T4-подобные цианофаги оз. Байкал: генетическое разнообразие и биогеография

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

На основе анализа маркерного гена изучено разнообразие и биогеография Т4-подобных цианофагов из мелководного залива Посольский сор оз. Байкал. Выявлено высокое разнообразие нуклеотидных последовательностей фрагмента гена g20, установлена их уникальность. Наибольшее сходство последовательностей вирусов отмечено с таковыми из оз. Байкал, полученными ранее, и пресноводных озер, таких как олиготрофные Грин, Раунд, олигомезотрофное Анси и мезотрофное Бурже. С точки зрения биогеографии, определено, что последовательности фагов из разных экотопов оз. Байкал более сходны между собой, чем с соответствующими последовательностями из других экосистем.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

С. А. Потапов

ФГБУН Лимнологический институт СО РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: poet1988@list.ru
Россия, Иркутск, 664033

И. В. Тихонова

ФГБУН Лимнологический институт СО РАН

Email: poet1988@list.ru
Россия, Иркутск, 664033

Е. Л. Кречетова

ФГБОУ ВО Педагогический институт “Иркутский государственный университет”

Email: poet1988@list.ru
Россия, Иркутск, 664011

О. И. Белых

ФГБУН Лимнологический институт СО РАН

Email: poet1988@list.ru
Россия, Иркутск, 664033

Список литературы

  1. Бутина Т.В., Потапов С.А., Белых О.И., Дамдинсурэн Н., Чойдаш Б. Генетическое разнообразие цианофагов семейства Myoviridae в озере Байкал // Известия ИГУ. Сер. Биология. Экология. 2012. Т. 5. № 3. С. 17–22.
  2. Бутина Т.В., Потапов С.А., Белых О.И., Беликов С.И. Генетическое разнообразие цианофагов семейства Myoviridae в составе сообщества байкальской губки Lubomirskia baicalensis // Генетика. 2015. Т. 51. С. 384–388.
  3. Butina T.V., Potapov S.A., Belykh O.I., Belikov S.I. Genetic diversity of the family Myoviridae cyanophages in the community of the Baikal sponge Lubomirskia baicalensis // Genetics. 2015. V. 51. P. 313–317.
  4. Andrews S. FastQC: A Quality Control Tool for High Throughput Sequence Data // 2010. [Online]. Available online at:
  5. http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/.
  6. Belykh O.I., Sorokovikova E.G, Saphonova A., Tikhonova I.V. Autotrophic picoplankton of Lake Baikal: composition, abundance, and structure // Hydrobiologia. 2006. V. 568S. P. 9‒17.
  7. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics. 2014. V. 30. P. 2114–2120.
  8. Edgar R.C. Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST // Bioinformatics. 2010. V. 26. P. 2460‒2461.
  9. Fuller N.J., Wilson W.H., Joint I.R., Mann N.H. Occurrence of a sequence in marine cyanophages similar to that of T4 g20 and its application to PCR-based detection and quantification techniques // Appl. Environ. Microbiol. 1998. V. 64. P. 2051–2060.
  10. Hall T. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT // Nucleic Acids Symp. Ser. 1999. V. 41. P. 95–98.
  11. Huelsenbeck J.P., Ronquist F. MRBAYES: bayesian inference of phylogenetic trees // Bioinformatics. 2001. V. 17. P. 754‒755.
  12. Kumar S. Stecher G., Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets // Mol. Biol. Evol. 2016. V. 33. P. 1870‒1874.
  13. Potapov S.A., Tikhonova I.V., Krasnopeev A.Y., Suslova M.Y., Zhuchenko N.A., Drucker V.V., Belykh O.I. Communities of T4-like bacteriophages associated with bacteria in Lake Baikal: diversity and biogeography // Peer J. 2022. V. 10. Art. e12748.
  14. Rambaut A. 2010. FigTree v1.3.1. Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh. http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ (дата обращения 15.01.2023).
  15. Rozas J., Ferrer-Mata A., Sánchez-DelBarrio J.C., Guirao-Rico S., Librado P., Ramos-Onsins S.E., Sánchez-Gracia A. DnaSP 6: dNA sequence polymorphism analysis of large data sets // Mol. Biol. Evol. 2017. V. 34. P. 3299–3302.
  16. Shtykova Yu.R., Suslova M. Yu., Drucker V.V., Belykh O.I. Modern approach to the assessment of the sanitary-bacteriological condition of Lake Baikal // Limnol. Freshwater Biol. 2019. V. 2. P. 210‒217.
  17. Suttle C.A. Marine viruses — major players in the global ecosystem // Nature Revs. Microbiol. 2007. V. 5. P. 801–812.
  18. Wang K., Chen F. Genetic diversity and population dynamics of cyanophage communities in the Chesapeake Bay // Aquat. Microb. Ecol. 2004. V. 34. P. 105–116.
  19. Wilhelm S.W., Carberry M.J., Eldridge M.L., Poorvin L., Saxton M.A., Doblin M.A. Marine and freshwater cyanophages in a Laurentian Great Lake: evidence from infectivity assays and molecular analyses of g20 genes // Appl. Environ. Microbiol. 2006 V. 72. P. 4957–4963.
  20. Zhong Y., Chen F., Wilhelm St.W., Poorvin L., Hodson R.E. Phylogenetic diversity of marine cyanophage isolates and natural virus communities as revealed by sequences of viral capsid assembly protein gene g20 // Society. 2002. V. 68. P. 1576–1584.
  21. Zhong X., Jacquet S. Prevalence of viral photosynthetic and capsid protein genes from cyanophages in two large and deep perialpine lakes // Appl. Environ. Microbiol. 2013. V. 79. P. 7169–7178.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Дендрограмма UPGMA, построенная с использованием последовательности гена g20 (аминокислотный уровень). BsL — Lubomirskia baicalensis; BwC — вода, южная котловина; SB — вода, южная котловина; MB — вода, средняя котловина; NB — вода, северная котловина. Образец из этого исследования выделен жирным шрифтом.

Скачать (128KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».