Сравнение механизмов гидролиза органофосфатов с хорошей и плохой уходящей группой фосфотриэстеразой из Pseudomonas Diminuta

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Комбинированным методом квантовой механики и молекулярной механики определены механизмы гидролиза органофосфатов в активном центре фосфотриэстеразы Pseudomonas diminuta. Показано, что для субстрата с хорошей уходящей группой реакция проходит через две элементарные стадии с низкими энергетическими барьерами, при этом наблюдается выигрыш в энергии. В случае плохой уходящей группы возможно только образование нестабильного интермедиата реакции, однако полного гидролиза не происходит. Сравнение полученных механизмов реакции объясняет экспериментальные кинетические данные, согласно которым фермент гидролизует только субстраты с хорошими уходящими группами.

Полный текст

ВВЕДЕНИЕ

Фосфорорганические соединения (ФОС), представляющие собой триэфиры фосфатов, широко используются в качестве пестицидов, инсектицидов и антипиренов. ФОС могут накапливаться в почве и воде, а также оказывать токсичное воздействие на растения, животных и человека [1–4]. Фосфотриэстеразы – ферменты, катализирующие гидролиз фосфорорганических соединений; наиболее экспериментально изученной является фосфотриэстераза из Pseudomonas diminuta (Pd-PTE). Согласно кинетическим данным [5], Pd-PTE гидролизует параоксон (kcat = 2230 c-1) и дибутил-4-нитро-фенилфосфат (kcat = 570 c-1) и не проявляет каталитической активности с такими соединениями, как дибутилфенилфосфат и трифенилфосфат. Основное различие данных органофосфатов заключается в разном строении уходящих групп: первые два соединения являются органофосфатами с хорошей уходящей группой, другие два – с плохой уходящей группой. В связи с этим в данной работе было проведено сравнение реакции гидролиза двух органофосфатов с одинаковыми боковыми заместителями, но разными уходящими группами: с хорошей (дибутил-4-нитрофенилфосфат (а)) и плохой (дибутилфенилфосфат (б)) уходящей группой (рис. 1).

 

Рис. 1. Структуры субстратов: дибутил-4-нитрофенилфосфат (а) с хорошей уходящей группой и дибутилфенилфосфат (б) с плохой уходящей группой

 

По данным рентгеноструктурного анализа [6], в активном центре Pd-PTE находятся два катиона металла на расстоянии 3.9 Å (рис. 2). Нативный фермент содержит катионы цинка. Мостиковыми лигандами для биядерного металлического центра являются гидроксид-анион и карбоксилированный остаток Lys169, атомы кислорода которых находятся на расстоянии около 2 Å от катионов металлов. Кроме того, катион цинка Znα2+ координирован в активном центре двумя аминокислотными остатками гистидина (His55, His57) и аспартатом (Asp301). Второй катион цинка Znβ2+ также координирован двумя остатками гистидина (His201, His230). Оставшееся свободное место в его координационной сфере занимает субстрат.

 

Рис. 2. Слева: Структура фосфотриэстеразы из бактерии Pseudomonas diminuta (Pd-PTE) – атомы активного центра показаны сферами. Справа: субстрат в активном центре Pd-PTE, пунктирными линиями показаны координационные связи катионов цинка, штриховой линией – водородная связь каталитического гидроксид аниона и аминокислотного остатка Asp301

 

Точный механизм гидролиза фосфорорганических соединений в активном центре Pd-PTE не установлен. Известно, что гидролиз органофосфатов в активном центре фосфотриэстеразы Pd-PTE протекает по двухстадийному механизму. В ходе первой стадии происходит нуклеофильная атака гидроксид-анионом атома фосфора с образованием интермедиата с пентакоординированным фосфором [7–18] (рис. 3). Основные различия относятся к описанию второй стадии реакции, в ходе которой происходит разрыв связи между атомами фосфора и кислородом уходящей группы P-OLG с образованием комплекса фермент-продукт. На данный момент существует несколько расчетных работ [8–10, 12, 16–17], в которых обсуждается механизм гидролиза органофосфатов на примере параоксона в активном центре фосфотриэстеразы Pd-PTE. В работах [9, 17] утверждается, что образование комплекса фермент-продукта сопровождается переносом протона с гидроксид-аниона на аспарагиновую кислоту Asp301 (рис. 3б), тогда как в других работах [8, 10, 12] показано, что протон остается на атоме кислорода нуклеофильной частицы и впоследствии образуется протонированная форма фосфорорганического продукта (рис. 3а). Кроме того, в работе [12] была оценена относительная стабильность депротонированной и протонированной формы продукта. Анализ профиля потенциала средней силы показывает, что протонированное состояние продукта гидролиза на 5.5 ккал/моль стабильнее депротонированного.

