Конформационные особенности бета-амилоидного пептида 25-35

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

При болезни Альцгеймера в механизме нейродегенерации важную роль играет бета-амилоидный пептид (Ав). Отдельный фрагмент бета-амилоидного пептида Ав(25-35) (с последовательностью GSNKGAIIGLM) считается функциональным доменом амилоидного пептида Ae, ответственным за его нейротоксические свойства и биологически активной областью Ав. Конформационный анализ методом молекулярной механики каждого пептидного сегмента С-концевой части пептида выявил ограниченное число наиболее вероятных конформаций и достаточно четко определил силы, стабилизирующие структуры. Полученные результаты показали, что пептид Ав(25-35) энергетически предпочтительно принимает a-спиральную конформацию на С-концевом октапептидном сегменте. Для моделирования картины внутримолекулярной подвижности молекулы пептида Ав(25-35) был применен метод молекулярной динамики. Показано, что в низкоэнергетических конформациях пептида Ав(25-35) гибкие структуры в его N-концевой области по-разному ориентированы по отношению к структурам в C-концевой части.

Об авторах

Г. А Агаева

Бакинский государственный университет

Email: gulshen@mail.ru
Баку, Азербайджан

Г. З Наджафова

Азербайджано-французский университет

Баку, Азербайджан

Список литературы

  1. L. N. Zhao, L. Lu, L. Y. Chew, and Y. Mu, Int. J. Mol. Sci., 15, 12631 (2014).
  2. E. Cerf, R. Sarroukh, S. Tamamizu-Kato, et al., Biochem. J., 421, 415 (2009).
  3. R. Sultana, H. F. Poon, J. Cai, et al., Neurobiol. Dis., 22, 76 (2006).
  4. T. Kohno, K. Kobayashi, T. Maeda, et al., Biochemistry, 35, 16094 (1996).
  5. M. Coles, W. Bicknell, A. A. Watson, et al., Biochemistry, 37, 11064 (1998).
  6. O. M. A. El-Agnaf, G. B. Irvine, G. Fitzpatrick, et al., Biochem. J., 336 (Pt 2), 419 (1998)
  7. G. Shanmugam and R. Jayakumar, Biopolymers, 33, 421 (2004).
  8. G. Shanmugam, P. L. Polavarapu, Biophys. J., 87, 622 (2004).
  9. A. M. D'Ursi, M. R. Armenante, R. Guerrini, et al., J. Med. Chem, 12, 4231 (2004).
  10. G. Wei and J. E. Shea, Biophys. J., 91, 1638 (2006).
  11. S. Lee and Y. Kim, Bull. Korean Chem. Soc., 25, 838 (2004).
  12. L. Millucci, L. Ghezzi, G. Bernardini, and A. Santucci, Curr. Prot. Peptide Sci., 11, 54 (2010).
  13. B. Ma and R. Nussinov, Biophys. J., 90, 3365 (2006).
  14. E. Terzi, G. Holzemann, and J. Seelig, Biochemistry, 33, 1345 (1994).
  15. Y. Song, P. Li, L. Liu, et al., Sci. Rep., 8, 765 (2018).
  16. R. F. McGuire, F. A. Momany, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 76, 375 (1972).
  17. F. A. Momany, R. F. McGuire, A. W. Burgess, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 79, 2361 (1975).
  18. H.A. Scheraga, Biopolymers, 22, 1 (1983).
  19. G. Nemethy, M. S. Pottle, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 87, 1883 (1983).
  20. E. M. Popov, Int. J. Quant. Chem., 16, 707 (1979).
  21. I. S. Maksumov, L. I. Ismailova, and N. M. Godjaev, J. Sruct. Khim., 24, 147 (1983).
  22. J. Jr. Hermans and D. Ferro, Biopolymers, 10, 1121 (1971).
  23. W. C. Davidon, AEC Res. Develop. Rep., ANL-5990 (1959).
  24. R. Fletcher and M. J. D. Powell, J.Computer, 6, 163 (1963).
  25. IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature Abbreviations and symbols for description of conformation of polypeptide chains, Pure Appl. Chem., 40, 291 (1974).
  26. S. Weiner, P. Kollman, D. T. Nguyen, and D. A. Case, J.Comput. Chem., 7, 230 (1986).
  27. N. L. Allinger and Y. Yuh, MM2 Program, QCPE 395 (Indiana University, Indiana, 1982).
  28. D. White, J. Kuddock, and P. Edgington, in CHEM-MIN Program in Computer Aided Molecular Design, Ed. by W. G. Richards (IBC Technical Services, 1989).
  29. W. C. Still, MacroModel (Columbia University, NY, USA).
  30. Quanta/CHARMm, Molecular Simulations (Warmshurst, Mass., USA).
  31. J. W. Pitera, M. Falta, and W. F. van Gunsteren, Biophys. J., 80, 2546 (2001).
  32. G. A. Agaeva, U. T. Agaeva, and N. M. Godjaev, Biophysics (Springer), 60, 365 (2015).
  33. M. D. Kirkitadze, M. M. Condron, and D. B. Teplow, J. Mol. Biol., 312, 1103 (2001).
  34. Y. Fezoui, D. M. Hartley, D. M. Walsh, et al., Nature Struct. Biol, 7, 1095 (2000).

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».