Глобальное генетическое разнообразие вируса кори (Paramyxoviridae: Morbillivirus: Morbillivirus hominis): исторические аспекты и современное состояние

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Мониторинг циркуляции вируса кори и изучение его генетического разнообразия является важным компонентом программы элиминации кори. Методический подход к молекулярно-генетическим исследованиям и их интерпретации с целью надзора за корью был разработан в начале 2000-х гг. В период его разработки были установлены четкие ареалы циркуляции каждого генотипа вируса, в связи с чем определение генотипов выделенных вирусов было предложено для мониторинга их циркуляции и выявления путей передачи. Однако в дальнейшем, по причине значительного снижения количества активных генотипов вируса, был предложен подход, основанный на субгенотипировании: определении не только генотипа вируса, но и его генетической линии/генетического варианта. Глобальная сеть лабораторий по кори и краснухе (GMRLN) проводит систематический мониторинг циркуляции вируса кори на субгенотипическом уровне, депонируя результаты в специализированную базу данных MeaNS2, которая является наиболее полным и достоверным источником сведений о генетической характеристике вирусов кори.

В настоящем обзоре представлены как исторические сведения, так и последняя информация о глобальном генетическом разнообразии вируса кори.

Об авторах

Татьяна Сергеевна Рубальская

ФБУН МНИИЭМ имени Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: rubalskaia@gabrich.ru
ORCID iD: 0000-0003-0838-7353

руководитель лаборатории прикладной иммунохимии

Россия, 125212, Москва

Денис Вадимович Ерохов

ФБУН МНИИЭМ имени Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора

Email: erokhovdenis@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-7163-7840

научный сотрудник лаборатории прикладной иммунохимии

Россия, 125212, Москва

Полина Евгеньевна Жердева

ФБУН МНИИЭМ имени Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора

Email: polya-zherdeva@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7635-4353

младший научный сотрудник лаборатории прикладной иммунохимии

Россия, 125212, Москва

Тамара Алексеевна Мамаева

ФБУН МНИИЭМ имени Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора

Email: 4522826@bk.ru
ORCID iD: 0000-0002-2320-1062

кандидат биол. наук, ведущий научный сотрудник лаборатории прикладной иммунохимии

