ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ITS ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДЛЯ ОЦЕНКИ ТАКСОНОМИЧЕСКИХ ОТНОШЕНИЙ У ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ТРИБЫ VICIEAE (ADANS.) BRONN СЕМ. FABACEAE LIND


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Проведен анализ нуклеотидного полиморфизма ITS1-5.8S-ITS2 последовательностей представителей трибы Vicieae из коллекции ВИР. Выявлены нуклеотидные замены и индели различной длины в ITS1-5.8S-ITS2 районе, характеризующие как отдельные виды, так и группы видов Lathyrus и Vicia. Получен целый ряд данных, подтверждающий видовой/родовой статус образцов, имеющих спорное таксономическое положение.

Об авторах

Наталья Николаевна Рыжова

Центр «Биоинженерия» РАН РФ, Москва, РФ

Email: rynatalia@yandex.ru

Марина Олеговна Бурляева

Всероссийский институт растениеводства им.Н.И.Вавилова, Санкт-Петербург, РФ

Е А Кочиева

Центр «Биоинженерия» РАН РФ, Москва, РФ

Маргарита Афанасьевна Вишнякова

Всероссийский институт растениеводства им.Н.И.Вавилова, Санкт-Петербург, РФ

Email: m.visnyakova@vir.nw.ru

Список литературы

  1. Крашенинников И. М. Из истории развития ландшафтов Южного Урала/Крашенинников И. М.//Ред. Сукачев В. Н. -М.: Географические работы. -1954. -С. 103-128.
  2. Попов М. Г. Род Cicer и его виды. К проблеме происхождения средиземноморской флоры (Опыт морфологической и географической монографии)/Попов М. Г.//Тр. по прикл. бот., ген. и сел. -1929. -Т. 21, Вып. 1. -239 с.
  3. Станкевич А. К. Вика. Культурная флора/Станкевич А. К., Репьев С. И.//Ред. Репьев С. И. -СПб.: ГНЦ-ВИР, 1999. -Т. 4. -491 с.
  4. Федченко Б. А. Lathyrus L./Федченко Б. А.//Ред. Комаров В. Л. -М.-Л.: Флора СССР, 1948. -Т. 13. -С. 479-520.
  5. Чефранова З.В. Конспект системы рода Lathyrus L./Чефранова З. В.//Новости сист. высш. раст. -1971. -Т. 8. -С. 191-201.
  6. Чефранова З. В. Род Lathyrus L./Чефранова З. В.//Ред. Федорова А. А. -Л.: Флора Европейской части СССР, 1987. -Т. 6. -С. 147-172.
  7. Яковлев Г. П. Бобовые земного шара/Яковлев Г. П.//Ред. Меницкий Ю. Л. -Л.: Наука, 1991. -141 с.
  8. Adanson M. Familles des plantes/Adanson M.//Paris, 1763. -N 2. -P. 331-332.
  9. Ainouche A.-K. Phylogenetic relationships in Lupinus (Fabaceae: Papilionoideae) based on internal transcribed spacer sequences (ITS) of nuclear ribosomal DNA/Ainouche A.-K., R. J. Bayer.//American Journal of Botany -1999. -V. 86. -P. 590-607.
  10. Alefeld. F. Genus Vicia L./Alefeld. F.//Bonpandia. -1861. -Vol. 9. -P. 66-199.
  11. Allan G. J. Tribal delimitation, phylogenetic relationships of Loteae, Coronilleae (Faboideae: Fabaceae) with special reference to Lotus: evidence from nuclear ribosomal ITS sequences/Allan G. J., Porter J. M.//American Journal of Botany -2000. -Vol. 87. -P. 1871 -1881.
  12. Alvarez I. A. Ribosomal ITS sequences, plant phylogenetic inference/Alvarez I. A., Wendel J. F.//Molec. Phyl. Evol. -2003. -Vol. 29. N 3. -P. 417-434.
  13. Asmussen C. B. Chloroplast DNA characters, phy-logeny and classification of Lathyrus (Fabaceae)/Asmussen C. B., Liston A.//Am. J. Bot. -1998. -Vol. 85. -P. 387-401.
  14. Barneby R. C. A new species of Lathyrus (Fabaceae) from the Death Valley region of California, Nevada./Barneby R. C., Reveal J. L.//Aliso. -1971. -Vol. 7. -P. 361-364.
  15. Bassler M. Revision der eurasiatischen Arten von Lathyrus L. sect. Orobus (L.) Gren. et Godr/Bassler M.//Feddes Repertorium. -1973. -Bd. 84. -Hf. 5-6. -P. 329-447.
  16. Boissier E. Vicia L., Lathyrus L./Boissier E.//Flora Orientalis. Geneve, 1872. -Vol. 2. -P. 565-622.
