Альфакоронавирусы из фекалий летучих мышей, пойманных на территории Москвы и Ростова-на-Дону в 2021 г.

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Обоснование. Рукокрылые — своего рода резервуар большого количества вирусов, включая коронавирусы. Именно поэтому мониторинг коронавирусов в летучих мышах — актуальная на сегодняшний день задача.

Цель исследования — поиск новых вирусов семейств Coronaviridae, носители которых — летучие мыши, обитающие на территории Европейской части России.

Материалы и методы. Для поиска вирусов в фекалиях летучих мышей, пойманных в Москве, Московской области (Солнечногорск, Видное, Троицк, Мытищи), Калуге, Ростове-на-Дону, Йошкар-Оле в 2021 г., применяли методику выявления вирусов с помощью амплификации фрагментов геномов вирусов (участка RdRp, кодирующего репликазу), с последующим проведением высокопроизводительного секвенирования этих фрагментов на платформе Illumina (MiSeq, USA).

Результаты. Установлены последовательности фрагментов генов RdRp как минимум двух разных коронавирусов в четырех особях летучих мышей трех разных видов.

Заключение. Наши результаты демонстрируют наличие вирусов рода Alphacoronavirus в четырех из 17 особей. Положительные на коронавирус четыре летучие мыши, пойманные в 2021 г. на территории Москвы, Московской области и Ростова-на-Дону, оказались носителями разных изолятов одного альфакоронавируса, что позволяет предположить возможность передачи этого вируса между животными разных видов. В одной особи обнаружены фрагменты генома двух разных альфакоронавирусов.

Об авторах

Елена Васильевна Корнеенко

Научно-исследовательский институт системной биологии и медицины

Автор, ответственный за переписку.
Email: lenakorneenko0@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-5877-0719

научный сотрудник

Россия, Москва

Андрей Евгеньевич Самойлов

Научно-исследовательский институт системной биологии и медицины; Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера Роспотребнадзора

Email: andrei.samoilov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-8284-3164
Scopus Author ID: 57193001010

научный сотрудник

Россия, Москва; Санкт-Петербург

Илья Витальевич Артюшин

Московский государственный университет им. Н.В. Ломоносова

Email: sometyx@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-4911-3677
Scopus Author ID: 35098142000
ResearcherId: J-6941-2018

канд. биол. наук, научный сотрудник

Россия, Москва

Александр Павлович Юзефович

Московский государственный университет им. Н.В. Ломоносова

Email: yuzefovich2015elf@gmail.com

младший научный сотрудник

Россия, Москва

Софья Матвеевна Долотова

Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)

Email: dolotova.sm@phystech.edu

студентка

Россия, Долгопрудный, Москва

Екатерина Олеговна Ключникова

Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера Роспотребнадзора

Email: Ekaterina.ibg@gmail.com

канд. биол. наук, младший научный сотрудник

Россия, Санкт-Петербург

Валерия Александровна Сбарцалья

Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера Роспотребнадзора

Email: Sbarzaglia.valeriya@gmail.com

канд. биол. наук, младший научный сотрудник

Россия, Санкт-Петербург

Анна Сергеевна Гладких

Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера Роспотребнадзора

Email: angladkikh@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6759-1907
ResearcherId: G-6045-2015

канд. биол. наук, старший научный сотрудник

Россия, Санкт-Петербург

Владимир Георгиевич Дедков

Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера Роспотребнадзора

Email: vgdedkov@gmail.com

канд. мед. наук, заместитель директора по научной работе

Россия, Санкт-Петербург

Анна Сергеевна Сперанская

Научно-исследовательский институт системной биологии и медицины; Московский государственный университет им. Н.В. Ломоносова

Email: hanna.s.939@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6326-1249

