Характеристика штаммов Brucella melitensis, изолированных в разных регионах Российской Федерации

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Цель исследования. Изучение фенотипических и молекулярно-генетических свойств штаммов B. melitensis, выделенных на неблагополучных по бруцеллезу территориях Российской Федерации с 1949 по 2019 г.

Материалы и методы. Использовали 74 штамма возбудителя бруцеллеза из коллекции Ставропольского противочумного института Роспотребнадзора и 3 референсных штамма (63/9, 16М и 706) из базы данных MLVA http://microbesgenotyping.i2bc.paris-saclay.fr/databases.

Результаты. Изученные штаммы B. melitensis отличались значительным разнообразием по 14 VNTR-локусам. Выявлено, что штаммы B. melitensis разделились на два крупных кластера. Один кластер образован штаммами, циркулирующими в азиатской части России, а второй кластер представлен штаммами из Европейской части России – Северо-Кавказского и Южного федеральных округов.

Заключение. Полученные данные используются для постоянного молекулярно-генетического мониторинга возбудителя бруцеллеза на неблагополучных по бруцеллезу территориях России, в том числе в качестве эффективного инструмента ретроспективного эпидемиологического анализа, что позволит качественно улучшить эпидемиологический надзор за этой инфекцией. Использование комплексных данных как фенотипического, так и генетического характера позволяет расширять возможности дифференциации штаммов во время расследования вспышек бруцеллеза в будущем.

Об авторах

Наталия Сергеевна Сердюк

Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: nata.serdyuk.83@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5350-0111

к.б.н., старший научный сотрудник лаборатории «Коллекция патогенных микроорганизмов»

Россия, Ставрополь

Елена Борисовна Жилченко

Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора

Email: stavnipchi@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-7180-1292

к.б.н., заведующая лабораторией «Коллекция патогенных микроорганизмов»

Россия, Ставрополь

Ирина Владимировна Кузнецова

Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора

Email: stavnipchi@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-9513-0761

к.м.н., старший научный сотрудник лаборатории биохимии

Россия, Ставрополь

Нина Вадимовна Жаринова

Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора

Email: stavnipchi@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6718-4877

к.б.н, старший научный сотрудник лаборатории «Коллекция патогенных микроорганизмов»

Россия, Ставрополь

Дмитрий Анатольевич Ковалев

Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора

Email: stavnipchi@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-9366-5647

к.х.н, заведующий лабораторией. Биохимии

Россия, Ставрополь

Николай Андреевич Шапаков

Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора

Email: stavnipchi@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-9152-4026

младший научный сотрудник лаборатории биохимии

Россия, Ставрополь

Анна Андреевна Хачатурова

Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора

Email: stavnipchi@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7459-7204

научный сотрудник лаборатории бруцеллеза

Россия, Ставрополь

Ольга Николаевна Белозерова

Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора

Email: stavnipchi@mail.ru
ORCID iD: 0009-0002-5570-557X

младший научный сотрудник лаборатории «Коллекция патогенных микроорганизмов»

Россия, Ставрополь

Маня Григоревна Карапетян

Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора

Email: stavnipchi@mail.ru
ORCID iD: 0009-0005-3006-5504

младший научный сотрудник лаборатории «Коллекция патогенных микроорганизмов»

