1/BM.1.1.1 (=BA.2.75.3.1.1.1) recombinant with breakpoint in S1 (>=5 sequences, 3x Singapore, 2x US as of 2022-09-12). Available at: https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1058
  62. Tamura T., Ito J., Uriu K., Zahradnik J., Kida I., Anraku Y., et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 XBB variant derived from recombination of two Omicron subvariants. Nat. Commun. 2023; 14(1): 2800. https://doi.org/10.1038/s41467-023-38435-3
  63. Ao D., He X., Hong W., Wei X. The rapid rise of SARS-CoV-2 Omicron subvariants with immune evasion properties: XBB.1.5 and BQ.1.1 subvariants. MedComm. (2020). 2023; 4(2): e239. https://doi.org/10.1002/mco2.239
  64. Parums D.V. Editorial: The XBB.1.5 (‘Kraken’) subvariant of Omicron SARS-CoV-2 and its rapid global spread. Med. Sci. Monitor. 2023; 29: e939580. https://doi.org/10.12659/MSM.939580

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Генетические варианты SARS-CoV-2, циркулировавшие в Москве с начала пандемии COVID-19. a – динамика генетических вариантов SARS-CoV-2. Слева по оси ординат показана доля генетических линий, справа – число новых случаев COVID-19 на 100 тыс. населения; б – изменение количества мутаций в основных циркулировавших вариантах SARS-CoV-2. По оси ординат показано количество мутаций. На оси абсцисс отражены периоды (месяцы).

Скачать (2MB)
Метаданные
3. Рис. 2. Мутации в RBD Spike-белка основных доминировавших вариантов SARS-CoV-2. По оси ординат отражены варианты SARS-CoV-2, по оси абсцисс – аминокислотные замены. Нулевые значения отражают долю мутаций, стремящуюся к нулю; пустые ячейки – отсутствие мутаций в данной позиции.

Скачать (1MB)
Метаданные
4. Рис. 3. Сравнение вирусной нагрузки основных доминировавших в Москве вариантов SARS-CoV-2. a – вирусная нагрузка вариантов Ухань (B.1.X), Дельта (B.1.617.2 + AY.X) и Омикрон (BA.1/BA.2.X); б – вирусная нагрузка вариантов Омикрон BA.1.X, BA.2.X и BA.5.X; в – вирусная нагрузка вариантов BA.5.X, CL.X, XBB.1.X и XBB.1.9.X. По оси ординат отражены значения Ct, по оси абсцисс – варианты SARS-CoV-2 и количество образцов.

Скачать (1MB)
Метаданные
5. Молекулярно-биологические закономерности сохранения циркуляции вируса SARS-CoV-2 в человеческой популяции
Скачать (406KB)
Метаданные

© Кустова Д.Д., Почтовый А.А., Шпакова О.Г., Штинова И.А., Кузнецова Н.А., Клейменов Д.А., Комаров А.Г., Гущин В.А., 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».