Анализ полногеномной последовательности изолята вируса африканской чумы свиней (Asfarviridae: Asfivirus: African swine fever virus), выделенного от дикого кабана (Sus scrofa) на границе Российской Федерации и Монголии

Введение. Возбудитель африканской чумы свиней (Asfarviridae: Asfivirus: African swine fever virus) (АЧС) – двухцепочечный ДНК-вирус размерами 175–215 нм. На сегодняшний день известно 24 его генотипа. Кластеризация вирусов АЧС II генотипа проводится путём изучения ограниченного числа выбранных областей генома. Несмотря на относительно высокую скорость накопления замен в геноме этого инфекционного агента по сравнению с другими ДНК-содержащими вирусами, число известных геномных молекулярных маркёров для изолятов II генотипа до настоящего времени недостаточно для детальной субкластеризации.

Целями данной работы являлись сравнительный анализ изолята вируса АЧС ASFV/Zabaykali/WB5314/2020 и определение дополнительных молекулярных маркёров, использование которых возможно при кластеризации вируса II генотипа.

Материал и методы. В работе использован изолят вируса АЧС ASFV/Zabaykali/WB-5314/2020. Библиотеку последовательностей конструировали с использованием набора Nextera XT DNA library preparation kit (Illumina, США) с помощью методики секвенирования нового поколения (next generation sequencing, NGS).

Результаты. Длина генома исследуемого изолята составила 189 380 п.н., число открытых рамок считывания (ОРС) – 189. При сравнении с референтным геномом Georgia 2007/1 у варианта обнаружены 33 однонуклеотидных полиморфизма (ОНП). Из них 13 локализуются в межгенных областей 10 приводят к изменению аминокислотных последовательностей кодируемых белков и 10 – оказывают влияние на ОРС генов вируса АЧС.

Обсуждение. По данным анализа межгенных областей ASFV/Zabaykali/WB-5314/2020 группируется отдельно от нескольких изолятов из Польши и 3 – из Китайской Народной Республики (КНР), поскольку не содержит тандемных повторов (tandem repeat sequences, TRS). В то же время при построении филогенетического дерева на основании секвенирования гена DP60R данный изолят оказался объединённым с таковыми из КНР и Польши. При этом филогенетический анализ полногеномных последовательностей подтвердил результаты предшествующих исследований по кластеризации вирусов АЧС II генотипа, а вариант ASFV/Zabaykali/WB-5314/2020 оказался распределённым в группу с изолятами из Китая.

Заключение. Идентифицирована новая вариабельная область генома вируса АЧС – ген DP60R, кластеризация по которому дала результат, аналогичный таковому при анализе полноразмерных геномов. Можно предполагать, что дальнейшие работы по групповому распределению изолятов вируса АЧС, базирующиеся на изучении последовательности этого гена, позволят выявить значимость данной генной структуры для научных изысканий в отношении эволюции инфекционного агента и путей его распространения.