Ассоциация полиморфных вариантов генов системы гемостаза с течением COVID-19

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. COVID-19 характеризуется разнообразным течением: от бессимптомного до тяжелого с летальным исходом. Комплекс неблагоприятных факторов инфицированного организма во многом определяет течение и исход болезни.

Цель работы – выявить возможные ассоциации полиморфных генов системы гемостаза с течением COVID-19.

Материалы и методы. ДНК выделяли из крови инфицированных пациентов (n=117) и  участников группы сравнения (n=104). Все инфицированные были поделены на 3 группы в зависимости от тяжести состояния, которую оценивали по NEWS2. Еще одну группу составили участники, перенесшие инфекцию бессимптомно. Определение однонуклеотидного полиморфизма (ОНП) генов FGB (-455 G/A), FII (20210 G/A), FV (1691 G/A), FVII (10976 G/A), FXIIIA1 (103 G/T), ITGA2 (807 C/T), ITGB3 (1565 T/C), SERPINE1 (-675 5G/4G) проводили методом ПЦР, используя набор «Генетика гемостаза» («ДНК-Технология», Россия).

Результаты. Достоверных различий в аллельных вариантах анализируемых генов между группой всех инфицированных и здоровыми участниками не выявлено. Но анализ групп пациентов, различающихся по тяжести COVID-19, относительно группы участников, бессимптомно перенесших инфекцию, показал, что в гене SERPINE1 (-675 5G/4G) обнаружена достоверная ассоциация ОНП с течением инфекции (р=0,0381; р=0,0066; р=0,0009). Установлено, что по мере увеличения баллов тяжести COVID-19 доля аллеля 5G гена SERPINE1 (-675 5G/4G) снижалась, а доля аллеля 4G увеличивалась (р=0,005; р=0,009; р=0,0005). Аналогичные процессы наблюдались для генотипов 5G/5G и 4G/4G.

Обсуждение. Анализ вклада ОНП генов системы гемостаза показал, что  фибринолитическое звено ассоциировано с тяжестью COVID-19. Полиморфизм гена этого звена SERPINE1 (-675 5G/4G) имел достоверную связь с течением COVID-19.

Заключение. Впервые обнаружено, что ОНП гена SERPINE1 (-675 5G/4G) ассоциирован с  течением COVID-19. Генотип 5G/5G этого гена может рассматриваться как маркер более легкого течения инфекции, генотип 4G/4G – более тяжелого.

Об авторах

Людмила Ивановна Николаева

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Автор, ответственный за переписку.
Email: l.i.nikolaeva@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-1323-5568

доктор биол. наук, ведущий научный сотрудник лаборатории генно-инженерных препаратов

Россия, 123098, Москва

Майя Денисовна Стучинская

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: mayastaya@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-8544-7482

младший научный сотрудник лаборатории генно-инженерных препаратов

Россия, 123098, Москва

Анна Владимировна Дедова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: dedova.anna2010@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-2491-9324

аспирант лаборатории генно-инженерных препаратов

Россия, 123098, Москва

Надежда Григорьевна Шевченко

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: dr.nadya@inbox.ru
ORCID iD: 0000-0002-2486-4554

младший научный сотрудник лаборатории генно-инженерных препаратов

Россия, 123098, Москва

Ирина Николаевна Хлопова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: khlopova.ira@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7419-590X

кандидат медицинских наук, ведущий научный сотрудник лаборатории хронических вирусных инфекций

Россия, 123098, Москва

Ирина Сергеевна Кружкова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России; ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница № 1» Департамента здравоохранения города Москвы

Email: irina-kru@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-1983-481X

научный сотрудник лаборатории респираторных вирусных инфекций с апробацией лекарственных средств

Россия, 123098, Москва; 125367, Москва

Лилия Николаевна Меркулова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: merkulova0320@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7260-0879

кандидат медицинских наук, ведущий научный сотрудник лаборатории респираторных вирусных инфекций с апробацией лекарственных средств

Россия, 123098, Москва

Лидия Борисовна Кистенева

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: lborisovna2007@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-7336-409X

доктор медицинских наук, ведущий научный сотрудник лаборатории хронических вирусных инфекций

Россия, 123098, Москва

Людмила Васильевна Колобухина

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России; ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница № 1» Департамента здравоохранения города Москвы

Email: lkolobuchina@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-5775-3343

доктор медицинских наук, профессор, главный научный сотрудник лаборатории респираторных вирусных инфекций с апробацией лекарственных средств, врач-инфекционист

Россия, 123098, Москва; 125367, Москва

Евгения Андреевна Мукашева

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: mukasheva_evgeniya@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-5688-5309

