Аланин: обычное и неожиданное

На основании экспериментальных данных можно говорить об аномально большом вкладе аланина в стабилизацию альфа-спирали и других белковых конформаций. Независимые (в том числе экспериментальные) данные свидетельствуют об особо большом вкладе аланина в стабилизацию альфа-спирали. При этом выявляются позитивные вклады, как в энтропию системы, так и в энтальпию. Высокий вклад аланина в энтальпию образования альфа-спирали противоречит общепринятому взгляду: энтропия должна падать при образовании регулярных структур в белках. Аланин стабилизирует два типа вторичной структуры из трех: альфа-спираль и левую спираль типа «полипролин II», а если говорить о фибриллярных белках, то аланин стабилизирует и бета-структуру. Стабилизирующий эффект аланина на структуру альфа-спирали распространяется и на нативно-развернутые белки, и на коньюгаты «альфа-спираль-подложка». Словом, не будет преувеличением сказать, что проблема формирования вторичной структуры белка сводится к проблеме аланина. Вскрытые противоречия носят парадоксальных характер и их интерпретация (прежде всего, обоснование вклада аланина в энтальпию плавления в терминах фундаментальной физики) на сегодняшний день отсутствует. Между тем представленные в работе данные и комментарии позволяют надеяться на прогресс в разрешении выявленных противоречий.

аланин, конформационно стабильные/лабильные сегменты белка, локальная структура белка, конформационный анализ, статистический анализ, ЯМР, молекулярная динамика