  17. Bronn H. G. De formis plantarum Leguminosarum primitivis et derivatis/Bronn H. G.//Нeidelbergae. -1822. -P. 1-76.
  18. Byoung-Hee Choi. Phylogenetic significance of stylar features in genus Vicia (Leguminosae): an analysis with molecular phylogeny/Byoung-Hee Choi, Dong-Im Seok, Yasuhiko Endo, Hiroyoshi Ohashi//Journal of Plant Research. -2006. -Vol. 119, N 5. -P. 513-523.
  19. Godron D. A. Lathyrus L./Grenier J. C. M., Godron D. A.//Flore de France. I. -Paris et Besanson, 1848. -P. 478-492.
  20. Goel S. Molecular evolution, phylogenetic implications of internal transcribed spacer sequences of nuclear ribosomal DNA in the Phaseolus-Vigna comple/Goel S., Raina S. N., Ogihara Y.//Mol. Phylogenet. Evol. -2002. -Vol. 22, N 1. -P. 1 -19.
  21. Gunn C. R. Androecium and pistil characters for the tribe Vicieae (Fabaceae)/Gunn C. R., Kluve J.//Taxon. -1976. -Vol. 25. -P. 563-575.
  22. Edwards S. K. A simple and rapid method for the preparation of plant genomic DNA for PCR analyses/Edwards S.K., Johonstone C., Thompson C.//Nucleic Acids Res. -1991. -Vol. 19, N 6. -P. 1349.
  23. Engler A. Lathyrus L./Engler A., Prantl K.//Die Natürlichen Pflanzen Familien. Leipzig. -1894. -S. 70-388.
  24. Kenicer G. J. Systematics, biogeography of Lathyrus (Leguminosae) based on internal transcribed spacer, cpDNA sequence data/Kenicer G. J., Kajita T., Pennington R. T., Murata J.//American Journal of Botany. -2005. -Vol. 92. -P. 1199-1209.
  25. Kumar S. MEGA3: Integrated Software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and Sequence Alignment/Kumar S., Tamura K., Nei M.//Briefings in Bioinformatics. -2004. -Vol. 5. -P. 150-163.
  26. Kupicha F. K. The infrageneric structure of Vicia./Kupicha F. K.//Notes from the Royal Botanic Garden. -Edinburg. -1976. -Vol. 34, N 3. -P. 287-326.
  27. Kupicha F. K. The infrageneric structure of Lathyrus L./Kupicha F. K.//Notes from the Royal Botanic Garden. -Edinburg. -1983. -Vol. 41, N 2. -P 209-244.
  28. Mayer M. S. The phylogeny of Lens (Leguminosae): new insight from ITS sequence analysis/Mayer M. S., Bagga S. K.//Plant Systematics, Evolution. -2002. -Vol. 232. -P. 145-154.
  29. Nuclear DNA contents, rDNAs, karyotype evolution in Vicia subgenus Vicia: II. Section Peregrinae/Frediani M., Caputo P., Venora G. [et al.]//Protoplasma. -2005. -Vol. 226, N 3-4. -P. 181 -190.
  30. Saitou N. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees/Saitou N., Nei M.//Mol Biol Evol. -1987. -V. 4. -N 4. -P. 6-25.
  31. Simola L. K. Comparative studies on number of leaflets, venation and epidermal structure in the genus Lathyrus/Simola L. K.//Canad. J. Bot. -1968. -Vol. 46. -P. 71-84.
  32. Steele K. P. Phylogenetic analyses if tribes Trifoleae, Vicieae based on sequences of the plastid gene matK (Papilionoideae: Leguminosae)/Steele K. P., Wojciechowski M. F. B.; eds. B. Klitgaard, A. Bruneau. -Royal Botanic Gardens, Kew, Richmond, UK: Advances in legume systematics, 2003. -Part 10. -P. 355-370.
  33. Thompson J. D. The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple seguence alignment aided by quality tools/Thompson J. D., Gibson T. J., Plewniak F. [et al.]//Nucleic Acids Res. -1997. -Vol. 24. -P. 4876-4882.
  34. White T. J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics/White T. J., Bruns T., Lee S. [et al.]//In: Innis M. A., Gelfand D. H., Shinsky J. J., White T. J. (editors). PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, Academic Press, San Diego. -1990. -P. 315-322.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Рыжова Н.Н., Бурляева М.О., Кочиева Е.А., Вишнякова М.А., 2007

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».