научный сотрудник лаборатории этиологии и эпидемиологии гриппа

Россия, 123098, Москва

Кирилл Геннадьевич Краснослободцев

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: kkg_87@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-1745-9128

научный сотрудник лаборатории этиологии и эпидемиологии гриппа

Россия, 123098, Москва

Светлана Викторовна Трушакова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: s.trushakova@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-9610-3041

кандидат биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории этиологии и эпидемиологии гриппа

Россия, 123098, Москва

Анастасия Сергеевна Крепкая

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: nastya18-96@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7272-4011

младший научный сотрудник лаборатории этиологии и эпидемиологии гриппа

Россия, 123098, Москва

Виктор Васильевич Куприянов

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: vkoup@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-8602-1974

кандидат биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории генно-инженерных препаратов

Россия, 123098, Москва

Наталья Анатольевна Никитенко

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: nan-nikitenko@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-5829-744X

кандидат биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории клеточной микробиологии

Россия, 123098, Москва

Елизавета Андреевна Хадорич

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: eli.hadd@yandex.ru
ORCID iD: 0009-0005-1816-0496

лаборант-исследователь лаборатории клеточной микробиологии

Россия, 123098, Москва

Егор Михайлович Бурмистров

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: burmistrov.gamaleya@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-6592-8331

научный сотрудник лаборатории клеточной микробиологии

Россия, 123098, Москва

Игорь Николаевич Тюрин

ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница № 1» Департамента здравоохранения города Москвы

Email: tyurin.dti@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-5696-1586

кандидат медицинских наук, главный врач

Россия, 125367, Москва

Наталья Александровна Антипят

ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница № 1» Департамента здравоохранения города Москвы

Email: natadoc70@bk.ru
ORCID iD: 0000-0001-8578-2838

заместитель главного врача по медицинской части

Россия, 125367, Москва

Елена Ивановна Бурцева

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-2518-6801

доктор медицинских наук, руководитель лаборатории этиологии и эпидемиологии гриппа

