Отправить статью по E-mail 
Геном Staphylococcus epidermidis из казеозного некроза туберкулемы
- Авторы: Синьков В.В.1, Орлова Е.А.1, Огарков О.Б.1, Суздальницкий А.Е.2,3, Кондратов И.Г.1, Белькова Н.Л.1, Рычкова Л.В.1
-
Учреждения:
- Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека
- Иркутская областная клиническая туберкулезная больница
- Иркутский государственный медицинский университет
- Выпуск: Том 60, № 10 (2024)
- Страницы: 129-134
- Раздел: КРАТКИЕ СООБЩЕНИЯ
- URL: https://ogarev-online.ru/0016-6758/article/view/273896
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0016675824100139
- EDN: https://elibrary.ru/wefylg
- ID: 273896
Цитировать
Открытый доступ
Доступ предоставлен
Аннотация
Ряд факультативно-анаэробных липофильных микроорганизмов, включая представителей Corynebacterium и Staphylococcaceae, обитают в некротическом содержимом туберкулем. Проведено выделение из казеума штамма Staphylococcus epidermidis, его полногеномное секвенирование и картирование генов. Выявили, что коагулазонегативный стафилококк относится к генотипу MLST 73 и устойчив к двум противотуберкулезным препаратам. Фенотипически штамм обладает уреазной, желатиназной и бета-гемолитической активностью и имеет соответствующие гены. Как и у S. epidermidis O47, его геном состоит из одной хромосомы, содержащей около 2.4 млн пар нуклеотидов, а oriC имеет такую же ориентацию. Всего было идентифицировано 2333 гена, из которых 2206 были кодирующими. В контигах изученного генома обнаружены последовательности генов репликации плазмид: rep7a, rep13, rep5b и pSK1. Филогенетический анализ указывает на близость анализируемого генома с большой группой европейских штаммов. Учитывая биохимические и микробиологические свойства выделенного штамма, мы предполагаем, что стафилококки и другие факультативно-анаэробные микроорганизмы-сателлиты туберкулезных очагов могут играть важную роль в разжижении казеозного некроза за счет собственной протеолитической активности и привлечения нейтрофилов к очагу воспаления.
Ключевые слова
Полный текст
Об авторах
В. В. Синьков
Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека
Email: obogarkov@mail.ru
Россия, Иркутск, 664003
Е. А. Орлова
Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека
Email: obogarkov@mail.ru
Россия, Иркутск, 664003
О. Б. Огарков
Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека
Автор, ответственный за переписку.
Email: obogarkov@mail.ru
Россия, Иркутск, 664003
А. Е. Суздальницкий
Иркутская областная клиническая туберкулезная больница; Иркутский государственный медицинский университет
Email: obogarkov@mail.ru
Россия, Иркутск, 664039; Иркутск, 664003
И. Г. Кондратов
Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека
Email: obogarkov@mail.ru
Россия, Иркутск, 664003
Н. Л. Белькова
Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека
Email: obogarkov@mail.ru
Россия, Иркутск, 664003
Л. В. Рычкова
Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека
Email: obogarkov@mail.ru
Россия, Иркутск, 664003
Список литературы
- Natalini J.G., Singh S., Segal L.N. The dynamic lung microbiome in health and disease. // Nat. Rev. Microbiol. 2023. V. 21. P. 222–235. https://doi.org/10.1038/s41579-022-00821-x
- Орлова Е.А., Огарков О.Б., Кондратов И.Г. и др. Анализ разнообразия и функционального потенциала бактериальных сообществ туберкулезных очагов // Клеточ. техн. в биол. и медицине. 2024. № 1. С. 29–36. https://doi.org/10.47056/1814-3490-2024-1-29-36. Cell Technologies in Biology and Medicine 2024. № 1. С. 29–36.)
- Орлова Е.А., Огарков О.Б., Суздальницкий А.Е. и др. Анализ микробного разнообразия казеозного некроза туберкулезных очагов // Мол. генетика, микробиология и вирусология. 2021. Т. 39. № 3. С. 18–24. https://doi.org/10.17116/molgen20213903118 https://doi.org/10.3103/S0891416821030058)
- Огарков О.Б., Суздальницкий А.Е., Кондратов И.Г. и др. Выделение и полногеномное секвенирование липофильной анаэробной бактерии, представителя видового комплекса Corynebacterium tuberculostearicum, из туберкулезного очага //Acta Biomedica Scientifica. 2023. Т. 8. № 4. С. 12–19. http://dx.doi.org/10.29413/ABS.2023-8.4.2
- Russell D.G., Cardona P.J., Kim M.J., Allain S., Altare F. Foamy macrophages and the progression of the human tuberculosis granuloma // Nat. Immunol. 2009. V. 10. № 9. P. 943–948. https://doi.org/10.1038%2Fni.1781
- Mellmann A., Becker K., von Eiff C. et al. Sequencing and staphylococci identification // Emerg. Infect. Dis. 2006. V. 12 № 2 P. 333–336. https://doi.org/10.3201%2Feid1202.050962
- Sun D.L., Jiang X., Wu Q.L., Zhou N.Y. Intragenomic heterogeneity of 16S rRNA genes causes overestimation of prokaryotic diversity // Appl. Environ. Microbiol. 2013. V. 79. № 19. P. 5962–5969. https://doi.org/10.1128/aem.01282-13
- Jolley K.A., Bray J.E., Maiden M.C.J. Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications // Wellcome Open Res. 2018. V. 24. № 3. P. 124. https://doi.org/10.12688/wellcomeopenres.14826.1
- Raue S., Fan S.H., Rosenstein R. et al. The Genome of Staphylococcus epidermidis O47 // Front. Microbiol. 2020. V. 25. № 11. https://doi.org/10.3389%2Ffmicb.2020.02061
- Sarathy J.P., Dartois V. Caseum: А niche for Mycobacterium tuberculosis drug-tolerant persisters // Clin. Microbiol. Rev. 2020. V. 33 № 3. https://doi.org/10.1128/cmr.00159-19
- Palmieri B., Vadalà M., Roncati L. et al. The long-standing history of Corynebacterium parvum, immunity, and viruses // J. Med. Virol. 2020 V. 92. № 11. P. 2429–2439. https://doi.org/10.1002%2Fjmv.26100
Дополнительные файлы