Россия, 125212, Москва

Нина Тимофеевна Тихонова

ФБУН МНИИЭМ имени Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора

Email: tikhmail@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-8762-4355

профессор, доктор  биол. наук, главный научный сотрудник лаборатории цитокинов

Россия, 125212, Москва

Список литературы

  1. Measles: Vaccine Preventable Diseases Surveillance Standards. Available at: https://www.who.int/publications/m/item/vaccine-preventable-diseases-surveillance-standards-measles
  2. Mulders M.N., Rota P.A., Icenogle J.P., Brown K.E., Takeda M., Rey G.J., Ben Mamou M.C., Dosseh A.R., Byabamazima C.R., Ahmed H.J., Pattamadilok S., Zhang Y., Gacic-Dobo M., Strebel P.M., Goodson J.L. Global Measles and Rubella Laboratory Network Support for Elimination Goals, 2010-2015. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2016 May 6; 65(17):438–42. https://doi.org/ 10.15585/mmwr.mm6517a3
  3. Measles virus nomenclature update: 2012. Wkly Epidemiol Rec. 2012 Mar 2; 87(9): 73–81. English, French. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/WER8709
  4. Expanded Programme on Immunization (EPI). Standardization of the nomenclature for describing the genetic characteristics of wild-type measles viruses. Wkly Epidemiol Rec. 1998 Aug 28; 73(35): 265–9. English, French. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/WER7335
  5. The role of extended and whole genome sequencing for tracking transmission of measles and rubella viruses: report from the Global Measles and Rubella laboratory Network meeting, 2017. Weekly Epidemiological Record. 2018; 93(6): 55–59. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/WER9306
  6. Kremer J.R., Fack F., Olinger C.M., Mulders M.N., Muller C.P. Measles virus genotyping by nucleotide-specific multiplex PCR. J Clin Microbiol. 2004 Jul; 42(7): 3017–22. https://doi.org/10.1128/JCM.42.7.3017-3022.2004
  7. Tran T., Kostecki R., Catton M., Druce J. Utility of a Stressed Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Real-Time PCR Assay for Rapid Identification of Measles Vaccine Strains in Patient Samples. J Clin Microbiol. 2018 Jul 26; 56(8): e00360-18. https://doi.org/10.1128/JCM.00360-18
  8. Roy F., Mendoza L., Hiebert J., McNall R.J., Bankamp B., Connolly S., Lüdde A., Friedrich N., Mankertz A., Rota P.A., Severini A. Rapid Identification of Measles Virus Vaccine Genotype by Real-Time PCR. J Clin Microbiol. 2017 Mar; 55(3): 735–743. https://doi.org/10.1128/JCM.01879-16
  9. MeaNS2: Measles Virus Nucleotide Surveillance. Available at: https://who-gmrln.org/means2
  10. International Committee on Taxonomy of Viruses: ICTV. Official Taxonomic Resources. Available at: https://ictv.global/taxonomy/taxondetails?taxnode_id=202201616
  11. ViralZone: a knowledge resource to understand virus diversity. Hulo C, de Castro E, Masson P, Bougueleret L, Bairoch A, Xenarios I, Le Mercier P. Nucleic Acids Res. 2011 Jan; 39: D576–82. Available at: https://viralzone.expasy.org/
  12. de Swart R.L., Yüksel S., Osterhaus A.D. Relative contributions of measles virus hemagglutinin- and fusion protein-specific serum antibodies to virus neutralization. J Virol. 2005 Sep; 79(17): 11547–51. https://doi.org/10.1128/JVI.79.17.11547-11551.2005
  13. WHO immunological basis for immunization series: module 7: measles: update 2020. Available at: https://www.who.int/publications-detail-redirect/9789241516655
  14. Shu Y., Habchi J., Costanzo S., Padilla A., Brunel J., Gerlier D., Oglesbee M., Longhi S. Plasticity in structural and functional interactions between the phosphoprotein and nucleoprotein of measles virus. J Biol Chem. 2012 Apr 6; 287(15): 11951–67. https://doi.org/10.1074/jbc.M111.333088
  15. Riddell M.A., Rota J.S., Rota P.A. Review of the temporal and geographical distribution of measles virus genotypes in the prevaccine and postvaccine eras. Virol J. 2005 Nov 22; 2: 87. https://doi.org/10.1186/1743-422X-2-87
  16. Kühne M., Brown D.W., Jin L. Genetic variability of measles virus in acute and persistent infections. Infect Genet Evol. 2006 Jul; 6(4): 269–76. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2005.08.003
  17. Nomenclature for describing the genetic characteristics of wild-type measles viruses (update). Wkly Epidemiol Rec. 2001 Aug 17; 76(33): 249–51. English, French. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/WER7633
  18. Шульга С.В., Цвиркун О.В., Тихонова Н.Т., Чехляева Т.С., Герасимова А.Г., Мамаева Т.А., и др. Методические рекомендации МР 3.1.2.0135–18. Генетический мониторинг циркуляции вирусов кори и краснухи. М.; 2019. Available at: https://pdf.standartgost.ru/catalog/Data2/1/4293730/4293730377.pdf