Россия, 123098, Москва

Список литературы

  1. Hui D.S., Azhar E.I., Madani T.A., Ntoumi F., Kock R., Dar O., et al. The continuing 2019-nCoV epidemic threat of novel coronaviruses to global health – The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan, China. Int. J. Infect. Dis. 2020; 91: 264–66. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.01.009
  2. Chen Y., Lio Q., Guo D. Emerging coronaviruses: Genome structure, replication, and pathogenesis. J. Med. Virol. 2020; 92(4): 418–23. https://doi.org/10.1002/jmv.25681
  3. Connors J.M., Levy J.H. COVID-19 and its implications for thrombosis and anticoagulation. Blood. 2020; 135(23): 2033–40. https://doi.org/10.1182/blood.2020006000
  4. Dolhnikoff M., Duarte-Neto A.N., de Almeida Monteiro R.A., da Silva L.F.F., de Oliveira E.P., Saldiva P.H.N., et al. Pathological evidence of pulmonary thrombotic phenomena in severe COVID-19. J. Thromb. Haemost. 2020; 18(6): 1517–9. https://doi.org/10.1111/jth.14844
  5. Varga Z., Flammer A.J., Steiger P., Haberecker M., Andermatt R., Zinkernagel A.S., et al. Endothelial cell infection and endotheliitis in COVID-19. Lancet. 2020; 395(10234): 1417–8. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30937-5
  6. Arachchillage D.R.J., Laffan M. Abnormal coagulation parameters are associated with poor prognosis in patients with novel coronavirus pneumonia. J. Thromb. Haemost. 2020; 18(5): 1233–4. https://doi.org/10.1111/jth.14820
  7. Gupta A., Madhavan M.V., Sehgal K., Nair N., Mahajan S., Sehrawat T.S., et al. Extrapulmonary manifestations of COVID-19. Nat. Med. 2020; 26(7): 1017–32. https://doi.org/10.1038/s41591-020-0968-3.
  8. Baranova A., Cao H., Zhang F. Unraveling risk genes of COVID-19 by multi-omics integrative analyses. Front. Med. (Lausanne). 2021; 8: 738687. https://doi.org/10.3389/fmed.2021.738687
  9. Saponi-Cortes J.M.R., Rivas M.D., Calle-Alonso F., Sanchez J.F., Costo A., Martin C., et al. IFNL4 genetic variant can predispose to COVID-19. Sci. Rep. 2021; 11(1): 21185. https://doi.org/10.1038/s41598-021-00747-z
  10. Samadizadeh S., Masoudi M., Rastegar M., Salimi V., Shahbaz M.B., Tahamtan A. COVID-19: why does disease severity vary among individuals? Respir. Med. 2021; 180: 106356. https://doi.org/10.1016/j.rmed.2021.106356
  11. Pairo-Castineira E., Rawlik K., Bretherick A.D., Qi T., Wu Y., Nassiri I., et al. GWAS and meta-analysis identifies 49 genetic variants underlying critical COVID-19. Nature. 2023; 617(7962): 764–8. https://doi.org/10.1038/s41586-023-06034-3
  12. Chen J.Y., Zhai C.N., Wang Z.Q., Li R., Wu W.J., Hou K., et al. The susceptibility of SERPINE1 rs1799889 SNP in diabetic vascular complications: a meta-analysis of fifty-one case-control studies. BMC Endocr. Disord. 2021; 21(1): 195. https://doi.org/10.1186/s12902-021-00837-z
  13. Gils A., Declerck P.J. Plasminogen activator inhibitor-1. Curr. Med. Chem. 2004; 11(17): 2323–34. https://doi.org/10.2174/0929867043364595
  14. Zhang Q., Jin Y., Li X., Peng X., Peng N., Song J. Plasminogen activator inhibitor-1 (PAI-1) 4G/5G promoter polymorphisms and risk of venous thromboembolism – a meta-analysis and systematic review. Vasa. 2020; 49(2): 141–6. https://doi.org/10.1024/0301-1526/a000839
  15. Huang X., Li Y., Huang Z., Wang C.., Xu Z. PAI-1 gene variants and COC use are associated with stroke risk: a case-control study in the Han Chinese women. J. Mol. Neurosci. 2014; 54(4): 803–10. https://doi.org/10.1007/s12031-014-0418-0
  16. Gao W.F., Guo Y.B., Bai Y., Ding X.Y., Yan Y.J., Wu ZQ. Association between PAI-1 4G/5G polymorphism and diabetic nephropathy: a meta-analysis in the Chinese population. Int. Urol. Nephrol. 2016; 48(9): 1483–9. https://doi.org/10.1007/s11255-016-1333-9
  17. Wang S., Cao Q., Wang X., Li B., Tang M., Yuan W., et al. PAI-1 4G/5G polymorphism contributes to cancer susceptibility: evidence from meta-analysis. PLoS One. 2013; 8(2): e56797. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0056797.
  18. Madàch K., Aladzsity I., Szilàgyi A., Fust G., Gàl J., Pénzes I., et al. 4G/5G polymorphism of PAI-1 gene is associated with multiple organ dysfunction and septic shock in pneumonia induced severe sepsis: prospective, observational, genetic study. Crit. Care. 2010; 14(2): R79. https://doi.org/10.1186/cc8992
  19. Wang Z., Kong L., Luo G., Zhang H., Sun F., Liang W., et al. Clinical impact of the PAI-1 4G/5G polymorphism in Chinese patients with venous thromboembolism. Thromb. J. 2022; 20(1): 68. https://doi.org/10.1186/s12959-022-00430-x
  20. Li W., Mao S., Wu L., Shi W., Zhang J., Wang Z. Association between the PAI-1 4G/5G gene polymorphism and the risk of systemic lupus erythematosus/lupus nephritis. Crit. Rev. Eukaryot. Gene Expr. 2019; 29(1): 85–94. https://doi.org/10.1615/critreveukaryotgeneexpr.2019025311
  21. Kong M., Zhang H., Cao X., Lu Z. Higher level of neutrophil-to-lymphocyte is associated with severe COVID-19. Epidemiol. Infect. 2020; 148: e139. https://doi.org/10.1017/S0950268820001557
  22. Городин В.Н., Мойсова Д.П., Зотов С.В., Ванюков А.А., Подсадная А.А., Тихоненко Ю.В. Роль полиморфизма генов системы гемостаза в патогенезе COVID-19. Инфекционные болезни. 2021; 19(2): 16–26. https://doi.org/10.20953/1729-9225-2021-2-16-26 https://elibrary.ru/cooovc

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Николаева Л.И., Стучинская М.Д., Дедова А.В., Шевченко Н.Г., Хлопова И.Н., Кружкова И.С., Меркулова Л.Н., Кистенева Л.Б., Колобухина Л.В., Мукашева Е.А., Краснослободцев К.Г., Трушакова С.В., Крепкая А.С., Куприянов В.В., Никитенко Н.А., Хадорич Е.А., Бурмистров Е.М., Тюрин И.Н., Антипят Н.А., Бурцева Е.И., 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».