Анализ полиморфизма d-петли митохондриальной ДНК для оценки популяционного разнообразия кур породы Павловская

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Проанализирован полиморфизм полной последовательности контрольной области митохондриальной ДНК (D-петля длиной 1231/1232 п.н.) у кур павловской породы в трех популяциях (ВНИТИП, ФГУП «Генофонд», г. Барнаул). Проведено сравнение с последовательностями, маркерными для гаплогрупп A-I, W, X. Генетическая однородность и стабильность показана для популяций ВНИТИП и Барнаула, тогда как высокий полиморфизм - для популяции ФГУП «Генофонд». Выявлена тенденция к генетической фрагментации павловской породы, что в обозримом будущем может привести к формированию нескольких филогенетически не связанных пород.

Об авторах

Александр Геннадьевич Демин

ФГБОУ ВПО «Санкт-Петербургский государственный университет»

Email: rustle.reed@gmail.com
к. б. н., стажер-исследователь, кафедра цитологии и гистологии

Мария Игоревна Данилова

ФГБОУ ВПО «Санкт-Петербургский государственный университет»

Email: noxforest@yandex.ru
студент, кафедра цитологии и гистологии

Светлана Анатольевна Галкина

ФГБОУ ВПО «Санкт-Петербургский государственный университет»

Email: svetlana.galkina@spbu.ru
к. б. н., доцент, кафедра цитологии и гистологии

Список литературы

  1. Моисеева И. Г. (2006) Породы кур и их генофонды. Под ред. И. А. Захарова. Генетические ресурсы животноводства России. Москва. Наука; С. 229-388.
  2. Серебровский А. С. (1976) Генетический очерк павловской породы кур. Избранные труды по генетике и селекции кур. Москва. Наука; C. 356-378.
  3. Bandelt H.-J., Forster P., Rohl A. (1999) Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies. Mol Biol Evol. V. 16: P. 37-48.
  4. Berthouly-Salazar C., Rognon X., Van T. et al. (2010) Vietnamese chickens: a gate towards Asian genetic diversity. BMC Genet. V. 18 (11). Cited 5.11.2015. doi: 10.1186/1471-2156-11-53.
  5. Dana N., Megens H. J., Crooijmans R. P. et al. (2011) East Asian contributions to Dutch traditional and western commercial chickens inferred from mtDNA analysis. Anim Genet. V. 42 (2): P. 125-133.
  6. Froman D. P., Kirby J. D. (2005) Sperm mobility: phenotype in roosters (Gallus domesticus) determined by mitochondrial function. Biol Reprod. V. 72 (3): P. 562-567.
  7. Fumihito A., Miyake T., Sumi S. et al. (1994) One subspecies of the red jungle fowl (Gallus gallus gallus) fices as the matriarchic ancestor of all domestic breeds. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 91 (26): P. 12505-12509.
  8. Fumihito A., Miyake T., Takada M. et al. (1996) Monophyletic origin and unique dispersal patterns of domestic fowls. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 93 (13): P. 6792-6795.
  9. Girdland Flink L., Allen R., Barnett R. et al. (2014) Establishing the validity of domestication genes using DNA from ancient chickens. Proc Natl Acad Sci USA. V. 111 (17): P. 6184-6189.
  10. Hall T. A. (1999) BioEdit: a user friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acid Symposium Series. V. 41: P. 95-98.
  11. Hoque M. R., Choi N. R., Sultana H. et al. (2013) Phylogenetic analysis of a privately-owned Korean native chicken populations using mtDNA D-loop variations. Asian-Australas J Anim Sci. V. 26 (2): P. 157-162.
  12. Kanginakudru S., Metta M., Jakati R. D., Nagaraju J. (2008) Genetic evidence from Indian red jungle fowl corroborates multiple domestication of modern day chicken. BMC Evol Biol. V. 8 (174). Cited 5.11.2015. doi: 10.1186/1471-2148-8-174.
