Быстрый анализ мочи на значимую бактериурию и бета-лактамную резистентность уропатогенных энтеробактерий

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Цель: Разработка способа быстрого анализа мочи на гены бета-лактамной резистентности уропатогенных энтеробактерий и определение его диагностических характеристик по сравнению с культуральным методом.

Материалы и методы: Было исследовано 214 проб мочи, полученных у женщин репродуктивного возраста. Чувствительность выделенных уропатогенов к антибиотикам исследовали диско-диффузионным методом. Для количественной ПЦР мочи на значимую бактериурию использовали набор реагентов «АмплиСенс ИМП-монитор-FL» (ЦНИИ эпидемиологии). Гены бета-лактамной резистентности выявляли с использованием наборов реагентов «БакРезиста GLA» («ДНК-Технология»), «РЕЗИСТОМ.OXA10» и «РЕЗИСТОМ.DHA» («Литех»).

Результаты: По результатам культурального исследования значимая бактериурия была обнаружена у 111 женщин. В подавляющем большинстве случаев (94/111; 85%) были выявлены энтеробактерии. Чувствительность и специфичность количественной ПЦР для выявления значимой бактериурии (≥104 КОЕ/мл) составили для разных уропатогенов 93–100% и 90–100% соответственно. Фенотипическая и генотипическая резистентность к бета-лактамам была выявлена в 33% (30/91) и 27% (25/91) изолятов энтеробактерий соответственно. Гены бета-лактамаз CTX-M, TEM и DHA выявлялись с частотой 14% (13/91), 20% (18/91) и 2% (2/91) соответственно. Все образцы с отрицательным тестом на гены бета-лактамаз имели чувствительный бета-лактамный фенотип. Выявление генотипа бета-лактамной резистентности предсказывало резистентный фенотип с чувствительностью 87%, специфичностью 100%, прогностической значимостью положительных и отрицательных результатов 100 и 94% соответственно.

Заключение: Разработан способ быстрого анализа мочи методом ПЦР на значимую бактериурию и бета-лактамную резистентность уропатогенных энтеробактерий.

Об авторах

Елена Васильевна Шипицына

ФГБНУ «Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта»

Автор, ответственный за переписку.
Email: shipitsyna@inbox.ru

д.б.н., в.н.с. отдела медицинской микробиологии

Россия, Санкт-Петербург

Татьяна Алексеевна Хуснутдинова

ФГБНУ «Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта»; ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет» Минздрава России

Email: husnutdinovat@yandex.ru

к.м.н., н.с. отдела медицинской микробиологии; ассистент кафедры клинической лабораторной диагностики

Россия, Санкт-Петербург; Санкт-Петербург

Елена Николаевна Головешкина

ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

Email: elenagoloveshkina@yandex.ru

к.б.н., заведующий лабораторией молекулярной диагностики и эпидемиологии инфекций органов репродукции

Россия, Москва

Анастасия Владимировна Громова

ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

Email: gromova@cmd.su

к.б.н., н.с. лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии инфекций органов репродукции

Россия, Москва

Татьяна Сергеевна Скачкова

ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

Email: skachkova@inbox.ru

с.н.с. лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии инфекций органов репродукции

Россия, Москва

Анна Александровна Крысанова

ФГБНУ «Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта»; ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет» Минздрава России

Email: krusanova.anna@mail.ru

к.м.н., н.с. отдела медицинской микробиологии; ассистент кафедры клинической лабораторной диагностики

Россия, Санкт-Петербург; Санкт-Петербург

Алевтина Михайловна Савичева

ФГБНУ «Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта»; ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет» Минздрава России

Email: savitcheva@mail.ru

заслуженный деятель науки РФ, д.м.н., профессор, руководитель отдела медицинской микробиологии; заведующая кафедрой клинической лабораторной диагностики

