Biochip with Cells of Brush Polymers Carrying Carboxyl Groups for DNA Analysis

R. A. Miftakhov; Мифтахов Р. А.; T. V. Nasedkina; Наседкина Т. В.; A. S. Zasedatelev; Заседателев А. С.; V. E. Shershov; Шершов В. Е.; V. E. Kuznetsova; Кузнецова В. Е.; A. I. Levashova; Левашова А. И.; S. A. Lapa; Лапа С. А.; V. A. Vasiliskov; Василисков В. А.; A. Yu. Ikonnikova; Иконникова А. Ю.; A. V. Chudinov; Чудинов А. В.

doi:10.31857/S0132342323050044

Биочип с ячейками из щеточных полимеров с реактивными карбоксильными группами для анализа ДНК

Авторы: Мифтахов Р.А.¹, Наседкина Т.В.¹, Заседателев А.С.¹, Шершов В.Е.¹, Кузнецова В.Е.¹, Левашова А.И.¹, Лапа С.А.¹, Василисков В.А.¹, Иконникова А.Ю.¹, Чудинов А.В.¹
Учреждения:
1. Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Выпуск: Том 49, № 6 (2023)
Страницы: 641-648
Раздел: ПИСЬМА РЕДАКТОРУ
URL: https://ogarev-online.ru/0132-3423/article/view/148163
DOI: https://doi.org/10.31857/S0132342323050044
EDN: https://elibrary.ru/ARRVXQ
ID: 148163

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ
Доступ закрыт

Доступ предоставлен
Доступ закрыт

Только для подписчиков

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Разработан способ изготовления биочипов методом фотолитографии с гидрогелевыми ячейками из щеточных сополимеров на основе акриловой кислоты и акриламида, закрепленными одним концом на поверхности полимерной подложки. Гидрогелевые ячейки с реактивными карбоксильными группами использовали для ковалентной иммобилизации олигонуклеотидных зондов. Особенности ячеек из щеточных полимеров – высокая емкость ковалентной иммобилизации олигонуклеотидных зондов и быстрая кинетика гибридизации с комплементарными ДНК-мишенями. Эффективность биочипов продемонстрирована в гибридизационном анализе с ДНК-мишенями различной длины, представляющими собой участок последовательности 7-го экзона гена ABO человека.

Ключевые слова

биочипы, щеточные полимеры, иммобилизация олигонуклеотидов, гибридизационный анализ ДНК

Список литературы

Rubina A.Y., Pan’kov S.V., Dementieva E.I., Pen’kov D.N., Butygin A.V., Vasiliskov V.A., Chudinov A.V., Mikheikin A.L., Mikhailovich V.M., Mirzabekov A.D. // Anal. Biochem. 2004. V. 325. P. 92–106. https://doi.org/10.1016/j.ab.2003.10.010
Gryadunov D., Dementieva E., Mikhailovich V., Nasedkina T., Rubina A., Savvateeva E., Fesenko E., Chudinov A., Zimenkov D., Kolchinsky A., Zasedatelev A. // Exp. Rev. Mol. Diagn. 2011. V. 11. P. 839–853. https://doi.org/10.1586/ERM.11.73
Naidu C.K., Suneetha Y. // Trop. J. Pharm. Res. 2012. V. 11. P. 153–164. https://doi.org/10.4314/tjpr.v11i1.20
Beaudet A.L., Belmont J.W. // Annu. Rev. Med. 2008. V. 59. P. 113–129. https://doi.org/10.1146/annurev.med.59.012907.101800
Brittain W.J., Brandstetter T., Prucker O., Rühe J. // ACS Appl. Mat. Int. 2019. V. 11. P. 39397–39409. https://doi.org/10.1021/acsami.9b06838
Золотов А.М., Мифтахов Р.А., Иконникова А.Ю., Лапа С.А., Кузнецова В.Е., Василисков В.А., Шершов В.Е., Заседателев А.С., Наседкина Т.В., Чудинов А.В. // Биоорг. химия. 2022. Т. 48. С. 599–605. [Zolotov A.M., Miftakhov R.A., Ikonnikova A.Y., Lapa S.A., Kuznetsova V.E., Vasiliskov V.A., Shershov V.E., Zasedatelev A.S., Nasedkina T.V., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2022. V. 48. Р. 858–863.] https://doi.org/10.1134/S1068162022040203
Shchepinov M.S., Case-Green S.C., Southern E.M. // Nucleic Acids Res. 1997. V. 25. P. 1155–1161. https://doi.org/10.1093/nar/25.6.1155
Halperin A., Buhot A., Zhulina E.B. // Langmuir. 2006. V. 22. P. 11290–11304. https://doi.org/10.1021/la0616606
Zubtsov D.A., Savvateeva E.N., Rubina A.Yu., Pan’kov S.V., Konovalova E.V., Moiseeva O.V., Chechetkin V.R., Zasedatelev A.S. // Anal. Biochem. 2007. V. 368. P. 205–213. https://doi.org/10.1016/j.ab.2007.04.040
Rohr T., Ogletree D.F., Svec F., Fréchet L.M.J. // Adv. Funct. Mat. 2003. V. 13. P. 264–270. https://doi.org/10.1002/adfm.200304229
Ma H., Davis R.H., Bowman C.N. // Macromolecules. 2000. V. 33. P. 331–335. https://doi.org/10.1021/ma990821s
Barbey R., Lavanant L., Paripovic D., Schüwer N., Sugnaux C., Tugulu S., Klok H.-A. // Chem. Rev. 2009. V. 109. P. 5437–5527. https://doi.org/10.1021/cr900045a
Miftakhov R.A., Lapa S.A., Shershov V.E., Zasedateleva O.A., Guseinov T.O., Spitsyn M.A., Kuznetsova V.E., Mamaev D.D., Lysov Yu.P., Barsky V.E., Timofeev E.N., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Biophysics. 2018. V. 63. P. 512–518. https://doi.org/10.1134/S0006350918040127
Jena R.K., Yue C.Y. // Biomicrofluidics. 2012. V. 6. P. 012 822. https://doi.org/10.1063/1.3682098
Barsky V., Perov A., Tokalov S., Chudinov A., Kreindlin E., Sharonov A., Kotova E., Mirzabekov A. // J. Biomol. Screen. 2002. V. 7. P. 247–257. https://doi.org/10.1177/108705710200700308
Lysov Y., Barsky V., Urasov D., Urasov R., Cherepanov A., Mamaev D., Yegorov Y., Chudinov A., Surzhikov S., Rubina A., Smoldovskaya O., Zasedatelev A. // Biomed. Optics Express. 2017. V. 8. P. 4798–4810. https://doi.org/10.1364/BOE.8.004798