Species-Level Identification of SARS-CoV-2 by  E  Gene Conservative Locus

S. A. Lapa; Лапа С. А.; A. A. Shingareva; Шингарева А. А.; E. B. Faizuloev; Файзулоев Е. Б.; Yu. I. Ammour; Аммур Ю. И.; V. E. Shershov; Шершов В. Е.; A. V. Chudinov; Чудинов А. В.

doi:10.31857/S0132342323040358

Видовая идентификация коронавируса SARS-CoV-2 по консервативному участку Е-гена

Авторы: Лапа С.А.¹, Шингарева А.А.¹, Файзулоев Е.Б.², Аммур Ю.И.², Шершов В.Е.¹, Чудинов А.В.¹
Учреждения:
1. Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
2. НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова
Выпуск: Том 49, № 5 (2023)
Страницы: 543-547
Раздел: ПИСЬМА РЕДАКТОРУ
URL: https://ogarev-online.ru/0132-3423/article/view/139261
DOI: https://doi.org/10.31857/S0132342323040358
EDN: https://elibrary.ru/ODHDFF
ID: 139261

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ
Доступ закрыт

Доступ предоставлен
Доступ закрыт

Только для подписчиков

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Появление мутаций в генах, кодирующих поверхностные белки коронавируса нового типа SARS-CoV-2, при его циркуляции в популяции хозяина затрудняет применение моноклональных антител для видовой идентификации данного вируса. В таких случаях выбор консервативных генетических мишеней позволяет осуществлять идентификацию молекулярно-биологическими методами. В настоящей работе проведено тестирование разработанных ранее праймеров, специфичных к фрагменту Е-гена, для выявления коронавируса нового типа на шести изолятах, принадлежащих различным генетическим вариантам SARS-CoV-2 (исходный уханьский геновариант, дельта и омикрон). Выбор консервативного участка Е-гена (E gene, кодирующий малый трансмембранный белок Е) в качестве мишени для обратной транскрипции с последующей амплификацией (ОТ-ПЦР) позволил детектировать коронавирус SARS-CoV-2 вне зависимости от его генетических вариантов, характеризующихся антигенной разнородностью по N- и S-белкам. Показана возможность видового определения различных вариантов возбудителя COVID-19, циркулирующих в России, как в общем реакционном объеме (в пробирке), так и на биологических микрочипах (гелевых и щеточных).

Ключевые слова

ОТ-ПЦР, SARS-CoV-2, видовая идентификация, иммобилизованные праймеры, биологические микрочипы

Список литературы

Randhawa G.S., Soltysiak M.P.M., El Roz H., de Souza C.P.E., Hill K.A., Kari L. // PLoS One. 2020. V. 15. P. e0232391. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0232391
Gorbalenya A.E., Baker S.C., Baric R.S., de Groot R.J., Drosten C., Gulyaeva A.A., Haagmans B.L., Lauber C., Leontovich A.M., Neuman B.W., Penzar D., Perlman S., Poon L.L.M., Samborskiy D.V., Sidorov I.A., Sola I., Ziebuhr J. // Nat. Microbiol. 2020. V. 5. P. 536–544. https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z
Лапа С.А., Мифтахов Р.А., Клочихина Е.С., Аммур Ю.И., Благодатских С.А., Шершов В.Е., Заседателев А.С., Чудинов А.В. // Мол. биол. 2021. Т. 55. С. 944–955. [Lapa S.A., Miftakhov R.A., Klochikhina E.S., Ammur Y.I., Blagodatskikh S.A., Shershov V.E., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Mol. Biol. 2021. V. 55. P. 828–838.] https://doi.org/10.1134/S0026893321040063
Lopez L.A., Riffle A.J., Pike S.L., Gardner D., Hogue B.G. // J. Virol. 2008. V. 82. P. 3000–3010. https://doi.org/10.1128/JVI.01914-07
Грачёва А.В., Корчевая Е.Р., Кудряшова А.М., Борисова О.В., Петруша О.А., Смирнова Д.И., Чернышова И.Н., Свитич О.А., Зверев В.В., Файзулоев Е.Б. // Журн. микробиол. эпидемиол. иммунобиол. 2021. Т. 98. С. 253–265. https://doi.org/10.36233/0372-9311-136
Sorokin N.V., Chechetkin V.R., Livshits M.A., Pankov S.V., Donnikov M.Y., Gryadunov D.A., Lapa S.A., Zasedatelev A.S. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2005. V. 22. P. 725–734. https://doi.org/10.1080/07391102.2005.10507039
Artesi M., Bontems S., Göbbels P., Franckh M., Maes P., Boreux R., Meex C., Melin P., Hayette M.P., Bours V., Durkin K. // J. Clin. Microbiol. 2020. V. 58. P. e01598-20. https://doi.org/10.1128/JCM.01598-20
Rubina A.Yu., Pan’kov S.V., Dementieva E.I., Pen’kov D.N., Butygin A.V., Vasiliskov V.A., Chudinov A.V., Mikheikin A.L., Mikhailovich V.M., Mirzabekov A.D. // Anal. Biochem. 2004. V. 325. P. 92–106. https://doi.org/10.1016/j.ab.2003.10.010