Россия, Санкт-Петербург; Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Ansaldi Y., Martinez de Tejada Weber B. Urinary tract infections in pregnancy. Clin. Microbiol. Infect. 2022 Aug 27; S1198-743X. https://dx.doi.org/10.1016/ J.CMI.2022.08.015.
  2. De Angelis G., Del Giacomo P., Posteraro B., Sanguinetti M., Tumbarello M. Molecular mechanisms, epidemiology, and clinical importance of β-lactam resistance in enterobacteriaceae. Int.. J Mol. Sci. 2020; 21(14): 5090. https://dx.doi.org/10.3390/IJMS21145090.
  3. Bush K. Past and present perspectives on β-lactamases. Antimicrob. Agents Chemother. 2018; 62(10): e01076-18. https://dx.doi.org/10.1128/ AAC.01076-18.
  4. Bonkat G., Bartoletti R., Bruyère F., Cai T., Geerlings S.E., Köves B. et al. EAU guidelines on urological infections. 2022. Available at: https://d56bochluxqnz.cloudfront.net/documents/full-guideline/ EAU-Guidelines-on-Urological-Infections-2022.pdf
  5. Министерство здравоохранения Российской Федерации. Клинические рекомендации. Инфекция мочевых путей при беременности. 2021. Доступно по: https://roag-portal.ru/recommendations_obstetrics
  6. Kaye K.S., Rice L.B., Dane A.L., Stus V., Sagan O., Fedosiuk E. et al. Fosfomycin for injection (ZTI-01) versus piperacillin-tazobactam for the treatment of complicated urinary tract infection including acute pyelonephritis: ZEUS, a phase 2/3 randomized trial. Clin. Infect. Dis. 2019; 69(12): 2045-56. https://dx.doi.org/10.1093/CID/CIZ181.
  7. Sojo-Dorado J., López-Hernández I., Rosso-Fernandez C., Morales I.M., Palacios-Baena Z.R., Hernández-Torres A. et al. Effectiveness of fosfomycin for the treatment of multidrug-resistant escherichia coli bacteremic urinary tract infections: a randomized clinical trial. JAMA Netw Open. 2022; 5(1): e2137277. https://dx.doi.org/10.1001/JAMANETWORKOPEN.2021.37277.
  8. Fleece M.E., Pholwat S., Mathers A.J., Houpt E.R. Molecular diagnosis of antimicrobial resistance in Escherichia coli. Expert Rev. Mol. Diagn. 2018; 18(3): 207-17. https://dx.doi.org/10.1080/14737159.2018.1439381.
  9. De Angelis G., Grossi A., Menchinelli G., Boccia S., Sanguinetti M., Posteraro B. Rapid molecular tests for detection of antimicrobial resistance determinants in Gram-negative organisms from positive blood cultures: a systematic review and meta-analysis. Clin. Microbiol. Infect. 2020; 26(3): 271-80. https://dx.doi.org/10.1016/J.CMI.2019.11.009.
  10. Wojno K.J., Baunoch D., Luke N., Opel M., Korman H., Kelly C. et al. Multiplex PCR based urinary tract infection (UTI) analysis compared to traditional urine culture in identifying significant pathogens in symptomatic patients. Urology. 2020; 136: 119-26. https://dx.doi.org/10.1016/j.urology.2019.10.018.
  11. Sun Z., Liu W., Zhang J., Wang S., Yang F., Fang Y. et al. The direct semi-quantitative detection of 18 pathogens and simultaneous screening for nine resistance genes in clinical urine samples by a high-throughput multiplex genetic detection system. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2021; 11: 660461. https://dx.doi.org/10.3389/fcimb.2021.660461.
  12. Van Der Zee A., Roorda L., Bosman G., Ossewaarde J.M. Molecular diagnosis of urinary tract infections by semi-quantitative detection of uropathogens in a routine clinical hospital setting. PLoS One. 2016; 11(3): e0150755. https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0150755.
  13. Martinez-Martinez L., Cantón Spain R., Stefani S., Skov R., Glupczynski Y., Nordmann P. et al. EUCAST guidelines for detection of resistance mechanisms and specific resistances of clinical and/or epidemiological importance. 2017. Available at: https://www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/Resistance_mechanisms/EUCAST_detection_of_resistance_mechanisms_170711.pdf
  14. Bujang M.A., Adnan T.H. Requirements for minimum sample size for sensitivity and specificity analysis. J. Clin. Diagn. Res. 2016; 10(10): YE01. https://dx.doi.org/10.7860/JCDR/2016/18129.8744.
  15. Tofteland S., Haldorsen B., Dahl K.H., Simonsen G.S., Steinbakk M., Walsh T.R. et al. Effects of phenotype and genotype on methods for detection of extended-spectrum-β-lactamase-producing clinical isolates of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Norway. J. Clin. Microbiol. 2007; 45(1): 199-205. https://dx.doi.org/10.1128/JCM.01319-06.
  16. Tuite N., Reddington K., Barry T., Zumla A., Enne V. Rapid nucleic acid diagnostics for the detection of antimicrobial resistance in Gram-negative bacteria: Is it time for a paradigm shift? J. Antimicrob. Chemother. 2014; 69(7): 1729-33. https://dx.doi.org/10.1093/jac/dku083.
  17. Ny S., Edquist P., Dumpis U., Gröndahl-Yli-Hannuksela K., Hermes J., Kling A.M. et al. Antimicrobial resistance of Escherichia coli isolates from outpatient urinary tract infections in women in six European countries including Russia. J. Glob. Antimicrob. Resist. 2019; 17: 25-34. https://dx.doi.org/10.1016/ j.jgar.2018.11.004.
  18. Палагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В. Перепанова Т.С., Козлов Р.С. и др. Антибиотикорезистентность возбудителей внебольничных инфекций мочевых путей в России: результаты многоцентрового исследования «ДАРМИС-2018». КМАХ. 2019; 21(2): 134-46. https://dx.doi.org/10.36488/cmac.2019.2.134-146.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис.1. Концентрация ДНК (ГЭ/мл) вагинальных бактерий Lactobacillus spp., Gardnerella vaginalis и Atopobium vaginae (тест АмплиСенс Флороценоз-Бактериальный вагиноз) в пробах мочи с незначимой бактериурией. Представлены только пробы мочи с общей бактериальной массой (ОБМ)≥105 ГЭ/мл

Скачать (333KB)
Метаданные
3. Рис.2. Алгоритм быстрого анализа мочи на клинически значимую бактериурию и гены бета-лактамной резистентности уропатогенных энтеробактерий

Скачать (187KB)
Метаданные

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».