  13. Liu Z. G., Lei C. Z., Luo J. et al. (2004) Genetic variability of mtDNA sequences in Chinese native chicken breeds. Asian-Aust. J. Anim. Sci. V. 17: P. 903-907.
  14. Liu Y. P., Wu G. S., Yao Y. G. et al. (2006) Multiple maternal origins of chickens: out of the Asian jungles. Mol Phylogenet Evol. V. 38 (1): P. 12-9.
  15. Lynch M. (2007) The origins of genome architecture. Sunderland. MA: Sinauer Associates, Inc. Publishers.
  16. Miao Y.-W., Peng M.-S., Wu G-S. et al. (2013) Chicken domestication: an updated perspective based on mitochondrial genomes. Heredity (Edinb). V. 110 (3): P. 277-282.
  17. Muchadeyi F. C., Eding H., Simianer H. et al. (2008) Mitochondrial DNA D-loop sequences suggest a Southeast Asian and Indian origin of Zimbabwean village chickens. Anim Genet. V. 39 (6): P. 615-622.
  18. Mwacharo J. M., Bjørnstad G., Mobegi V. et al. (2011) Mitochondrial DNA reveals multiple introductions of domestic chicken in East Africa. Mol Phylogenet Evol. V. 58 (2): 374-382. Cited 5.11.2015. doi: 10.1016/j.ympev.2010.11.027.
  19. Nei M. (1973) Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proc Natl Acad Sci USA. V. 70 (12): P. 3321-3323.
  20. Niu D., Fu Y., Luo J. et al. (2002) The origin and genetic diversity of Chinese native chicken breeds. Biochem. Genet. V. 40 (5-6): P. 163-174.
  21. Nishibori M., Tsudzuki M., Hayashi T. et al. (2002) Complete nucleotide sequence of the Coturnix chinensis (blue-breasted quail) mitochondrial genome and a phylogenetic analysis with related species. J Hered. V. 93 (6): P. 439-444.
  22. Nishibori M., Shimogiri T., Hayashi T., Yasue H. (2005) Molecular evidence for hybridization of species in the genus Gallus except for Gallus varius. Animal Genetics. V. 36: P. 367-375.
  23. Oka T., Ino Y., Nomura K. et al. (2007) Analysis of mtDNA sequences shows Japanese native chickens have multiple origins. Anim Genet. V. 38 (3): P. 287-293.
  24. Qu L., Li X., Xu G. et al. (2006) Evaluation of genetic diversity in Chinese indigenous chicken breeds using microsatellite markers. Science in China Series C: Life Sciences. V. 49 (4): P. 332-341.
  25. Ramadan H. A. I., Galal A., Fathi M. M. et al. (2011) Characterization of two Egyptian native chicken breeds using genetic and immunological parameters. Biotechnology in Animal Husbandry. V. 27 (1): P. 1-16.
  26. Revay T., Bodzsar N., Mobegi V. E. et al. (2010) Origin of Hungarian indigenous chicken breeds inferred from mitochondrial DNA D-loopsequences. Animal Genetics. V. 41: P. 548-550.
  27. Rozas J., Sánchez-DelBarrio J. C., Messeguer X., Rozas R. (2003) DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods. Bioinformatics. V. 19 (18): P. 2496-2497.
  28. Stoneking M., Hedgecock D., Higuchi R. G. et al. (1991) Population variation of human mtDNA control region sequences detected by enzymatic amplification and sequence-specific oligonucleotide probes. Am J Hum Genet. V. 48 (2): P. 370-382.
  29. Storey A. A., Athens J. S., Bryant D. et al. (2012) Investigating the global dispersal of chickens in prehistory using ancient mitochondrial DNA signatures. PLoS ONE. V. 7 (7): e39171. Cited 5.11.2015. doi: 10.1371/journal.pone.0039171.
  30. Wu Y. P., Huo J. H., Xie J. F. et al. (2014) Phylogeography and origin of Chinese domestic chicken. Mitochondrial DNA. V. 25 (2): P. 126-130.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Демин А.Г., Данилова М.И., Галкина С.А., 2015

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».