 

Рис. 3. Предложенные в литературе механизмы гидролиза ФОС фосфотриэстеразой Pd-PTE. Оба механизма предполагают нуклеофильную атаку гидроксид-анионом атома фосфора с образованием пентакоординированного интермедиата. Дальнейший отрыв уходящей группы сопровождается образованием P-OH-связи (в механизме (а)) или P-O-связи и переносом протона на аспарагиновую кислоту (механизм (б))

 

Следует отметить, что среди перечисленных работ только в [9] комплекс фермент-продукт стабилизирован относительно фермент-субстратного комплекса. В работах [8, 10, 12] использовался двухуровневый подход, который заключался в получении конфигураций фермента с помощью полуэмпирических методов, таких как AM1, PM3, и дальнейшей корректировке полученных энергий методом Кона – Шэма с функционалом B3LYP. Однако известно, что модели AM1 и PM3 плохо работают для фосфорсодержащих соединений [19, 20], а также для металлоферментов [21]. Развитие современных вычислительных ресурсов позволяет использовать более широкий арсенал методов DFT для описания все большего числа систем [22].

В данной работе получены механизмы реакции гидролиза органофосфатов (1) и (2) в активном центре фосфотриэстеразы Pd-PTE и проведено их сравнение с использованием современных подходов.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

Модели и методы

Начальные координаты были взяты из кристаллографических данных для димера Pd-PTE (PDB ID: 3CAK) [23], полученных с разрешением 1.8 Å. Катионы кобальта были заменены на катионы цинка в связи с тем, что цинк является нативным для фермента Pd-PTE. Атомы водорода были добавлены в белковую структуру с помощью программы Reduce [24] таким образом, чтобы протонированные состояния аминокислотных остатков соответствовали нейтральному рН. Отдельное внимание уделяли аминокислотным остаткам гистидина, так как в зависимости от окружения протонирование может происходить по разным атомам азота (Nδ или Nε) или по двум сразу. В обоих мономерах фермента Pd-PTE все остатки гистидина, кроме His254, полагались нейтральными. Кроме того, в соответствии с данными РСА была проведена модификация мостикового аминокислотного остатка Lys169 на карбоксилированную форму. Данная модификация позволяет стабилизировать оба катиона Znα2+ и Znβ2+ в активном центре фосфотриэстеразы. Субстраты дибутил-4-нитрофенилфосфат (1) и дибутилфенилфосфат (2) были расположены в активном центре фермента аналогично структуре комплекса фермента Pd-PTE с параоксоном [6]. Полученные таким образом два комплекса фермента с субстратами сольватировали, а для нейтрализации системы были добавлены три иона хлора. Подготовка полноатомных моделей и анализ структур проводился в программном пакете VMD [25].

Для релаксации сольватной оболочки было проведено классическое молекулярно-динамическое моделирование (МД) с фиксированными атомами фермента и субстрата с помощью программного пакета NAMD [26]. Длина траектории составила 1 нс. Затем было проведено МД-моделирование без дополнительных ограничений длиной 1 нс для релаксации белкового окружения. Для описания фермента использовали силовое поле CHARMM36 [27], для субстратов (1) и (2) и карбоксилированной формы Lys169 использовали CGenFF [28], для молекулы воды – TIP3P [29]. Размер системы составил 68×101×90 Å3.

