Отправить статью по E-mail ИCПОЛЬЗОВАНИЕ ПАТТЕРНОВ АМИНОКИСЛОТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДЛЯ ПОИСКА И ДИЗАЙНА АНТИМИКРОБНЫХ ПЕПТИДОВ
- Авторы: Елисеев ИЕ1, Тертеров ИН1, Шамова ОВ2
-
Учреждения:
- Лаборатория нанобиотехнологий, ФГБУ ВОН «Санкт-Петербургский национальный исследовательский академический университет РАН»
- ФГБНУ «Институт экспериментальной медицины»
- Выпуск: Том 19, № 1S (2019)
- Страницы: 162-164
- Раздел: Статьи
- URL: https://ogarev-online.ru/MAJ/article/view/19379
- ID: 19379
Цитировать
Аннотация
Природные антимикробные пептиды (АМП) чрезвычайно разнообразны, однако все они имеют общие структурные и функциональные характеристики. В попытке определить, что именно лежит в основе схожего механизма действия негомологичных молекул, мы провели детальный анализ паттернов в аминокислотных последовательностях АМП. Мы обнаружили что аминокислотные последовательности природных АМП обладают характерными паттернами, и эти паттерны различны для пептидов с α-спиральной and β-листовой структурой. Мы показали, как паттерны могут быть эффективно использованы для поиска последовательностей новых АМП в базах данных. Затем мы использовали паттерны для дизайна новых пептидов, которые были синтезированы и экспериментально исследованы. Наиболее активный из синтетических пептидов проявил антимикробную активность по отношению к Грам(+) и Грам(-) патогенам на уровне лучших природных АМП.
Ключевые слова
Полный текст
Открыть статью на сайте журналаОб авторах
И Е Елисеев
Лаборатория нанобиотехнологий, ФГБУ ВОН «Санкт-Петербургский национальный исследовательский академический университет РАН»
И Н Тертеров
Лаборатория нанобиотехнологий, ФГБУ ВОН «Санкт-Петербургский национальный исследовательский академический университет РАН»
О В Шамова
ФГБНУ «Институт экспериментальной медицины»
Список литературы
- Zelezetsky I, Tossi A. Alpha-helical antimicrobial peptides - using a sequence template to guide structure-activity relationship studies. Biochim. Biophys. Acta. 2006;1758:1436-1449.
- Yount NY, Yeaman MR. Multidimensional signatures in antimicrobial peptides. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004;101:7363-7368.
- Rigoutsos I, Floratos A. Combinatorial pattern discovery in biological sequences: the TEIRESIAS algorithm. Bioinformatics. 1998;14:55-67.
- Loose C, Jensen K, Rigoutsos I, Stephanopoulos G. A linguistic model for the rational design of antimicrobial peptides. Nature. 2006;443:867-869.
- Wang G, Li X, Wang Z. APD2: the updated antimicrobial peptide database and its application in peptide design. Nucleic Acids Res. 2009;37:D933-D937.
- Eliseev IE, Terterov IN, Yudenko AN, Shamova OV. Linking sequence patterns and functionality of alpha-helical antimicrobial peptides. Bioinformatics. 2018. bty1048 (epub ahead of print).
Дополнительные файлы
