АНАЛИЗ БЕЛОК-БЕЛКОВОГО ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ CREBBP, НТТ и КМТ2D МЕТОДОМ ГЛАВНЫХ КОМПОНЕНТ

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Транскрипционный коактиватор CREBBP (cyclic AMP response element binding protein-binding protein), нейроспецифический регулятор транскрипции НТТ (huntingtin) и гистон-лизиновая метилтрансфераза КМТ2D (lysine methyltransferase 2D) кооперативно участвуют в посттрансляционной модификации гистонов и регуляции дифференциальной экспрессии генов. Механизм межбелкового взаимодействия исследован слабо. Компьютерный анализ первичной структуры белков методом главных компонент выявил наличие максимально высокой корреляции между главными компонентами аминокислотных последовательностей в парах CREBBP–НТТ и CREBBP–КМТ2D с глутамином. Траектория первой главной компоненты CREBBP практически совпадает с графиком позиционной частоты глутамина вдоль молекулы белка. Показано, что во вторичной структуре CREBBP существенную долю занимают элементы E-strand (extended strand) с открытой конформацией пептидной цепи. Полилутаминовые тракты, локализованные на C-конце CREBBP, N-конце НТТ, N-, C-концах и в центре КМТ2D также имеют открытую конформацию, облегчающую образование межмолекулярных водородных связей. Предполагается, что полилутаминовые тракты C-конца CREBBP и N-конца НТТ непосредственно вовлечены в белок-белковый контакт CREBBP–НТТ. Аналогичная связь между полилутаминовыми трактами C-конца CREBBP и центрального региона КМТ2D фиксирует физическое взаимодействие в данной паре белков. Выявленные особенности исследованиям белков могут быть использованы для конструирования новых фармакологических препаратов физико-химическими методами.

Об авторах

И. И. Хегай

ФНЦ "Институт цитологии и генетики" СО РАН

Email: khegay@bionet.nsc.ru
Россия, Новосибирск

Ж. Гун

ФНЦ "Институт цитологии и генетики" СО РАН

Россия, Новосибирск

В. М. Ефимов

ФНЦ "Институт цитологии и генетики" СО РАН

Россия, Новосибирск

Список литературы

  1. Goto N.K., Zor T., Martinez-Yamout M., Dyson H.J., Wright P.E. // J. Biol. Chem. 2002. V. 277. P. 43168–43174. https://doi.org/10.1074/jbc.M207660200
  2. Zhu Y., Wang Z., Li Y., Peng H., Liu J., Zhang J., Xiao X. // Cancers. 2023. V. 15. P. 1219. https://doi.org/10.3390/cancers15041219
  3. Vorobyeva N.E., Mazina M.Y. // Russ. J. Genetics. 2021. V. 57. P. 751–763. https://doi.org/10.1134/S1022795421060144
  4. Liu R., Wu J., Guo H., Yao W., Li S., Lu Y., Jia Y., Liang X., Tang J., Zhang H. // MedComm. 2020. 2023. V. 4. P. e292. https://doi.org/10.1002/mco2.292
  5. Schulte J., Littleton J.T. // Curr. Trends Neurol. 2011. V. 5. P. 65–78. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3237673/
  6. Lee J., Kim D.-H., Lee S., Yang Q.-H., Lee D.K., Lee S.-K., Roeder R.G., Lee J.W. // PNAS. 2009. V. 106. P. 8513–8518. https://doi.org/10.1073/pnas.0902873106
  7. Blawski R., Vokshi B.H., Guo X., Kittane S., Sallaku M., Chen W., Gjyzari M., Cheung T., Zhang Y., Simpkins C., Zhou W., Kulick A., Zhao P., Wei M., Shivashankar P., Prioleau T., Razavi P., Koche R., Rebecca V.W., de Stanchina E., Castel P., Chan H.M., Scaltriti M., Cocco E., Ji H., Luo M., Toska E. // Cell Rep. 2024. V. 43. P. 114174. https://doi.org/10.1016/j.cclrep.2024.114174
  8. Knorre D.G., Kudryashova N.V., Godovikova T.S. // Acta Naturae. 2009. V. 1. P. 29–51. https://doi.org/10.32607/20758251-2009-1-3-29-51
  9. Marcelino A.M.C., Gierasch L.M. // Biopolymers. 2008. V. 89. P. 380–391. https://doi.org/10.1002/bip.20960
  10. Eswar N., Ramakrishnan C., Srinivasan N. // Protein Engineering, Design and Selection. 2003. V. 16. P. 331–339. https://doi.org/10.1093/protein/gzg046
  11. Valor L.M., Viosca J., Lopez-Atalaya J.P., Barco A. // Curr. Pharm. Des. 2013. V. 19. P. 5051–5064. https://doi.org/10.2174/13816128113199990382
  12. Vaglietti S., Ferdinando Fiumara F. // NAR Genomics and Bioinformatics. 2021. V. 3. P. lqab032. https://doi.org/10.1093/nargab/lqab032
  13. Gauthier L.R., Charvin B.C., Borrell-Pages M., Dompiere J.P., Rangone H., Cordelières F.P., Mey J.D., MacDonald M.E., Lessmann V., Humbert S., Saudou F. // Cell. 2004. V. 118. P. 127–138. https://doi.org/10.1016/j.cell.2004.06.018
  14. Butler-Ryan R., Wood I.C. // Metab. Brain Dis. 2021. V. 36. P. 1135–1150. https://doi.org/10.1007/s11011-021-00719-2
  15. Hatters D.M. // IUBMB Life. 2008. V. 60. P. 724–728. https://doi.org/10.1002/ub.111
  16. Nucifora F.C., Sasaki M., Peters M.F., Huang H., Cooper J.K., Yamada M., Takahashi H., Tsuji S., Troncoso J., Dawson V.L., Dawson T.M., Ross C.A. // Science. 2001. V. 291. P. 2423–2428. https://doi.org/10.1126/science.1056784
  17. Froimchuk E., Jang Y., Ge K. // Gene. 2017. V. 627. P. 337–342. https://doi.org/10.1016/j.gene.2017.06.056
  18. Lai B., Lee J.E., Jang Y., Wang L., Peng W., Ge K. // Nucleic Acids Res. 2017. V. 45. P. 6388–6403. https://doi.org/10.1093/nar/gkx234
  19. Schaefer M.H., Wanker E.E., Andrade-Navarro M.A. // Nucleic Acids Res. 2012. V. 40. P. 4273–4287. https://doi.org/10.1093/nar/gks011
  20. Ефимов В.М., Ефимов К.В., Ковалева В.Ю. // Вавиловский журн. генетики и селекции. 2019. Т. 23. С. 1032–1036. https://doi.org/10.18699/VJ19.584
  21. Takens F. // Dynam. System. Turbulence, Lecture Notes Mathematic. 1981. V. 898. P. 366–381. https://doi.org/10.1007/BFb0091924
  22. Gower J.C. // Biometrika. 1966. V. 53. P. 325–338. https://doi.org/10.1093/biomet/53.3.4.325
  23. Cavalli-Sforza L.L., Menozzi P., Piazza A. // J. Asian Studies. 1995. V. 54. P. 2173–2219. https://doi.org/10.2307/2058750
  24. Geourjon C., Deleage G. // Comput. Appl. Biosci. 1995. V. 11. P. 681–684. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/11.6.681
  25. Hammer O., Harper D.A., Ryan P.D. // Palaeontologia Electronica. 2001. V. 4. P. 1–9. https://palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm
  26. Polunin D., Shtaiger I., Efimov V. // bioRxiv. 2019. P. 803684. https://doi.org/10.1101/803684

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).