Далее были получены интермедиаты реакции гидролиза органофосфатов (1) и (2) в активном центре Pd-PTE. Для релаксации структуры под такое состояние была рассчитана молекулярно-динамическая траектория с потенциалами комбинированного метода квантовой механики / молекулярной механики (КМ/ММ-МД) продолжительностью 5 пс. Методом квантовой механики описывался активный центр фосфотриэстреазы (рис. 2), который включает в себя катионы цинка Zn2+, гидроксид-анион OH–, боковые цепи аминокислотных остатков His55, His57, карбоксилированного Lys169, His201, His230, His254, Asp301, и органофосфат. В расчетах квантовой части использовался метод функционала электронной плотности с гибридным функционалом PBE0 [30] и дисперсионной поправкой D3 [31] и базисом 6-31G**. Катионы цинка описывались с помощью псевдопотенциалов LANL2DZ [32]. Для описания молекулярно-механической части использовалось силовое поле CHARMM36. В случае комплекса фермента Pd-PTE с субстратом дибутил-4-нитрофенилфосфатом (1) квантовая часть включала 127 атомов, а с дибутилфенилфосфатом (2) – 125 атомов. Общий заряд квантовой подсистемы составлял +2. Взаимодействие квантово-химического пакета TeraChem [33] и молекулярно-динамической программы NAMD [26] обеспечивалось специальным интерфейсом программы NAMD [34].

Все расчеты методом молекулярной динамики были выполнены в каноническом ансамбле NPT при p = 1 атм и T = 300 K, которые поддерживались с использованием баростата Нозе – Гувера [35] и термостата Ланжевена [36] с шагом интегрирования 1 фс.

Для получения сечения поверхности потенциальной энергии (ППЭ) вдоль координаты реакции был проведен ряд последовательных оптимизаций геометрий с фиксированным значением координаты реакции через равные промежутки в рамках стационарного метода КМ/ММ. В связи с тем, что реакция гидролиза органофосфатов в активном центре фосфотриэстеразы происходит в две стадии, в качестве координат реакции были выбраны расстояния между фосфором и кислородом нуклеофила (P-ONu) и между фосфором и кислородом уходящей группы (P-OLG) для первой и второй стадии соответственно.

Для этого были взяты интермедиаты реакции гидролиза соединений (1) и (2) в активном центре Pd-PTE, полученные из КМ/ММ-МД, в сольватной оболочке, ограниченной молекулами воды, расположенными на расстоянии не более 4 Å от макромолекулы белка и субстрата. Оптимизация КМ/ММ была выполнена с использованием программного обеспечения Tcl ChemShell [37] с эффективным оптимизатором DL-FIND [38] и программным пакетом квантовой химии TURBOMOLE [39]. Квантовая подсистема и методы ее описания были выбраны аналогично предыдущему этапу.

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

На рис. 4 показаны сечения поверхности потенциальной энергии вдоль координаты реакции, полученные методом КМ/ММ для реакции гидролиза двух выбранных субстратов в активном центре Pd-PTE. Гидролиз дибутил-4-нитрофенилфосфата (1) – органофосфата с хорошей уходящей группой – протекает с невысокими барьерами. Барьер образования интермедиата составляет 5.2 ккал/моль, а переход из интермедиата в продукт – 1.6 ккал/моль. Помимо низких барьеров эффективность протекания реакции обеспечивается понижением относительной энергии каждого следующего интермедиата. Гидролиза дибутилфенилфосфата (2) – органофосфата с плохой уходящей группой – не происходит, в том числе не удается локализовать энергетический минимум, отвечающий комплексу фермент-продукт: начиная со значения координаты реакции P-OLG, равной 3.2 Å, значения относительной энергии выходят на плато и составляют 18-19 ккал/моль. Таким образом, фосфотриэстераза Pd-PTE проявляет каталитическую эффективность только по отношению к органофосфату с хорошей уходящей группой. Полученные результаты согласуются с кинетическими данными [5], которые показывают, что каталитическая активность Pd-PTE для гидролиза дибутилфенилфосфата снижается в 106 раз по сравнению с гидролизом дибутил-4-нитрофенилфосфата.

 

Рис. 4. Сечения поверхности потенциальной энергии для реакции гидролиза: а – дибутил-4-нитрофенилфосфата (1) и б – дибутилфенилфосфата (2) в активном центре фосфотриэстеразы Pd-PTE. ES – фермент-субстратный комплекс, TS1 и TS2 – переходные состояния, INT – интермедиат, EP – комплекс фермент-продукт

 