  19. Update of the nomenclature for describing the genetic characteristics of wild-type measles viruses: new genotypes and reference strains. Wkly Epidemiol Rec. 2003 Jul 4; 78(27): 229–32. English, French. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/WER7827
  20. WHO. New genotype of measles virus and update on global distribution of measles genotypes. Wkly Epidemiol Rec. 2005 Oct 7; 80(40): 347–51. English, French. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/WER8040
  21. Global distribution of measles and rubella genotypes--update. Wkly Epidemiol Rec. 2006 Dec 15; 81(51/52): 474–9. English, French. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/WER8151
  22. Genetic diversity of wild-type measles viruses and the global measles nucleotide surveillance database (MeaNS). Wkly Epidemiol Rec. 2015 Jul 24; 90(30): 373–80. English, French. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/WER9030
  23. Игнатьев Г.М., Отрашевская Е.В., Суханова Л.Л. и др. Молекулярно-генетическое исследование штамма Ленинград-16, используемого для производства вакцины кори. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020; 97(2): 182–189. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2020-97-2-182-189
  24. Parks C.L., Lerch R.A., Walpita P., Wang H.P., Sidhu M.S., Udem S.A. Analysis of the noncoding regions of measles virus strains in the Edmonston vaccine lineage. J Virol. 2001 Jan; 75(2): 921–33. https://doi.org/10.1128/JVI.75.2.921-933.2001
  25. Parks C.L., Lerch R.A., Walpita P., Wang H.P., Sidhu M.S., Udem S.A. Comparison of predicted amino acid sequences of measles virus strains in the Edmonston vaccine lineage. J Virol. 2001 Jan; 75(2): 910–20. https://doi.org/10.1128/JVI.75.2.910-920.2001
  26. Waku-Kouomou D., Freymuth F., du Châtelet I.P., Wild T.F., Horvat B. Co-circulation of multiple measles virus genotypes during an epidemic in France in 2008. J Med Virol. 2010 May; 82(6): 1033–43. https://doi.org/10.1002/jmv.21766
  27. Mortamet G., Dina J., Freymuth F., Guillois B., Vabret A. Measles in France. Arch. Pediatr. 2012; 19(11): 1269–72. https://doi.org/10.1016/j.arcped.2012.08.006 (in French)
  28. Kouomou D.W., Nerrienet E., Mfoupouendoun J., Tene G., Whittle H., Wild T.F. Measles virus strains circulating in Central and West Africa: Geographical distribution of two B3 genotypes. J Med Virol. 2002 Nov; 68(3): 433–40. https://doi.org/10.1002/jmv.10222
  29. Haddad-Boubaker S., Rezq M., Smeo M.N., Ben Yahia A., Abudher A., Slim A., Ben Ghorbel M., Ahmed H., Rota P., Triki H. Genetic characterization of clade B measles viruses isolated in Tunisia and Libya 2002-2009 and a proposed new subtype within the B3 genotype. Virus Res. 2010 Nov; 153(2): 258–64. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2010.08.011
  30. Takahashi M., Nakayama T., Kashiwagi Y., Takami T., Sonoda S., Yamanaka T., Ochiai H., Ihara T., Tajima T. Single genotype of measles virus is dominant whereas several genotypes of mumps virus are co-circulating. J Med Virol. 2000 Oct; 62(2): 278–85.
  31. Mosquera M.M., Ory F., Echevarría J.E. Measles virus genotype circulation in Spain after implementation of the national measles elimination plan 2001-2003. J Med Virol. 2005 Jan; 75(1): 137–46. https://doi.org/10.1002/jmv.20248
  32. de Swart R.L., Yüksel S., Langerijs C.N., Muller C.P., Osterhaus A. Depletion of measles virus glycoprotein-specific antibodies from human sera reveals genotype-specific neutralizing antibodies. J Gen Virol. 2009 Dec; 90(Pt 12): 2982–2989. https://doi.org/10.1099/vir.0.014944-0
  33. Santibanez S., Heider A., Gerike E., Agafonov A., Schreier E. Genotyping of measles virus isolates from central Europe and Russia. J Med Virol. 1999 Jul; 58(3): 313–20
  34. Lam T., Ranjan R., Newark K., Surana S., Bhangu N., Lazenbury A., et al. A recent surge of fulminant and early onset subacute sclerosing panencephalitis (SSPE) in the United Kingdom: An emergence in a time of measles. Eur. J. Paediatr. Neurol. 2021; 34: 4–49. https://doi.org/10.1016/j.ejpn.2021.07.006
  35. Junker A., Wozniak J., Voigt D., Scheidt U., Antel J., Wegner C., et al. Extensive subpial cortical demyelination is specific to multiple sclerosis. Brain Pathol. 2020; 30(3): 641–52. https://doi.org/10.1111/bpa.12813
  36. Jin L., Beard S., Hunjan R., Brown D.W., Miller E. Characterization of measles virus strains causing SSPE: a study of 11 cases. J Neurovirol. 2002 Aug; 8(4): 335–44. https://doi.org/10.1080/13550280290100752
