Development of the molecular typing protocol for C. Trachomatis based on the sequencing of ompa,pbpb, ct046, ct058, ct144, ct172 genes


Cite item

Full Text

Abstract

The article is devoted to the development and validation of a standard operating procedure entitled «Molecular typing
of С. trachomatis for assessment of the clonal structure and extent of genetic diversity of С. trachomatis strains
circulating in the territory of the Russian Federation.» The studies that involved the typing of C. trachomatis strains
obtained from regions of the Russian Federation with the use of six c. trachomatis genes (ompA, СТ046, cT058, cT144,
cT172 and pbpB) revealed their significant heterogenicity with the prevalence of the E serotype. However, the typing of
c. trachomatis for six genes at one time seems to be too time-consuming and long-lasting and is hard to be interpreted,
which explains the need to develop other typing protocols using a smaller number of relevant genes (not more than two
or three - by analogy with NG-MAST).

About the authors

N V Frigo

ФГБУ «ГНЦДК Минздравсоцразвититя России»

д.м.н., главный научный сотрудник отдела лабораторной диагностикиИППП и болезней кожи; ФГБУ «ГНЦДК Минздравсоцразвититя России»

V S Solomka

ФГБУ «ГНЦДК Минздравсоцразвититя России»

к.б.н., старший научный сотрудник отдела лабораторной диагностикиИППП и болезней кожи; ФГБУ «ГНЦДК Минздравсоцразвититя России»

O S Kozhushnaya

ФГБУ «ГНЦДК Минздравсоцразвититя России»

младший научный сотрудник отдела лабораторной диагностикиИППП и болезней кожи; ФГБУ «ГНЦДК Минздравсоцразвититя России»

M R Rakhmatulina

ФГБУ «ГНЦДК Минздравсоцразвититя России»

д.м.н., и.о. заведующего отделом инфекций, передаваемыхполовым путем; ФГБУ «ГНЦДК Минздравсоцразвититя России»

K I Plakhova

ФГБУ «ГНЦДК Минздравсоцразвититя России»

к.м.н., старший научный сотрудник отдела инфекций, передаваемыхполовым путем; ФГБУ «ГНЦДК Минздравсоцразвититя России»

N V FRIGO

V S SOLOMKA

O S KOZHUSHNAYA

M R RAKHMATULINA

K I PLAKHOVA

References

  1. Заболеваемость, ресурсы и деятельность дерматовенерологических учреждений в 2008 году (статистические материалы). Москва: Министерство здравоохранения и социального развития Российской Федерации, Департамент развития медицинской помощи и организации здравоохранения ФГУ «Центральный научно-исследовательский институт организации и информатизации здравоохранения», 2009.
  2. Stothard D. R. Use of a reverse dot blot procedure to identify the presence of multiple serovars in Chlamydia trachomatis urogenital infection. J Clin Microbiol 2001; 39: 2655-2659.
  3. Spaargaren J., Verhaest I., Mooi J.S. et al. Analysis of Chlamidya trachomatis. Serovar distribution changes in the Netherlands (1986-2002). Sex Transm Infect 2004; 80: 151-152.
  4. Wang S.P., Kuo C.C., Barnes R.C. et al. Immunotyping of Chlamidya trachomatis with monoclonal antibodies. J Infect Dis 1985; 152: 791-800.
  5. Osserwarde J.M., Rieffe M. De Vries., Derksen-Navrocki R.P. et al. Comparison of two panels of monoclonal antibodies for determination of Chlamidya trachomatis serovars. J Clin Microbiol 1994; 32: 2968-2974.
  6. Stothard D.R. Use of a reverse dot blot procedure to identify the presence of multiple serovars in Chlamydia trachomatis urogenital infection. J Clin Microbiol 2001; 39: 2655-2659.
  7. Xiong L., Kong F., Zhou H., Gilbert G.L. Use of PCR and reverse line blot hybridization assay for rapid simultaneous detection and serovar identification of Chlamydia trachomatis. J Clin Microbiol 2006; 44: 1413-1418.
  8. Zheng H.P., Jiang L.F., Fang D.Y. et al. Application of an oligonucleotide array assay for rapid detecting and genotyping of Chlamydia trachomatis from urogenital specimens. Diagn Microbiol Infect Dis 2007; 57: 1-6.
  9. Bandea C.I., Kubota K., Brown T.M. et al. Typing of Chlamydia trachomatis strains from urine samples by amplification and sequencing the major outer membrane protein gene (omp1). Sex Transm Infect 2001; 77: 419-422.
  10. Klint M., Lofdahl M., Ek C. et al. Lymphogranuloma venereum prevalence in Sweden among men who have sex with men and characterization of Chlamydia trachomatis ompA genotypes. J Clin Microbiol 2006; 44: 4066-4071.
  11. Stothard D.R., Boguslawski G., Jones R.B. Phylogenetic analysis of the Chlamydia trachomatis major outer membrane protein and examination of potential pathogenic determinants. Infect Immun 1998; 66: 3618-3625.
  12. Jalal H., Stephen H., Alexander S. et al. Development of real-time PCR assays for genotyping of Chlamydia trachomatis. J Clin Microbiol 2007; 45: 2649-2653.
  13. Feavers I.M., Gray S.J., Urwin R. et al. Multilocus sequence typing and antigen gene sequencing in the investigation of a meningococcal disease outbreak. J Clin Microbiol 1999; 37: 3883-3887.
  14. Klint M., Fuxelius H.H., Goldkuhl R.R. et al. High-resolution genotyping of Chlamydia trachomatis strains by multilocus sequence analysis. J Clin Microbiol 2007; 45: 1410-1414.
  15. Zhang Y., Tao J., Zhou M. et al. Elongation factor Ts of C.trachomatis: structure of the gene and properties of the protein. Arch Biochem Biophys 1997; 344: 43-52.
  16. Gomes J.P., Nunes A., Bruno W.J. et al. Polymorphisms in the Nine Polymorphic Membrane Proteins of C.trachomatis across All Serovars: Evidence for Serovar Da recombination and Correlation with Tissue Tropism. J Bacteriol 2006; 188: 1: 275-286.
  17. Klint M., Fuxelius H.H., Goldkuhl R.R. et al. High-resolution genotyping of Chlamydia trachomatis strains by multilocus sequence analysis. J Clin Microbiol 2007; 45: 1410-1414.
  18. Pannekoek Y., Morelli G., Kusecek B. et al. Multi locus sequence typing of Chlamydiales: clonal groupings within the obligate intracellular bacteria Chlamydia trachomatis. BMC Microbiol 2008; 8: 42.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2011 Frigo N.V., Solomka V.S., Kozhushnaya O.S., Rakhmatulina M.R., Plakhova K.I., FRIGO N.V., SOLOMKA V.S., KOZHUSHNAYA O.S., RAKHMATULINA M.R., PLAKHOVA K.I.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».