Установленный механизм протекания реакции гидролиза дибутил-4-нитрофенилфосфата приведен на рис. 5. Гидролиз начинается с нуклеофильной атаки гидроксид-анионом атома фосфора органофосфата, что приводит к образованию интермедиата с пентакоординированным фосфором (INT). Затем происходит разрыв P-OLG связи, которая сопровождается переносом протона с кислорода гидроксид-аниона на остаток аспаргиновой кислоты (Asp301). Данный механизм согласуется с работами [9, 17]. Кинетическая роль Asp301 согласуется с работой [18], в которой сравнение кинетических параметров для фермента дикого типа и мутантных форм показало, что замена заряженной аспарагиновой кислоты на незаряженные аланин или аспарагин приводит к падению каталитической активности. На основании экспериментальных данных и установленного механизма можно предположить, что перенос протона на аспарагиновую кислоту является важной частью механизма реакции гидролиза органофосфатов в активном центре фосфотриэстеразы Pd-PTE.

 

Рис. 5. Механизм реакции гидролиза дибутил-4-нитрофенилфосфата в активном центре фосфотриэстеразы Pd-PTE. ES – фермент-субстратный комплекс, TS1 и TS2 – переходные состояния, INT – интермедиат, EP – комплекс фермент-продукт

 

На рис. 6 представлены стационарные точки для первой стадии гидролиза дибутилфенилфосфата. Структуры фермент-субстратных комплексов и интермедиатов для гидролиза дибутил-4-нитрофенилфосфата и дибутилфенилфосфата схожи. В фермент-субстратных комплексах расстояние нуклеофильной атаки составляет 2.6 и 2.7 Å соответственно. Образование интермедиатов сопровождается уменьшением расстояния между фосфором и кислородом гидроксид-аниона до 1.7 и 1.8 Å, а расстояние P-OLG составляет 2.0 Å. Существенные различия наблюдаются в структурах первого переходного состояния: в случае дибутилфенилфосфата нуклеофил подходит на более короткое расстояние (1.9 Å), чем в случае дибутил-4-нитрофенилфосфата (2.4 Å). Несмотря на это, дальнейшего разрыва связи P-OLG в дибутилфенилфосфате не происходит.

 

Рис. 6. Первая стадия реакции гидролиза дибутилфенилфосфата в активном центре фосфотриэстеразы Pd-PTE. ES – фермент-субстратный комплекс, TS1 – переходное состояние, INT – интермедиат

 

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В работе построены профили потенциальной энергии реакции гидролиза органофосфатов фосфотриэстеразой Pd-PTE. Для субстрата с хорошей уходящей группой реакция проходит в две стадии с низкими энергетическими барьерами, при этом каждый последующий минимум на поверхности потенциальной энергии стабилизирован относительно предыдущего, что обеспечивает экспериментально наблюдаемое эффективное прохождение химической реакции. В случае негидролизуемого субстрата с плохой уходящей группой профиль потенциальной энергии характеризуется дестабилизированным состоянием, отвечающим интермедиату реакции. Вторая стадия реакции не происходит: разрыв связи с уходящей группой приводит к повышению энергии на 18–19 ккал/моль относительно фермент-субстратного комплекса (реагентов).

Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (№ 21-33-70001). Расчеты проведены с использованием оборудования Центра коллективного пользования сверхвысокопроизводительными вычислительными ресурсами МГУ имени М.В. Ломоносова и Межведомственного суперкомпьютерного центра РАН.

×

Об авторах

Т. И. Мулашкина

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова

Email: mkhrenova@lcc.chem.msu.ru
Россия, Москва

А. М. Кулакова

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова

Email: mkhrenova@lcc.chem.msu.ru
Россия, Москва

А. В. Немухин

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова; Институт биохимической физики имени Н.М. Эмануэля РАН

Email: mkhrenova@lcc.chem.msu.ru
Россия, Москва; Москва

М. Г. Хренова

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова; Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: mkhrenova@lcc.chem.msu.ru
Россия, Москва; Москва

