The kinetics of fluorescent DNA labeling using PCR with different Taq polymerases depends on the chemical structures of modified nucleotides


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

The kinetics of DNA labeling during PCR using six fluorescent derivatives of 2′-deoxyuridine 5′-triphosphate has been studied. These compounds differ in their chemical structure, total electric charge and the length of the linker between a dye and the C5 position of a pyrimidine base. The efficiency of the incorporation of the fluorescent derivatives into a growing DNA chain by four commercially available Taq DNA polymerases with 5′→3′ exonuclease and hot start activity has been determined using real-time PCR with a TaqMan probe and the subsequent electrophoretic analysis of the reaction products. Modified deoxyuridines with a total positive or negative charge of the chromophore were practically not incorporated by Taq polymerases during PCR. The modified deoxyuridines with a neutral charge of the chromophore were effectively incorporated into DNA. The extended length of the linker between the pyrimidine base and the chromophore led to a lower PCR inhibition and a more effective inclusion of modified nucleotides in the growing DNA chain. This fact can be explained by the reduced steric effects that were caused by the dye. As a result, the most promising combinations of fluorescently labeled nucleotide and Taq polymerase have been chosen for further use in fluorescent DNA labeling.

Об авторах

T. Lisitsa

Engelhardt Institute of Molecular Biology

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

V. Shershov

Engelhardt Institute of Molecular Biology

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

M. Spitsyn

Engelhardt Institute of Molecular Biology

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

T. Guseinov

Engelhardt Institute of Molecular Biology

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

A. Ikonnikova

Engelhardt Institute of Molecular Biology

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

D. Fesenko

Engelhardt Institute of Molecular Biology

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

S. Lapa

Engelhardt Institute of Molecular Biology

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

A. Zasedatelev

Engelhardt Institute of Molecular Biology

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

A. Chudinov

Engelhardt Institute of Molecular Biology

Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

T. Nasedkina

Engelhardt Institute of Molecular Biology

Автор, ответственный за переписку.
Email: nased@biochip.ru
Россия, Moscow, 119991

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Inc., 2017

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».