  37. Riddell M.A., Moss W.J., Hauer D., Monze M., Griffin D.E. Slow clearance of measles virus RNA after acute infection. J Clin Virol. 2007 Aug; 39(4): 312–7. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2007.05.006
  38. Cheng W.Y., Lee L., Rota P.A., Yang D.C. Molecular evolution of measles viruses circulated in Taiwan 1992-2008. Virol J. 2009 Dec 10; 6: 219. https://doi.org/10.1186/1743-422X-6-219
  39. Atrasheuskaya A.V., Kulak M.V., Neverov A.A., Rubin S., Ignatyev G.M. Measles cases in highly vaccinated population of Novosibirsk, Russia, 2000-2005. Vaccine. 2008 Apr 16; 26(17): 2111–8. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2008.02.028
  40. Riddell M.A., Rota J.S., Rota P.A. Review of the temporal and geographical distribution of measles virus genotypes in the prevaccine and postvaccine eras. Virol J. 2005 Nov 22; 2: 87. https://doi.org/10.1186/1743-422X-2-87
  41. Zhang Y., Ding Z., Wang H., Li L., Pang Y., Brown K.E., Xu S., Zhu Z., Rota P.A., Featherstone D., Xu W. New measles virus genotype associated with outbreak, China. Emerg Infect Dis. 2010 Jun; 16(6): 943–7. https://doi.org/10.3201/eid1606.100089
  42. Horm S.V., Dumas C., Svay S., Feldon K., Reynes J.M. Genetic characterization of wild-type measles viruses in Cambodia. Virus Res. 2003 Nov; 97(1): 31–7. https://doi.org/10.1016/s0168-1702(03)00219-3
  43. Pattamadilok S., Incomserb P., Primsirikunawut A., Lukebua A., Rota P.A., Sawanpanyalert P. Genetic characterization of measles viruses that circulated in Thailand from 1998 to 2008. J Med Virol. 2012 May;84(5):804-13. https://doi.org/10.1002/jmv.23249
  44. Tipples G.A., Gray M., Garbutt M., Rota P.A. Canadian Measles Surveillance Program. Genotyping of measles virus in Canada: 1979-2002. J Infect Dis. 2004 May 1; 189 Suppl 1: S171–6. https://doi.org/10.1086/377716
  45. Kokotas S.N., Bolanaki E., Sgouras D., et al. Cocirculation of genotypes D4 and D6 in Greece during the 2005 to 2006 measles epidemic. Diagn Microbiol Infect Dis. 2008 Sep; 62(1): 58–66. https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2008.06.001. Epub 2008 Jul 14.
  46. Шульга С. В., Тихонова Н. Т., Наумова М.А. и др. Изменение спектра циркулирующих генотипов вируса как показатель элиминации индигенной кори в России. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2009; 4: 4–9.
  47. Vaidya S.R., Chowdhury D.T. Measles virus genotypes circulating in India, 2011-2015. J Med Virol. 2017 May; 89(5): 753–758. https://doi.org/10.1002/jmv.24702
  48. Журавлева Ю.Н., Луговцев В.Ю., Воронина О.Л., и др. Генетический анализ диких штаммов вируса кори, изолированных в европейской части РФ. Вопросы вирусологии. 2003; 48(4): 29–35.
  49. Santibanez S., Tischer A., Heider A., et al. Rapid replacement of endemic measles virus genotypes. J Gen Virol. 2002 Nov; 83(Pt 11): 2699–2708. https://doi.org/10.1099/0022-1317-83-11-2699
  50. Zhang Y., Zhu Z., Rota P.A., et al. Molecular epidemiology of measles viruses in China, 1995-2003. Virol J. 2007 Feb 5; 4:14. https://doi.org/10.1186/1743-422X-4-14
  51. Cheng W.Y., Wang H.C., Wu H.S., et al. Measles surveillance in Taiwan, 2012-2014: Changing epidemiology, immune response, and circulating genotypes. J Med Virol. 2016 May; 88(5): 746–53. https://doi.org/10.1002/jmv.24392
  52. Kremer J.R., Nguyen G.H., Shulga S.V., et al. Genotyping of recent measles virus strains from Russia and Vietnam by nucleotide-specific multiplex PCR. J Med Virol. 2007 Jul; 79(7): 987–94. https://doi.org/10.1002/jmv.20827
  53. Rota P.A., Liffick S.L., Rota J.S., Katz R.S., Redd S., Papania M., Bellini W.J. Molecular epidemiology of measles viruses in the United States, 1997-2001. Emerg Infect Dis. 2002 Sep; 8(9): 902–8. https://doi.org/10.3201/eid0809.020206
  54. WHO EpiBrief: a report on the epidemiology of selected vaccine-preventable diseases in the European Region: No. 1/2022. Available at: https://www.who.int/europe/publications/i/item/WHO-EURO-2022-6771-46537-67504
  55. WHO EpiBrief: a report on the epidemiology of selected vaccine-preventable diseases in the European Region: No. 1/2023. Available at: https://www.who.int/europe/publications/i/item/WHO-EURO-2023-7691-47458-69761
  56. A monthly summary of the epidemiological data on selected vaccine-preventable diseases in the WHO European Region. Available at: https://www.who.int/europe/publications/m/item/epidata-5-2023

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Рубальская Т.С., Ерохов Д.В., Жердева П.Е., Мамаева Т.А., Тихонова Н.Т., 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».