Россия, Ставрополь

Список литературы

  1. Пономаренко Д.Г., Скударева О.Н., Хачатурова А.А., Германова А.Н., Лукашевич Д.Е., Логвиненко О.В. и др. Об эпизоотолого-эпидемилогической ситуации по бруцеллезу в мире в 2011–2020 гг. и прогноз на 2021 г. в Российской Федерации. Проблемы особо опасных инфекций 2021; (2): 41–51. doi: 10.21055/0370-1069-2021-2-41-51 / Ponomarenko D.G., Skudareva O.N., Khachaturova A.A., Germanova A.N., Lukashevich D.E., Logvinenko O.V. et al. [Epizootiological and Epidemiological Situation on Brucellosis around the World in 2011–2020 and Forecast for the Russian Federation for 2021]. Problems of Particularly Dangerous Infections 2021; (2): 41–51. (In Russ.). doi: 10.21055/0370-1069-2021-2-41-51
  2. Щипилева И.А., Марковская Е.И., Кретенчук О.Ф. Антибиотикотерапия бруцеллеза. Современное состояние и перспективы совершенствования. Антибиотики и химиотерапия 2022; 67(3–4): 77–84. doi: 10.37489/0235-2990-2022-67-3-4-77-84 / Shchipileva I.A., Markovskaya E.I., Kretenchuk O.F. [Antibiotic Therapy of Brucellosis. Current State and Prospects for Improvement]. Antibiotics and Сhemotherapy 2022; 67(3–4): 77–84. (In Russ.). doi: 10.37489/0235-2990-2022-67-3-4-77-84
  3. Пономаренко Д.Г., Русанова Д.В., Бердникова Т.В., Хачатурова А.А., Манин Е.А., Куличенко А.Н. Обзор эпизоотологической и эпидемиологической ситуации по бруцеллезу в Российской Федерации в 2017 г. и прогноз на 2018 г. Проблемы особо опасных инфекций 2018; (2): 23–9. doi: 10.21055/0370-1069-2018-2-23-29 / Ponomarenko D.G., Rusanova D.V., Berdnikova T.V., Khachaturova A.A., Manin E.A., Kulichenko A.N. [Review of the Epizootological and Epidemiological Situation of Brucellosis in the Russian Federation in 2017 and Forecast for 2018]. Problems of Especially Dangerous Infections 2018; (2): 23–9. (In Russ.). doi: 10.21055/0370-1069-2018-2-23-29
  4. Johansen T.B., Lonneke S., Jensen V.K. Whole-genome sequencing and antimicrobial resistance in Brucella melitensis from a Norwegion perspective. Sci. Rep. 2018; (8): 8538. doi: 10.1038/s41598-018-26906-3
  5. Пономаренко Д.Г., Русанова Д.В., Хачатурова А.А., Скударева О.Н., Логвиненко О.В., Ракитина Е.Л. и др. Анализ эпидемической и эпизоотической ситуации по бруцеллезу в мире в 2019 г. и прогноз на 2020 г. в Российской Федерации. Проблемы особо опасных инфекций 2020; (2): 48–56. doi: 10.21055/0370-1069-2020-2-48-56 / Ponomarenko D.G., Rusanova D.V., Khachaturova A.A., Skudareva O.N., Logvinenko O.V., Rakitina E.L. et al. [Analysis of the Epidemic and Epizootic Situation of Brucellosis in the World in 2019 and Forecast for 2020 in the Russian Federation]. Problems of Especially Dangerous Infections 2020; (2): 48–56. (In Russ.). doi: 10.21055/0370-1069-2020-2-48-56
  6. Зульпукарова Н.М., Мамаев И.А., Магомедалиева С.Г., Адилова М.А., Исаева Р.Х, Джаватханова М.И. Эпидемические и клинические особенности некоторых природно-очаговых инфекционных заболеваний в Республике Дагестан. Вестник новых медицинских технологий 2018; (4): 77–82. doi: 10.24411/2075-4094-2018-16095 / Zulpukarova N.M., Mamaev I.A., Magomedalieva S.G., Adilova M.A., Isaeva R.Kh., Dzhavatkhanova M.I. [Epidemic and Clinical Features of Some Natural Focal Infectious Diseases in the Republic of Dagestan]. Bulletin of New Medical Technologies 2018; (4): 77–82. (In Russ.). doi: 10.24411/2075-4094-2018-16095
  7. Намруева Л.В., Иванов Н.П. Тренды, проблемы и перспективы развития животноводства на юге России. Вестник ВолгГУ. Региональная экономика. 2018; (1): 55–63. doi: 10.15688/jvolsu3.2018.1.6 / Namrueva L.V., Ivanov N.P. [Trends, problems and prospects for the development of animal husbandry in the south of Russia]. Journal of Volgograd State University. Economics 2018; (1): 55–63. (In Russ.). doi: 10.15688/jvolsu3.2018.1.6
  8. Хачатурова А.А., Пономаренко Д.Г., Ковалев Д.А., Германова А.Н., Лукашевич Д.Е., Русанова Д.В. и др. Анализ заболеваемости людей бруцеллезом и молекулярно-биологическая характеристика изолятов Brucella melitensis на длительно неблагополучных по бруцеллезу территориях юга европейской части России. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии 2022; 99(1): 63–74. doi: 10.36233/0372-9311-185 / Khachaturova A.A., Ponomarenko D.G., Kovalev D.A., Germanova A.N., Lukashevich D.E., Rusanova D.V. et al. [Analysis of human brucellosis incidence and molecular biological characteristics of Brucella melitensis isolates in long-term brucellosis-unfavorable territories of the southern European part of Russia]. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunology 2022; 99(1): 63–74. (In Russ.). doi: 10.36233/0372-9311-185
  9. Suarez-Esquivel M., Chaves-Olarte E., Moreno E., Guzman-Verri C. Brucella Genomics: Macro and Micro Evolution. Int. J. Mol. Sci. 2020; 21(20): 7749–57. doi: 10.3390/ijms21207749
  10. Prakash J., Jacob J., Rachel T., Vasudevan K. Genomic analysis of Brucella melitensis reveals new insights into phylogeny and evolutionary divergence. Indian J Med Microbiol. 2023; 44: 100360. doi: 10.1016/j.ijmmb.2023.02.003
  11. Кузнецова И.В., Ковалев Д.А., Евченко Ю.М., Шакирова Л.И., Швецова Н.М., Пономаренко Д.Г. и др. Изучение генетического разнообразия штаммов бруцелл, выделенных в Северо-Кавказском Федеральном округе. Проблемы особо опасных инфекций 2017; (3): 58–62. doi: 10.21055/0370-1069-2017-3-58-62 / Kuznetsova I.V., Kovalev D.A., Evchenko Yu.M., Shakirova L.I., Shvetsova N.M., Ponomarenko D.G. et al. [Study of genetic diversity of Brucella strains isolated in the North Caucasian Federal District. Problems of Especially Dangerous Infections 2017; (3): 58–62. (In Russ.). doi: 10.21055/0370-1069-2017-3-58-62
  12. Le Flèche P., Jacques I., Grayon M., Al Dahouk S., Bouchon P., Denoeud F. et al. Evaluation and selection of tandem repeat loci for a Brucella MLVA typing assay. BMC Microbiol. 2006; 6: 9. doi: 10.1186/1471-2180-6-9
  13. Ma J.Y., Wang H., Zhang X.F., Xu L.Q., Hu G.Y., Jiang H. et al. MLVA and MLST typing of Brucella from Qinghai, China. Infect. Dis. Poverty 2016; (5): 26–37. doi: 10.1186/s40249-016-0123-z
  14. Pisarenko S.V., Kovalev D.A., Volynkina A.S., Ponomarenko D.G., Rusanova D.V., Zharinova N.V. et al. Global evolution and phylogeography of Brucella melitensis strains. BMC Genomics 2018; (19): 353–62. doi: 10.1186/s12864-018-4762-2

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рисунок. Филогенетическое дерево, построенное на основе MLVA-типирования по 14 VNTR-локусам штаммов В. melitensis, выделенных с 1949 по 2019 г. на территории России

Скачать (802KB)
Метаданные

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».