Список литературы

  1. Tsai P.C., Fox N., Bigley A.N. et al. // Biochemistry. 2012. Т. 51. № 32. С. 6463. doi: 10.1021/bi300811t
  2. Reemtsma T., García-López M., Rodríguez I. et al. // TrAC. 2008. Т. 27. № 9. С. 727. DOI: 10.1016/ j.trac.2008.07.002
  3. Du J., Li H., Xu S. et al. // Environ. Sci. Pollut. Res. 2019. Т. 26. С. 22126. doi: 10.1007/s11356-019-05669-y
  4. Stubbings W.A., Schreder E.D., Thomas M.B. et al. // Environ. Pollut. 2018. Т. 238. С. 1056. DOI: 10.1016/ j.envpol.2018.03.083
  5. Xiang D.F., Bigley A.N., Ren Z. et al. // Biochemistry. 2015. Т. 54. С. 7539. doi: 10.1021/acs.biochem.5b01144
  6. Vanhooke J.L., Benning M.M., Raushel F.M., Holden H.M. // Biochemistry. 1996. Т. 35. С. 6020. doi: 10.1021/bi960325l
  7. Grimsley J.K., Calamini B., Wild J.R., Mesecar A.D. // Arch. of Bioch. and Biophys. 2005. Т. 442. № 2. С. 169. doi: 10.1016/j.abb.2005.08.012
  8. Zhang X., Wu R., Song L. et al. // J. Comput. Chem. 2009. Т. 30. № 15. С. 2388–2401. doi: 10.1002/jcc.21238
  9. Chen Sh.-L., Fang W.-H., Himo F. // J. Phys. Chem. B. 2007. Т. 111. № 6. С. 1253. doi: 10.1021/jp068500n
  10. Wong K.-Y., Gao J. // Biochemistry. 2007. Т. 46 № 46. С. 13352–13369. doi: 10.1021/bi700460c
  11. Jackson C.J., Foo J.-L., Kim H.-K. et al. // J. Mol. Biol. Т. 375. № 5. С. 1189–1196. doi: 10.1016/j.jmb.2007.10.061
  12. López-Canut V., Ruiz-Pernía J.J., Castillo R. et al. // Chem. Europ. J. 2012. Т. 18. № 31. С. 9612. doi: 10.1002/chem.201103615
  13. Bigley A.N., Raushel F.M. // Biochim. Biophys. Acta. 2013. Т. 1834. № 1. С. 443. DOI: 10.1016/ j.bbapap.2012.04.004
  14. Kim J., Tsai P.-Ch., Chen Sh.-L. et al. // Biochemistry. 2008. Т. 47. № 36. С. 9497. doi: 10.1021/bi800971v
  15. Jackson C., Kim H.-K., Carr P.D. et al. // Biochim. Biophys. Acta. 2005. Т. 1752. № 1. С. 55. doi: 10.1016/j.bbapap.2005.06.008
  16. Bora R.P., Mills M.J.L., Frushicheva M.P., Warshel A. // J. Phys. Chem. B. 2015. Т. 119. № 8. С. 3434. doi: 10.1021/jp5124025
  17. Yuzhuang F., Fan F., Wang B., Cao Z. // Chem.: Asian J. 2022. Т. 17. № 14. e202200439. doi: 10.1002/asia.202200439
  18. Aubert S.D., Li Y., Raushel F.M. // Biochemistry. 2004. Т. 43. № 19. С. 5707. doi: 10.1021/bi0497805
  19. Nam K., Cui Q., Gao J., York D.M. // J. Chem. Theory Comput. 2007. Т. 3. № 2. С. 486. doi: 10.1021/ct6002466
  20. Lopez X., York D.M. // Theor. Chem. Ac. Т. 2003. 109. С. 149. doi: 10.1007/s00214-002-0422-2
  21. Bräuer M., Kunert M., Dinjus E. et al. // J. Mol. Struct.: THEOCHEM. 2000. Т. 505. № 1–3. C. 289. doi: 10.1016/S0166-1280(99)00401-7
  22. Mardirossian N., Head-Gordon M. // Mol. Phys. 2017. Т. 115. № 19. С. 2315. DOI: 10.1080/ 00268976.2017.1333644
  23. Kim J., Tsai P. C., Chen S. L. et al. // Biochemistry. 2008. Т. 47. С. 9497. doi: 10.1021/bi800971v
  24. Word J.M., Lovell S.C., Richardson J.S., Richardson D.C. // J. Mol. Biol. 1999. Т. 285. С. 1735. doi: 10.1006/jmbi.1998.2401
  25. Humphrey W., Dalke A., Schulten K. // J. Mol. Graph. 1996. Т. 14. С. 33. doi: 10.1016/0263-7855(96)00018-5
  26. Phillips J.C., Braun R., Wang W. et al. // J. Comput. Chem. 2005. Т. 26. С. 1781. doi: 10.1002/jcc. 20289
  27. Best R.B., Zhu X., Shim J. et al. // J. Chem. Theory Comput. 2012. Т. 8. С. 3257. doi: 10.1021/ct300400x
  28. Vanommeslaeghe K., Hatcher E., Acharya C. et al. // J. Comput. Chem. 2009. Т. 31. С. 671. doi: 10.1002/jcc.21367
  29. Jorgensen W.L., Chandrasekhar J., Madura J.D. et al. // J. Chem. Phys. 1983. Т. 79. С. 926. doi: 10.1063/1.445869
  30. Adamo C., Barone V. // J. Chem. Phys. 1999. Т. 110. С. 6158. doi: 10.1063/1.478522
  31. Grimme S., Antony J., Ehrlich S., Krieg H. // J. Chem. Phys. 2010. Т. 132. С. 154104. DOI: 10.1063/ 1.3382344
  32. Hay P.J., Wadt W.R. // J. Chem. Phys. 1985. Т. 82. № 1. С. 299. doi: 10.1063/1.448975
  33. Seritan S., Bannwarth C., Fales B.S. et al. // WIREs Comput. Mol. Sci. 2021. Т. 11. e1494. doi: 10.1002/wcms.1494.
  34. Melo M.C.R., Bernardi R.C., Rudack T. et al. // Nat. Methods. 2018. Т. 15. С. 351–354. doi: 10.1038/nmeth.4638
  35. Martyna G.J., Klein M.L. // J. Chem. Phys. 1992. Т. 97. № 4. С. 2635. doi: 10.1063/1.463940
  36. Singer K., Smith W. // Mol. Phys. 1988. Т. 64. № 6. С. 1215. doi: 10.1080/00268978800100823
  37. Lu Y., Farrow M.R., Fayon P. et al. // J. Chem. Theory Comput. 2019. Т. 15(2). Р. 1317. doi: 10.1021/acs.jctc.8b01036
  38. Kästner J., Carr J.M., Keal T.W., Thiel W. // J. Phys. Chem. A. 2009. Т. 113. № 43. С. 11856. doi: 10.1021/jp9028968
  39. Ahlrichs R., Bar M., Iser M.H. et al. // Chem. Phys. Let. 1989. Т. 162. № 3. С. 165. doi: 10.1016/0009-2614(89)85118-8