канд. биол. наук, старший научный сотрудник

Россия, Москва; Москва

Список литературы

  1. Moratelli R., Calisher C.H. Bats and zoonotic viruses: Can we confidently link bats with emerging deadly viruses? // Mem. Inst. Oswaldo Cruz. 2015. Vol. 110, No. 1. P. 1–22. doi: 10.1590/0074-02760150048
  2. Shi Z.L. Emerging infectious diseases associated with bat viruses // Sci. China Life Sci. 2013. Vol. 56, No. 8. P. 678–682. doi: 10.1007/s11427-013-4517-x
  3. Smith I., Wang L.F. Bats and their virome: An important source of emerging viruses capable of infecting humans // Curr. Opin. Virol. 2013. Vol. 3, No. 1. P. 84–91. doi: 10.1016/j.coviro.2012.11.006
  4. Woo P.C., Lau S.K., Lam C.S. et al. Discovery of seven novel Mammalian and avian coronaviruses in the genus deltacoronavirus supports bat coronaviruses as the gene source of alphacoronavirus and betacoronavirus and avian coronaviruses as the gene source of gammacoronavirus and deltacoronavirus // J. Virol. 2012. Vol. 86, No. 7. P. 3996–4008. doi: 10.1128/JVI.06540-11
  5. Letko M., Seifert S.N., Olival K.J. et al. Bat-borne virus diversity, spillover and emergence // Nat. Rev. Microbiol. 2020. Vol. 18, No. 8. P. 461–471. doi: 10.1038/s41579-020-0394-z
  6. Kohl C., Kurth A. European bats as carriers of viruses with zoonotic potential // Viruses. 2014. Vol. 6, No. 8. P. 3110–3128. doi: 10.3390/v6083110
  7. Phelps K.L., Hamel L., Alhmoud N. et al. Bat research networks and viral surveillance: Gaps and opportunities in western Asia // Viruses. 2019. Vol. 11, No. 3. P. 240. doi: 10.3390/v11030240
  8. Alkhovsky S., Lenshin S., Romashin A. et al. SARS-like coronaviruses in horseshoe bats (Rhinolophus spp.) in Russia, 2020 // Viruses. 2022. Vol. 14, No. 1. P. 113. doi: 10.3390/v14010113
  9. Львов Д.К., Альховский С.В. Истоки пандемии COVID-19: экология и генетика коронавирусов (Betacoronavirus: Coronaviridae) SARS-CoV, SARS-CoV-2 (подрод Sarbecovirus), MERS-CoV (подрод Merbecovirus) // Вопросы вирусологии. 2020. Т. 65, № 2. С. 62–70. doi: 10.36233/0507-4088-2020-65-2-62-70
  10. Da Silva Filho L.V., Zerbinati R.M., Tateno A.F. et al. The differential clinical impact of human coronavirus species in children with cystic fibrosis // J. Infect. Dis. 2012. Vol. 206, No. 3. P. 384–388. doi: 10.1093/infdis/jis274
  11. Safonova M.V., Shchelkanov M.Y., Khafizov K. et al. Sequencing and genetic characterization of two strains Paramushir virus obtained from the Tyuleniy Island in the Okhotsk Sea (2015) // Ticks Tick Borne Dis. 2019. Vol. 10, No. 2. P. 269–279. doi: 10.1016/j.ttbdis.2018.11.004
  12. Moreno A., Lelli D., de Sabato L. et al. Detection and full genome characterization of two beta CoV viruses related to Middle East respiratory syndrome from bats in Italy // Virol. J. 2017. Vol. 14, No. 1. P. 239. doi: 10.1186/s12985-017-0907-1
  13. Alcalde J.T., Jiménez M., Brila I. et al. Transcontinental 2200 km migration of a Nathusius’ pipistrelle (Pipistrellus nathusii) across Europe // Mammalia. 2021. Vol. 85, No. 2. P. 161–163. doi: 10.1515/mammalia-2020-0069
  14. Vasenkov D., Desmet J.-F., Popov I., Sidorchuk N. et al. Bats can migrate farther than it was previously known: a new longest migration record by Nathusius’ pipistrelle Pipistrellus nathusii (Chiroptera: Vespertilionidae) // Mammalia. 2022. doi: 10.1515/mammalia-2021-0139

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Эко-Вектор, 2022



Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».