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Структуры субстратов: дибутил-4-нитрофенилфосфат (а) с хорошей уходящей группой и дибутилфенилфосфат (б) с плохой уходящей группой

Скачать (59KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Слева: Структура фосфотриэстеразы из бактерии Pseudomonas diminuta (Pd-PTE) – атомы активного центра показаны сферами. Справа: субстрат в активном центре Pd-PTE, пунктирными линиями показаны координационные связи катионов цинка, штриховой линией – водородная связь каталитического гидроксид аниона и аминокислотного остатка Asp301

Скачать (417KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Предложенные в литературе механизмы гидролиза ФОС фосфотриэстеразой Pd-PTE. Оба механизма предполагают нуклеофильную атаку гидроксид-анионом атома фосфора с образованием пентакоординированного интермедиата. Дальнейший отрыв уходящей группы сопровождается образованием P-OH-связи (в механизме (а)) или P-O-связи и переносом протона на аспарагиновую кислоту (механизм (б))

Скачать (237KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Сечения поверхности потенциальной энергии для реакции гидролиза: а – дибутил-4-нитрофенилфосфата (1) и б – дибутилфенилфосфата (2) в активном центре фосфотриэстеразы Pd-PTE. ES – фермент-субстратный комплекс, TS1 и TS2 – переходные состояния, INT – интермедиат, EP – комплекс фермент-продукт

Скачать (114KB)
Метаданные
6. Рис. 5. Механизм реакции гидролиза дибутил-4-нитрофенилфосфата в активном центре фосфотриэстеразы Pd-PTE. ES – фермент-субстратный комплекс, TS1 и TS2 – переходные состояния, INT – интермедиат, EP – комплекс фермент-продукт

Скачать (202KB)
Метаданные
7. Рис. 6. Первая стадия реакции гидролиза дибутилфенилфосфата в активном центре фосфотриэстеразы Pd-PTE. ES – фермент-субстратный комплекс, TS1 – переходное состояние, INT – интермедиат

Скачать (135KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».